genome.fa.s8137.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008137.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110692_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  382795

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2782--2864	19	4.6	19	82	14	113	18	34	30	16	1.93
2806--2872	14	4.4	14	77	17	71	19	35	29	14	1.92
2788--2872	33	2.6	33	92	0	143	20	35	29	15	1.93
4916--4991	31	2.4	31	80	2	89	26	31	27	14	1.95
4869--4991	63	2.0	63	82	6	151	25	29	28	17	1.97
7854--7936	19	4.6	19	82	14	113	18	34	30	16	1.93
7878--7944	14	4.4	14	77	17	71	19	35	29	14	1.92
7860--7944	33	2.6	33	92	0	143	20	35	29	15	1.93
16966--16995	15	2.0	15	100	0	60	60	0	20	20	1.37
38199--38240	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
39116--39292	59	3.0	60	84	5	232	34	16	19	28	1.94
39092--39285	59	3.3	59	83	5	225	32	18	17	31	1.94
40492--40539	20	2.4	19	86	13	62	35	12	29	22	1.91
41048--41268	45	5.4	44	73	22	230	34	10	26	27	1.90
41093--41236	34	3.9	34	76	18	144	35	9	26	28	1.88
41038--41359	79	4.1	79	93	0	511	38	10	24	26	1.88
46230--46306	23	3.5	21	73	22	68	40	16	5	37	1.71
46245--46307	23	2.7	23	92	0	99	38	17	4	39	1.71
46724--46796	23	3.2	23	90	0	119	39	21	4	34	1.73
45836--49131	489	6.8	489	91	3	5447	41	10	7	40	1.67
47214--47263	23	2.2	23	89	7	75	40	20	6	34	1.77
47676--47748	23	3.3	21	73	19	58	38	20	5	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47690--47753	23	2.8	23	95	0	110	35	23	4	35	1.76
48170--48219	23	2.2	23	92	0	82	42	22	2	34	1.65
48635--48707	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
45836--49131	957	3.4	955	94	1	5641	41	10	7	40	1.67
51946--52032	44	2.0	44	93	0	147	31	26	19	22	1.98
51952--52031	21	3.7	21	68	15	65	32	27	18	21	1.97
56894--56946	24	2.2	24	100	0	106	16	20	39	22	1.92
58772--58859	23	3.9	23	73	14	85	29	23	22	23	1.99
61604--61683	24	3.4	24	73	18	78	76	1	18	3	1.01
64652--64693	14	2.9	14	82	3	57	2	21	4	71	1.16
68036--68071	3	11.7	3	88	5	54	63	2	0	33	1.08
68045--68091	16	2.8	16	87	6	58	57	4	2	36	1.30
68112--68437	71	4.5	71	76	18	277	44	7	3	45	1.48
68182--68443	40	7.0	40	76	15	176	43	7	2	45	1.46
68412--68439	13	2.2	13	100	0	56	46	7	0	46	1.30
69611--69717	41	2.6	41	81	0	124	34	15	16	32	1.91
78682--78731	25	2.0	26	84	11	68	34	0	4	62	1.14
81132--81215	31	2.7	31	96	0	150	30	16	8	44	1.77
83018--83136	60	2.0	60	83	3	150	37	4	24	33	1.75
86317--86370	27	2.0	27	96	0	99	24	5	25	44	1.75
93298--93371	27	2.8	27	89	2	114	21	5	25	47	1.72
93526--93558	10	3.3	10	95	0	57	36	18	6	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93522--93564	10	4.5	10	88	5	54	44	16	4	34	1.68
95078--95103	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
98555--98629	35	2.1	35	85	4	98	33	9	9	48	1.68
103747--103842	46	2.1	46	92	0	156	32	20	17	29	1.96
104661--104710	24	2.1	24	85	7	66	20	4	16	60	1.52
111228--111253	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
111557--111597	20	2.1	20	86	4	57	14	17	0	68	1.22
114891--114940	24	2.1	24	85	7	66	22	2	16	60	1.46
116823--116867	14	3.2	14	80	0	54	15	28	11	44	1.81
119787--119833	19	2.5	19	85	0	76	82	0	12	4	0.80
119793--119828	9	3.9	9	92	7	63	88	0	11	0	0.50
121653--121729	36	2.1	37	85	4	102	46	1	3	48	1.28
121875--121912	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
122943--123016	32	2.3	32	95	0	130	27	17	39	16	1.91
124739--125080	57	6.0	57	87	3	503	33	21	11	33	1.89
130990--131051	31	2.0	31	93	0	106	32	22	9	35	1.87
131021--131158	57	2.4	57	90	0	222	34	21	10	34	1.87
134051--134127	31	2.5	31	100	0	154	41	11	16	29	1.84
135291--135315	12	2.1	12	100	0	50	32	16	0	52	1.44
136508--136537	13	2.4	12	89	10	51	73	0	26	0	0.84
138749--138812	31	2.1	31	85	5	85	18	17	29	34	1.94
140691--140739	24	2.0	24	100	0	98	28	16	42	12	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143069--143108	18	2.2	18	100	0	80	32	0	22	45	1.53
147248--147335	24	3.7	23	77	6	86	23	12	14	48	1.78
147234--147338	48	2.2	49	81	8	126	21	15	14	48	1.80
147272--147344	24	3.0	24	81	0	83	21	10	15	52	1.73
147910--147962	26	2.0	27	82	10	65	28	7	11	52	1.64
151963--152035	24	3.0	24	83	0	92	21	9	17	50	1.74
151925--152033	48	2.3	49	82	9	127	22	12	16	48	1.80
152191--152247	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
159337--159393	3	18.7	3	89	10	89	66	1	1	29	1.12
159324--159393	24	2.8	25	85	10	65	67	4	1	27	1.18
161649--161703	2	27.5	2	92	7	94	47	1	0	50	1.11
161814--161853	19	2.1	19	86	9	55	12	12	2	72	1.22
162480--162506	14	1.9	14	100	0	54	37	14	11	37	1.82
163982--164063	39	2.1	39	84	10	107	32	6	13	47	1.67
169431--169504	23	3.2	22	81	11	76	31	17	18	32	1.95
169451--169508	24	2.5	24	88	2	82	31	20	17	31	1.96
173311--173430	40	3.0	40	97	0	222	24	17	25	32	1.97
173533--173673	45	3.1	46	85	6	180	41	6	24	28	1.79
176415--176497	22	3.6	23	87	8	107	83	0	13	3	0.78
176410--176540	22	5.9	22	75	15	101	80	0	12	5	0.91
176408--176565	51	3.1	48	77	11	145	79	0	14	5	0.95
176415--176551	24	5.6	22	74	20	105	81	0	13	5	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176415--176548	5	23.7	6	75	17	94	80	0	14	5	0.87
176405--176501	1	97.0	1	68	0	59	84	1	11	3	0.78
176438--176554	16	7.1	16	74	13	71	79	0	14	5	0.91
180372--180475	40	2.6	40	95	0	190	22	18	26	32	1.97
180522--180662	45	3.1	46	84	4	187	41	6	21	29	1.78
186688--186751	26	2.5	26	92	0	101	21	17	40	20	1.91
186912--186954	18	2.4	18	96	0	77	11	18	41	27	1.85
186967--187045	24	3.2	24	87	1	104	18	18	24	37	1.94
186989--187065	24	3.2	24	87	5	84	18	12	28	40	1.87
187508--187646	42	3.2	42	66	20	113	25	23	20	30	1.98
187480--190184	89	30.6	89	80	3	2324	30	20	18	30	1.96
190195--192194	89	22.5	89	81	1	1817	30	19	18	31	1.96
190044--190325	141	2.0	141	84	4	363	32	21	19	26	1.97
189967--190406	230	1.9	230	80	2	517	31	21	19	28	1.97
202253--202282	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
204037--204098	24	2.5	24	82	7	72	19	12	24	43	1.86
209352--209395	21	2.1	21	83	8	54	25	20	15	38	1.92
221628--221681	24	2.3	23	87	3	72	25	0	1	72	0.95
221877--221961	31	2.9	29	65	6	71	31	16	20	31	1.94
226750--226791	18	2.4	18	88	4	59	42	4	16	35	1.69
233306--233349	16	2.8	16	82	0	52	18	13	20	47	1.82
242374--242408	15	2.3	15	95	0	61	22	45	5	25	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244274--244532	128	2.0	129	83	3	326	33	14	20	31	1.92
244557--244617	13	4.7	13	79	6	70	13	21	49	16	1.79
244557--244626	26	2.6	26	81	4	86	12	21	48	17	1.80
245795--245920	60	2.1	60	83	5	157	29	15	18	36	1.92
246125--246261	60	2.3	60	83	7	172	31	18	19	29	1.96
246429--246475	21	2.3	21	85	10	62	53	2	0	44	1.12
246430--246496	20	3.3	20	82	15	68	53	1	1	43	1.19
246429--246492	19	3.2	20	79	16	55	51	1	1	45	1.20
248865--248892	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
250512--250563	3	18.7	3	82	11	58	71	0	1	26	0.97

Tables:   1   2