genome.fa.s8086.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008086.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110596_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  756749

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 345 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1074--1116	21	2.1	21	87	8	63	20	2	4	72	1.14
20316--20354	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
21854--21900	21	2.1	21	84	11	58	48	6	21	23	1.72
22612--22654	21	2.0	21	95	0	77	32	18	20	27	1.96
22743--22792	20	2.5	20	87	3	66	40	16	6	38	1.73
23705--23750	23	2.0	24	86	4	67	30	26	19	23	1.98
25473--25530	25	2.3	25	79	8	64	39	13	6	39	1.72
25836--25894	23	2.6	23	88	0	82	22	27	23	27	1.99
26633--26670	20	1.9	20	94	0	67	26	21	18	34	1.96
26698--26799	45	2.3	44	81	5	116	26	21	17	34	1.96
27875--28699	409	2.0	409	98	0	1596	28	23	4	43	1.73
34150--34207	20	2.7	20	86	10	71	27	22	18	31	1.97
39414--39473	29	2.1	29	100	0	120	45	3	13	38	1.60
42376--42436	31	2.0	31	86	0	86	32	24	3	39	1.72
47354--47401	20	2.4	20	82	0	60	22	4	4	68	1.24
53461--53493	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
56033--56075	21	2.0	21	86	0	59	16	25	27	30	1.97
62057--62101	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
62770--62812	21	2.0	21	81	0	50	18	25	25	30	1.98
63926--63974	20	2.5	20	93	0	89	24	14	28	32	1.94
64601--64645	23	2.0	23	86	0	63	20	24	24	31	1.98
68019--68060	16	2.5	17	88	7	68	54	2	4	38	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70781--70881	39	2.6	39	91	0	157	39	9	27	22	1.86
71733--71801	23	3.0	23	84	0	102	30	26	26	17	1.97
72842--72884	21	2.0	21	86	0	59	32	30	23	13	1.93
76881--76948	23	3.0	23	86	0	82	23	26	25	25	2.00
78860--78937	20	3.8	20	75	18	70	24	25	19	30	1.98
82972--83095	35	3.5	35	70	16	101	45	8	4	41	1.55
82983--83119	71	1.9	71	80	5	161	46	7	5	40	1.54
98045--98075	11	2.8	11	100	0	62	6	19	67	6	1.35
99154--99238	38	2.3	35	84	15	102	27	38	22	11	1.89
109142--109180	20	2.0	20	94	0	69	35	5	17	41	1.72
109141--109290	53	2.9	52	95	3	266	32	6	14	47	1.69
109247--109286	20	2.0	20	90	0	62	35	5	15	45	1.68
113860--113898	20	2.0	20	94	0	69	35	5	17	41	1.72
113859--114006	53	2.8	52	93	3	262	33	6	12	47	1.66
113963--114007	20	2.3	19	88	7	72	35	4	11	48	1.59
122833--123090	123	2.1	123	99	0	507	46	27	6	18	1.75
135015--135051	15	2.4	15	95	4	65	40	5	16	37	1.71
137578--137620	21	2.0	21	95	0	77	25	25	32	16	1.96
138428--138466	20	2.0	20	94	0	69	17	23	23	35	1.95
140517--140559	21	2.0	21	90	0	68	32	27	23	16	1.96
140584--140632	22	2.2	22	78	7	55	32	28	28	10	1.90
142096--142307	103	2.1	103	94	0	370	27	12	24	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142330--142381	23	2.3	23	89	0	77	23	26	25	25	2.00
142330--142389	23	2.6	23	86	0	66	23	26	25	25	2.00
142320--142397	23	3.3	23	78	1	57	25	20	20	33	1.97
145618--145660	21	2.0	21	90	0	68	32	27	23	16	1.96
147141--147358	103	2.1	103	93	0	373	26	14	23	36	1.93
147375--147434	23	2.6	23	86	0	75	23	26	25	25	2.00
147365--147442	23	3.3	23	78	1	66	25	20	20	33	1.97
149277--149321	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
149289--149603	149	2.1	149	93	2	544	34	21	17	26	1.96
151114--151158	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
153350--153449	18	5.8	18	67	23	81	30	29	22	19	1.97
153346--153410	18	3.4	19	83	12	96	29	30	21	18	1.97
153303--153449	67	2.2	67	95	0	258	31	29	21	17	1.96
154265--154322	20	2.7	20	86	10	71	22	22	22	32	1.98
158027--158066	20	2.0	20	85	0	53	37	5	27	30	1.78
172578--172613	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
173446--173475	14	2.1	15	93	6	53	0	30	0	70	0.88
174072--174322	63	4.0	63	83	12	334	19	13	43	22	1.86
174204--174316	57	2.0	57	94	0	199	22	15	41	21	1.89
174069--174330	126	2.0	128	92	4	438	19	13	44	22	1.85
174453--174505	24	2.2	24	82	0	61	16	7	60	15	1.57
174806--174835	9	3.3	9	90	0	51	6	0	66	26	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177683--177715	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
178387--178483	28	3.1	30	78	13	99	15	8	32	43	1.76
182170--182275	45	2.3	47	88	6	153	30	8	20	40	1.82
191927--192011	8	11.4	8	75	16	60	74	0	14	11	1.08
191927--192014	15	5.9	15	72	20	78	72	0	14	12	1.12
191913--192075	28	5.6	29	68	22	85	71	0	17	9	1.16
192035--192097	14	4.3	15	70	23	53	69	1	22	6	1.19
192108--192232	45	2.8	45	85	2	162	40	19	28	12	1.87
193414--194145	55	13.5	54	84	9	779	27	17	25	29	1.97
193414--194100	110	6.3	110	88	3	876	27	17	25	29	1.98
193414--194143	165	4.5	164	87	5	913	27	17	24	30	1.97
194054--194145	48	1.9	47	89	6	141	29	14	23	32	1.94
196887--197059	31	5.6	31	93	1	285	40	22	17	19	1.91
198108--198148	21	2.0	21	85	0	55	17	24	29	29	1.97
205218--205497	145	1.9	145	87	2	411	34	16	11	37	1.85
205799--206084	145	2.0	144	89	3	441	33	16	12	38	1.85
208099--208155	27	2.1	27	93	6	98	28	17	8	45	1.78
214088--214211	66	1.9	66	84	0	167	45	16	25	12	1.82
214626--214692	11	5.9	11	74	19	66	52	5	10	31	1.60
214627--214714	23	3.7	23	92	3	131	52	4	10	32	1.56
218767--219272	51	9.9	51	89	5	679	27	27	16	29	1.96
218767--219272	198	2.5	202	86	6	684	27	27	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218861--219256	147	2.7	145	90	4	443	26	28	15	29	1.96
220582--220632	19	2.7	19	90	3	77	7	19	0	72	1.08
220670--220724	14	3.9	14	76	13	51	9	16	0	74	1.06
230285--230406	41	2.9	42	86	8	158	36	22	12	27	1.90
235728--235763	3	12.7	3	88	11	58	66	0	0	33	0.92
245988--246038	2	25.5	2	91	0	84	49	3	0	47	1.20
247509--247661	64	2.4	64	78	10	161	35	19	18	26	1.95
247922--248031	29	3.8	29	95	2	195	45	16	20	17	1.85
254327--254537	106	2.0	106	84	0	278	38	22	16	22	1.93
258594--258687	31	3.0	31	90	3	136	37	24	19	19	1.94
259365--259409	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
262560--262684	31	4.0	31	92	2	198	37	22	19	20	1.94
263362--263406	21	2.1	21	83	0	54	15	22	28	33	1.95
265786--265995	106	2.0	105	83	0	267	39	22	15	22	1.92
269026--269131	45	2.3	46	81	10	121	37	18	14	29	1.90
269529--269638	29	3.8	29	92	2	186	45	17	20	16	1.85
269723--269756	15	2.3	15	94	0	59	14	14	32	38	1.87
270603--270651	26	1.9	25	84	12	64	44	2	0	53	1.12
271729--271785	17	3.5	17	76	11	66	52	0	3	43	1.18
271735--271786	14	3.4	15	82	15	70	53	0	3	42	1.19
276428--276466	15	2.6	15	100	0	78	15	15	15	53	1.73
278846--278885	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278880--278978	33	3.0	33	94	1	164	32	7	15	45	1.73
278964--279018	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
279214--279270	21	2.7	21	91	0	96	19	26	26	28	1.99
279437--279492	15	3.6	15	79	9	58	32	10	12	44	1.77
287076--287341	130	2.0	130	98	0	514	40	13	20	25	1.89
290801--290855	28	1.9	29	85	10	78	29	1	1	67	1.11
298798--298891	43	2.2	42	92	5	154	27	12	20	39	1.89
303782--303818	18	2.0	19	89	5	58	56	10	0	32	1.34
316158--316185	6	4.7	6	100	0	56	32	50	17	0	1.47
316824--316867	21	2.1	21	86	0	61	34	29	15	20	1.94

Tables:   1   2   3