genome.fa.s8132.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008132.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110687_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  357788

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867--936	34	2.0	36	88	5	108	27	11	21	40	1.87
2797--2845	22	2.2	22	96	0	89	55	8	8	28	1.58
2951--3090	71	1.9	73	94	4	248	42	5	8	43	1.57
5538--5568	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
11318--11483	78	2.1	78	86	6	230	36	7	8	47	1.62
21535--21585	23	2.2	24	92	3	86	56	21	5	15	1.60
21872--21923	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
25629--25687	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
30315--30373	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
32395--32586	106	1.8	103	82	6	244	17	18	24	39	1.92
37072--37129	2	29.5	2	96	3	109	50	0	0	50	1.00
38566--38821	5	50.6	5	87	12	373	40	0	0	59	0.97
38566--38821	72	3.6	71	91	8	407	40	0	0	59	0.97
43424--43525	45	2.3	45	85	0	141	24	21	6	47	1.75
43424--43538	45	2.6	45	81	2	115	26	21	6	46	1.75
43559--43592	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
43627--43865	80	3.0	79	80	4	275	29	23	11	35	1.90
43821--44338	68	7.7	68	87	2	704	31	23	15	30	1.95
43821--44338	135	3.8	136	86	2	706	31	23	15	30	1.95
44715--44938	116	1.9	116	85	7	312	31	20	13	34	1.91
44713--44942	58	3.9	58	84	7	272	31	20	13	34	1.91
45945--45972	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46136--46187	24	2.2	24	89	0	77	36	15	0	48	1.45
46142--46196	24	2.3	24	96	0	101	32	14	0	52	1.42
48489--48590	45	2.3	45	82	3	134	25	19	5	49	1.71
48489--48603	45	2.6	45	81	2	133	26	20	5	46	1.72
48720--49195	68	7.0	67	84	1	538	30	22	15	31	1.95
48720--49195	136	3.5	135	85	1	621	30	22	15	31	1.95
49567--49803	59	4.0	59	87	2	318	32	19	13	35	1.90
53269--53307	20	2.0	20	89	0	60	33	23	10	33	1.88
62062--62109	21	2.3	21	92	0	78	27	14	27	31	1.95
62104--62156	23	2.3	23	90	0	79	20	22	26	30	1.98
63014--63068	24	2.2	26	78	15	62	69	5	9	16	1.34
72185--72801	335	1.8	335	95	0	1117	37	12	18	32	1.87
78626--78694	31	2.2	31	92	0	120	37	18	7	36	1.79
79914--79958	23	2.0	23	91	8	74	53	8	17	20	1.70
83726--84063	30	11.4	30	74	6	242	56	8	14	21	1.64
85990--86256	133	2.0	133	100	0	534	37	26	15	20	1.93
87112--87166	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
89452--89495	19	2.3	19	100	0	88	40	0	11	47	1.39
94071--94141	2	35.5	2	100	0	142	50	0	0	49	1.00
94298--94362	26	2.5	26	76	0	67	36	12	20	30	1.89
103506--103577	31	2.3	31	83	7	83	15	26	33	25	1.95
112322--112576	132	1.9	132	86	0	366	30	18	23	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112683--112724	4	10.2	4	80	14	50	69	0	0	30	0.89
112689--112738	26	2.0	25	84	11	66	68	2	0	30	1.01
122554--122603	20	2.5	20	83	6	66	40	2	12	46	1.52
132540--132615	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
138240--138277	20	1.9	20	89	10	60	28	5	13	52	1.61
140559--140596	20	1.9	20	89	10	60	28	5	13	52	1.61
142862--142900	19	2.0	21	90	10	64	28	5	15	51	1.64
147952--147989	20	1.9	20	89	10	60	28	5	7	57	1.49
153018--153055	20	1.9	20	89	10	60	28	5	13	52	1.61
155913--155998	28	2.8	32	72	13	99	15	24	29	31	1.95
161206--161241	18	2.0	18	89	10	56	27	5	5	61	1.41
169385--169417	7	4.6	7	96	3	57	72	0	0	27	0.85
170752--170811	31	1.9	31	93	0	102	23	21	23	31	1.98
172625--172780	31	5.0	31	94	1	269	18	19	23	39	1.93
175669--175824	31	5.0	31	95	1	269	19	19	22	38	1.93
177925--178079	64	2.4	64	82	4	179	33	19	18	29	1.95
178706--178830	31	4.0	31	93	2	207	17	18	24	40	1.91
180801--180893	35	2.9	31	76	16	107	36	21	20	21	1.95
180786--180915	66	2.0	66	87	3	190	35	21	23	20	1.96
180785--180894	31	3.4	31	75	14	114	36	20	22	20	1.95
180804--180906	31	3.2	30	74	15	98	36	23	19	20	1.95
180978--181002	12	2.1	12	100	0	50	52	16	16	16	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180978--181021	19	2.3	19	88	7	63	52	15	15	15	1.75
183047--183078	11	2.9	11	100	0	64	18	18	37	25	1.94
186676--186712	19	2.0	18	89	5	56	32	5	0	62	1.18
190513--190581	9	8.0	9	73	19	58	75	1	20	2	1.01
190546--190603	7	7.9	7	83	9	71	81	0	17	1	0.78
190544--190603	16	3.9	15	80	12	68	80	0	18	1	0.80
190519--190595	9	7.9	9	73	15	55	77	0	18	3	0.91
191235--191295	28	2.2	28	87	0	86	34	36	6	22	1.81
192495--192602	42	2.6	42	82	4	148	24	24	23	28	1.99
192681--192766	37	2.4	36	78	3	100	39	16	6	37	1.75
192762--192806	21	2.0	23	83	8	58	31	13	11	44	1.78
192795--192994	36	5.6	36	76	3	199	25	19	14	41	1.89
192873--192933	15	3.7	15	71	23	50	26	21	13	39	1.90
192777--192994	105	2.0	108	84	2	280	26	18	14	41	1.88
193611--193869	91	2.8	91	88	0	347	38	16	20	23	1.93
193778--194140	118	3.1	116	88	2	546	36	15	23	24	1.93
208130--208182	27	2.0	27	84	0	70	28	30	3	37	1.75
211958--211994	19	1.9	19	89	10	58	40	2	5	51	1.39
216590--216631	17	2.5	17	84	3	50	30	19	14	35	1.91
218529--218809	137	2.1	137	86	2	395	26	12	17	43	1.84
219006--219051	21	2.1	22	84	11	60	60	0	10	28	1.30
219897--219969	26	2.8	26	89	0	119	30	26	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227714--227759	18	2.6	18	85	0	65	23	10	17	47	1.79
244524--244817	135	2.3	128	81	8	321	30	15	22	31	1.94
245170--245630	254	1.8	256	85	5	657	34	16	13	35	1.89
245954--246055	42	2.5	41	77	3	114	35	22	17	24	1.95
245663--246241	255	2.2	259	80	3	641	33	16	15	34	1.90
245122--246175	542	1.9	542	83	4	1358	34	15	14	35	1.89
246017--246446	212	2.0	213	85	4	582	33	15	13	37	1.87
246031--246476	211	2.1	214	84	5	593	33	15	14	36	1.88
246493--246543	20	2.5	20	93	0	84	29	21	23	25	1.99
247240--247307	3	22.0	3	82	5	82	38	0	1	60	1.06
248560--248597	12	3.2	12	81	3	51	28	2	2	65	1.19
249541--249740	101	2.0	102	97	1	384	38	17	16	28	1.91
250026--250199	74	2.4	73	79	8	181	29	18	17	33	1.94
255535--255601	31	2.2	31	86	0	89	44	0	1	53	1.09
256590--256698	53	2.0	54	98	1	211	27	21	22	28	1.99
263824--263997	74	2.4	72	79	7	179	34	16	18	29	1.94
264512--264679	82	2.0	82	95	4	304	25	19	11	44	1.83
264929--265034	54	2.0	52	88	3	158	41	16	20	20	1.90
265395--265449	22	2.5	22	87	0	83	34	14	14	36	1.87
266115--267611	65	20.9	66	82	11	1181	22	21	21	35	1.96
266440--267661	77	16.4	76	89	6	1839	22	21	21	34	1.97
266116--267661	220	7.1	220	89	6	1952	22	21	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267305--267661	76	4.6	76	92	2	545	23	20	21	34	1.97
266116--267661	297	5.4	297	85	9	1702	22	21	21	35	1.96
267793--267853	3	20.0	3	81	9	70	39	0	0	60	0.97
269232--269277	22	2.1	22	83	0	56	50	0	2	47	1.13
269235--269299	30	2.1	32	82	5	80	44	0	1	53	1.09
269378--269411	17	2.0	17	88	11	52	41	5	8	44	1.60
283069--283108	20	1.9	22	90	10	66	37	35	10	17	1.83
283288--283358	34	2.1	33	84	7	90	33	15	28	22	1.95
284184--284228	19	2.3	20	84	3	56	48	6	13	31	1.68
285341--285385	21	2.1	21	83	0	54	24	8	15	51	1.72

Tables:   1   2