genome.fa.s8227.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008227.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110863_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  654371

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32--85	14	3.5	14	77	22	63	48	20	20	11	1.80
13--90	33	2.4	33	91	0	120	42	21	23	12	1.87
108--145	20	1.9	20	94	0	67	15	21	23	39	1.92
1200--1253	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
3742--3872	19	7.7	19	66	23	94	42	19	22	14	1.88
3742--3868	33	3.8	33	88	4	202	42	19	22	14	1.88
3743--3875	66	2.0	66	97	0	248	41	19	22	16	1.90
3868--3910	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
3896--3929	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
4051--4087	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
5444--5562	42	2.8	42	81	5	107	23	18	35	22	1.96
5474--5566	42	2.2	42	84	0	114	24	16	37	21	1.93
7568--7628	20	3.1	19	77	9	59	44	16	24	14	1.85
7593--7680	33	2.6	33	85	1	113	39	22	23	13	1.90
7663--7733	19	3.7	18	88	7	97	46	22	18	12	1.82
7722--7764	19	2.3	19	83	0	50	9	18	20	51	1.74
7729--7795	19	3.5	19	83	2	89	8	16	23	50	1.73
8316--8429	20	5.7	20	84	6	122	23	19	25	31	1.98
8316--8432	61	1.9	61	87	0	171	23	18	24	33	1.97
8316--8450	61	2.2	61	82	2	164	22	20	24	32	1.98
8836--8929	40	2.3	43	83	9	122	27	19	3	50	1.63
20741--20817	30	2.5	31	79	10	88	42	9	19	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21929--22005	30	2.6	29	80	10	93	42	10	23	23	1.84
22548--22589	19	2.2	19	86	0	57	47	7	19	26	1.74
23246--23270	12	2.1	12	100	0	50	48	16	8	28	1.74
26087--26186	30	3.3	30	90	1	128	23	18	25	34	1.96
27052--27135	29	2.9	29	94	0	150	13	32	33	21	1.91
40247--40307	21	3.2	21	65	26	62	31	4	16	47	1.68
40246--40316	36	2.0	35	97	2	133	30	5	16	46	1.70
49631--49655	12	2.1	12	100	0	50	28	16	16	40	1.89
63868--63923	29	2.0	28	82	10	69	21	10	7	60	1.53
63868--63923	28	2.0	29	82	10	71	21	10	7	60	1.53
70769--70797	15	2.0	15	93	6	51	55	13	13	17	1.70
71042--71074	15	2.2	15	100	0	66	15	24	33	27	1.95
71059--71111	18	2.7	19	77	14	54	22	24	28	24	2.00
72219--72247	15	1.9	15	100	0	58	27	13	6	51	1.66
72234--72280	22	2.1	22	96	0	85	25	17	6	51	1.69
79491--79528	20	1.9	20	84	10	51	76	0	15	7	1.01
79874--79910	18	2.1	18	89	0	56	27	16	5	51	1.66
80464--80505	17	2.5	17	100	0	84	57	4	19	19	1.58
80428--80544	56	2.1	56	88	1	173	50	6	23	19	1.71
80483--80765	122	2.3	123	93	1	478	40	14	20	24	1.89
81056--81097	16	2.6	16	85	14	68	45	19	19	16	1.86
81914--81942	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83399--83446	22	2.2	22	92	0	78	54	4	18	22	1.61
85926--85981	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
89291--89349	31	1.9	31	92	0	100	40	6	10	42	1.65
89415--89463	22	2.2	22	85	3	62	55	10	2	32	1.45
89435--89873	32	14.5	32	67	26	196	52	11	0	36	1.37
89365--89896	54	9.6	54	80	11	535	52	11	0	35	1.40
89467--89509	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
89520--89562	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
89522--89570	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
89542--89855	86	3.7	86	84	6	444	52	11	0	36	1.38
89660--89702	22	2.0	22	100	0	86	51	9	0	39	1.34
89662--89710	22	2.2	22	88	3	71	55	10	0	34	1.34
89716--89790	22	3.2	22	75	14	69	53	13	0	33	1.40
93048--93085	13	2.9	13	96	0	67	63	0	0	36	0.95
104304--104472	93	1.8	92	90	1	275	47	11	11	29	1.75
113310--113349	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
115463--115813	175	2.0	175	98	0	684	37	16	15	30	1.90
132237--132283	20	2.3	20	85	0	58	38	10	17	34	1.84
137417--137459	20	2.2	20	86	0	59	32	11	18	37	1.87
154947--154979	2	16.5	2	93	0	57	48	48	0	3	1.17
166081--166183	42	2.5	42	95	0	179	18	19	18	43	1.88
166381--166547	29	6.0	29	71	20	92	47	1	1	49	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166715--166764	20	2.5	20	93	0	91	36	14	10	40	1.79
166747--166828	15	5.5	15	85	2	112	36	18	7	37	1.79
166747--166828	30	2.8	30	92	1	130	36	18	7	37	1.79
166900--166930	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
167021--167064	18	2.4	19	85	7	56	40	2	2	54	1.25
168456--168504	16	2.9	16	77	16	53	48	2	2	46	1.25
176736--176888	64	2.4	64	78	9	170	34	20	18	26	1.96
177415--177448	15	2.3	15	89	0	50	14	17	32	35	1.91
183643--183799	64	2.5	64	77	8	167	35	20	17	26	1.95
185677--185743	22	3.1	22	81	10	68	65	0	5	28	1.16
186981--187511	105	5.0	105	92	0	812	21	17	27	33	1.96
187711--187784	35	2.1	35	85	5	96	40	16	21	21	1.91
187686--188002	105	3.1	104	88	4	439	37	11	19	31	1.88
188073--188251	72	2.4	74	81	9	199	42	12	17	27	1.85
188133--188244	36	3.1	35	74	12	111	45	9	16	27	1.79
189381--189917	183	2.9	183	93	0	914	31	20	19	28	1.97
193987--194058	22	3.3	22	79	11	76	70	1	8	19	1.20
194105--194129	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
194581--194684	37	2.8	37	88	0	145	29	12	13	44	1.81
196717--196819	27	3.3	32	89	7	153	41	37	8	11	1.73
205397--205442	23	2.0	23	100	0	92	30	8	17	43	1.79
211569--211606	20	2.1	19	85	14	53	26	0	7	65	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211569--211610	19	2.2	20	87	12	61	28	0	7	64	1.20
213368--213428	28	2.1	29	84	6	79	31	14	4	49	1.65
213991--214067	26	3.0	25	75	7	73	40	32	2	24	1.69
231453--231498	3	15.0	3	86	4	65	36	2	0	60	1.09
233032--233280	137	1.8	136	81	7	308	38	7	8	45	1.62
234307--234398	46	1.9	49	82	10	120	39	15	18	27	1.90
235746--235787	7	6.0	7	81	8	50	14	16	14	54	1.71
235746--235787	15	3.0	14	83	10	50	14	16	14	54	1.71
235846--235875	15	2.0	15	93	0	51	20	10	6	63	1.47
235900--236362	235	2.0	228	96	2	854	40	14	18	27	1.89
236790--236929	70	2.0	68	97	2	262	27	17	21	33	1.95
242746--242805	22	2.7	22	89	0	93	30	13	11	45	1.79
243482--243789	76	4.1	76	94	0	528	23	20	21	35	1.96
243824--244137	112	2.8	112	91	0	495	39	13	18	28	1.89
245375--245581	64	3.2	64	83	2	220	34	20	17	27	1.95
246089--246248	31	5.2	31	93	0	284	38	10	16	35	1.83
252167--252273	42	2.6	41	81	1	124	25	23	22	28	1.99
252061--252447	214	1.8	214	94	0	684	34	14	18	32	1.91
252475--252499	13	1.9	13	100	0	50	32	24	20	24	1.98
252487--252570	42	2.0	42	97	0	159	26	21	22	29	1.99
252616--252707	42	2.2	41	84	7	116	22	17	23	35	1.95
253074--253281	53	3.9	53	92	1	339	32	22	25	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255357--255407	19	2.7	19	100	0	102	29	17	25	27	1.98
255296--255467	83	2.1	83	85	6	233	34	18	20	26	1.95
255375--255535	64	2.5	64	85	2	216	33	21	19	25	1.97
256079--256163	16	5.4	16	62	16	52	41	12	14	31	1.83
256046--256234	31	6.1	31	95	0	335	40	11	13	33	1.81
257157--257215	3	19.0	3	86	10	75	35	0	0	64	0.94
257150--257213	22	3.0	22	86	8	80	32	0	0	67	0.91
257156--257214	19	3.1	19	85	11	77	33	0	0	66	0.92
257158--257215	22	2.6	23	89	5	84	36	0	0	63	0.94
261516--261549	17	2.1	16	94	5	59	26	8	11	52	1.67

Tables:   1   2   3