genome.fa.s8238.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008238.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110885_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  622934

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 331 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30620--30680	23	2.7	23	92	0	104	21	24	27	26	1.99
33119--33249	68	1.9	68	84	0	172	52	24	12	10	1.70
43397--43437	21	2.0	21	95	0	73	39	29	14	17	1.89
45058--45095	16	2.4	16	100	0	76	31	18	31	18	1.95
46422--46489	22	3.0	22	97	2	127	26	27	26	19	1.99
46703--46761	30	2.0	30	93	0	100	33	23	3	38	1.72
47127--47164	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
47128--47278	68	2.2	68	89	4	227	15	27	28	27	1.96
47128--47300	67	2.6	67	86	7	226	16	27	27	28	1.97
52312--52379	22	3.0	22	97	2	127	26	27	26	19	1.99
52593--52651	30	2.0	30	93	0	100	33	23	3	38	1.72
53016--53053	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
53017--53167	68	2.2	68	89	4	227	15	27	28	27	1.96
55312--55381	34	2.1	32	89	5	104	21	31	15	31	1.95
55850--55910	13	5.5	13	65	34	52	24	19	37	18	1.94
55842--55920	21	3.8	21	98	0	149	25	18	35	20	1.95
55992--56051	30	2.0	30	96	0	111	45	20	5	30	1.72
57328--57375	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
58886--58945	30	2.0	30	96	0	111	45	20	5	30	1.72
61897--61972	23	3.3	23	94	0	134	26	26	26	21	1.99
61994--62205	103	2.1	103	88	0	325	37	23	11	27	1.90
65230--65326	42	2.3	42	78	5	99	25	21	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65446--65580	42	3.2	42	81	0	162	25	20	21	31	1.98
65621--65700	42	1.9	42	86	0	115	28	20	17	33	1.95
65497--65785	122	2.4	122	85	2	411	30	17	20	30	1.96
66036--66399	53	6.9	53	87	3	447	28	19	27	24	1.98
71890--71926	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
71937--71991	24	2.2	24	96	3	101	30	18	16	34	1.93
72375--72473	31	3.2	31	87	5	155	22	23	16	38	1.93
76331--76389	23	2.7	22	89	7	93	18	28	30	22	1.97
76319--76402	23	3.8	22	84	6	89	21	26	29	22	1.99
96004--96119	58	2.0	58	100	0	232	17	10	20	51	1.74
106512--106550	15	2.5	15	88	12	53	35	0	51	12	1.40
111811--111853	20	2.3	19	84	11	61	25	30	6	37	1.82
121121--121175	22	2.5	22	97	2	103	18	43	23	14	1.87
126174--126198	10	2.5	10	100	0	50	32	0	16	52	1.44
133614--133704	47	2.0	46	91	4	148	45	3	23	28	1.69
143208--143463	128	2.0	128	100	0	512	30	23	16	29	1.96
144422--144697	138	2.0	138	96	0	507	42	18	14	24	1.87
152804--152891	18	4.9	18	88	1	115	38	5	26	29	1.79
153244--153860	261	2.4	254	84	9	815	41	20	11	27	1.86
154485--154521	20	2.0	20	84	10	51	51	2	0	45	1.15
159425--159475	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
170350--170385	19	1.9	19	94	5	65	47	5	2	44	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174654--174726	30	2.4	30	95	0	128	30	24	20	24	1.99
174700--174784	31	2.8	30	82	5	89	30	23	18	27	1.98
174712--174839	31	4.1	31	76	6	132	34	20	17	27	1.95
176306--176350	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
182341--182411	36	1.9	36	83	8	90	46	1	4	47	1.30
182557--182594	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
183500--183547	22	2.1	23	84	3	62	43	0	2	54	1.12
191185--191252	21	3.1	21	66	15	57	44	19	17	19	1.88
198836--198892	27	2.1	27	100	0	114	49	3	3	43	1.36
198826--198907	27	3.3	26	83	11	84	46	3	2	47	1.33
203307--203366	31	2.0	29	83	6	75	48	5	6	40	1.51
205776--206798	105	9.9	104	91	3	1515	22	18	26	33	1.97
205776--206798	205	5.0	206	92	3	1557	22	18	26	33	1.97
205776--206798	305	3.3	309	93	2	1659	22	18	26	33	1.97
207394--207464	22	3.2	22	95	0	124	28	14	23	33	1.94
208105--208151	15	3.1	16	82	8	55	2	12	8	76	1.09
212447--212489	18	2.5	17	81	7	52	65	2	4	27	1.25
212879--212980	34	2.9	36	88	7	163	27	15	12	44	1.83
216242--216266	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
216325--216523	56	3.6	55	86	2	245	39	14	17	28	1.89
216588--216641	2	27.5	2	96	3	101	50	0	0	50	1.00
218661--218696	15	2.4	15	95	0	63	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218670--218761	23	3.9	23	71	16	64	56	2	1	40	1.18
218677--218741	29	2.3	28	80	17	73	53	1	1	43	1.19
218699--218744	17	2.8	17	77	9	51	54	0	0	45	0.99
221108--221171	30	2.2	30	86	8	87	37	9	20	32	1.85
222956--223024	23	3.0	23	82	0	84	18	24	24	31	1.98
226583--226622	7	5.7	7	88	5	55	70	0	30	0	0.88
227306--227344	5	7.8	5	100	0	78	41	0	41	17	1.50
232382--232456	23	3.3	23	88	0	123	28	26	28	17	1.98
234445--234477	17	1.9	17	93	0	57	33	21	0	45	1.52
237296--237354	23	2.6	23	80	0	73	28	23	27	20	1.99
244687--244872	20	9.2	20	73	14	150	41	22	14	20	1.89
244697--244872	60	2.9	60	77	10	196	41	22	14	22	1.89
244855--244949	39	2.5	40	86	5	124	36	21	10	31	1.87
244855--244949	19	4.9	19	84	5	120	36	21	10	31	1.87
244923--244969	18	2.5	19	82	6	60	29	23	14	31	1.95
245106--245144	16	2.6	15	84	11	53	28	5	0	66	1.12
245880--245926	24	2.0	24	95	0	85	29	19	17	34	1.94
248525--248633	20	5.4	20	92	3	166	12	20	26	40	1.88
250074--250193	21	5.7	21	75	7	109	23	16	33	26	1.96
250054--250187	42	3.2	42	80	4	117	22	18	34	24	1.96
250526--250647	63	1.9	63	80	6	140	34	36	11	18	1.86
252365--252402	20	2.0	20	89	5	60	47	23	18	10	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252416--252454	20	2.0	20	84	0	51	15	12	20	51	1.76
252928--253146	20	10.9	20	73	13	164	17	15	24	42	1.89
252930--253086	40	3.9	40	83	3	190	17	16	23	42	1.88
252929--253146	60	3.6	59	78	7	217	17	16	24	41	1.89
261111--261259	43	3.5	42	77	11	160	24	21	20	33	1.97
261265--261326	21	3.0	21	95	0	106	33	19	6	40	1.77
261315--261414	42	2.3	43	84	3	139	23	25	19	33	1.97
262076--262189	61	1.9	61	81	5	142	29	16	14	38	1.89
265812--265919	46	2.3	46	81	6	137	25	6	6	61	1.45
271615--271645	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
273214--273248	17	1.9	19	88	11	56	31	8	34	25	1.86
300386--300460	39	1.9	39	88	0	114	29	6	17	46	1.73
300443--300496	28	1.9	28	85	7	74	38	3	1	55	1.28
304897--304979	41	2.0	41	97	0	157	43	19	13	24	1.86
313408--313467	29	2.2	29	79	8	72	26	3	0	70	1.03
314438--314562	31	4.0	32	77	11	132	32	20	19	28	1.96
314666--314723	30	1.9	31	85	3	82	32	18	5	43	1.73
315107--315136	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
318705--318797	31	3.0	32	77	3	100	34	17	18	30	1.94
321792--321819	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
332580--332626	20	2.3	20	89	10	78	55	10	17	17	1.69
332767--332809	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
332366--332837	182	2.6	180	87	3	671	41	13	16	27	1.87
335010--335073	21	3.1	21	81	2	76	39	15	31	14	1.87
337133--337820	342	2.0	345	90	5	1101	37	15	16	30	1.90
337478--338206	197	3.8	197	92	5	1206	36	15	16	30	1.91
337478--338206	386	1.9	387	92	5	1224	36	15	16	30	1.91
338169--338240	34	2.1	36	94	5	130	43	23	13	19	1.87
339767--339826	18	3.3	18	78	0	75	36	10	35	18	1.84
339767--339858	6	15.3	6	76	0	58	36	7	33	21	1.82
339782--339862	3	27.0	3	73	0	63	35	6	33	24	1.81
339770--339849	39	2.1	37	88	6	117	35	8	33	22	1.85

Tables:   1   2   3