genome.fa.s8197.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008197.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110816_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  560007

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1433--2828	198	7.1	198	95	3	2426	32	15	15	37	1.88
1433--2828	395	3.6	394	94	3	2436	32	15	15	37	1.88
2908--2952	19	2.4	19	92	0	72	57	8	2	31	1.41
6896--6948	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
7258--7304	20	2.3	20	89	10	78	17	17	10	55	1.69
7370--7816	228	2.0	225	94	1	777	39	7	8	45	1.61
11944--11995	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
12412--12485	37	2.0	38	92	5	125	44	20	5	29	1.73
13086--14127	519	2.0	519	98	0	2003	25	23	18	32	1.97
16296--16327	15	2.1	15	94	0	55	6	25	15	53	1.65
17529--17631	35	2.9	35	89	2	152	44	18	5	31	1.73
25151--25176	9	2.9	9	100	0	52	19	34	23	23	1.96
26066--26109	20	2.2	20	87	0	61	20	20	13	45	1.85
33249--33302	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
33730--33778	26	2.0	24	84	8	62	63	2	0	34	1.06
35659--35695	7	5.3	7	100	0	74	27	13	29	29	1.94
36136--36191	27	2.0	28	89	3	87	41	1	3	53	1.29
39524--39578	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
39619--39692	24	3.2	24	73	5	71	64	2	6	25	1.31
39692--39718	14	1.9	14	100	0	54	59	3	7	29	1.42
39717--39776	26	2.3	26	85	2	77	66	5	8	20	1.37
39742--39807	33	2.0	33	88	5	98	66	6	9	18	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42228--42256	12	2.4	12	100	0	58	0	41	31	27	1.56
43472--43518	24	2.0	22	92	8	76	34	2	4	59	1.29
43887--43942	20	2.7	21	77	5	60	17	19	39	23	1.92
45444--45478	17	2.0	18	94	5	63	28	20	11	40	1.87
50434--50787	45	7.8	45	90	1	521	33	19	22	24	1.97
50742--51018	73	3.8	73	94	1	468	30	20	21	27	1.98
50742--51018	147	1.9	144	93	2	482	30	20	21	27	1.98
50965--51065	47	2.1	47	94	0	184	25	20	21	31	1.98
50819--51207	194	2.0	195	92	2	647	30	21	19	28	1.97
51013--51506	73	6.7	73	91	1	799	31	20	19	27	1.97
51457--51530	22	3.0	26	60	25	61	29	17	18	33	1.94
51453--51600	47	3.1	47	94	0	251	29	19	18	32	1.96
51161--51881	389	1.9	386	92	1	1228	31	21	19	27	1.97
51547--51882	73	4.6	73	93	1	564	31	21	20	26	1.98
51311--51882	243	2.5	240	85	8	756	31	21	19	27	1.97
51233--51822	316	1.9	313	93	1	1018	31	21	19	27	1.97
56395--56467	35	2.1	35	87	10	105	30	0	26	43	1.55
56403--56490	42	2.1	42	85	4	115	28	0	28	43	1.55
56767--56808	17	2.5	17	92	0	66	23	19	28	28	1.98
56788--56839	11	4.6	11	83	4	59	28	25	23	23	1.99
56797--56864	24	2.9	23	84	6	75	29	27	20	22	1.98
63444--63474	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63740--63766	14	1.9	14	100	0	54	59	3	7	29	1.42
65161--65194	9	3.9	9	84	7	52	61	0	0	38	0.96
65157--65194	17	2.3	16	95	4	67	63	0	0	36	0.95
85955--86080	27	4.4	27	87	9	171	43	34	8	13	1.75
86455--86506	25	2.1	25	96	0	95	40	21	9	28	1.84
86847--86881	18	1.9	18	94	0	61	37	0	0	62	0.95
95615--95647	4	8.2	4	100	0	66	75	0	0	24	0.80
97100--97156	27	2.3	25	78	18	66	54	0	0	45	0.99
97097--97135	19	2.1	19	85	0	51	48	0	0	51	1.00
101977--102016	21	1.9	21	85	10	55	32	2	30	35	1.71
102717--102794	19	3.8	20	74	15	70	17	25	30	25	1.97
102717--102796	20	3.9	20	74	19	67	17	26	30	26	1.97
104020--104239	31	7.1	31	94	0	386	33	14	12	40	1.83
104749--104925	64	2.8	64	86	5	225	24	19	22	32	1.97
104816--104973	64	2.5	64	84	6	187	26	22	18	31	1.97
108015--108296	31	9.1	31	94	0	492	32	14	12	40	1.83
108811--109027	64	3.4	63	78	9	190	27	19	20	32	1.97
130278--130335	21	2.7	21	91	2	98	15	22	17	44	1.86
130272--130345	21	3.5	21	85	3	87	18	24	18	37	1.94
130355--130447	41	2.3	41	79	7	100	24	22	18	34	1.96
130272--130447	21	8.5	21	73	9	78	24	22	18	35	1.96
130252--130490	102	2.3	103	84	6	315	26	21	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131008--131074	19	3.5	19	85	2	89	47	25	16	10	1.78
131075--131204	33	3.9	33	94	1	206	10	23	22	43	1.85
131092--131180	14	5.6	14	69	23	61	10	23	23	42	1.84
131284--131357	25	2.6	28	71	20	73	18	5	18	56	1.60
133374--133440	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
133322--133440	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
134923--135003	33	2.5	33	97	0	153	46	20	20	11	1.81
134931--134983	19	3.1	19	66	23	53	49	20	20	9	1.77
135012--135138	33	3.9	32	83	8	175	15	22	18	43	1.88
135005--135135	66	2.0	66	95	0	235	16	22	17	42	1.88
137430--137454	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
138237--138270	12	2.9	12	91	4	52	38	5	38	17	1.74
138467--138518	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
138503--138594	20	4.6	20	73	2	76	39	20	18	21	1.93
138808--138890	20	4.2	20	70	6	69	42	22	19	15	1.89
140626--140672	20	2.3	20	85	0	58	40	25	19	14	1.90
140638--140681	20	2.2	20	88	4	63	36	20	25	18	1.95
140666--140756	14	5.4	18	69	23	81	46	23	17	13	1.83
140683--140772	14	5.8	14	71	21	72	47	24	16	11	1.79
140666--140788	33	3.8	33	91	2	194	46	25	17	11	1.81
140784--140847	19	3.6	19	76	20	84	14	20	20	45	1.85
140832--140875	20	2.2	20	84	4	54	20	22	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141362--141406	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
154970--155012	6	7.2	6	83	0	50	9	16	39	34	1.80
154970--155009	18	2.2	18	90	0	62	10	17	37	35	1.83
160868--160892	6	4.2	6	100	0	50	0	16	48	36	1.46
164616--164640	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
171728--171755	13	2.2	13	100	0	56	28	7	35	28	1.84
176530--176570	21	1.9	21	85	5	55	48	7	9	34	1.64
182121--182159	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
182340--182398	20	2.8	21	79	10	66	20	25	33	20	1.97
182339--182389	23	2.3	23	83	6	70	21	21	39	17	1.93
191844--191944	48	2.1	48	98	0	193	34	22	15	26	1.95
201670--201784	56	2.0	57	98	1	223	30	14	24	30	1.95
213635--213716	3	28.0	3	74	14	64	40	0	2	57	1.12
213635--213716	21	4.0	22	73	20	88	40	0	2	57	1.12
213734--213803	26	2.7	26	95	0	122	40	30	18	11	1.86
221097--221158	21	3.0	21	73	0	61	45	11	9	33	1.73
222308--222364	20	2.8	20	71	10	62	38	26	12	22	1.89
222431--222479	20	2.5	20	96	0	89	26	14	28	30	1.95
222473--222543	37	1.9	37	91	5	117	18	15	23	42	1.88
222580--222907	57	5.8	57	90	0	485	27	14	21	36	1.92
224106--224147	16	2.5	17	84	7	50	42	0	2	54	1.13
225070--225136	22	3.2	22	63	16	61	38	2	2	55	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225052--225173	40	3.0	40	97	0	235	41	2	4	51	1.34
228649--228683	16	2.2	16	90	10	54	37	0	0	62	0.95
228670--228717	25	1.9	25	83	8	62	29	4	2	64	1.23
228839--228907	33	2.1	33	81	10	79	42	0	1	56	1.08
228970--229013	21	2.0	22	86	4	63	47	4	0	47	1.22
229085--229159	38	2.0	38	100	0	150	40	6	2	50	1.43
229923--229958	15	2.4	15	95	0	63	30	16	30	22	1.96
230017--230061	18	2.5	18	82	13	65	24	20	40	15	1.91
237914--237975	21	3.0	21	70	0	61	45	9	9	35	1.70
238877--238923	24	2.0	24	86	0	67	59	2	2	36	1.21

Tables:   1   2