genome.fa.s8181.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008181.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110781_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  428138

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1003--1069	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
2021--2055	17	2.0	18	94	5	63	57	0	2	40	1.14
11223--11281	24	2.5	24	85	0	91	40	1	33	23	1.65
14575--14620	24	1.9	24	81	0	56	15	2	10	71	1.23
23612--23698	39	2.2	39	87	0	120	34	22	26	16	1.95
23623--23706	39	2.2	39	91	0	132	32	23	28	15	1.95
25358--25518	58	2.7	58	82	11	186	44	6	19	30	1.75
26255--26596	115	2.9	116	86	3	449	35	17	7	39	1.79
33652--33685	2	18.0	2	88	11	54	47	0	0	52	1.00
33652--33688	9	4.2	9	83	16	51	45	0	0	54	1.00
33652--33685	13	2.6	13	100	0	68	47	0	0	52	1.00
56796--56854	31	1.9	30	89	3	91	42	5	1	50	1.34
57661--57706	20	2.3	19	89	10	74	54	10	17	17	1.70
59990--60054	33	2.0	33	84	3	87	27	1	47	23	1.60
63288--63351	22	2.9	22	100	0	128	18	28	26	26	1.98
66460--66504	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
68196--68263	22	3.1	22	100	0	136	19	27	26	26	1.99
69850--69898	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
70462--71359	196	4.6	199	95	2	1576	36	14	16	32	1.89
70017--71359	391	3.4	396	92	5	2258	36	15	16	31	1.90
72822--72874	12	4.4	12	87	0	61	37	7	32	22	1.82
72846--72887	3	14.0	3	89	0	66	35	2	33	28	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74306--75102	183	4.4	183	97	0	1488	35	14	16	33	1.89
76439--76496	24	2.4	24	85	2	71	34	8	15	41	1.78
76782--76845	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
76782--76854	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
77037--77087	25	2.0	25	92	0	84	33	7	19	39	1.81
77473--77509	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
77465--77511	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
77767--77853	39	2.2	39	95	0	156	48	20	13	17	1.81
78256--78328	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
79970--80022	3	17.7	3	96	0	70	60	32	7	0	1.25
80021--80055	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
82529--82566	20	1.9	20	94	0	67	23	26	18	31	1.97
83555--83597	17	2.6	18	82	14	56	27	0	2	69	1.00
83562--83724	12	13.3	12	67	17	70	38	0	1	59	1.13
83634--83721	14	6.9	12	71	18	54	43	1	1	54	1.15
83572--83724	62	2.5	62	88	6	215	38	0	1	58	1.14
83589--83676	20	4.3	20	66	13	63	37	0	2	60	1.10
83719--83780	19	3.3	19	78	15	58	37	1	0	61	1.06
92215--92244	13	2.2	14	94	5	53	40	0	0	60	0.97
94061--94549	267	1.8	265	98	0	942	39	13	20	27	1.89
95657--95765	31	3.2	34	83	13	145	49	6	2	41	1.43
95817--95905	26	3.3	26	75	17	76	61	3	5	29	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97289--97331	3	14.3	3	95	0	77	65	2	0	32	1.06
100861--100894	13	2.5	13	95	4	59	41	29	8	20	1.82
103784--103839	21	2.7	21	100	0	112	26	19	21	32	1.97
103935--103992	20	2.7	20	81	10	62	31	15	22	31	1.95
104767--104796	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
104819--104874	19	2.8	20	74	17	62	35	0	17	46	1.49
108111--108168	20	2.7	20	81	10	62	32	17	22	27	1.96
108480--108527	18	2.6	18	93	3	78	72	2	2	22	1.05
109142--109276	69	2.0	67	82	7	166	58	11	0	29	1.38
109098--109289	70	2.8	69	86	6	243	57	12	1	28	1.42
110920--110950	15	2.0	16	93	6	55	12	16	6	64	1.47
116532--116573	17	2.4	17	92	4	66	73	0	2	23	0.94
117230--117284	19	2.8	19	91	2	83	52	16	0	30	1.44
118290--118315	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
118286--118379	32	2.9	34	78	15	83	34	0	15	50	1.45
119034--119074	21	2.0	21	95	0	73	26	21	19	31	1.97
121257--121308	27	1.9	27	84	7	70	40	0	1	57	1.10
125083--125142	31	1.9	31	83	6	77	23	16	28	31	1.96
125778--125821	23	1.9	23	86	9	63	27	0	9	63	1.24
129175--129214	3	13.3	3	94	0	71	32	35	0	32	1.58
136037--136159	58	2.1	59	96	1	230	34	9	20	35	1.85
138102--138170	23	3.0	23	82	6	68	49	0	1	49	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138140--138220	19	4.3	19	72	20	64	48	1	1	49	1.17
138160--138276	54	2.1	55	83	12	143	47	0	1	50	1.17
140811--140836	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
143404--143447	21	2.1	21	87	8	63	25	31	9	34	1.87
145358--145444	35	2.5	34	77	18	90	55	8	8	28	1.58
145435--145512	35	2.2	34	82	8	86	62	15	1	20	1.39
147803--147844	17	2.4	19	80	15	54	64	2	0	33	1.07
147805--147865	24	2.6	23	72	25	56	65	1	0	32	1.02
160801--160898	48	2.0	48	86	0	133	19	14	40	25	1.89
174458--174535	39	2.0	39	100	0	156	23	12	23	41	1.88
180636--180662	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
184520--184696	90	2.0	89	90	1	282	44	7	11	36	1.69
186501--186549	23	2.1	23	96	0	89	12	42	12	32	1.79
188901--188931	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
192356--192425	24	2.9	24	75	8	79	52	14	12	20	1.73
192360--192429	12	5.8	12	70	6	52	51	15	14	18	1.77
192392--192466	24	3.1	24	77	7	73	46	17	17	18	1.84
195026--195118	45	2.1	45	97	0	177	22	10	19	47	1.80
195907--195994	32	2.8	33	84	6	110	29	27	22	20	1.99
197027--197085	28	2.2	26	84	6	73	16	3	22	57	1.54
203984--204042	29	2.0	29	83	6	75	28	16	10	44	1.81
208055--208135	29	2.8	29	96	0	144	28	14	18	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209563--209617	18	3.1	18	89	0	74	27	27	20	25	1.99
209577--209626	18	2.8	18	93	0	82	30	28	20	22	1.98
209681--209720	21	1.9	21	89	0	62	37	17	17	27	1.92
210087--210130	16	2.8	16	75	0	52	40	20	9	29	1.83
210494--210532	20	2.0	20	100	0	78	33	35	10	20	1.86
210500--210548	20	2.5	20	86	0	62	32	38	8	20	1.82
210608--210659	20	2.6	20	78	6	52	28	28	15	26	1.96
213713--213765	18	2.9	18	88	0	79	30	33	16	18	1.94
213819--213858	21	1.9	21	89	0	62	37	17	17	27	1.92
214703--214759	21	2.8	21	69	30	59	35	29	7	28	1.83
220474--220726	43	5.9	43	81	0	274	30	15	22	30	1.95
220476--220726	129	1.9	129	88	1	378	30	15	23	31	1.95
221140--221197	21	2.8	21	86	0	80	0	32	20	46	1.51
221202--221238	18	2.1	18	89	0	56	0	37	21	40	1.54
224271--224303	17	1.9	17	88	11	50	72	3	15	9	1.21
224271--224304	18	1.9	17	88	5	50	73	2	14	8	1.19
225117--225155	20	2.0	20	94	0	69	25	12	7	53	1.65
229694--229718	9	2.8	9	100	0	50	24	8	44	24	1.80
232347--232397	20	2.5	20	100	0	102	49	3	0	47	1.20
232457--232526	20	3.3	21	70	16	63	50	4	2	42	1.37
237677--237743	34	1.9	35	82	8	84	20	13	17	47	1.81
241343--241411	23	3.0	23	79	8	86	27	26	27	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242167--242194	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
242923--243000	20	3.8	20	75	18	70	24	25	19	30	1.98
246468--246528	23	2.7	23	89	0	95	24	27	29	18	1.98
251529--251595	23	2.9	23	81	0	80	28	23	28	19	1.98
252353--252394	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
253122--253200	24	3.8	21	74	19	67	24	25	18	31	1.98
255818--255879	20	3.1	20	78	0	70	45	17	16	20	1.86
255867--255919	20	2.7	20	82	5	63	30	22	28	18	1.98
266808--266841	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
267316--267365	24	2.1	24	85	7	66	60	12	2	26	1.43

Tables:   1   2