genome.fa.s8131.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008131.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110686_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  310772

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 169 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1317--1460	7	20.0	7	70	17	64	4	22	0	73	1.00
1289--1503	32	7.0	30	69	22	112	5	22	0	72	1.05
1321--1392	9	8.1	9	78	15	62	2	22	0	75	0.94
1282--1503	14	15.3	14	70	21	61	4	22	0	72	1.04
1421--1500	17	4.8	16	73	22	67	7	21	0	71	1.10
1432--1495	21	3.2	19	82	10	67	6	21	0	71	1.07
1335--1459	49	2.6	48	77	11	137	4	23	0	72	1.01
1435--1503	33	2.1	33	86	10	97	7	20	0	72	1.08
8177--8774	134	4.5	134	84	2	711	32	19	18	29	1.96
9497--9530	9	3.8	9	100	0	68	0	20	0	79	0.73
9498--9537	18	2.2	18	90	0	62	2	20	0	77	0.88
10952--10990	21	1.9	20	84	5	51	35	23	12	28	1.91
17254--17305	20	2.6	20	96	0	95	36	13	23	26	1.92
20558--21188	54	11.8	54	85	4	798	34	22	16	26	1.95
21073--21158	27	3.2	27	65	28	74	33	20	16	29	1.95
44970--45056	35	2.6	34	90	5	140	29	10	20	39	1.86
45009--45160	67	2.2	67	84	5	198	35	13	21	29	1.91
45009--45507	65	7.2	68	69	17	207	39	12	20	27	1.89
45109--45790	36	19.4	36	77	10	646	40	12	20	26	1.88
45056--45440	210	1.8	212	88	4	591	39	13	20	26	1.90
45375--45436	21	3.2	21	68	25	64	41	11	20	25	1.86
45042--45800	174	4.4	173	79	9	801	39	12	20	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45144--45743	311	1.9	311	90	0	959	40	12	20	27	1.88
45491--45743	138	1.8	137	91	0	416	39	12	20	27	1.89
45488--45743	65	3.7	68	82	10	279	39	12	20	27	1.88
47034--47287	95	2.6	95	82	7	316	30	20	17	31	1.96
51038--51079	6	6.7	6	89	10	66	66	0	0	33	0.92
51038--51079	13	3.3	13	96	3	77	66	0	0	33	0.92
57662--57747	26	3.3	26	93	0	145	22	12	27	37	1.91
66735--66774	14	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
68098--68172	3	25.0	3	86	0	105	60	0	1	38	1.06
68074--68172	15	6.1	17	73	15	59	54	0	2	43	1.11
68426--68531	42	2.6	41	94	4	180	18	21	12	47	1.81
68582--69005	113	3.8	113	90	1	620	29	19	13	37	1.90
69751--70475	83	8.8	83	96	0	1330	37	22	13	27	1.91
71508--71587	1	80.0	1	72	0	61	0	13	0	86	0.58
71514--71586	9	8.7	9	81	13	93	0	13	0	86	0.58
71514--71590	18	4.5	17	84	10	104	0	14	0	85	0.59
71515--71586	35	2.2	32	82	12	83	0	13	0	86	0.58
82901--82940	14	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
84243--84325	3	28.0	3	88	2	105	59	0	1	39	1.05
87518--87700	74	2.5	75	82	3	226	50	14	5	28	1.65
91003--91254	45	5.6	45	88	1	351	31	19	9	39	1.84
91008--91254	91	2.7	90	87	2	361	31	19	9	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91003--91250	136	1.8	136	89	3	392	31	19	10	39	1.85
91685--91878	94	2.1	95	82	1	228	27	23	16	32	1.96
95968--96029	9	6.3	9	75	17	52	82	0	11	6	0.84
98085--98267	54	3.4	55	81	2	226	33	9	15	40	1.80
98089--98346	109	2.4	108	80	5	263	31	9	16	43	1.79
98407--98808	53	7.6	53	79	10	414	29	9	19	41	1.83
98576--98665	45	2.0	45	95	4	164	26	11	15	46	1.79
98519--98710	98	1.9	100	85	8	266	27	9	18	44	1.80
98355--98808	209	2.2	206	85	4	610	29	9	19	41	1.83
98621--98808	54	3.5	53	81	7	229	28	10	19	41	1.84
98875--98989	42	2.7	41	86	5	158	26	24	16	33	1.96
98891--98960	22	3.3	22	64	22	58	30	21	14	34	1.93
99885--99943	30	2.0	30	86	6	84	59	5	18	16	1.55
101276--101354	3	26.7	3	85	10	74	60	0	6	32	1.22
101647--101906	129	2.0	131	80	5	296	25	17	29	28	1.97
103349--103417	18	3.8	18	79	9	68	4	17	4	73	1.15
108158--108276	59	2.1	57	83	15	147	59	9	12	18	1.59
108192--108280	30	3.0	30	77	4	101	58	7	15	17	1.61
108192--108294	30	3.5	29	76	4	73	58	7	13	20	1.60
109829--110346	239	2.2	240	84	2	648	30	16	17	35	1.92
111608--111656	23	2.1	23	88	7	73	28	2	12	57	1.46
112152--112176	11	2.3	11	100	0	50	8	8	8	76	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124021--124068	18	2.5	19	76	10	53	50	4	12	33	1.59
125788--125838	20	2.5	20	87	0	66	43	19	17	19	1.89
125830--126727	197	4.6	197	83	5	1101	40	12	14	31	1.84
128820--128858	12	3.2	12	85	0	51	56	0	38	5	1.22
128813--128853	12	2.9	14	79	20	50	58	0	39	2	1.11
136994--137048	24	2.3	24	100	0	110	43	18	7	30	1.77
138331--139317	198	5.0	198	85	4	1256	38	12	13	35	1.83
138331--139316	397	2.5	395	86	5	1313	38	12	13	35	1.83
139820--139867	18	2.7	18	86	0	60	33	35	8	22	1.84
143662--143704	19	2.3	19	100	0	86	48	4	20	25	1.69
145540--145599	27	2.2	27	96	0	111	48	3	5	43	1.41
145540--145611	27	2.7	27	86	4	65	48	4	6	40	1.49
148322--148694	199	1.9	198	86	2	534	40	12	11	35	1.79
148618--148934	130	2.4	130	88	3	460	42	12	10	34	1.77
149882--150095	60	3.6	60	86	1	297	31	19	15	34	1.93
150938--150987	6	8.7	6	91	8	86	34	0	0	66	0.92
151212--151260	20	2.5	20	96	0	89	48	16	6	28	1.69
152006--152067	25	2.5	25	78	0	70	46	16	11	25	1.80
156298--156569	135	2.0	136	99	0	537	30	21	16	31	1.96
158686--158717	16	2.0	16	100	0	64	31	18	25	25	1.98
166200--166245	20	2.3	19	85	14	58	50	8	15	26	1.73
179492--179585	47	2.0	46	83	6	118	29	34	15	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179589--179928	47	7.2	47	72	5	204	34	27	16	22	1.95
179858--180028	47	3.6	47	77	0	144	33	28	15	22	1.95
180074--180364	63	4.7	63	77	9	271	42	19	11	26	1.86
180398--180599	67	3.0	68	80	7	230	37	22	10	29	1.88
180410--180612	34	6.0	33	77	5	165	37	23	10	28	1.88
193848--193890	13	3.3	13	80	9	52	46	0	0	53	1.00
205118--205480	178	2.0	180	96	3	667	38	13	18	28	1.89
212345--212369	13	1.9	13	100	0	50	32	12	0	56	1.36
213804--213858	20	2.8	20	97	0	101	23	27	21	27	1.99
213548--214115	277	2.1	276	88	1	825	30	17	18	33	1.94
214082--214136	22	2.6	21	77	5	58	25	20	21	32	1.97
214105--214183	41	1.9	41	84	2	104	21	21	20	36	1.95
213824--214736	257	3.7	257	77	10	876	31	16	16	34	1.92
214527--214932	195	2.1	189	85	4	555	30	17	18	33	1.95
214714--215639	258	3.6	260	84	3	1179	32	17	16	34	1.92
216358--216426	33	2.1	32	91	2	111	23	28	14	33	1.94
216837--216873	19	1.9	19	100	0	74	16	24	21	37	1.93
216894--216972	22	3.6	22	91	0	131	25	16	25	32	1.96
216894--216979	44	2.0	44	97	0	163	24	18	25	31	1.98
217190--217247	18	3.1	18	85	11	80	48	10	12	29	1.73
220355--220391	19	1.9	19	88	0	56	18	21	21	37	1.94
220412--220490	22	3.6	22	91	5	124	27	16	24	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221605--221794	29	6.6	29	77	11	158	47	8	4	38	1.55
221627--221796	58	2.9	58	79	3	182	49	8	4	37	1.53
221605--221797	87	2.2	87	81	5	221	48	8	4	38	1.54
221749--221814	29	2.3	29	84	7	82	43	12	1	42	1.51
221774--221843	28	2.5	28	79	9	79	42	15	0	41	1.47
222707--222782	24	3.2	24	86	3	82	44	19	13	22	1.85
222724--222839	24	4.8	24	89	4	171	39	18	16	25	1.91
224373--224430	27	2.1	27	83	0	71	29	13	12	44	1.80
225088--225134	15	3.3	15	85	5	62	21	21	38	19	1.94
225116--225161	18	2.6	18	96	0	83	8	19	52	19	1.72

Tables:   1   2