genome.fa.s8116.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008116.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110655_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  363508

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2245--2278	16	2.2	15	94	5	59	23	5	23	47	1.73
5186--5253	30	2.3	30	97	0	127	20	41	16	22	1.90
5195--5288	30	3.1	31	82	10	88	21	39	14	24	1.91
7924--7957	16	2.2	15	94	5	59	23	5	23	47	1.73
12351--12376	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
15511--15561	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
15548--15601	20	2.7	20	94	0	90	51	18	18	11	1.74
15636--15887	20	12.4	20	89	3	324	35	18	26	19	1.94
15530--15907	60	6.2	60	76	10	194	38	18	24	18	1.93
15878--15916	20	2.0	20	89	0	60	51	17	15	15	1.77
16007--16051	6	7.5	6	100	0	90	33	51	15	0	1.44
16608--16778	20	8.4	20	87	3	198	19	26	18	35	1.95
16606--16758	83	1.8	83	85	0	216	18	26	18	35	1.95
16606--16799	103	1.9	103	90	0	307	19	26	18	35	1.95
16608--16799	83	2.3	81	81	7	208	19	26	18	35	1.95
16815--16866	20	2.6	20	93	0	86	11	17	17	53	1.72
16853--16903	19	2.6	20	90	3	77	15	17	23	43	1.88
18246--18281	19	1.9	19	88	5	56	61	8	0	30	1.26
18280--18313	17	2.0	17	94	0	59	70	8	0	20	1.13
18307--18412	51	2.1	50	82	7	124	64	9	0	25	1.30
20635--20685	15	3.5	15	75	24	63	31	0	5	62	1.19
20630--20689	29	2.1	28	96	3	111	28	0	6	65	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23253--23290	15	2.5	15	100	0	76	47	13	10	28	1.76
28595--28626	11	2.9	11	100	0	64	62	9	0	28	1.26
32366--32439	37	2.0	37	100	0	148	29	27	18	24	1.98
39005--39070	23	2.9	23	80	8	89	34	24	24	16	1.95
39142--39259	57	2.0	58	83	6	150	34	17	6	40	1.76
39872--40005	43	3.1	43	100	0	268	30	32	2	34	1.70
45129--45243	3	38.3	3	96	0	212	33	1	0	65	1.03
48206--48274	31	2.3	29	85	7	86	40	13	11	34	1.80
49712--49748	14	2.6	14	95	0	65	40	5	43	10	1.63
50596--50667	36	2.0	36	83	5	92	50	4	1	44	1.30
51660--51708	15	3.3	15	74	5	55	42	6	12	38	1.67
51638--51714	29	2.6	30	91	2	120	44	7	10	37	1.68
52041--52117	25	2.9	26	73	9	75	49	0	2	48	1.15
55369--55421	23	2.4	22	81	6	54	52	7	20	18	1.69
61371--61400	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
62129--62204	37	2.1	37	97	0	143	22	18	14	44	1.86
64407--64478	35	2.1	35	86	5	101	45	6	0	47	1.29
65533--65679	35	4.2	35	87	1	179	34	1	21	42	1.61
66418--66443	9	2.9	9	100	0	52	34	0	0	65	0.93
66411--66465	25	2.2	25	81	9	69	29	1	1	67	1.11
70591--70625	17	2.1	17	88	0	52	31	2	2	62	1.24
71724--71766	22	2.0	22	81	9	52	48	4	4	41	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75006--75047	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
77817--77941	62	2.0	62	98	0	241	28	13	27	30	1.94
83113--83173	20	2.9	21	80	11	54	24	31	26	18	1.97
83156--83195	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
85462--85507	13	3.7	13	72	21	53	45	13	4	36	1.63
85460--85506	24	2.0	24	95	4	87	44	12	4	38	1.62
86892--86951	26	2.3	25	86	11	77	26	20	11	41	1.86
90947--91103	50	3.1	51	82	6	187	16	31	31	19	1.94
90947--91073	51	2.5	51	88	1	184	14	35	31	18	1.91
91181--91221	10	4.1	10	84	12	57	31	29	0	39	1.57
91242--91270	14	2.1	14	93	6	51	27	6	0	65	1.18
91345--91547	107	1.9	108	93	1	354	34	8	9	47	1.67
93071--93105	18	1.9	18	100	0	70	28	22	22	25	1.99
97190--97283	48	2.0	46	83	8	118	32	17	23	26	1.96
99143--99186	23	2.0	23	86	4	63	40	9	0	50	1.34
100983--101026	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
101060--101098	5	8.2	5	83	11	55	41	0	20	38	1.53
107392--107445	27	2.0	27	81	0	63	40	3	1	53	1.29
108290--108363	17	4.5	17	73	8	55	51	5	0	43	1.24
117378--117409	16	1.9	17	93	6	57	34	3	0	62	1.11
117694--117749	27	2.1	27	83	12	71	37	5	0	57	1.22
117713--117779	27	2.5	27	78	11	66	40	5	2	50	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117905--117964	31	1.9	31	86	0	84	58	1	3	36	1.25
118691--118788	39	2.5	39	79	0	106	37	18	21	22	1.94
126890--126926	18	2.1	18	94	0	65	35	0	0	64	0.94
136424--136462	2	19.5	2	94	0	69	48	0	0	51	1.00
136809--136848	16	2.4	17	84	16	57	67	2	2	27	1.16
138266--138327	30	2.1	30	84	6	81	9	12	40	37	1.77
138374--138458	3	28.3	3	72	9	66	60	0	1	38	1.05
141315--141371	2	28.5	2	100	0	114	49	0	50	0	1.00
144045--144102	18	3.2	18	66	9	55	31	6	17	44	1.75
144031--144114	36	2.3	36	97	0	159	27	9	19	44	1.81
145256--145289	14	2.4	14	90	0	50	5	14	17	61	1.52
146306--146417	58	1.9	58	85	3	154	44	11	11	32	1.77
146669--146867	105	1.9	105	91	0	326	32	19	16	32	1.94
153963--153988	12	2.2	12	100	0	52	0	38	34	26	1.57
158788--158827	20	2.0	21	85	5	55	25	17	15	42	1.88
166474--166532	31	1.9	31	92	0	100	54	1	0	44	1.10
179135--179253	60	2.0	60	85	3	159	31	21	5	41	1.77
179386--179558	60	2.9	59	81	3	168	39	4	23	32	1.75
179852--179920	31	2.4	28	81	11	84	40	11	11	36	1.78
180378--180453	31	2.5	30	81	8	84	42	11	9	36	1.74
180500--180568	11	5.6	12	72	14	52	57	0	0	42	0.98
181165--181191	9	3.0	9	100	0	54	0	44	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183524--183593	35	2.0	35	86	5	97	21	38	0	40	1.54
194370--194414	24	1.9	24	86	13	67	48	2	0	48	1.13
194416--194457	21	2.0	20	86	13	59	50	0	0	50	1.00
194364--194459	23	4.1	22	72	21	70	48	1	0	50	1.07
194599--194640	14	3.1	13	83	16	50	45	0	0	54	0.99
194579--194646	8	8.6	8	77	11	52	47	0	0	52	1.00
194577--194646	27	2.5	28	76	21	76	48	0	0	51	1.00
197068--197101	17	2.0	17	88	0	50	29	0	0	70	0.87
197350--197420	29	2.4	29	86	9	99	29	2	1	66	1.15
197368--197446	30	2.6	31	84	7	92	34	2	1	62	1.17
197538--197684	51	2.6	55	81	16	146	39	4	0	55	1.21
197515--197640	30	4.0	30	74	16	103	45	4	0	50	1.23
197588--197689	51	2.0	49	92	3	168	38	4	0	56	1.21
197562--197684	28	4.5	28	74	14	98	36	5	0	57	1.22
197562--197715	80	1.9	80	79	10	172	38	5	0	55	1.24
197714--197781	31	2.3	30	85	12	95	48	0	2	48	1.16
198656--198760	45	2.3	46	85	4	133	34	15	17	33	1.91
198807--198844	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
201438--201489	20	2.6	20	93	0	95	17	23	28	30	1.97
201481--201577	44	2.2	44	83	10	119	28	19	24	26	1.99
201477--201558	23	3.6	23	74	11	80	29	20	25	24	1.99
207344--207448	45	2.3	46	88	1	149	32	16	20	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207495--207532	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
221338--221380	3	14.7	3	92	4	52	60	0	0	39	0.97
221698--221752	26	2.0	28	89	6	87	27	3	3	65	1.26
222522--222588	29	2.3	29	100	0	134	26	31	13	28	1.94
226491--226587	29	3.3	29	73	13	90	36	12	3	48	1.57
226491--226600	29	3.7	29	75	9	78	35	15	2	46	1.60
226496--226664	60	2.8	60	77	7	146	33	19	5	41	1.74
229566--229608	21	2.1	21	91	4	70	39	6	0	53	1.28
231140--231317	88	2.0	88	96	0	329	37	16	12	33	1.87
233211--233243	8	4.2	8	88	7	50	87	0	3	9	0.63

Tables:   1   2