genome.fa.s8158.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008158.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110725_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  344415

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9758--9783	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
10583--11251	105	6.5	103	90	3	944	34	24	18	22	1.96
12377--12418	20	2.1	20	90	0	66	9	35	47	7	1.64
13720--13793	30	2.4	31	78	10	80	55	12	6	25	1.61
41317--41412	3	32.0	3	75	12	72	34	3	0	62	1.11
41355--41408	15	3.7	15	90	4	85	42	1	0	55	1.10
44421--44492	36	2.0	36	94	0	126	40	20	12	26	1.88
49941--50046	41	2.5	43	75	13	112	33	16	21	27	1.95
52346--52466	36	3.3	36	75	2	134	28	19	14	38	1.90
52370--52490	37	3.3	36	72	7	127	33	19	13	33	1.90
52344--52483	73	1.9	73	95	0	253	30	19	13	36	1.90
52505--52958	123	3.7	123	92	2	747	38	16	20	24	1.93
52871--53201	139	2.4	138	84	7	431	38	15	19	26	1.91
53409--53442	11	3.0	11	87	8	50	20	2	0	76	0.92
53406--53500	3	32.0	3	78	10	88	33	2	0	64	1.06
53432--53500	15	4.8	15	85	7	99	39	1	0	59	1.06
55012--55051	18	2.0	21	86	13	59	27	5	0	67	1.11
59389--59435	21	2.2	21	84	0	67	19	27	17	36	1.93
59431--59503	20	3.7	20	90	0	119	38	23	20	17	1.93
59697--59758	18	3.0	22	69	26	62	27	38	16	17	1.91
60090--60138	20	2.5	20	86	0	71	34	24	20	20	1.96
60180--60229	20	2.5	20	86	0	64	18	20	26	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60197--60251	20	2.8	20	91	0	83	10	16	23	49	1.77
60216--60259	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
62109--62232	20	6.5	20	78	10	125	39	18	19	22	1.92
62135--62253	34	3.3	34	74	13	121	39	18	22	19	1.92
62109--62253	74	2.0	74	90	0	227	40	17	20	21	1.92
62279--62432	20	8.4	20	72	18	111	18	19	21	40	1.92
62916--63023	21	5.1	21	72	3	92	22	34	18	25	1.96
64377--64412	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
64519--64593	33	2.2	33	88	2	105	41	20	22	16	1.90
64619--64712	20	4.7	20	88	2	127	19	20	24	36	1.95
67116--67165	24	2.1	24	92	0	82	38	20	20	22	1.94
68029--68159	20	6.6	20	92	3	201	18	19	23	38	1.93
68225--68290	20	3.3	20	68	16	64	25	18	28	27	1.98
68219--68312	40	2.3	40	100	0	188	24	20	29	25	1.99
68245--68310	20	3.3	20	68	16	64	22	21	31	24	1.98
71453--71573	41	3.0	42	79	4	131	38	19	18	24	1.93
73314--73349	18	2.0	18	100	0	72	27	22	16	33	1.95
78306--78395	32	2.8	32	91	0	144	37	15	13	33	1.86
79354--79408	22	2.5	21	82	11	58	54	1	1	41	1.21
81723--81980	104	2.5	105	85	6	346	36	13	17	31	1.89
82062--82101	20	2.0	21	85	5	55	32	17	25	25	1.97
86683--86727	13	3.5	13	78	3	56	22	28	0	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89006--89047	21	2.0	21	95	0	75	26	23	26	23	2.00
89122--89157	17	2.1	17	89	0	54	13	27	33	25	1.94
89769--89827	19	3.2	19	85	7	77	33	16	3	45	1.64
97949--98013	18	3.4	18	72	12	67	47	15	6	30	1.70
97929--98011	39	2.1	39	93	0	139	48	18	6	27	1.71
98041--98100	13	4.7	13	79	4	68	23	25	0	51	1.48
98160--98218	19	3.2	19	78	2	66	35	15	5	44	1.68
105113--105187	37	2.0	37	86	0	105	10	14	10	64	1.51
111823--111862	21	1.9	21	85	10	55	52	7	7	32	1.58
116381--116436	13	4.2	14	73	19	57	48	0	0	51	1.00
117335--117380	24	2.0	24	87	8	69	60	4	0	34	1.16
117666--117722	23	2.5	23	82	2	80	7	22	15	54	1.65
121707--121739	14	2.3	15	89	5	50	63	3	3	30	1.24
123230--123283	4	13.5	4	78	18	51	72	0	3	24	1.01
124911--124956	3	15.0	3	82	13	58	65	2	0	32	1.05
125292--125489	91	2.2	91	84	5	249	25	16	33	24	1.96
125376--125701	133	2.4	134	85	3	433	25	17	31	25	1.97
125776--125982	66	3.2	65	73	6	168	36	16	19	26	1.94
125948--126051	35	3.0	34	77	7	102	38	13	19	28	1.89
126236--126309	28	2.7	28	79	6	80	43	12	14	29	1.82
126248--126309	28	2.2	28	85	0	88	46	14	14	24	1.82
128035--128117	41	2.0	41	95	0	148	38	18	18	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132339--132424	5	16.6	5	78	13	61	72	4	2	20	1.14
135624--135676	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
135666--135717	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
135651--135814	41	4.0	41	68	9	127	30	20	18	30	1.96
135727--135799	21	3.5	21	79	3	76	23	21	17	36	1.94
135789--135874	20	4.6	19	76	17	74	37	22	19	20	1.95
135827--135857	16	1.9	16	100	0	62	38	19	19	22	1.93
135827--135874	16	2.8	16	87	9	60	35	22	20	20	1.96
136393--136497	33	3.2	33	91	0	165	44	23	20	11	1.83
136439--136503	19	3.7	19	66	19	59	43	24	18	13	1.87
136515--136603	14	5.6	14	71	23	70	10	24	21	43	1.83
136498--136624	33	3.8	33	94	1	218	11	23	21	44	1.84
137889--137914	12	2.2	12	100	0	52	26	38	19	15	1.91
138315--138619	94	3.3	94	91	3	469	22	11	18	46	1.81
139064--139130	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
139042--139130	42	2.1	42	81	8	101	23	35	20	20	1.95
140476--140512	14	2.6	14	82	0	56	35	0	18	45	1.50
140619--140731	33	3.4	33	92	0	181	46	19	22	12	1.83
140619--140710	19	5.4	18	67	24	65	45	18	22	13	1.84
140637--140693	14	3.7	14	72	20	51	43	21	24	10	1.83
140737--140887	19	8.7	19	71	21	125	14	23	17	44	1.86
140743--140867	33	3.8	33	92	0	205	13	23	16	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140840--140894	20	2.8	19	88	2	74	21	21	18	38	1.94
143388--143441	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
144183--144270	20	4.4	20	89	0	131	28	20	27	23	1.99
144178--144312	20	6.7	20	83	5	128	25	19	25	30	1.98
144252--144333	41	2.0	41	83	4	103	20	19	23	36	1.95
144301--144373	21	3.5	21	92	1	112	21	23	16	38	1.93
144300--144388	41	2.1	42	79	2	99	25	21	17	34	1.96
144363--144415	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
145611--145644	18	1.9	18	88	5	52	38	0	0	61	0.96
146179--146207	15	1.9	15	100	0	58	62	0	37	0	0.96
146178--146225	19	2.5	19	87	9	71	64	0	35	0	0.94
148939--148978	17	2.5	15	88	8	53	52	2	0	45	1.14
149007--149050	22	2.0	22	95	0	79	45	4	6	43	1.51
149121--149170	13	4.0	13	73	19	52	36	8	6	50	1.57
149126--149180	24	2.3	24	75	6	58	38	10	3	47	1.56
149152--149297	59	2.5	59	97	0	274	44	10	2	42	1.52
149932--149957	11	2.4	11	100	0	52	73	0	0	26	0.84
153179--153220	19	2.4	19	88	11	63	52	9	0	38	1.34
153612--153731	58	2.2	57	83	8	160	53	12	2	31	1.52
153710--153758	21	2.3	21	89	3	80	55	16	0	28	1.42
153799--153832	17	1.9	18	88	5	52	55	2	2	38	1.30
153867--153918	19	2.7	20	74	14	56	1	34	0	63	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154047--154130	29	2.9	28	80	7	96	14	26	41	17	1.88
154790--154863	16	4.3	17	77	14	71	32	1	1	64	1.10
154792--154860	3	23.7	3	74	14	56	33	1	1	63	1.12
161633--161763	36	3.6	36	80	6	154	34	18	8	38	1.81
161658--161763	39	2.9	36	82	8	140	36	18	5	38	1.75
161826--162014	67	2.8	66	80	4	175	30	19	10	39	1.85
162118--162490	129	2.9	129	81	9	373	28	28	17	24	1.98
162303--162538	132	1.8	128	86	3	337	27	29	18	25	1.98
166183--166233	23	2.1	25	89	7	79	50	9	7	31	1.64
166473--166564	22	3.3	26	65	35	66	55	10	6	27	1.59

Tables:   1   2