genome.fa.s8140.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008140.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110698_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  511555

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1647--1698	19	2.7	18	80	11	52	26	9	0	63	1.25
2612--3337	370	2.0	370	89	0	1112	30	13	22	33	1.93
6609--6641	16	2.1	16	88	11	50	57	6	9	27	1.53
7153--7226	21	3.4	21	68	14	60	27	20	22	29	1.98
7110--7226	44	2.7	44	88	4	166	28	20	23	28	1.99
19064--19146	21	4.0	21	91	0	130	31	31	16	20	1.95
19136--19177	21	2.0	21	95	0	75	23	26	23	26	2.00
19776--19850	24	3.2	24	76	14	84	30	22	25	21	1.99
19783--19864	23	3.5	23	79	12	96	29	26	26	17	1.97
20106--20168	30	2.1	30	93	0	108	34	22	4	38	1.75
21389--21815	138	3.1	138	83	2	527	29	12	13	43	1.82
23570--23631	22	2.8	22	87	4	81	51	8	24	16	1.71
23589--23658	22	3.1	22	85	4	77	50	11	27	11	1.73
24081--24449	4	93.2	4	81	11	399	30	0	21	47	1.54
24389--24449	23	2.7	23	82	7	70	32	1	22	42	1.64
24775--25413	287	2.2	285	81	9	712	32	14	6	46	1.70
25947--25998	25	2.1	25	96	0	95	34	7	26	30	1.85
27650--27680	13	2.4	13	100	0	62	58	25	6	9	1.54
27881--27928	2	25.0	2	80	16	57	47	0	4	47	1.21
27882--27929	14	3.0	16	80	19	64	47	0	6	45	1.27
32014--32040	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
32040--32138	2	49.5	2	100	0	198	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34270--34371	36	2.8	36	93	0	168	31	9	28	30	1.89
38727--38804	21	3.7	21	87	0	120	33	29	19	17	1.95
40381--40410	15	2.1	14	93	6	51	0	33	0	66	0.92
42754--42807	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
42868--42900	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
43094--43140	21	2.2	21	100	0	94	38	8	0	53	1.32
44039--44198	63	2.5	63	80	6	180	25	24	17	33	1.96
47580--47646	21	3.0	23	80	8	93	31	26	23	17	1.97
47922--47961	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
58837--58882	23	2.0	23	100	0	92	26	21	17	34	1.95
59372--59431	23	2.8	22	80	7	70	20	35	25	20	1.96
63135--63352	110	2.0	110	81	7	255	48	21	13	16	1.80
64372--64404	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
67723--67948	114	2.0	115	87	0	328	28	19	13	37	1.90
68565--68684	59	2.0	59	93	0	204	32	23	7	36	1.83
73470--73533	24	2.7	24	75	0	56	51	14	9	25	1.71
74222--74296	29	2.6	29	79	14	82	42	22	5	29	1.75
74325--74354	13	2.3	13	94	0	51	16	23	43	16	1.87
74333--74393	17	3.5	17	90	2	95	13	22	45	18	1.83
74397--74440	10	4.6	10	80	8	56	34	27	22	15	1.95
74397--74441	19	2.4	19	88	0	72	33	26	22	17	1.96
81064--81383	160	2.0	160	98	1	624	30	16	6	46	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87223--87364	43	3.4	43	72	16	134	22	18	33	25	1.96
87216--87401	83	2.2	83	88	1	266	22	18	34	25	1.96
87457--87692	66	3.6	65	80	5	242	38	12	19	28	1.89
87667--87738	36	2.0	36	81	8	83	36	11	18	34	1.86
93587--93657	23	3.2	23	71	15	76	28	22	19	29	1.98
93565--93665	44	2.5	42	88	9	147	31	21	17	28	1.96
95978--96012	12	2.6	14	82	17	56	42	8	5	42	1.59
95978--96012	13	2.7	13	86	13	54	42	8	5	42	1.59
96357--96509	65	2.4	65	81	7	170	30	22	16	30	1.96
98255--98334	33	2.6	31	75	18	87	0	15	6	78	0.93
98270--98334	22	3.0	22	77	6	71	0	12	6	81	0.86
103716--103753	11	3.5	11	78	7	51	13	44	26	15	1.83
103941--104063	59	2.1	59	96	0	228	31	23	8	36	1.84
104546--104764	113	1.9	112	88	0	330	37	13	19	29	1.90
104918--104985	31	2.3	30	89	5	102	29	35	11	23	1.90
104927--104988	31	2.0	31	96	3	117	29	33	12	24	1.92
105269--105305	16	2.3	16	90	0	56	40	18	13	27	1.88
109997--110066	30	2.3	30	97	0	131	35	31	20	12	1.90
111232--111497	38	7.1	37	86	8	121	42	3	9	44	1.52
111262--111636	74	5.1	72	88	6	495	44	4	9	42	1.54
111262--111614	38	9.6	36	89	5	487	44	3	8	43	1.52
111262--111636	73	5.1	73	86	7	393	44	4	9	42	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111683--111715	16	2.1	15	94	5	57	6	3	0	90	0.52
112538--112574	17	2.2	17	90	4	58	5	0	32	62	1.18
112982--113018	20	1.9	20	94	5	67	16	5	0	78	0.93
113032--113095	36	1.9	36	81	15	84	17	7	0	75	1.04
119032--119617	85	6.9	85	83	3	687	33	20	19	26	1.96
119052--119617	171	3.3	171	90	2	809	33	20	18	26	1.96
120058--120442	36	10.4	36	85	9	476	46	3	8	41	1.51
120058--120442	73	5.2	72	84	10	476	46	3	8	41	1.51
120063--120425	111	3.3	109	85	10	486	47	3	7	40	1.50
120050--120489	36	11.8	37	79	11	204	45	4	8	41	1.54
120481--120534	4	14.8	4	76	18	55	22	1	0	75	0.89
120481--120540	22	2.9	21	80	11	70	21	1	0	76	0.87
120481--120534	7	7.4	8	80	14	55	22	1	0	75	0.89
122293--122333	13	3.1	13	92	3	64	19	2	0	78	0.87
122297--122338	13	3.1	13	89	6	57	19	2	0	78	0.86
122292--122353	16	3.7	17	85	8	83	20	3	0	75	0.94
122292--122353	13	4.3	15	81	12	51	20	3	0	75	0.94
127032--127087	7	7.9	7	73	11	51	80	1	16	1	0.88
127034--127110	22	3.5	23	74	13	72	76	3	16	2	1.05
127034--127120	22	4.0	22	73	10	70	75	3	17	3	1.07
133815--133996	54	3.3	55	84	4	244	35	20	18	26	1.95
138927--138966	21	1.9	21	100	0	80	25	20	30	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139334--139404	34	2.1	33	86	2	97	35	12	25	26	1.92
142728--142931	21	9.6	21	80	4	151	38	24	13	24	1.91
142700--142931	21	10.9	22	76	7	142	36	24	13	25	1.92
142743--142870	65	2.0	65	84	3	168	39	25	10	25	1.88
142697--142912	107	2.0	108	82	0	263	37	23	12	26	1.91
149359--149504	21	7.0	21	73	14	113	36	23	11	28	1.90
149371--149520	42	3.6	42	74	14	123	37	22	12	28	1.90
149359--149504	63	2.3	63	81	6	163	36	23	11	28	1.90
153935--154033	44	2.2	44	92	0	162	20	13	19	47	1.82
157654--157683	15	2.0	15	100	0	60	26	40	6	26	1.81
164315--164358	17	2.8	15	80	12	61	36	4	4	54	1.41
165165--165352	93	2.0	95	94	2	335	30	22	7	38	1.83
169148--169259	59	1.9	59	83	1	145	34	14	13	37	1.85
170232--170457	123	1.8	123	88	0	344	29	22	16	31	1.96
170167--170425	40	6.4	40	76	3	194	31	22	15	30	1.95
173412--173522	53	2.1	54	87	1	161	45	19	14	20	1.85
173465--173726	43	6.1	43	89	0	382	41	20	17	20	1.91
173465--173722	128	2.0	128	91	0	417	41	20	17	20	1.91
177180--177370	96	2.0	96	86	0	265	43	18	10	26	1.84
178641--178699	23	2.6	23	94	0	100	33	22	25	18	1.96
178748--178785	20	1.9	20	100	0	76	28	5	18	47	1.70
181077--181146	34	2.1	34	86	5	99	22	31	14	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181431--181470	21	1.9	21	94	0	71	27	30	17	25	1.97
181582--181655	19	4.1	19	75	21	86	16	29	33	20	1.94
183076--183123	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
183983--184052	34	2.1	32	89	5	104	21	31	15	31	1.95
184335--184376	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
184488--184564	21	4.0	21	66	20	60	16	28	35	19	1.94
189133--189189	24	2.4	24	96	0	105	22	7	17	52	1.68
190674--190731	22	2.6	22	81	13	73	25	20	27	25	1.99
192194--192249	27	2.1	27	90	3	87	19	16	19	44	1.87
192507--193811	436	3.0	436	98	0	2553	39	18	15	27	1.91

Tables:   1   2   3