genome.fa.s8201.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008201.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110821_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  276706

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1136--1603	92	5.1	93	96	2	876	22	12	19	46	1.83
1647--1775	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
1683--1775	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
1647--1775	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
1771--1905	19	7.6	19	73	16	119	11	18	23	46	1.81
1793--1849	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
1776--1868	33	2.8	33	93	0	159	10	19	21	48	1.79
3826--3861	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
3968--4065	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
3968--4084	53	2.2	53	98	1	227	44	17	23	13	1.85
6394--6418	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
6593--6639	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
7322--7571	20	12.5	20	84	3	261	19	18	24	37	1.94
7558--7640	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
7538--7636	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
16080--16115	18	2.0	18	88	0	54	61	0	5	33	1.19
17839--17868	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
18542--18580	20	2.0	20	89	0	60	33	2	5	58	1.33
19930--20011	36	2.3	36	87	4	114	32	3	17	46	1.65
19949--20028	36	2.3	35	89	4	124	31	2	17	48	1.60
21207--21238	15	2.1	15	94	0	55	53	15	25	6	1.65
21648--21696	24	2.1	23	88	3	71	40	8	26	24	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24290--24359	35	2.0	35	94	5	124	30	5	17	47	1.70
40656--40712	1	57.0	1	76	0	51	87	0	10	1	0.61
40668--40712	14	3.0	15	87	9	65	88	0	11	0	0.50
40652--40712	26	2.3	26	91	5	97	85	0	13	1	0.68
40656--40712	13	4.3	14	86	10	84	87	0	10	1	0.61
41678--42031	136	2.6	135	88	2	523	35	18	22	24	1.96
47078--47129	25	2.1	25	96	0	95	30	11	9	48	1.72
47583--47610	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
58151--58222	17	4.4	17	72	13	71	65	4	6	23	1.35
58155--58222	16	4.2	16	72	23	63	66	4	7	22	1.35
58099--58220	56	2.2	55	78	10	122	60	4	9	26	1.45
59454--59480	6	4.5	6	100	0	54	14	18	0	66	1.25
60000--60060	31	2.0	31	100	0	122	49	3	16	31	1.62
63287--63324	15	2.5	15	87	12	51	5	15	2	76	1.08
65888--67082	106	11.3	106	96	0	2076	33	25	17	23	1.96
65888--67082	423	2.8	423	95	0	2144	33	25	17	23	1.96
74343--74368	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
78888--78966	32	2.5	32	81	4	97	16	31	29	22	1.96
83067--83251	91	2.1	87	91	7	295	36	11	3	48	1.55
83663--83838	20	8.6	20	72	8	113	26	24	20	28	1.99
83678--83736	21	2.7	22	76	5	75	22	25	20	32	1.98
84475--84526	20	2.6	20	90	0	77	17	19	26	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84494--84549	20	2.8	20	88	0	76	12	16	21	50	1.78
84513--84556	20	2.2	20	87	0	61	13	13	18	54	1.71
86123--86168	21	2.2	21	84	7	58	15	17	32	34	1.91
86512--86578	20	3.5	19	86	8	91	17	19	26	35	1.94
87066--87169	21	5.0	21	70	10	70	22	35	17	25	1.95
88566--88627	14	4.3	14	73	6	52	38	1	14	45	1.55
88726--88778	20	2.7	20	81	0	61	47	24	16	11	1.80
88742--88779	20	1.9	20	94	0	67	52	18	21	7	1.70
88788--89039	40	6.9	34	73	16	159	23	19	22	34	1.97
88822--89098	20	14.4	20	76	11	267	24	19	23	32	1.97
88782--88964	74	2.5	74	91	0	276	24	20	22	32	1.98
88822--89098	114	2.4	114	89	0	437	24	19	23	32	1.97
88938--89078	74	1.9	74	83	2	185	23	17	23	35	1.95
88773--89133	94	3.9	94	77	12	339	24	18	22	33	1.97
89115--89380	140	1.9	140	98	0	514	42	15	12	29	1.84
89440--89474	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
91511--91547	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
91737--91790	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
92612--92722	20	5.6	20	87	4	100	26	19	21	32	1.97
92620--92780	20	7.9	20	78	9	94	28	19	23	28	1.98
93062--93155	46	2.0	46	81	4	109	36	14	10	38	1.81
93182--93227	21	2.1	22	84	4	58	54	0	8	36	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93276--93301	11	2.4	11	100	0	52	38	15	7	38	1.76
105106--105131	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
107003--107029	12	2.2	12	100	0	54	44	7	14	33	1.73
112217--112287	32	2.4	32	84	11	89	52	0	0	47	1.00
112206--112285	13	5.8	15	66	20	50	51	0	0	48	1.00
112203--112287	38	2.3	37	86	6	127	50	0	0	49	1.00
112825--112857	17	1.9	17	93	0	57	48	18	0	33	1.48
135730--135754	9	2.8	9	100	0	50	52	0	0	48	1.00
137968--138001	13	2.8	12	86	8	50	50	11	0	38	1.39
138920--139013	30	3.1	30	89	3	136	32	26	20	20	1.97
139001--139068	31	2.2	31	81	5	84	33	17	19	29	1.95
139953--139997	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
140707--140753	20	2.3	20	85	0	58	21	21	23	34	1.97
142246--142315	34	2.1	32	86	5	95	25	28	14	31	1.95
142679--142733	20	2.7	21	94	2	94	27	18	34	20	1.95
142778--142815	13	2.9	13	96	0	67	23	21	36	18	1.95
142907--142966	30	2.0	30	96	0	111	45	20	5	30	1.72
144223--144270	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
145136--145190	8	6.5	8	81	12	58	14	34	25	25	1.94
147642--147743	24	4.2	24	75	5	89	20	16	16	46	1.85
149806--149840	18	1.9	18	94	0	61	17	48	17	17	1.81
149836--149863	7	4.0	7	100	0	56	14	28	28	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152339--152440	24	4.2	24	77	5	98	20	15	16	47	1.83
152600--152638	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
154391--154467	8	11.1	8	70	27	52	24	16	36	22	1.94
154391--154485	20	4.7	20	94	1	154	26	17	34	21	1.95
154410--154584	95	1.8	97	85	7	250	24	18	30	26	1.98
154666--154725	30	2.0	30	93	0	102	45	18	5	31	1.71
160545--160579	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
160578--160611	16	2.1	16	100	0	68	26	17	35	20	1.95
161914--161984	33	2.2	33	90	7	110	21	14	4	60	1.50
162950--163051	34	2.9	35	86	4	143	44	11	13	30	1.80
163616--163656	21	2.1	19	86	9	55	26	7	0	65	1.18
165779--165818	18	2.2	18	100	0	80	20	32	12	35	1.90
166338--166376	8	5.0	8	84	6	53	10	17	12	58	1.61
167542--167575	16	2.1	16	89	10	52	76	8	14	0	1.01
167564--167639	23	3.2	23	76	9	64	76	9	13	1	1.08
168254--168304	22	2.3	22	96	0	93	35	27	11	25	1.91
168702--168737	18	2.0	18	88	0	54	19	8	30	41	1.81
169164--169459	36	8.4	35	74	12	169	25	18	15	40	1.90
170132--170886	105	7.3	105	91	3	1105	34	26	17	21	1.96
170132--170886	209	3.7	208	90	5	1112	34	26	17	21	1.96
171434--171535	34	2.9	36	91	5	172	44	13	14	27	1.83
171980--172021	2	21.5	2	95	4	77	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172134--172168	16	2.1	18	89	10	56	25	8	0	65	1.21
174748--174782	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
176659--176703	23	2.0	23	82	8	56	37	2	4	55	1.32
192730--192775	7	6.6	7	94	0	83	43	13	17	26	1.85
195945--195997	19	2.8	18	80	8	61	30	35	16	16	1.92
195881--196042	83	1.9	84	82	6	204	30	27	17	24	1.97
196014--196062	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
204493--204551	23	2.7	23	79	7	61	22	33	25	18	1.96
204534--204571	20	1.9	20	88	0	58	26	36	26	10	1.89
206850--206907	18	3.3	18	66	9	57	39	0	22	37	1.54

Tables:   1   2