genome.fa.s8157.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008157.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110724_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  217995

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7347--7413	33	2.0	33	100	0	134	46	17	2	32	1.64
7606--7658	3	17.7	3	96	0	97	66	1	0	32	1.03
8093--8189	21	4.6	21	75	0	77	32	17	11	38	1.85
16136--16165	13	2.3	13	94	0	51	43	13	20	23	1.86
19525--19559	16	2.1	18	89	10	56	65	0	8	25	1.21
20749--21580	105	8.0	105	92	2	1298	22	17	25	33	1.96
22224--22379	68	2.3	67	83	5	192	37	9	21	32	1.86
22356--22637	36	8.0	35	76	12	256	40	13	19	26	1.89
22304--22618	138	2.3	138	83	2	400	40	13	19	27	1.88
22392--22581	103	1.8	104	87	2	285	40	13	18	27	1.88
22355--22636	72	4.0	71	75	9	292	40	13	19	26	1.89
22502--22671	36	4.8	36	85	5	166	40	15	21	22	1.90
22659--22774	36	3.2	36	71	3	110	43	14	16	25	1.86
23567--23615	22	2.2	22	92	0	80	28	14	24	32	1.94
23579--23622	22	2.0	22	86	0	61	31	13	22	31	1.93
24251--24344	16	6.0	15	71	15	57	1	13	8	76	1.06
27068--27103	18	2.1	18	89	5	56	66	0	8	25	1.19
27644--27766	37	3.4	37	85	3	108	32	13	12	42	1.81
27678--27778	34	2.9	34	91	4	157	28	13	12	44	1.81
27948--28063	40	2.9	40	82	5	128	29	17	18	35	1.93
30012--30072	28	2.2	28	100	0	122	26	14	34	24	1.94
30204--30416	40	5.2	41	82	5	146	37	15	18	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30243--30545	83	3.7	82	79	4	272	35	17	18	29	1.93
30204--30545	41	8.3	41	78	4	287	35	16	18	29	1.92
30242--30543	124	2.5	123	83	3	322	35	17	18	29	1.93
33581--33725	64	2.3	63	78	8	141	33	19	20	26	1.96
34136--34169	9	3.7	9	88	7	50	29	0	14	55	1.40
34133--34182	19	2.7	19	87	3	66	30	0	16	54	1.42
34547--34576	6	5.2	6	92	8	53	20	16	63	0	1.31
35842--35901	23	2.6	23	81	0	66	18	23	26	31	1.97
36269--36293	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
38434--38466	15	2.3	15	90	10	52	72	0	9	18	1.10
42013--42038	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
42272--42320	15	3.3	15	91	0	80	18	61	14	6	1.53
43919--43980	31	2.0	31	100	0	124	38	16	3	41	1.64
53335--53421	5	17.8	5	69	19	51	17	5	1	75	1.05
53322--53412	25	3.6	24	72	16	69	16	6	1	75	1.06
53334--53421	20	4.2	21	76	16	67	17	5	1	76	1.04
56114--56157	22	2.0	22	95	0	79	43	9	29	18	1.80
56932--56970	20	2.0	19	95	5	69	15	12	5	66	1.41
61886--61973	31	2.8	31	89	0	131	31	18	15	34	1.92
61855--61990	31	4.4	31	83	2	123	32	20	18	28	1.96
78763--78789	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
78810--78902	20	4.6	19	75	13	62	16	8	0	75	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78806--78917	57	2.0	56	81	11	131	14	10	0	74	1.13
78813--78902	10	9.8	10	73	20	54	16	8	0	74	1.06
79732--79802	27	2.7	26	76	8	81	35	2	11	50	1.53
81043--81069	13	2.1	13	100	0	54	29	0	29	40	1.57
83973--84001	14	2.1	14	100	0	58	37	0	13	48	1.43
85580--85902	173	1.9	172	85	4	445	34	8	8	48	1.63
88885--88911	8	3.4	8	100	0	54	37	0	11	51	1.37
88953--89027	17	4.5	16	75	18	73	17	4	2	76	1.06
88965--89031	5	14.4	5	73	17	56	17	2	2	76	1.05
88953--89031	9	8.8	9	72	24	60	17	3	2	75	1.06
88965--89036	27	2.6	27	84	8	92	16	4	2	76	1.06
88985--89045	32	1.9	32	86	6	88	16	4	4	73	1.18
89043--89078	18	2.1	17	89	5	54	22	8	0	69	1.15
88953--89114	17	9.3	18	68	20	62	17	6	3	73	1.17
91421--91461	16	2.6	16	84	3	57	34	4	0	60	1.18
91445--91527	27	2.9	28	75	21	75	19	4	3	72	1.18
94916--94990	36	2.1	36	92	5	125	16	14	8	61	1.55
95839--96015	75	2.4	76	88	1	259	18	23	35	23	1.96
102487--102526	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
104471--104594	54	2.3	54	87	5	178	20	23	32	23	1.98
105150--105343	99	2.0	98	85	3	264	35	13	18	32	1.90
107034--107527	174	2.8	176	82	4	525	33	18	19	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110724--110813	5	17.0	5	76	17	67	16	7	1	74	1.11
110789--110848	7	8.6	7	73	14	52	18	5	0	76	0.96
110789--110848	12	4.3	14	70	16	52	18	5	0	76	0.96
110784--110826	19	2.3	19	87	0	59	13	4	2	79	1.00
110888--110928	16	2.6	16	84	3	57	34	4	0	60	1.18
111065--111093	12	2.3	13	94	5	51	31	0	0	68	0.89
112091--112194	29	3.7	29	80	13	112	49	14	0	35	1.50
112867--112907	16	2.6	16	88	3	57	39	9	19	31	1.84
114206--114260	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
117509--117566	29	2.0	30	82	3	73	48	3	17	31	1.64
145950--145975	11	2.4	11	100	0	52	65	7	7	19	1.43
148944--148978	17	2.1	16	89	5	52	54	0	2	42	1.15
148968--149044	17	4.4	17	70	12	57	44	5	2	48	1.39
149021--149176	13	11.5	13	68	19	54	46	6	6	40	1.55
148970--149058	15	5.4	15	72	15	52	46	5	3	44	1.43
149046--149093	13	3.5	14	80	11	55	47	14	6	31	1.69
149141--149176	15	2.4	15	95	0	63	50	5	2	41	1.40
149018--149242	81	2.8	80	83	6	260	47	4	6	41	1.50
149210--149309	45	2.2	45	87	5	150	45	5	8	42	1.55
149365--149439	7	10.7	7	73	0	51	45	30	1	22	1.61
149365--149439	21	3.6	21	77	0	69	45	30	1	22	1.61
149360--149438	28	2.9	28	75	1	79	46	29	1	22	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149614--149653	7	5.7	7	81	0	53	42	35	2	20	1.65
149593--149657	21	3.1	21	78	8	60	43	27	1	27	1.64
149687--149717	16	1.9	16	100	0	62	48	0	6	45	1.28
149797--149909	57	2.0	55	83	6	138	42	7	6	43	1.59
149904--149994	21	4.3	20	71	16	67	38	6	7	47	1.58
149919--150021	22	4.8	21	76	11	75	35	5	9	48	1.60
150057--150116	14	4.2	14	73	12	50	41	6	3	48	1.46
150062--150215	29	4.9	29	73	17	112	43	4	3	48	1.39
150193--150236	21	2.2	20	88	12	63	50	0	4	45	1.22
150876--150961	25	3.4	25	90	3	102	47	17	9	25	1.77
150888--150963	13	5.9	14	69	18	67	48	15	9	26	1.75
151524--151563	11	3.5	11	83	6	53	40	7	5	47	1.54
152415--152514	48	2.1	48	96	0	182	18	25	22	35	1.96
153558--153631	36	2.1	35	82	7	87	35	20	4	40	1.71
154824--154876	24	2.2	24	100	0	106	32	32	0	35	1.58
158624--158665	19	2.3	20	84	15	56	64	2	11	21	1.38
159252--159300	12	3.9	13	75	20	50	69	4	6	20	1.27
159253--159309	24	2.4	24	83	11	73	71	3	7	17	1.22
161287--161336	24	2.1	24	100	0	100	26	38	8	28	1.84
163897--163936	20	2.0	21	85	5	55	55	0	0	45	0.99
165424--165643	101	2.2	101	82	2	262	28	25	19	26	1.99
166409--166443	3	11.7	3	100	0	70	0	34	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167644--167725	16	5.7	15	75	22	79	32	9	21	35	1.87
167644--167728	12	6.1	14	74	20	72	32	9	22	35	1.86
167636--167730	43	2.2	43	96	1	174	33	8	23	34	1.85
167801--167897	46	2.1	46	94	0	167	16	25	24	32	1.96
167801--167902	23	4.4	23	87	0	132	15	24	26	33	1.95
168034--168064	15	2.1	15	93	0	53	45	0	22	32	1.53
176258--176319	23	2.9	21	85	7	81	20	35	25	17	1.95
176301--176340	21	1.9	21	85	10	55	25	42	22	10	1.84
179805--179829	9	2.8	9	100	0	50	76	0	0	24	0.80
179781--179835	23	2.4	24	75	9	60	67	3	0	29	1.08

Tables:   1   2