genome.fa.s8187.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008187.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110794_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1300289

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3698--3730	14	2.5	13	90	9	57	57	0	0	42	0.98
11410--11453	23	1.9	23	86	9	63	18	6	4	70	1.27
13167--13201	18	1.9	18	100	0	70	11	17	51	20	1.75
17809--17864	12	4.5	12	74	12	51	57	1	1	39	1.20
18686--18710	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
18708--18737	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
23185--23238	21	2.6	21	84	0	63	18	22	24	35	1.96
30978--31048	24	2.9	26	84	12	89	32	23	5	38	1.78
31013--31048	12	3.0	12	91	0	63	36	25	5	33	1.79
37724--37759	12	3.0	12	91	0	63	36	25	5	33	1.79
39691--39731	16	2.6	16	92	3	66	43	17	19	19	1.88
41578--41672	21	4.4	21	74	9	77	28	25	20	26	1.99
43209--43252	21	2.1	21	86	0	61	9	40	15	34	1.79
43956--44013	29	2.0	29	96	0	107	36	0	36	27	1.57
45331--45588	75	3.4	75	84	2	322	39	11	14	34	1.82
45574--45633	23	2.7	23	87	7	79	36	18	11	33	1.87
45501--45801	120	2.5	117	85	5	363	39	13	12	33	1.83
46420--46697	108	2.6	107	85	4	344	34	14	12	39	1.83
46668--46827	77	2.1	77	95	0	284	31	19	11	38	1.87
47529--47570	7	6.0	7	88	0	57	35	0	21	42	1.53
47529--47569	21	2.0	21	90	0	64	36	0	19	43	1.51
47530--47580	14	3.6	15	84	10	63	33	1	19	45	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56070--56113	22	2.1	21	83	8	54	45	0	4	50	1.22
56198--56227	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
59558--59603	24	2.0	23	86	4	65	47	6	8	36	1.60
60655--60687	14	2.4	14	94	0	57	33	6	6	54	1.50
62909--62948	20	2.0	20	100	0	80	25	15	35	25	1.94
65550--65608	25	2.4	25	97	0	109	16	49	5	28	1.67
72124--72212	44	2.0	45	88	2	135	28	16	11	43	1.82
74455--74531	21	3.7	20	74	11	57	71	5	10	12	1.29
74479--74540	22	2.9	21	79	15	72	72	6	9	11	1.27
74609--74657	25	2.0	25	100	0	98	38	8	20	32	1.82
75801--75866	28	2.4	28	100	0	132	42	15	12	30	1.83
78511--78556	16	2.7	18	77	16	53	47	0	0	52	1.00
92910--92947	17	2.2	17	95	0	67	21	44	21	13	1.85
106028--106108	21	3.8	22	77	6	71	37	1	11	50	1.46
107047--107105	8	7.2	8	73	16	50	28	0	3	67	1.06
107036--107104	18	4.1	17	73	17	63	30	0	2	66	1.06
107246--107395	45	3.2	48	67	17	143	54	1	8	36	1.39
107236--107414	91	2.0	91	95	2	324	50	1	8	38	1.44
107253--107388	41	3.1	41	68	27	116	52	1	7	38	1.38
109018--109050	15	2.3	15	90	10	52	39	0	3	57	1.14
114801--114915	24	4.8	24	90	4	169	40	20	16	23	1.91
114779--114932	48	3.2	48	80	8	161	42	20	13	23	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114778--114932	72	2.2	71	78	8	170	43	20	13	23	1.87
117407--117437	13	2.4	13	94	0	53	16	22	45	16	1.85
119055--119079	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
124106--124153	24	2.0	24	83	0	60	60	0	2	37	1.09
134118--134143	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
147597--147639	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
148181--148506	150	2.2	150	93	1	557	27	17	20	34	1.95
148464--148508	23	2.0	23	81	0	54	22	26	24	26	2.00
154543--154585	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
155127--155442	150	2.1	150	95	1	564	26	17	21	34	1.95
155410--155454	23	2.0	23	86	0	63	20	26	26	26	1.99
162483--162543	28	2.2	28	90	0	95	22	32	36	8	1.84
162483--162534	14	3.7	14	97	0	95	23	34	34	7	1.83
162590--162666	29	2.7	29	100	0	154	24	25	35	14	1.93
168209--168252	22	2.0	22	95	0	79	59	13	15	11	1.62
174239--174306	30	2.3	30	84	0	82	51	5	2	39	1.41
174798--174880	42	2.0	43	80	7	98	46	20	6	26	1.73
175657--175701	21	2.1	21	87	0	63	35	13	20	31	1.91
176645--176709	23	2.8	23	90	0	94	38	18	7	35	1.80
177021--177057	19	1.9	19	88	0	56	45	10	16	27	1.80
175811--178078	994	2.3	996	95	3	4168	36	14	13	36	1.85
177403--177439	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178056--178124	23	3.3	20	75	15	59	39	20	4	36	1.72
178576--179413	180	4.7	183	95	3	1490	34	15	15	35	1.89
178576--179403	359	2.3	359	95	2	1488	33	15	15	34	1.89
180746--180831	3	29.0	3	77	2	84	24	34	5	34	1.80
182281--183667	192	7.1	197	93	4	2285	32	15	15	37	1.88
182281--183667	390	3.6	396	94	4	2386	32	15	15	37	1.88
183745--183789	19	2.4	19	92	0	72	57	8	2	31	1.41
187616--187662	23	2.0	23	84	8	60	27	8	14	48	1.73
187796--187837	19	2.3	18	88	8	59	21	16	9	52	1.72
187966--188012	20	2.3	20	89	10	78	17	17	10	55	1.69
190286--190330	13	3.6	12	84	6	54	82	15	2	0	0.77
190287--190330	20	2.2	20	91	0	70	84	13	2	0	0.73
192932--192974	6	7.5	6	94	2	63	27	55	16	0	1.41
193810--193984	20	8.6	20	68	17	101	41	25	21	12	1.87
193830--193941	21	5.4	21	67	16	81	39	25	19	15	1.91
193807--193961	41	3.8	41	93	0	265	40	25	20	13	1.89
193894--194009	61	1.9	61	85	7	164	40	26	20	12	1.88
193812--193980	82	2.1	81	85	5	207	41	25	21	11	1.87
195424--195483	29	2.1	29	100	0	120	23	13	13	50	1.77
200108--200166	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
210525--210619	49	1.9	49	87	4	138	18	35	28	16	1.93
210613--210669	18	3.4	17	79	11	55	29	43	10	15	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210621--210669	18	2.8	19	85	11	61	32	38	12	16	1.86
216247--216291	12	3.8	12	88	5	56	64	6	2	26	1.30
216788--216843	28	2.0	27	83	10	69	37	3	1	57	1.27
222305--222406	45	2.4	42	80	11	100	23	37	15	23	1.93
232143--232169	13	2.1	13	100	0	54	40	22	0	37	1.54
252408--252504	43	2.2	44	83	7	117	28	16	27	26	1.97
252426--252633	43	4.8	43	74	7	140	26	17	25	30	1.97
256429--256625	42	4.7	42	73	12	192	33	19	18	27	1.96
256563--256710	72	2.0	73	85	6	203	35	19	16	29	1.93
261613--261656	21	2.1	21	82	0	52	40	22	0	36	1.54
264817--264882	31	2.1	31	91	0	105	31	31	7	28	1.85
268316--268402	43	2.0	43	95	0	156	37	19	22	19	1.94
269208--269398	94	2.0	94	97	0	364	28	14	15	41	1.87
282149--282200	22	2.4	22	75	12	54	25	5	9	59	1.51
284755--284783	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
285419--285455	15	2.5	15	90	0	56	54	0	2	43	1.14
286085--286128	2	21.5	2	95	4	79	50	0	2	47	1.13
286548--286618	33	2.2	33	82	5	81	32	1	4	61	1.23
295171--295199	15	1.9	15	100	0	58	13	58	13	13	1.63
310941--311060	58	2.1	58	83	0	150	43	27	7	21	1.79
312841--312892	19	2.8	18	81	16	70	71	0	0	28	0.87
312914--312952	16	2.4	17	91	4	62	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
312854--312956	17	5.9	17	70	14	68	67	0	0	31	0.97
315837--315862	12	2.2	12	100	0	52	42	26	0	30	1.56
332124--332162	20	2.0	20	89	0	60	12	28	20	38	1.89
332085--332150	30	2.2	30	83	0	87	10	27	25	36	1.89
332124--332170	20	2.3	20	85	0	58	12	27	21	38	1.90
343714--343808	47	2.0	47	100	0	190	41	12	6	40	1.68
343940--343993	18	3.0	18	77	0	63	22	16	11	50	1.77
344461--344614	21	7.3	21	70	19	124	37	22	19	21	1.95
344457--344635	42	4.3	42	96	0	322	35	22	20	21	1.96
344454--344641	21	8.9	20	71	16	123	35	21	20	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5