genome.fa.s8163.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008163.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110737_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  266294

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4393--4442	24	2.1	24	81	7	57	44	2	6	48	1.39
15460--15488	14	2.1	14	100	0	58	27	31	13	27	1.94
16229--16324	44	2.2	43	85	5	122	30	23	20	25	1.99
16254--16324	23	3.2	22	76	8	72	28	25	19	26	1.99
18580--18627	21	2.3	21	100	0	96	47	10	4	37	1.57
18948--19099	65	2.4	64	85	3	189	27	20	20	31	1.97
22388--22477	13	6.3	16	69	27	51	36	2	1	60	1.17
23169--23216	23	2.1	23	88	0	69	37	8	16	37	1.79
23640--24093	182	2.5	182	91	1	721	27	15	13	44	1.84
23963--24426	112	4.1	112	92	0	730	26	14	13	46	1.81
28770--28856	35	2.5	34	80	12	97	54	10	8	27	1.62
32981--33019	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
33148--33202	15	3.7	15	76	18	53	45	0	3	50	1.19
33161--33196	12	2.6	15	83	16	51	36	0	2	61	1.11
33132--33218	27	3.4	24	73	22	77	44	0	3	51	1.18
33173--33236	24	2.5	25	75	12	67	43	0	0	56	0.99
33945--33994	23	2.2	23	100	0	100	42	0	40	18	1.50
34498--34533	15	2.4	15	95	0	63	44	30	5	19	1.73
43160--43191	14	2.2	15	94	5	57	18	6	12	62	1.50
48721--48753	17	1.9	17	88	11	50	81	3	6	9	0.95
51175--51331	25	6.3	25	73	21	93	59	3	0	35	1.20
51234--51384	2	80.5	2	70	25	100	52	3	2	41	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51176--51384	7	30.1	7	72	20	138	55	4	1	37	1.32
51234--51379	36	4.3	35	76	17	132	52	3	2	41	1.32
51182--51384	54	3.8	54	78	13	181	55	4	1	37	1.33
51579--51632	21	2.7	20	94	5	99	20	22	16	40	1.91
51543--51684	41	3.5	40	71	11	110	28	25	14	31	1.94
51853--51891	16	2.5	15	84	8	51	30	2	0	66	1.05
55189--55283	29	3.6	28	70	24	98	31	17	22	28	1.97
55181--55293	49	2.3	49	93	0	190	33	18	22	25	1.96
55217--55263	20	2.3	20	74	0	58	34	21	23	21	1.97
55334--55376	20	2.2	20	95	0	77	18	16	25	39	1.91
55435--55602	64	2.6	64	94	0	282	53	16	2	26	1.57
56962--57063	21	4.9	21	77	10	102	27	18	31	22	1.97
56962--57063	41	2.5	42	82	4	127	27	18	31	22	1.97
57203--57244	4	10.5	4	84	0	57	71	4	0	23	1.05
57467--57516	21	2.4	21	79	0	55	32	34	14	20	1.92
59188--59273	20	4.4	20	91	4	131	52	20	16	10	1.73
59187--59273	39	2.2	39	88	6	131	51	20	16	11	1.75
59272--59320	20	2.5	20	93	0	80	10	12	24	53	1.69
59657--59714	22	2.6	22	94	0	98	17	17	44	20	1.86
59862--59950	20	4.4	20	88	0	115	24	17	23	33	1.96
59862--60014	41	3.8	40	76	6	121	28	18	22	30	1.97
59917--60073	20	7.8	21	75	5	92	28	17	25	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63824--63854	16	1.9	16	100	0	62	41	12	6	38	1.69
65915--65963	23	2.1	23	81	7	55	57	12	4	26	1.53
71739--71804	15	4.5	15	88	3	98	7	16	66	9	1.42
71739--71805	29	2.3	29	89	2	98	7	16	65	10	1.45
74803--74837	17	2.1	17	100	0	70	22	11	17	48	1.79
76398--76428	14	2.2	14	100	0	62	58	6	6	29	1.48
81982--82029	25	1.9	25	95	0	87	29	8	18	43	1.79
81987--82041	25	2.2	25	83	0	65	29	7	18	45	1.76
84409--84448	22	1.9	21	94	5	64	42	7	10	40	1.67
86805--86987	44	4.1	45	82	4	237	32	19	8	39	1.81
86805--86987	89	2.1	89	85	4	244	32	19	8	39	1.81
91106--91194	6	15.3	6	70	15	62	4	16	1	77	0.99
91160--91185	9	2.9	9	100	0	52	7	11	0	80	0.89
93597--93640	21	2.1	21	86	0	61	22	15	25	36	1.94
94837--94881	22	2.0	22	95	0	81	17	48	22	11	1.78
95372--95410	20	2.0	20	84	0	51	38	0	2	58	1.12
95800--95961	42	3.9	42	89	4	229	19	22	25	32	1.98
102059--102119	21	2.8	22	87	5	88	18	45	21	14	1.84
102614--102652	20	2.0	20	84	0	51	38	0	2	58	1.12
103042--103203	42	3.9	41	94	3	270	19	25	25	30	1.98
104567--104605	14	2.8	14	88	0	60	25	17	20	35	1.95
107363--107452	6	15.3	6	73	14	64	3	17	2	76	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107361--107424	33	1.9	34	84	9	87	3	18	1	76	1.00
109871--109914	21	2.1	21	91	0	70	25	20	22	31	1.98
112361--112430	31	2.3	31	97	0	131	24	27	8	40	1.84
114035--114083	22	2.2	22	82	10	64	2	18	2	77	0.96
114038--114117	6	13.3	6	74	13	58	6	15	1	77	1.02
114074--114132	30	1.9	31	82	3	75	16	6	0	76	1.00
116918--117091	44	4.1	44	75	15	204	33	19	6	40	1.78
116946--117020	35	2.1	36	90	2	116	37	21	8	33	1.83
116992--117075	45	1.9	44	85	4	116	35	16	5	41	1.73
116917--117065	80	1.9	80	89	0	235	34	19	6	39	1.76
117166--117245	40	2.0	39	85	2	106	25	26	22	26	2.00
120173--120213	21	1.9	21	85	5	55	41	17	2	39	1.62
125680--125912	112	2.1	111	90	0	367	29	15	19	34	1.93
127555--127639	40	2.1	40	88	0	134	31	20	22	25	1.98
132288--132466	94	1.9	94	91	0	295	39	17	15	26	1.90
143428--143470	20	2.2	20	86	0	59	34	11	18	34	1.87
157897--157937	21	1.9	21	95	5	73	60	2	2	34	1.23
158512--158628	20	5.7	20	64	13	58	29	23	22	24	1.99
158266--158829	231	2.4	232	88	1	810	32	19	16	31	1.94
158626--159031	202	2.0	203	87	3	586	33	16	15	34	1.90
165769--165803	18	1.9	18	94	0	61	28	34	20	17	1.95
170248--170295	16	3.1	16	96	3	89	29	12	6	52	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170649--170706	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
180490--180624	19	7.1	19	69	9	96	29	14	20	36	1.91
180489--180624	38	3.6	38	86	0	191	29	13	20	36	1.92
180694--181016	40	8.1	40	71	7	176	34	13	23	28	1.93
180808--180962	80	1.9	80	84	5	206	34	14	21	30	1.93
187581--187625	9	5.1	9	78	5	56	35	2	0	62	1.08
187579--187625	17	2.7	17	83	9	60	34	2	0	63	1.06
187713--187740	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
187681--187760	35	2.3	35	78	4	90	41	5	0	53	1.22
187985--188118	61	2.2	61	84	6	164	31	5	2	60	1.33
188074--188123	24	2.1	23	85	7	64	36	0	0	64	0.94
188303--188414	37	3.0	37	93	0	188	41	14	13	31	1.84
188933--189043	48	2.3	47	76	16	118	30	1	3	63	1.21
188969--189135	4	42.5	4	69	17	57	23	2	1	71	1.10
189009--189075	33	2.1	31	86	10	91	25	2	1	70	1.10
189033--189089	14	3.9	15	77	15	57	26	1	0	71	0.95
188986--189134	43	3.7	41	75	16	109	24	3	1	71	1.09
189048--189174	56	2.2	56	78	17	136	17	7	0	74	1.10
193245--193595	116	3.0	116	86	2	465	34	24	16	25	1.95
193657--193796	36	3.9	34	86	8	154	29	20	12	38	1.88
193681--193796	36	3.2	36	92	1	187	30	19	12	37	1.88
193816--193930	36	3.2	36	83	2	140	26	18	14	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193716--193900	102	1.8	101	84	3	255	28	17	12	41	1.87
193681--193932	138	1.8	138	85	3	355	27	19	13	40	1.88
193934--193992	29	2.0	30	86	6	84	47	10	10	32	1.71
193996--194251	83	3.1	84	84	4	279	32	23	20	23	1.98
194763--194826	21	3.3	21	62	20	57	43	14	14	28	1.83
194755--194863	37	2.9	37	94	0	182	41	13	13	31	1.84
195467--195537	2	35.5	2	83	5	63	38	1	1	59	1.15
195416--195609	48	4.0	48	76	16	156	27	3	2	66	1.19
195531--195611	37	2.3	34	83	14	94	18	6	0	75	1.01
195547--196545	333	3.0	331	92	2	1682	25	11	8	54	1.64

Tables:   1   2