genome.fa.s8212.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008212.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110834_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  343056

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 206 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222295--222346	24	2.2	24	82	0	59	48	21	11	19	1.80
222311--222393	12	6.8	13	63	15	52	36	21	19	22	1.95
222311--222398	24	3.7	23	89	6	122	35	20	19	25	1.96
222311--222408	24	4.1	23	80	7	90	37	18	18	25	1.93
225727--225821	24	4.0	23	77	14	95	42	4	5	48	1.45
225783--225821	9	4.7	9	81	18	57	35	0	7	56	1.28
225769--225833	24	2.9	22	80	8	85	43	1	4	50	1.32
225784--225813	15	2.0	15	100	0	60	40	0	6	53	1.27
225894--225988	20	4.7	20	71	14	59	42	6	5	46	1.51
225954--226002	20	2.4	21	89	6	82	42	10	4	42	1.57
226030--226137	11	10.4	11	72	11	84	44	3	2	49	1.34
226043--226190	20	8.6	19	69	19	69	43	3	4	48	1.38
226041--226111	20	3.5	20	83	7	90	45	2	2	49	1.31
226115--226217	16	6.3	16	70	16	59	42	3	6	46	1.48
226114--226206	16	5.6	17	72	9	77	41	4	5	48	1.45
233148--233180	16	2.1	16	100	0	66	39	0	12	48	1.40
236438--236483	23	2.0	23	100	0	92	13	21	39	26	1.90
239599--240453	182	4.7	182	86	3	1100	41	14	16	28	1.87
239599--240453	363	2.3	362	86	3	1182	41	14	16	28	1.87
242849--242889	21	2.0	21	95	0	73	41	12	31	14	1.83
242926--243025	33	3.0	33	95	0	182	29	0	46	25	1.53
244804--244851	18	2.6	19	90	3	71	31	0	12	56	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245162--245194	15	2.2	15	94	0	57	36	21	15	27	1.93
245217--246372	199	5.8	199	83	3	1376	37	14	16	32	1.88
248751--248795	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
250261--250575	149	2.1	149	95	1	569	27	16	21	34	1.95
250543--250587	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
253863--253907	21	2.1	21	84	8	56	31	26	24	17	1.97
255372--255678	149	2.1	149	96	0	569	28	16	20	34	1.95
255654--255698	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
257492--257539	24	2.0	24	83	0	60	33	2	14	50	1.55
258877--260043	200	5.8	198	86	3	1432	38	14	15	31	1.88
261487--261535	19	2.5	20	77	9	66	36	4	8	51	1.51
263972--264657	197	3.5	199	81	6	779	39	14	14	31	1.87
264682--264730	23	2.1	23	84	0	62	40	16	8	34	1.78
264766--264810	23	2.0	23	90	0	72	37	17	8	35	1.81
267738--267771	15	2.3	15	100	0	68	52	0	11	35	1.38
269379--269828	224	2.0	227	85	4	604	24	18	26	31	1.97
270873--270910	20	2.0	20	90	10	62	34	15	13	36	1.87
279447--279537	43	2.1	43	83	0	110	41	9	25	23	1.85
282850--282885	14	2.6	14	95	0	63	25	19	27	27	1.99
282878--282931	15	3.7	15	78	14	67	22	22	27	27	1.99
282875--282947	29	2.5	29	97	0	137	21	20	28	28	1.98
282861--282960	14	7.0	14	76	18	91	24	20	29	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284157--284384	114	2.1	105	78	10	233	32	7	28	32	1.84
284717--284865	19	8.6	17	68	24	64	44	3	2	48	1.33
284827--284911	17	5.2	17	68	20	56	47	5	1	45	1.34
284829--284948	46	2.6	46	92	5	188	45	5	0	48	1.30
284879--284947	29	2.4	29	88	4	97	47	4	0	47	1.21
289271--289295	11	2.3	11	100	0	50	16	12	8	64	1.49
292967--292994	12	2.3	12	100	0	56	7	10	53	28	1.62
294051--294093	18	2.4	17	85	11	59	32	9	13	44	1.76
294184--294401	83	2.6	82	78	4	213	34	18	16	30	1.93
294580--294721	2	72.0	2	66	18	57	45	0	6	47	1.33
294547--295282	20	38.3	19	67	21	205	44	3	5	47	1.43
294547--294850	22	13.2	22	70	17	133	44	1	5	48	1.37
294778--295288	2	255.0	2	66	19	194	44	3	4	46	1.42
294636--295071	11	40.5	11	66	21	112	43	3	5	47	1.44
294759--294987	57	3.9	61	77	15	214	43	3	4	48	1.39
294870--294994	63	2.0	63	84	6	164	40	4	6	48	1.50
295035--295147	9	11.6	10	73	12	76	46	4	1	47	1.33
296314--296786	4	118.2	4	100	0	946	24	0	24	50	1.50
298485--298659	55	3.2	55	87	0	224	42	6	29	22	1.78
298639--298754	47	2.5	47	84	1	153	39	2	33	24	1.69
298968--299173	113	1.8	114	81	5	256	31	7	28	33	1.84
299551--299726	42	4.1	42	74	19	141	44	2	3	48	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299617--299667	16	3.4	16	71	20	56	45	3	3	47	1.40
299619--299672	28	1.9	28	96	0	99	48	3	3	44	1.38
299711--299791	20	3.9	22	72	18	75	41	4	7	45	1.53
299647--299789	61	2.3	61	81	7	166	44	4	5	46	1.46
301182--301490	158	2.0	158	86	1	440	35	9	16	38	1.81
303813--304121	158	2.0	158	89	1	476	37	7	16	38	1.76
305920--305945	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
306423--306729	158	2.0	156	89	2	472	37	7	16	39	1.76
308529--308554	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
309032--309340	158	2.0	158	88	1	467	36	7	17	39	1.77
311617--311925	158	2.0	158	88	1	458	35	7	17	39	1.78
322409--322446	18	2.1	19	85	9	53	55	23	0	21	1.44
324332--324391	20	3.0	20	78	9	70	15	26	35	23	1.94
330800--330849	26	1.9	26	100	0	100	40	8	20	32	1.81
331080--331381	154	2.0	155	87	4	441	36	8	16	38	1.79
330939--332916	662	3.0	657	90	3	3082	35	10	15	39	1.81
332392--332700	157	1.9	159	88	4	464	35	9	16	38	1.81
333808--333878	16	4.4	16	83	0	79	39	4	7	49	1.49
333800--333895	41	2.3	42	79	13	108	42	3	6	47	1.44
342167--342234	35	2.0	34	94	5	120	29	11	16	42	1.83

Tables:   1   2

The End!