genome.fa.s8187.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008187.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110794_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1300289

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
697409--697459	26	1.9	26	84	4	66	60	3	1	33	1.26
698056--698089	18	1.9	18	88	5	52	47	0	0	52	1.00
709425--709471	21	2.2	21	96	0	85	29	25	23	21	1.99
710257--710421	23	7.8	23	79	14	155	36	23	21	18	1.95
710250--710385	61	2.2	63	92	5	222	35	23	21	19	1.96
710359--710455	41	2.4	41	96	0	176	36	21	20	21	1.96
710387--710455	20	3.4	20	76	11	86	36	20	21	21	1.95
718486--718523	2	19.0	2	88	0	58	44	50	5	0	1.24
718730--718834	24	4.1	24	77	16	86	41	22	12	22	1.87
718731--718790	30	2.0	30	100	0	120	43	23	10	23	1.83
718770--718849	24	3.3	24	89	3	108	38	23	16	21	1.92
719122--719174	6	8.8	6	97	0	97	35	50	13	0	1.41
719380--719484	24	4.1	24	76	16	77	42	20	12	23	1.86
719381--719439	30	2.0	30	96	0	109	45	20	10	23	1.81
719427--719499	24	3.0	24	92	4	112	38	21	17	21	1.93
718396--719680	650	2.0	634	95	2	2329	37	23	16	21	1.93
719690--719749	30	2.0	30	96	0	111	43	21	10	25	1.83
719729--719808	24	3.3	24	91	3	117	38	22	16	22	1.92
719368--719985	309	2.0	309	97	0	1164	42	17	16	24	1.88
723216--723290	38	2.0	37	84	5	98	46	4	1	48	1.29
724922--724982	24	2.7	23	80	12	63	47	3	4	44	1.41
732854--732891	15	2.4	17	86	8	53	42	0	7	50	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734085--734109	13	1.9	13	100	0	50	16	4	0	80	0.87
738345--738399	28	2.0	28	100	0	110	54	1	0	43	1.10
738744--738804	25	2.4	25	83	2	68	39	9	0	50	1.35
738760--738813	25	2.1	25	86	3	72	31	18	1	48	1.59
746522--746557	18	2.0	18	88	0	54	55	8	8	27	1.58
758517--758604	43	2.0	43	85	8	117	54	5	4	35	1.45
758732--758805	29	2.6	29	77	8	80	56	0	6	36	1.26
761311--761348	19	2.0	19	100	0	76	10	36	21	31	1.87
761685--761767	29	2.9	28	68	7	78	36	7	22	33	1.82
762572--762642	17	3.5	20	67	25	51	38	4	1	56	1.28
762700--762763	33	2.0	33	93	3	112	17	1	40	40	1.59
762970--763008	16	2.4	16	100	0	78	43	12	0	43	1.42
765382--765449	31	2.2	31	78	5	75	41	2	5	50	1.42
766888--766941	21	2.6	21	84	0	72	31	53	11	3	1.53
770008--770066	32	1.9	31	89	6	93	45	5	0	49	1.24
770497--770532	18	2.0	18	100	0	72	38	44	0	16	1.48
770909--770984	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
771109--771160	20	2.9	18	81	13	56	23	23	7	46	1.78
771113--771161	16	2.8	17	77	17	55	24	24	8	42	1.81
772251--772295	23	2.0	24	83	12	60	33	0	8	57	1.30
774662--774707	22	2.1	21	84	4	56	28	2	2	67	1.14
782528--782564	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
784946--785027	38	2.2	38	90	0	128	21	17	20	40	1.91
790824--790937	59	1.9	60	87	1	167	36	16	13	33	1.87
791272--791326	28	2.0	28	85	7	76	32	14	18	34	1.91
793388--793445	30	2.0	29	90	10	91	43	15	13	27	1.85
793412--793515	55	1.9	55	86	2	147	39	15	14	30	1.87
793387--793487	28	3.6	28	71	20	86	40	18	14	25	1.89
799707--799737	16	1.9	16	100	0	62	6	25	12	54	1.62
805295--805339	20	2.2	21	84	4	56	66	8	8	15	1.43
811128--811173	22	2.1	22	100	0	92	21	21	8	47	1.77
811778--811820	21	2.0	21	100	0	86	32	13	18	34	1.90
819108--819153	21	2.2	21	84	7	58	65	10	0	23	1.24
822204--822228	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
822522--822575	2	27.0	2	92	0	90	46	0	1	51	1.11
827903--827954	26	2.0	26	100	0	104	26	23	23	26	2.00
829272--829306	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
830244--830289	23	2.0	23	100	0	92	21	21	21	34	1.97
834498--834545	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
834924--834975	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
834934--834996	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
834657--835713	431	2.5	431	98	0	2034	39	12	8	39	1.73
835355--835406	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
835365--835427	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
835712--835777	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
838244--838586	184	1.9	183	92	0	578	33	16	14	35	1.89
840055--840132	3	26.0	3	74	0	66	23	34	6	35	1.80
840056--840144	42	2.1	42	89	0	133	21	34	7	35	1.82
840055--840132	18	4.3	18	76	0	75	23	34	6	35	1.80
840063--840147	21	4.6	18	68	22	59	20	35	8	36	1.82
840059--840147	6	14.3	6	74	6	61	20	34	7	37	1.82
841600--842970	199	6.9	199	98	0	2636	31	15	15	37	1.89
841600--842970	596	2.3	597	98	0	2636	31	15	15	37	1.89
843089--843137	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
844930--844995	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
845029--845093	21	3.1	21	80	6	69	15	29	15	40	1.88
847324--847366	20	2.3	18	82	17	61	18	16	11	53	1.72
847329--847375	20	2.3	20	89	10	78	17	17	10	55	1.69
847497--847542	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
855039--855084	21	2.2	21	100	0	92	34	13	17	34	1.88
855259--855292	17	1.9	17	88	5	50	38	0	5	55	1.24
855359--855458	43	2.3	43	83	6	123	37	1	11	51	1.44
855859--855919	17	3.4	17	80	12	77	40	0	9	49	1.36
857997--858069	30	2.4	30	93	0	119	31	23	20	24	1.98
858052--858180	63	2.1	62	85	7	181	33	20	19	27	1.96
858055--858182	31	4.1	31	79	9	143	34	21	17	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
859173--859203	16	1.9	16	93	0	53	51	16	0	32	1.44
859558--859602	21	2.1	21	83	0	54	15	24	26	33	1.95
861173--861290	40	2.8	41	79	14	134	48	11	0	38	1.46
861300--861339	21	1.9	21	100	0	80	57	15	0	27	1.38
868785--868846	23	2.7	23	82	0	70	38	16	16	29	1.90
879536--879572	7	5.4	7	87	6	58	27	29	27	16	1.97
879535--879572	13	2.8	14	84	8	60	28	28	26	15	1.96
879563--879619	17	3.4	17	95	0	96	17	26	40	15	1.90
879613--879702	19	4.7	19	89	6	128	26	30	25	17	1.98
879615--879702	9	9.1	10	77	12	94	27	30	23	18	1.97
886855--886891	7	5.4	7	93	6	67	24	29	29	16	1.96
886855--886891	13	2.7	14	91	8	67	24	29	29	16	1.96
886881--886921	17	2.4	17	95	0	73	17	24	41	17	1.89
886915--886985	19	3.7	19	92	1	106	28	29	23	18	1.98
886917--886985	9	7.1	10	79	12	81	28	30	21	18	1.97
888683--888777	43	2.2	43	94	0	163	37	35	9	16	1.82
888872--888923	24	2.2	24	82	0	59	50	17	11	21	1.77
888892--889010	24	5.0	24	84	6	143	40	18	15	25	1.90
890747--890841	43	2.2	43	96	0	172	37	36	9	15	1.80
890936--890987	24	2.2	24	82	0	59	50	17	11	21	1.77
890956--891074	24	5.0	24	87	6	152	40	19	15	24	1.91
890959--891092	48	2.8	47	79	6	144	41	18	14	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
897438--897497	29	2.0	29	84	9	77	23	3	1	71	1.10
897499--897549	23	2.3	23	89	3	77	21	7	7	62	1.48
912071--912129	23	2.6	23	86	5	75	50	3	1	44	1.28
915065--915107	21	2.0	21	81	0	50	46	11	18	23	1.82
916479--916509	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
917298--917323	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
932796--932834	19	2.1	19	90	0	60	33	25	15	25	1.95
933230--933266	16	2.2	17	90	9	58	40	0	8	51	1.32
933230--933261	16	2.0	16	100	0	64	43	0	6	50	1.27
938006--940058	106	19.4	106	95	0	3617	33	25	17	23	1.96

Tables:   1   2   3   4   5