genome.fa.s8141.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008141.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110699_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  154440

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7555--7593	20	1.9	21	85	15	55	48	0	17	33	1.48
8407--8534	61	2.1	61	79	2	141	47	11	10	30	1.73
10156--10188	12	2.8	12	86	13	50	15	0	36	48	1.45
10716--10785	36	1.9	36	82	5	88	44	10	15	30	1.79
10780--10836	24	2.4	24	96	0	105	47	19	7	26	1.74
10918--10984	33	2.1	31	83	10	82	37	17	16	28	1.92
10909--11125	108	2.0	107	97	0	407	40	15	16	27	1.88
16307--16367	20	3.4	19	72	25	60	0	9	11	78	0.96
16321--16358	14	2.6	14	95	4	67	0	10	7	81	0.87
16320--16358	15	2.6	15	88	12	62	0	10	7	82	0.86
16307--16374	34	2.1	32	88	5	100	0	8	10	80	0.89
16714--16752	15	2.5	15	87	4	51	69	2	10	17	1.28
21902--21940	17	2.3	17	95	0	69	43	30	10	15	1.80
26270--26325	27	2.2	26	90	6	87	35	12	7	44	1.70
27099--27166	31	2.2	31	84	2	84	38	16	7	38	1.76
31169--31404	123	2.0	116	94	5	409	36	17	8	37	1.82
31379--31429	26	2.0	25	96	3	93	29	19	11	39	1.87
31720--31787	31	2.2	31	84	2	84	38	19	8	33	1.82
35159--35183	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
54827--54873	3	16.0	3	91	4	78	63	0	2	34	1.06
59030--59119	23	3.9	23	86	2	119	23	20	27	28	1.99
65674--65802	23	5.7	23	84	1	154	23	21	24	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66158--66189	7	4.6	7	100	0	64	37	0	15	46	1.46
67117--67188	17	4.2	17	76	3	63	40	9	12	37	1.76
67880--67992	44	2.6	43	77	5	118	26	20	20	32	1.97
68706--68835	62	2.1	62	85	0	170	47	14	8	29	1.74
68781--68826	20	2.3	20	82	14	60	45	13	6	34	1.69
70814--71157	171	2.0	172	99	0	681	22	12	6	58	1.57
71874--71976	54	1.9	54	100	0	206	35	19	16	28	1.93
77656--78071	138	3.1	137	88	2	615	42	18	13	25	1.87
81315--81349	17	2.1	17	100	0	70	34	17	5	42	1.73
82554--82973	137	3.1	137	93	1	682	40	17	15	26	1.90
83944--84069	62	2.0	62	80	8	141	42	13	5	38	1.68
87420--87483	31	2.1	31	96	0	119	51	6	6	35	1.52
87427--87531	54	1.9	53	83	7	131	52	5	5	36	1.49
87485--87869	199	1.9	197	85	2	520	47	9	4	37	1.57
87740--87896	32	4.9	32	76	5	95	50	9	4	35	1.55
91081--91169	38	2.3	35	77	19	88	37	25	15	21	1.93
91254--91300	21	2.2	21	88	7	69	29	17	14	38	1.89
91197--91325	61	2.2	60	82	2	152	28	18	10	41	1.84
91202--91332	20	6.5	20	67	19	76	29	19	11	39	1.86
91423--91492	22	3.2	22	89	0	104	21	48	8	21	1.76
92128--92155	12	2.3	12	100	0	56	53	32	0	14	1.41
92288--92334	24	2.0	24	91	0	76	21	19	21	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94699--94733	18	1.9	18	88	0	52	51	25	2	20	1.61
95304--95362	20	3.0	20	89	0	100	22	16	44	16	1.87
95439--95652	60	3.5	60	82	1	239	35	13	22	28	1.92
95439--95711	20	13.6	20	72	3	145	33	13	23	29	1.93
95843--96078	58	4.0	59	91	4	404	34	12	16	37	1.86
99682--99711	15	2.0	15	100	0	60	60	13	6	20	1.55
100028--100095	37	1.9	35	82	8	84	41	0	7	51	1.30
103131--103167	13	2.8	13	91	0	56	40	10	18	29	1.85
104309--104489	60	3.0	60	81	8	217	32	23	4	39	1.76
104696--104791	29	3.2	29	72	16	97	43	4	15	36	1.66
104630--104791	60	2.7	60	83	5	195	42	4	18	33	1.72
113038--113099	16	3.9	16	89	0	88	25	6	0	67	1.14
113058--113109	26	2.0	26	84	3	68	23	7	0	69	1.14
113038--113134	5	18.6	5	72	8	77	23	6	1	69	1.18
113038--113134	16	6.2	15	82	5	86	23	6	1	69	1.18
117120--117153	17	2.0	17	100	0	68	17	35	23	23	1.95
117162--117228	29	2.3	29	86	0	89	23	10	25	40	1.86
117191--117311	29	4.3	29	75	14	112	31	4	22	41	1.75
124398--124548	29	5.4	28	78	7	135	27	5	23	43	1.77
124427--124548	55	2.2	57	86	7	178	29	5	22	41	1.77
127976--128019	21	2.1	21	100	0	88	31	13	9	45	1.75
132028--132064	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134299--134366	30	2.3	30	97	0	127	33	19	23	23	1.97
135577--135613	13	2.8	13	91	0	65	18	45	24	10	1.81
135576--135634	18	3.6	18	78	21	83	18	49	22	10	1.77
135730--135821	29	3.2	28	86	6	112	30	6	21	41	1.78
136677--137006	42	7.8	42	90	5	481	17	25	25	31	1.97
136677--137006	84	3.9	84	93	2	531	17	25	25	31	1.97
142731--142894	29	5.6	29	75	1	112	26	6	23	43	1.78
142731--142907	88	2.0	87	87	1	255	28	6	23	41	1.78
142760--142916	29	5.3	29	75	6	129	30	5	22	41	1.77
143764--144094	42	7.8	41	88	6	459	18	25	24	32	1.97
143764--144094	84	3.9	84	92	3	506	18	25	24	32	1.97
145004--145085	11	7.2	11	71	13	58	48	4	1	45	1.31
144995--145063	31	2.2	31	82	5	86	47	5	0	46	1.26
145025--145068	18	2.3	19	84	11	63	45	6	0	47	1.29
145098--145140	14	3.0	14	86	6	59	44	6	6	41	1.58
145191--145233	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
145531--145580	2	26.0	2	92	8	86	48	0	0	52	1.00
145629--145679	21	2.4	21	80	0	66	41	33	1	23	1.66
145858--145891	17	2.0	17	88	0	50	50	8	2	38	1.49
145869--145904	13	2.8	13	95	0	63	50	8	0	41	1.33
146150--146179	15	1.9	16	93	6	53	26	13	23	36	1.92

Tables:   1

The End!