genome.fa.s8175.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008175.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110770_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  426378

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 178 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113--151	18	2.1	19	85	4	53	30	0	7	61	1.24
1838--2365	265	2.0	266	95	3	947	37	10	14	37	1.81
7165--7229	28	2.3	28	97	0	121	26	12	18	43	1.85
9584--9641	31	1.9	29	86	6	80	55	6	6	31	1.53
13035--13063	12	2.4	12	100	0	58	51	6	24	17	1.69
20235--20272	15	2.4	16	86	8	51	34	0	0	65	0.93
20283--20334	26	2.0	26	84	3	68	36	13	3	46	1.62
20955--21127	90	1.9	90	96	0	319	40	10	14	34	1.80
23381--23438	16	3.6	16	77	9	64	10	12	18	58	1.61
24474--24642	65	2.6	66	87	5	245	36	17	14	31	1.91
42517--42564	24	2.1	24	84	7	64	29	6	4	60	1.40
44171--44277	24	4.5	24	74	0	97	47	16	14	21	1.82
44171--44279	48	2.3	48	77	0	119	47	16	14	21	1.82
45405--45440	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
46747--46825	8	11.5	8	70	29	67	17	24	43	15	1.87
46760--46830	13	5.5	13	100	0	142	14	23	46	15	1.82
48954--49060	24	4.5	24	74	0	97	47	16	14	21	1.82
48954--49062	48	2.3	48	77	0	119	47	16	14	21	1.82
50187--50222	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
51532--51610	8	11.5	8	70	29	67	17	24	43	15	1.87
51545--51615	13	5.5	13	100	0	142	14	23	46	15	1.82
53254--53318	31	2.1	31	82	0	76	33	9	0	56	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59900--59990	31	2.9	31	90	1	137	35	12	10	41	1.77
69721--69765	20	2.2	20	84	4	54	44	4	6	44	1.50
70589--70641	2	27.0	2	96	3	99	50	0	0	49	1.00
82313--82641	166	2.0	164	98	1	633	38	20	12	28	1.89
82764--82960	98	2.0	98	100	0	394	40	22	14	23	1.90
83267--83313	21	2.2	21	92	0	76	70	10	4	14	1.31
85744--85806	22	2.9	22	85	2	65	50	3	0	46	1.17
85762--85804	11	4.1	10	82	8	50	46	2	0	51	1.13
85754--85806	22	2.5	22	93	3	90	45	3	0	50	1.19
85766--85813	21	2.2	22	88	3	71	50	6	0	43	1.27
87095--87140	24	1.9	25	86	8	69	19	10	8	60	1.55
93242--93366	24	5.2	23	83	9	117	42	20	12	25	1.86
93243--93356	48	2.4	48	91	2	176	40	20	13	26	1.89
107939--107993	26	2.1	26	77	16	60	34	12	0	52	1.40
115749--115817	31	2.3	31	87	2	95	49	13	8	28	1.71
116197--116536	169	2.0	171	98	1	657	34	13	17	34	1.89
124491--124519	6	4.8	6	100	0	58	34	0	48	17	1.47
130663--130721	20	3.0	20	77	2	57	32	33	6	27	1.83
131937--132064	69	1.9	68	96	1	238	32	17	17	32	1.94
139525--139557	16	2.0	17	88	5	50	36	0	60	3	1.12
139706--139731	12	2.2	12	100	0	52	0	42	7	50	1.31
140395--140424	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141197--141275	40	2.0	40	100	0	158	22	15	7	54	1.66
142639--142675	16	2.2	17	95	4	67	21	5	5	67	1.31
142646--142716	21	3.3	21	77	11	65	26	2	4	66	1.24
142671--142736	22	3.0	21	78	6	60	31	0	3	65	1.08
142671--142733	14	4.4	14	79	16	58	30	0	3	66	1.07
144890--145312	222	1.9	219	87	3	616	48	8	3	39	1.51
146208--146287	31	2.6	31	100	0	160	20	25	2	52	1.59
146597--146706	20	5.4	20	76	2	103	39	17	20	23	1.92
146636--146733	40	2.4	42	78	13	107	41	18	18	21	1.90
146781--146848	20	3.4	20	78	8	84	33	23	10	32	1.88
146771--146847	40	1.9	40	89	0	118	33	22	9	35	1.85
150922--150959	20	1.9	20	100	0	76	39	23	21	15	1.92
152438--152539	21	4.9	21	76	0	87	23	17	35	23	1.95
152441--152531	42	2.2	42	81	0	110	23	16	36	24	1.94
152945--152985	21	2.0	21	85	0	55	31	34	14	19	1.92
154640--154675	19	1.9	18	94	5	63	50	22	16	11	1.77
154689--154728	20	2.0	20	90	0	62	15	20	17	47	1.83
155074--155116	22	2.0	22	85	0	59	20	18	39	20	1.93
155255--155310	20	2.8	20	91	0	85	25	14	19	41	1.89
155316--155380	20	3.2	20	91	0	103	21	18	15	44	1.86
161643--161727	40	2.1	40	97	0	161	32	17	24	24	1.97
162710--162844	63	2.1	63	93	0	225	24	17	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168494--168591	38	2.6	36	83	12	110	50	7	1	41	1.37
194971--195019	22	2.3	22	89	3	73	16	30	28	24	1.96
195026--195084	31	1.9	31	82	6	75	25	33	11	28	1.91
195389--195431	17	2.4	18	84	3	61	41	2	2	53	1.26
195544--195584	16	2.6	16	88	3	57	34	9	21	34	1.87
196100--196157	18	3.2	18	78	9	64	43	0	5	51	1.24
215265--215511	125	2.0	125	96	0	458	46	5	15	32	1.69
224766--224820	27	2.0	27	96	0	101	16	16	27	40	1.89
225009--225044	17	2.1	17	100	0	72	16	0	41	41	1.48
225182--225287	30	3.5	30	87	5	142	38	0	14	47	1.44
225229--225283	15	3.6	16	70	20	55	41	0	14	43	1.45
225340--225373	15	2.2	16	94	5	61	38	0	5	55	1.24
227511--227819	60	5.1	60	95	0	537	46	13	0	40	1.43
227561--228051	21	24.0	22	63	23	112	45	13	0	41	1.43
227631--227833	25	8.3	25	65	18	90	46	13	0	39	1.44
227511--228110	120	5.1	120	87	6	874	46	13	0	40	1.43
227802--228110	60	5.2	60	90	5	443	45	13	0	41	1.43
227512--228103	290	2.1	285	93	2	999	45	13	0	41	1.43
230962--231022	26	2.4	24	76	15	59	42	1	6	49	1.38
231706--231811	50	2.3	48	82	12	134	47	9	0	43	1.36
231789--231837	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
232345--232417	37	2.0	37	97	0	137	19	36	21	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232382--232439	25	2.1	27	84	12	75	18	39	24	17	1.92
232647--232731	29	2.9	30	92	3	147	17	27	38	16	1.91
234826--234868	23	1.9	23	85	4	61	39	4	4	51	1.44
235163--235212	3	17.0	3	95	4	93	34	0	0	66	0.92
244756--244797	15	2.7	15	79	17	50	26	0	16	57	1.40
251286--251383	49	2.0	49	93	0	169	42	24	11	21	1.85
256535--256575	2	22.5	2	81	18	54	48	0	0	51	1.00
256551--256603	13	4.4	13	71	26	53	39	0	0	60	0.97
259842--259886	24	1.9	23	86	4	63	35	0	13	51	1.41
259958--260009	28	1.9	26	88	7	77	32	3	7	55	1.46
261894--261989	42	2.3	42	83	3	113	41	21	11	25	1.86
261900--261989	21	4.3	21	71	0	72	40	23	11	25	1.87
262471--262522	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
262616--262770	20	7.7	20	84	4	213	32	25	20	21	1.97
262578--262770	60	3.2	60	82	2	244	35	25	19	19	1.95
263153--263223	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
263303--263387	20	4.6	19	77	19	90	47	20	22	10	1.80
263342--263398	14	3.7	14	77	20	60	45	22	22	8	1.80
263322--263414	33	2.8	33	90	1	132	46	23	21	8	1.79
263410--263507	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
263432--263521	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
263415--263529	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
264304--264365	30	2.0	31	84	9	83	38	27	8	25	1.84
264418--264451	11	3.1	11	86	0	50	29	11	0	58	1.33
265313--265377	30	2.2	29	83	2	76	33	13	4	47	1.64
266626--266660	17	2.1	16	89	10	52	11	11	0	77	1.00
266647--266706	13	4.9	12	78	8	59	5	11	0	83	0.80
266631--266691	28	2.2	28	82	8	72	8	9	0	81	0.86
266634--266703	6	11.8	6	79	14	65	7	11	0	81	0.87
266632--266706	25	2.8	26	82	7	89	6	12	0	81	0.87
269230--269293	31	2.1	31	87	0	92	34	14	10	40	1.80
270911--270978	31	2.2	31	82	7	77	36	20	8	33	1.84

Tables:   1   2