genome.fa.s8212.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008212.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110834_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  343056

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1484--1554	19	3.7	19	98	0	133	29	16	32	21	1.95
2274--2335	18	3.3	18	80	8	79	20	17	30	30	1.96
2274--2346	18	3.9	18	80	7	74	21	19	28	30	1.98
6831--6928	47	2.1	45	87	7	135	23	3	14	59	1.49
10464--10541	40	2.0	40	84	5	104	17	21	23	37	1.94
11531--11562	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
21849--22137	144	2.0	144	91	0	470	42	18	8	30	1.81
25626--25679	27	2.0	27	96	0	99	29	12	22	35	1.91
36484--36749	90	3.0	90	96	0	471	45	6	10	37	1.64
52544--52592	18	2.7	18	100	0	98	24	22	30	22	1.99
53169--53230	30	2.1	30	84	0	79	40	17	3	38	1.66
55149--55201	14	3.6	14	79	5	61	32	0	15	52	1.42
55147--55203	16	3.7	16	81	9	82	33	0	14	52	1.41
55145--55203	18	3.4	18	76	9	68	33	0	13	52	1.41
56434--56485	25	2.2	23	86	6	68	38	25	17	19	1.93
58386--58439	27	2.0	27	81	0	63	40	14	14	29	1.86
67720--67750	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
69562--69678	37	3.0	38	78	10	128	26	21	23	28	1.99
69562--69725	86	2.0	80	83	9	204	25	20	23	31	1.98
69599--69728	43	3.0	43	89	2	190	23	20	23	32	1.98
70144--70176	15	2.2	15	100	0	66	0	27	21	51	1.48
77698--77857	48	3.3	47	85	4	196	22	24	15	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81529--81577	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
83151--83184	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
88030--88393	190	1.9	190	89	1	561	25	18	23	33	1.97
88954--88978	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
89265--89315	21	2.4	21	86	0	75	35	23	15	25	1.94
95681--95736	18	3.3	18	73	14	64	62	25	10	1	1.37
95681--95744	33	1.9	33	87	6	94	60	25	10	3	1.44
95709--95765	27	2.0	29	86	6	82	64	22	7	5	1.38
96345--96407	14	4.2	15	78	12	67	26	3	1	68	1.14
97109--97149	21	2.0	21	90	0	64	24	51	0	24	1.49
97702--97726	13	1.9	13	100	0	50	16	20	24	40	1.91
102986--103037	23	2.3	23	96	0	95	40	21	17	21	1.91
103981--104057	18	4.6	18	75	15	92	18	48	19	14	1.82
104003--104078	13	5.3	13	72	17	53	17	43	21	18	1.88
103985--104063	31	2.5	31	85	0	122	17	45	20	16	1.85
104039--104085	8	6.5	8	77	22	59	14	38	25	21	1.92
104055--104086	7	4.4	7	92	7	55	12	34	28	25	1.92
104039--104085	15	3.3	15	91	5	71	14	38	25	21	1.92
105381--105416	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
106511--106584	23	3.2	23	83	9	96	24	17	21	36	1.95
106517--106591	24	3.2	24	88	1	116	25	17	21	36	1.95
106670--106744	35	2.1	35	92	0	123	9	28	29	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108761--108837	18	4.6	18	75	15	92	18	48	19	14	1.82
108783--108858	13	5.3	13	72	17	53	17	43	21	18	1.88
108765--108843	31	2.5	31	85	0	122	17	45	20	16	1.85
108819--108865	8	6.5	8	77	22	59	14	38	25	21	1.92
108835--108866	7	4.4	7	92	7	55	12	34	28	25	1.92
108819--108865	15	3.3	15	91	5	71	14	38	25	21	1.92
110161--110196	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
111291--111364	23	3.2	23	83	9	96	24	17	21	36	1.95
111297--111371	24	3.2	24	88	1	116	25	17	21	36	1.95
111449--111523	35	2.1	35	92	0	123	9	28	29	33	1.88
112167--113287	455	2.5	454	84	3	1488	34	13	11	39	1.81
113198--113384	97	1.9	97	85	0	257	33	12	8	45	1.72
114250--114280	14	2.2	14	94	0	53	35	3	0	61	1.12
114681--114715	14	2.5	14	90	0	52	31	0	0	68	0.90
114001--115245	438	2.9	430	81	6	1321	35	12	11	40	1.80
126229--126272	19	2.3	19	100	0	88	45	6	18	29	1.75
130516--130565	22	2.3	22	89	0	73	42	2	2	54	1.23
130530--130566	19	2.1	17	90	10	56	43	0	0	56	0.99
130601--130627	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
133399--133537	5	28.2	5	67	25	75	41	1	2	54	1.24
133418--133509	38	2.4	38	76	12	98	39	1	3	56	1.23
133397--133514	9	12.6	10	70	22	62	41	0	3	54	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133419--133545	32	4.0	31	74	13	98	40	1	3	54	1.26
133466--133545	9	8.2	10	71	20	53	41	1	1	56	1.15
134688--134729	5	8.8	5	85	15	54	35	0	0	64	0.94
134688--134729	16	2.9	15	86	13	54	35	0	0	64	0.94
140604--140645	22	2.0	21	81	13	50	45	4	19	30	1.71
141004--141054	22	2.4	21	74	6	50	27	11	19	41	1.86
141059--141131	23	3.2	23	84	9	96	17	23	21	36	1.94
145897--145944	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
146455--146500	23	2.0	23	95	0	83	15	23	26	34	1.94
147505--147743	73	3.3	72	85	3	295	35	25	15	23	1.94
147505--147743	71	3.3	71	83	5	293	35	25	15	23	1.94
147911--148039	2	65.0	2	68	23	69	40	2	5	51	1.37
148033--148137	40	2.6	40	73	19	94	38	3	1	56	1.29
148112--148158	20	2.3	19	82	13	58	31	4	0	63	1.13
148748--148783	15	2.3	16	90	4	56	58	22	13	5	1.56
149417--149467	6	9.0	6	79	16	56	17	0	0	82	0.67
149418--149467	22	2.2	22	89	10	59	18	0	0	82	0.68
149418--149467	16	3.1	16	88	8	66	18	0	0	82	0.68
153485--153673	70	2.6	70	81	9	195	32	1	13	52	1.49
154285--154326	17	2.4	18	96	4	77	19	4	0	76	0.96
159613--159655	18	2.4	18	85	11	54	18	6	0	74	1.04
159727--159774	17	2.8	16	82	14	60	25	6	0	68	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163444--163590	64	2.3	63	83	5	179	28	17	21	32	1.96
164790--164911	24	5.6	20	71	18	68	23	21	25	29	1.99
164834--164899	24	2.8	24	90	0	105	28	22	22	25	1.99
170531--170586	21	2.7	21	97	0	103	30	19	25	25	1.98
170645--170790	64	2.3	65	82	7	183	30	15	21	32	1.94
172448--172497	22	2.2	23	80	20	61	46	2	0	52	1.12
175455--175854	194	2.1	193	82	2	473	36	12	11	40	1.78
181975--182016	22	2.0	21	90	4	66	40	35	0	23	1.55
182311--182361	19	2.8	19	77	16	63	78	1	15	3	0.99
182316--182372	20	2.8	20	84	10	80	78	1	15	3	0.96
185223--185259	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
186693--186772	22	3.6	22	84	0	97	26	25	20	28	1.99
189222--189262	22	1.9	21	90	5	64	34	36	2	26	1.70
194737--194914	20	8.9	20	76	11	125	34	25	12	26	1.93
194743--194929	60	3.1	60	80	10	163	34	25	12	27	1.92
194759--194930	20	8.6	20	76	11	142	36	23	12	27	1.91
195717--195750	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
198200--198235	18	2.0	18	94	0	63	55	22	2	19	1.56
198378--198412	18	2.0	17	88	5	52	11	11	14	62	1.54
198610--198659	25	2.0	25	92	0	82	26	6	22	46	1.74
199045--199081	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
200269--200342	20	3.7	20	92	0	112	21	20	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200306--200350	20	2.2	20	88	0	63	26	22	24	26	2.00
200258--200350	40	2.3	40	75	0	114	24	23	20	31	1.98
200325--200410	34	2.5	34	92	0	136	33	20	20	24	1.97
200475--200620	64	2.3	64	97	0	274	50	18	1	30	1.56
212892--212962	2	35.5	2	100	0	142	49	0	0	50	1.00
215503--215636	55	2.4	55	87	2	189	44	6	27	21	1.77
216023--216236	115	1.9	112	83	5	279	30	6	30	32	1.82
216634--216759	2	65.5	2	78	16	133	47	0	2	50	1.14
217554--217633	24	3.3	24	84	6	108	38	22	16	22	1.92
222109--222137	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2