genome.fa.s8114.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008114.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110653_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  335373

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2246--2286	20	2.0	20	95	0	73	21	19	26	31	1.97
2378--2426	25	2.0	25	95	0	89	26	8	18	46	1.76
2813--2846	17	2.0	17	88	0	50	29	5	11	52	1.61
3113--3199	39	2.2	39	91	0	138	47	20	14	17	1.83
7294--7325	13	2.5	13	94	0	55	78	12	6	3	1.06
7539--7584	22	2.1	22	95	0	83	21	13	43	21	1.86
7716--7800	20	4.2	20	92	0	143	20	16	24	38	1.92
13281--13318	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
14124--14210	32	2.7	32	77	10	88	43	11	2	42	1.53
17592--17706	41	2.8	42	94	2	196	17	16	19	46	1.84
17879--17920	9	4.7	9	80	11	50	50	0	0	50	1.00
17888--18051	28	6.0	28	69	23	93	47	0	0	51	1.09
17929--17975	22	2.2	20	85	14	60	53	2	0	44	1.12
17894--17980	23	3.6	23	69	14	68	48	1	0	50	1.08
17903--18001	50	1.9	51	86	8	139	49	1	0	49	1.07
18067--18235	90	1.9	88	81	10	204	49	4	0	46	1.21
18185--18283	49	2.0	50	80	9	114	50	0	2	47	1.12
20592--20656	16	4.1	16	87	0	103	55	21	13	9	1.66
21712--21756	14	3.5	14	77	22	62	55	24	11	8	1.63
21711--21773	24	2.6	24	94	0	117	55	25	11	7	1.62
23092--23134	22	2.0	21	86	8	61	25	0	0	74	0.82
26383--26416	2	16.5	2	93	6	59	50	0	2	47	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26658--26696	20	1.9	21	84	5	53	69	5	2	23	1.21
33732--33826	33	2.9	33	98	0	181	38	25	13	22	1.91
45270--45333	26	2.5	26	92	0	101	20	21	25	32	1.97
50513--50554	16	2.6	16	96	0	75	35	0	21	42	1.53
55019--55074	26	2.2	26	100	0	112	23	26	0	50	1.50
56130--56165	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
58524--58576	18	2.9	17	83	10	61	30	30	18	20	1.97
59609--59961	191	1.8	192	83	4	462	39	10	11	38	1.77
63301--63352	20	2.6	20	93	0	86	28	36	11	23	1.90
73829--73986	84	1.9	84	97	0	298	19	13	20	46	1.83
79063--79156	47	2.0	47	87	0	134	29	15	23	30	1.96
79172--79284	46	2.4	46	83	1	145	34	17	20	27	1.95
79241--79440	77	2.6	78	89	4	298	32	19	22	26	1.97
79372--79462	46	1.9	48	84	4	123	28	19	25	26	1.99
80126--80204	22	3.6	22	85	10	108	39	13	15	31	1.86
88229--88580	184	1.9	182	98	1	686	36	18	17	26	1.93
89501--89525	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
101900--101976	23	3.4	23	81	3	102	16	25	25	31	1.97
106379--106448	22	3.3	21	71	16	56	37	0	5	57	1.23
111277--111657	192	2.0	192	95	0	681	28	12	18	39	1.88
115477--115513	15	2.5	15	95	0	65	5	16	70	8	1.30
116630--116727	49	2.0	49	100	0	196	24	20	16	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125245--125292	23	2.1	23	84	0	60	35	10	18	35	1.85
125332--126326	328	3.0	331	97	1	1870	38	11	8	42	1.70
126379--126441	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
126841--126927	39	2.2	39	95	0	156	17	13	20	48	1.81
127608--127658	25	2.0	25	92	0	84	39	19	7	33	1.81
127925--127976	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
127935--127997	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
129693--130399	182	3.9	183	96	0	1310	33	16	14	35	1.89
129693--130399	365	1.9	365	96	0	1308	33	16	14	35	1.89
131816--131872	3	19.0	3	85	0	78	26	33	3	36	1.74
131816--131874	12	4.9	12	93	0	91	25	32	5	37	1.78
131820--131887	6	11.3	6	82	6	57	22	32	5	39	1.78
133346--134902	198	7.9	198	98	0	2950	31	16	15	36	1.90
135021--135069	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
136860--136925	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
136959--137023	21	3.1	21	80	6	69	15	29	15	40	1.88
139233--139279	20	2.4	19	80	19	69	21	17	10	51	1.75
139401--139446	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
145723--145799	37	2.1	37	95	0	136	44	9	22	24	1.81
147972--148115	78	1.8	78	90	0	234	41	22	13	22	1.89
150400--150457	23	2.7	21	81	5	71	27	0	6	65	1.18
150467--150517	23	2.2	23	86	10	77	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150883--150953	35	2.0	35	97	0	133	29	35	8	26	1.86
154202--154318	39	3.0	39	94	0	207	31	2	18	47	1.63
154208--154310	19	5.3	19	67	4	80	32	1	18	47	1.60
157849--157882	17	2.0	17	88	11	52	17	35	29	17	1.93
158557--158618	24	2.7	22	79	13	63	43	3	0	53	1.17
166316--166937	321	1.9	321	94	1	1104	42	6	9	41	1.63
169741--169804	19	3.3	19	78	8	65	42	17	6	34	1.74
181721--181756	18	2.0	18	100	0	72	22	27	16	33	1.95
185081--185105	5	5.0	5	100	0	50	20	20	40	20	1.92
187755--187825	33	2.2	33	92	0	115	33	18	14	33	1.90
193891--193928	17	2.2	17	90	0	58	39	5	18	36	1.73
196228--196596	20	18.5	20	84	4	440	34	25	18	20	1.96
197269--197315	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
197490--197514	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
199820--200124	19	17.4	19	79	16	347	47	18	20	14	1.83
199820--200146	33	9.5	34	76	16	189	46	18	20	14	1.83
199820--200072	52	4.8	52	87	5	262	47	18	19	14	1.83
199886--200146	52	4.9	53	81	15	278	46	17	20	15	1.84
200153--200254	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
200360--200396	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
202351--202407	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
202332--202424	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202295--202429	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
202425--202553	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
202425--202516	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
202597--203068	93	5.1	93	98	0	921	45	19	12	22	1.83
204774--204863	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
204766--204880	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
204773--204885	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
204897--204951	14	3.6	14	73	21	56	9	27	23	40	1.85
205072--205142	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
205323--205377	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
205523--205716	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
205523--205716	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
205709--205785	21	3.7	20	70	13	57	27	16	23	32	1.96
205771--205822	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
206207--206354	63	2.4	63	91	6	232	41	2	2	54	1.23
206355--206418	19	3.4	19	79	14	62	35	1	0	62	1.05
208540--208655	55	2.1	55	90	3	180	27	6	26	39	1.79
214400--214442	22	2.0	22	85	0	59	44	9	20	25	1.81
227255--227315	16	3.8	16	91	0	95	57	21	11	9	1.62
227532--227623	12	7.9	12	78	13	95	20	21	23	33	1.97
227508--227587	23	3.4	23	89	1	106	25	21	25	28	1.99
227544--227623	35	2.3	35	91	0	124	20	22	22	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227544--227628	23	3.7	23	84	6	84	21	22	22	34	1.97
228481--228578	24	4.1	24	90	2	144	56	20	11	12	1.66
228494--228565	10	6.4	10	72	22	54	55	22	11	11	1.66
228501--228574	14	5.9	13	72	24	70	55	22	10	10	1.65
233532--233563	17	1.9	16	93	6	55	56	0	0	43	0.99
233554--233629	27	3.0	25	77	18	77	46	1	0	52	1.08
233525--233616	22	4.3	22	78	15	77	48	1	0	50	1.08
233733--233765	14	2.4	14	95	5	59	45	0	0	54	0.99
233787--233829	17	2.5	16	82	14	50	55	0	0	44	0.99
234131--234159	13	2.1	14	93	6	51	37	10	6	44	1.65

Tables:   1   2