genome.fa.s8179.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008179.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110776_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  726026

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7326--7379	20	2.7	21	80	5	67	38	18	20	22	1.93
9440--9475	13	2.8	13	91	4	56	16	52	13	16	1.74
9484--9544	27	2.2	27	80	8	70	59	0	0	40	0.98
9505--9551	18	2.6	18	74	12	51	57	0	0	42	0.98
9563--9591	12	2.4	12	100	0	58	27	41	13	17	1.87
13841--13992	77	2.0	77	81	2	180	35	8	20	35	1.83
16023--16069	24	2.0	24	83	8	60	57	12	2	27	1.47
19360--19403	20	2.2	20	84	4	63	65	0	15	18	1.27
26253--26299	24	2.0	24	83	8	60	57	12	2	27	1.47
32674--32749	38	2.0	38	100	0	152	39	7	31	21	1.82
46312--46451	64	2.2	63	81	5	156	34	18	21	25	1.96
46439--46496	20	2.6	22	89	10	84	31	20	22	25	1.98
47378--47436	31	1.9	31	85	0	82	27	18	18	35	1.94
47428--47589	30	5.4	30	98	0	306	24	19	22	33	1.97
48400--48563	83	2.0	83	97	2	312	37	12	23	27	1.90
50744--50903	63	2.5	62	80	10	180	31	16	23	27	1.96
50891--50948	20	2.6	22	89	10	84	31	20	22	25	1.98
51846--51995	29	5.4	29	82	15	185	24	18	24	33	1.97
51846--51995	55	2.8	54	87	9	193	24	18	24	33	1.97
59867--59909	2	21.5	2	100	0	86	0	51	0	48	1.00
76032--76063	13	2.5	13	94	0	55	56	31	6	6	1.49
90178--90221	23	1.9	23	86	9	63	54	0	2	43	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91483--91605	40	3.1	40	97	0	237	34	22	21	20	1.96
98729--98848	7	18.1	7	84	9	119	5	10	0	84	0.77
98722--98855	40	3.3	40	83	12	159	5	11	0	83	0.79
98729--98872	47	3.0	46	83	11	166	5	12	0	81	0.84
98722--98818	1	97.0	1	77	0	86	3	9	0	87	0.64
98723--98848	6	20.5	6	79	13	91	4	11	0	84	0.77
98722--98865	33	4.2	36	76	16	121	4	12	0	82	0.81
98803--98875	24	3.1	22	76	20	76	6	17	0	75	1.02
107855--107997	34	3.9	37	78	13	120	43	2	9	44	1.52
107899--108098	37	5.8	35	76	14	143	44	4	7	44	1.49
107962--108128	26	6.6	26	73	14	134	44	3	5	45	1.45
107933--108053	62	2.0	60	84	9	156	43	1	7	47	1.41
107933--108209	68	4.1	63	70	20	179	46	2	6	44	1.45
107848--108239	133	2.8	134	79	11	347	45	2	7	43	1.46
108031--108163	66	2.0	67	86	8	191	48	3	5	42	1.43
108087--108260	41	4.4	41	80	12	186	47	2	6	43	1.41
108182--108276	35	2.7	35	83	11	113	46	1	9	43	1.43
108184--108276	34	2.6	35	85	8	109	46	1	9	43	1.43
108690--108728	20	1.9	21	89	5	62	46	28	17	7	1.76
108744--108793	22	2.3	22	92	0	82	54	28	14	4	1.58
109547--109606	7	8.1	7	80	15	68	18	1	1	78	0.92
109546--109600	6	8.8	6	74	21	51	20	0	1	78	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109546--109600	13	4.4	13	77	9	69	20	0	1	78	0.85
109549--109599	24	2.1	24	88	0	75	19	0	1	78	0.85
109539--109596	16	3.3	16	72	21	53	22	1	1	74	1.01
110509--110556	21	2.4	20	86	10	71	20	37	27	14	1.92
110518--110566	20	2.4	20	86	3	62	26	34	22	16	1.95
110399--110722	165	2.0	165	98	0	621	33	20	14	31	1.93
110677--110735	20	2.9	21	89	5	93	20	37	27	15	1.92
111082--111151	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95
113039--113069	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
113815--113950	44	3.1	44	88	0	218	31	16	17	33	1.93
113815--113936	24	5.4	24	67	21	93	33	15	16	34	1.90
114250--114280	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
114961--114995	6	5.8	6	100	0	70	68	0	17	14	1.21
119757--119850	33	2.8	33	78	0	98	37	37	5	20	1.75
122925--122953	15	1.9	15	100	0	58	34	13	6	44	1.71
126218--126391	42	4.3	39	82	10	190	22	20	21	35	1.96
126237--126454	21	10.6	21	72	12	168	21	20	23	34	1.96
126243--126437	19	9.6	20	72	12	76	22	20	22	35	1.96
126242--126391	42	3.7	41	89	4	225	22	20	22	35	1.96
126283--126482	102	2.0	103	91	3	332	22	19	23	35	1.96
126315--126454	60	2.3	61	90	3	210	22	19	24	34	1.96
126375--126479	42	2.5	42	95	0	183	20	18	23	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126305--126471	19	8.1	21	73	14	100	22	17	22	37	1.94
126241--126454	61	3.5	59	79	8	162	21	20	23	34	1.97
127352--127668	42	7.5	42	95	0	562	35	24	19	20	1.96
131827--131869	18	2.4	18	96	0	77	16	16	20	46	1.84
133081--133137	15	3.7	15	72	9	60	17	26	33	22	1.96
142917--143029	41	2.7	41	89	6	156	39	23	18	18	1.92
142917--143009	22	4.4	21	73	9	82	38	23	17	20	1.93
143001--143096	20	4.8	20	98	0	183	43	19	25	11	1.84
144253--144315	23	2.7	24	85	5	83	20	11	17	50	1.76
144503--144539	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
155765--155801	19	1.9	19	100	0	74	29	5	16	48	1.68
155769--155810	19	2.2	19	86	0	57	35	4	14	45	1.66
161704--161760	9	6.7	9	86	8	75	35	0	0	64	0.93
161690--161742	26	2.0	26	82	13	65	33	0	1	64	1.05
171765--171790	12	2.2	12	100	0	52	50	30	0	19	1.48
174673--174723	24	2.1	24	100	0	102	56	11	3	27	1.52
179793--179836	9	4.9	9	85	0	61	81	0	0	18	0.68
179824--179854	16	1.9	16	93	0	53	61	0	6	32	1.21
179891--179931	21	1.9	22	90	5	66	75	0	4	19	0.98
183562--183602	16	2.6	17	81	11	52	26	14	0	58	1.37
186288--186339	27	1.9	27	96	0	95	25	17	23	34	1.96
186290--186349	27	2.2	27	84	0	75	25	18	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189357--189520	65	2.5	65	84	5	199	30	18	22	28	1.97
189488--189535	19	2.5	19	96	0	87	22	16	29	31	1.96
189423--189605	84	2.2	83	85	5	235	26	18	22	31	1.97
203865--203902	13	2.9	13	88	0	58	34	31	13	21	1.91
206135--206175	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
208084--208186	18	5.7	18	95	0	170	27	29	23	20	1.99
209006--209083	20	3.7	20	89	6	111	26	23	19	30	1.98
212519--212596	18	4.3	18	85	6	104	32	33	15	19	1.93
212520--212596	36	2.1	36	87	0	118	32	33	14	19	1.92
213469--213609	64	2.2	63	81	7	160	27	24	16	31	1.96
215816--215854	19	2.1	19	100	0	78	30	33	0	35	1.58
217238--217378	63	2.2	64	80	6	153	34	19	19	26	1.96
217353--217397	19	2.4	19	100	0	90	26	17	26	28	1.98
217970--218004	18	1.9	18	100	0	70	17	22	34	25	1.96
224497--224531	18	1.9	18	94	0	61	17	22	31	28	1.96
225570--225667	46	2.1	46	83	10	121	69	3	7	20	1.26
225663--225724	24	2.5	27	75	24	73	72	3	11	12	1.23
225707--225766	31	1.9	30	83	12	77	75	1	11	11	1.13
225758--225828	24	2.8	25	74	16	74	78	7	4	9	1.06
225959--226031	28	2.6	29	80	6	87	58	6	8	26	1.52
227391--227468	10	7.1	10	75	11	57	60	16	12	10	1.59
227958--227997	7	6.0	7	82	11	57	72	0	2	25	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228911--228953	22	2.0	22	86	13	63	34	4	6	53	1.49
229240--229276	19	1.9	19	88	0	56	35	29	13	21	1.92
229362--229414	20	2.7	20	96	0	97	39	18	20	20	1.92
229403--229490	20	4.3	20	91	5	140	27	28	20	23	1.99
229403--229483	42	1.9	42	97	0	153	25	28	20	24	1.99
240731--240792	21	3.0	20	75	9	63	66	6	6	20	1.38
246409--246486	33	2.4	34	85	10	108	37	0	1	61	1.04
246431--246466	18	1.9	19	88	5	56	36	0	2	61	1.11
248254--248347	21	4.5	21	92	5	129	18	35	26	20	1.95
248870--248966	33	2.9	34	85	3	133	55	4	3	37	1.35

Tables:   1   2   3