genome.fa.s8188.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008188.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110796_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  349969

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158--216	31	1.9	31	86	6	84	28	0	47	23	1.52
2004--2050	19	2.5	19	92	0	76	29	2	10	57	1.44
2167--3324	198	5.9	199	94	2	2015	36	15	16	31	1.90
2167--3324	390	2.9	395	94	2	2023	36	15	16	31	1.90
4780--4841	18	3.4	18	79	0	79	37	9	35	17	1.83
4780--4871	6	15.3	6	79	0	67	36	7	34	20	1.81
4795--4875	3	27.0	3	75	0	72	35	6	34	23	1.80
4783--4859	36	2.1	36	90	0	118	35	9	35	20	1.85
4783--4871	12	7.4	12	84	0	88	35	7	34	21	1.82
4780--4871	18	5.1	18	77	0	76	36	7	34	20	1.81
6242--6286	22	2.0	22	83	8	56	42	11	8	37	1.72
6326--6997	183	3.7	183	95	0	1202	35	14	16	33	1.89
9471--9535	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
9882--10030	23	6.5	23	87	0	208	35	5	19	39	1.75
9882--10031	46	3.3	46	93	0	255	36	5	19	39	1.74
10440--10476	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
10733--10819	39	2.2	39	91	0	147	48	19	13	18	1.81
11241--11313	23	3.2	23	86	0	92	35	4	20	39	1.72
11670--11733	23	2.8	23	87	0	92	37	4	20	37	1.74
11670--11742	23	3.2	23	82	7	85	35	4	20	39	1.72
11038--12090	429	2.5	429	97	0	2000	42	7	11	38	1.69
13151--13223	37	2.0	37	100	0	146	19	13	12	54	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28135--28178	23	2.0	23	81	4	54	61	0	4	34	1.16
28139--28222	37	2.3	37	100	0	168	63	0	4	32	1.15
30293--30331	16	2.4	17	86	4	53	74	0	2	23	0.94
34789--34822	18	1.9	17	94	5	59	55	0	0	44	0.99
39524--39554	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
51860--51890	5	6.2	5	92	0	53	0	3	38	58	1.15
52027--52138	50	2.3	50	87	1	154	16	34	28	19	1.94
52054--52151	50	2.0	49	86	8	135	17	34	27	20	1.95
52439--52660	111	2.0	111	94	0	390	36	8	9	45	1.68
53445--53487	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
53467--53618	67	2.2	68	87	3	209	28	27	26	17	1.97
53919--53989	28	2.5	29	90	2	108	39	9	12	38	1.77
54004--54079	30	2.5	30	83	8	93	35	9	22	32	1.86
54282--54348	22	3.0	22	97	0	125	19	26	25	28	1.99
59116--59158	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
59138--59286	64	2.3	65	87	4	201	28	28	26	17	1.98
59588--59659	29	2.5	29	93	0	117	38	9	12	38	1.76
59673--59750	30	2.6	29	82	8	93	35	8	21	33	1.85
59953--60019	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
67873--68052	74	2.4	74	86	3	238	29	12	10	47	1.75
69771--69917	60	2.4	59	77	6	143	29	12	21	36	1.90
74184--74238	28	1.9	29	82	10	69	38	18	7	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79349--79408	3	20.7	3	80	16	65	70	0	3	26	1.03
79345--79414	24	2.7	27	83	14	87	71	0	2	25	1.00
79538--79791	36	7.0	34	75	12	202	42	5	4	46	1.49
79538--79791	74	3.5	70	78	10	233	42	5	4	46	1.49
79784--79830	4	12.0	4	88	4	60	74	4	0	21	0.99
80442--81061	84	7.6	80	77	5	630	24	20	24	30	1.99
80447--81061	81	7.5	82	76	5	605	24	20	24	29	1.99
80373--81048	164	4.1	164	91	1	980	24	20	24	30	1.99
84402--84447	19	2.4	19	96	0	83	65	10	13	10	1.48
87587--87649	3	21.7	3	81	15	71	69	0	3	26	1.03
87591--87652	10	6.5	10	83	5	76	69	0	3	27	1.04
87727--87793	34	2.0	34	90	0	107	43	5	4	46	1.48
87779--88036	36	6.9	36	75	11	198	43	5	4	46	1.48
87772--88036	37	7.1	36	75	10	180	43	5	4	46	1.47
87816--88039	74	3.0	72	80	8	220	43	5	4	46	1.48
93937--93981	22	2.0	22	91	0	72	33	8	33	24	1.86
94788--94845	17	3.8	17	68	29	58	37	8	6	46	1.61
94785--94837	27	2.0	27	100	0	106	41	11	3	43	1.58
95038--95169	68	1.9	71	83	7	173	37	18	12	31	1.87
95038--95184	68	2.1	70	80	8	158	36	17	11	34	1.86
106162--106202	19	2.2	19	90	0	64	46	19	17	17	1.85
116700--116751	17	3.2	17	75	10	54	32	1	13	51	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122679--122758	24	3.3	24	78	0	88	53	16	15	15	1.73
122732--122768	14	2.6	14	95	0	65	59	10	13	16	1.61
124988--125039	20	2.6	20	81	0	59	40	5	11	42	1.65
125552--125651	44	2.3	44	85	3	130	24	16	5	55	1.61
129568--129720	20	7.7	20	96	0	270	39	17	20	22	1.92
129915--129979	22	3.0	22	86	0	76	24	36	15	23	1.93
130308--130377	33	2.1	34	84	7	90	14	20	25	40	1.90
130389--130427	20	2.0	20	84	0	51	15	12	20	51	1.76
132393--132450	20	2.9	20	81	0	71	39	18	15	25	1.91
132497--132583	20	4.3	20	92	0	138	20	18	21	39	1.93
134558--134591	14	2.4	14	90	0	50	32	0	20	47	1.51
134697--134792	33	2.8	33	90	3	138	41	20	23	13	1.88
134730--134796	20	3.7	19	72	22	72	44	19	22	13	1.85
134807--134902	33	2.9	34	85	3	131	13	22	20	42	1.87
134874--134961	20	4.7	20	73	21	100	17	21	25	36	1.94
137384--137430	24	2.0	24	95	0	85	36	17	17	29	1.92
138271--138337	20	3.3	20	87	0	89	23	17	26	31	1.97
138324--138399	20	3.8	20	96	0	143	15	19	23	40	1.90
138313--138397	40	2.1	40	89	4	127	18	18	25	36	1.94
138406--138451	21	2.2	21	92	0	74	39	17	26	17	1.91
139911--139960	14	3.5	14	72	5	55	26	12	26	36	1.91
143166--143215	24	2.1	24	85	7	66	60	14	2	24	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152178--152209	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00
152298--152328	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
152337--152401	14	4.3	15	74	21	57	20	7	1	70	1.19
163099--163135	18	2.0	20	89	10	60	75	0	21	2	0.92
163854--164222	103	3.6	103	91	4	597	33	25	18	21	1.97
164146--164299	77	2.0	76	97	2	292	37	27	12	22	1.91
170847--170880	15	2.3	15	94	0	59	0	47	2	50	1.16
170838--170883	18	2.5	19	82	6	60	0	45	2	52	1.13
171404--171438	14	2.4	15	90	4	54	37	5	42	14	1.69
171758--171831	29	2.5	30	80	4	87	44	6	9	39	1.63
174218--174308	39	2.3	39	86	3	121	18	26	23	31	1.97
176386--176419	13	2.9	11	84	16	50	55	0	0	44	0.99
176390--176422	13	2.5	13	95	0	57	63	0	0	36	0.95
178324--178366	16	2.7	16	88	0	68	62	2	0	34	1.08
179549--179668	15	7.5	15	73	19	82	43	0	5	51	1.23
179630--179686	18	3.4	18	69	18	59	33	0	12	54	1.38
179616--179691	32	2.4	32	97	0	143	36	0	9	53	1.33
179592--179825	80	2.9	79	85	11	287	35	0	12	52	1.39
179718--179991	32	8.7	32	69	25	201	34	0	13	52	1.40
179719--180023	54	5.6	54	84	13	426	34	0	12	52	1.39
179805--179847	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
179971--180013	22	2.0	22	95	0	77	34	0	11	53	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179718--180008	112	2.7	104	86	10	383	34	0	13	52	1.41
180038--180096	31	1.9	31	92	0	100	42	10	6	40	1.65
182717--182801	42	2.0	43	95	2	154	34	11	17	36	1.86
186821--186933	60	1.9	60	83	3	147	46	3	12	38	1.59
209259--209610	100	3.5	98	75	6	330	47	10	13	28	1.77
209259--209625	200	1.8	201	82	1	468	47	10	13	28	1.76
209259--209684	200	2.1	201	80	3	464	47	10	13	27	1.76
209184--209623	100	4.4	99	74	7	315	47	10	13	28	1.75
210175--210223	21	2.4	20	83	12	64	40	2	4	53	1.32
212386--212417	16	2.0	16	93	0	55	28	18	18	34	1.95

Tables:   1   2