genome.fa.s8089.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008089.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110599_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  419803

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
783--807	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
3416--3475	24	2.5	25	80	17	74	30	0	1	68	0.99
3413--3477	8	8.0	8	75	16	62	32	0	1	66	1.01
3426--3492	8	8.4	8	70	18	50	29	0	1	68	0.98
3419--3483	12	5.1	12	71	20	51	32	0	1	66	1.01
8273--8312	19	2.1	19	100	0	80	25	5	27	42	1.75
18643--18700	20	2.6	22	89	10	84	25	22	20	31	1.98
20336--20478	64	2.2	63	83	9	166	23	24	19	32	1.97
23390--23429	21	1.9	21	84	0	53	15	27	32	25	1.95
24037--24066	15	2.0	15	93	0	51	16	26	30	26	1.97
29029--29112	23	3.6	23	81	9	107	58	15	11	14	1.64
30497--30571	10	6.9	10	74	16	69	13	9	16	61	1.56
30497--30540	23	1.9	23	90	0	70	13	9	15	61	1.56
30499--30571	33	2.2	33	90	0	110	13	9	15	61	1.56
30504--30597	23	4.0	23	79	8	93	12	10	17	59	1.60
31641--31665	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
35084--35117	15	2.3	15	89	0	50	8	17	64	8	1.47
37505--37564	28	2.1	29	81	9	70	21	8	15	55	1.66
42437--42486	18	2.7	19	93	3	84	28	18	30	24	1.97
42372--42552	82	2.2	83	86	7	244	33	17	22	26	1.96
43142--43204	23	2.7	23	85	4	83	20	25	26	26	1.99
55043--55089	18	2.6	18	80	10	60	42	0	4	53	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64543--64573	16	1.9	16	93	0	53	54	6	32	6	1.51
68277--68307	16	1.9	16	93	0	53	54	6	32	6	1.51
70118--70158	18	2.1	21	86	13	61	48	4	0	46	1.23
76985--77012	14	2.0	14	100	0	56	7	21	50	21	1.72
77007--77069	9	6.8	9	75	13	56	26	28	30	14	1.95
77022--77076	19	2.8	19	78	13	67	27	27	27	18	1.98
77013--77091	29	2.9	28	81	10	76	29	26	27	16	1.97
94706--94737	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
98739--98823	18	4.7	18	95	0	143	23	17	28	30	1.97
98943--99156	42	4.9	42	75	12	196	15	58	3	21	1.53
98923--99158	48	5.1	46	75	12	207	16	58	3	22	1.53
99545--99630	39	2.2	39	89	0	136	20	38	4	36	1.74
100022--100155	36	3.7	36	85	0	169	17	51	9	21	1.73
100283--100360	27	2.8	28	81	14	83	12	48	20	17	1.80
102118--102186	31	2.2	31	84	5	86	30	14	17	37	1.90
108080--108149	30	2.3	30	87	0	95	12	24	22	40	1.89
110599--110678	40	2.0	40	82	4	99	28	22	23	25	1.99
110753--110876	45	2.8	45	89	0	194	40	7	21	30	1.80
111238--111291	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
112513--112581	23	3.0	23	78	0	75	33	24	23	18	1.97
112984--113016	14	2.4	14	94	0	57	39	9	3	48	1.50
115727--115771	21	2.1	21	87	0	63	35	35	11	17	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118216--118254	17	2.5	15	83	8	51	43	0	5	51	1.24
119522--119564	18	2.5	17	84	3	50	46	2	2	48	1.27
121145--121179	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
128268--128514	129	1.9	130	92	0	415	35	14	13	36	1.85
128282--128545	129	2.0	129	81	5	300	38	12	13	34	1.83
128970--129003	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
129126--129168	21	2.0	21	100	0	86	39	0	13	46	1.44
129137--129222	35	2.5	35	84	0	100	38	1	20	39	1.61
129898--129951	22	2.5	22	96	0	99	38	40	11	9	1.73
137445--137514	32	2.2	32	92	0	113	28	12	17	41	1.86
137456--137547	32	2.9	31	84	6	105	31	10	15	42	1.81
139198--139222	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
142748--142899	72	2.1	72	86	0	205	35	28	17	18	1.94
148933--148966	9	3.9	9	88	3	52	76	0	2	20	0.92
148894--148982	22	3.9	20	71	21	52	75	1	7	15	1.09
149417--149447	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
151188--151635	36	12.9	36	69	16	257	41	12	18	27	1.87
151118--151352	102	2.3	101	88	3	330	40	12	19	27	1.87
151278--151635	36	10.2	36	72	14	266	40	12	18	28	1.87
151188--151626	138	3.2	138	92	0	700	42	12	18	26	1.87
152966--153161	95	2.1	94	86	3	277	31	17	17	33	1.94
159382--159897	216	2.4	217	87	4	710	30	23	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159382--159908	55	9.9	52	82	8	421	30	22	15	30	1.95
161272--161442	16	10.9	15	70	19	102	8	16	0	73	1.11
161265--161338	19	3.8	20	78	18	66	6	18	0	74	1.04
161284--161442	45	3.5	45	75	15	107	8	17	0	72	1.13
161405--161443	9	4.4	9	87	12	55	12	7	0	79	0.93
161336--161441	47	2.2	47	80	18	114	9	16	0	73	1.13
161273--161450	8	21.5	8	71	20	86	8	16	0	73	1.11
171095--171228	45	2.9	45	89	2	196	38	22	10	29	1.87
174634--174687	9	5.9	9	78	10	56	77	1	1	18	0.95
174634--174686	12	4.2	13	79	15	51	77	1	1	18	0.96
174640--174686	22	2.1	22	84	7	60	76	2	2	19	0.99
174752--174805	25	2.3	23	81	15	65	75	0	1	22	0.89
174737--174801	18	4.3	15	78	18	64	75	0	3	21	0.94
174739--174837	9	10.9	9	69	19	55	73	1	3	22	1.03
177376--177517	60	2.3	60	88	4	198	38	2	26	33	1.71
177406--177506	31	3.3	31	68	18	77	35	3	26	33	1.75
177406--177530	60	2.1	60	83	3	153	38	6	23	32	1.80
187180--187242	31	2.0	31	93	0	108	28	7	31	31	1.86
196678--196782	37	2.8	37	85	0	147	40	14	14	31	1.86
197718--197746	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
197977--198049	33	2.3	34	84	13	93	31	4	2	61	1.29
198036--198083	20	2.4	20	86	6	62	10	4	6	79	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199270--199306	19	1.9	19	89	10	58	8	24	2	64	1.34
202687--202718	13	2.3	15	89	10	50	84	3	12	0	0.74
203336--203412	22	3.5	22	90	0	127	36	28	14	20	1.92
204240--205720	106	14.0	106	88	2	2081	34	24	17	23	1.96
206449--206545	37	2.6	37	85	0	140	41	15	11	31	1.83
207157--207211	25	2.2	25	83	9	67	27	1	1	69	1.09
226547--226607	30	2.0	30	90	6	97	40	4	11	42	1.62
235162--235222	30	2.0	30	90	6	97	40	4	11	42	1.62
243026--243093	28	2.4	29	85	2	84	39	4	1	54	1.30
245073--245119	15	3.5	15	67	27	50	59	2	4	34	1.29
245078--245132	25	2.2	25	100	0	110	54	3	3	38	1.36
281836--281915	30	2.7	30	80	5	90	16	36	30	17	1.92
287464--287645	90	2.0	90	88	2	267	24	30	15	29	1.96
288326--288686	183	2.0	182	94	0	641	29	39	8	22	1.83
300691--300758	7	9.7	7	77	0	55	48	29	0	22	1.51
300692--300758	14	4.8	14	86	0	80	49	28	0	22	1.50
300693--300753	21	2.9	21	85	4	79	50	26	0	22	1.49
301402--301442	20	2.1	19	86	13	57	43	2	2	51	1.28
330510--330547	20	1.9	20	84	10	51	36	2	0	60	1.11
337969--338006	16	2.4	16	100	0	76	10	10	28	50	1.70
342246--342288	2	21.5	2	95	0	77	0	53	0	46	1.00
343877--344029	50	3.0	50	95	0	270	22	14	24	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
344779--344885	41	2.6	42	91	7	168	47	7	27	17	1.74
344820--345432	118	5.2	118	96	2	1089	36	15	21	27	1.93
345585--345669	3	28.7	3	92	2	145	32	0	0	67	0.91
352197--352242	12	3.6	12	81	16	56	45	17	19	17	1.85
352203--352243	12	3.1	13	80	19	57	46	14	17	21	1.84
354131--354172	17	2.5	17	84	3	59	66	2	4	26	1.23
354527--354630	37	2.8	37	85	0	127	32	11	12	43	1.78
355174--355699	105	5.0	105	90	3	776	21	18	27	33	1.96
355904--355973	36	1.9	36	91	0	113	35	15	24	24	1.94
355972--356053	39	2.1	40	86	2	112	41	10	20	26	1.86

Tables:   1   2