genome.fa.s8247.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008247.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110897_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  310145

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1037--1081	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
1573--1627	19	2.9	19	77	0	65	38	21	23	16	1.93
1600--1690	32	2.8	32	94	3	155	46	23	18	12	1.82
1600--1695	14	5.6	17	73	20	78	44	22	19	12	1.84
1732--1787	20	2.9	19	84	5	85	17	25	21	35	1.95
3774--3846	19	4.4	16	77	21	55	49	17	19	13	1.80
3784--3839	19	2.9	19	91	0	94	51	14	19	14	1.75
3822--3848	14	1.9	14	100	0	54	48	14	22	14	1.81
3870--3927	20	2.9	20	97	0	107	15	22	24	37	1.93
4980--5033	24	2.2	24	86	0	72	24	14	20	40	1.90
7511--7634	32	3.8	33	83	8	175	41	19	22	16	1.89
7512--7641	64	2.0	65	92	4	219	40	19	22	17	1.91
7634--7676	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
7662--7695	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
7814--7850	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
9204--9270	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
11327--11511	19	10.1	19	74	14	156	44	21	21	12	1.85
11352--11450	33	3.0	33	87	1	135	39	25	23	12	1.89
11422--11511	39	2.3	38	90	1	144	47	22	18	11	1.80
11507--11587	19	4.5	19	73	16	73	9	17	23	49	1.76
12104--12156	20	2.7	20	90	0	79	28	20	26	24	1.99
12165--12218	20	2.7	20	94	0	90	27	18	22	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12105--12221	61	1.9	61	85	0	162	25	17	23	33	1.96
12105--12239	61	2.2	61	81	2	146	25	20	22	32	1.97
12207--12258	20	2.5	21	87	3	70	19	25	17	38	1.93
12845--12899	25	2.1	26	93	6	94	54	7	3	34	1.46
13125--13172	15	3.2	15	90	0	69	8	64	16	10	1.48
14238--14268	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
17067--17118	23	2.6	18	74	25	59	21	26	34	17	1.95
17074--17131	23	2.5	23	100	0	116	20	25	34	18	1.96
18534--18621	24	3.7	24	77	6	97	48	15	13	21	1.80
18532--18633	48	2.1	48	79	0	114	52	14	11	20	1.73
21155--21191	18	2.1	18	100	0	74	24	21	37	16	1.93
26081--26163	6	12.8	6	73	26	64	75	0	6	18	0.99
26081--26162	34	2.5	34	81	13	91	75	0	6	18	1.00
26031--26165	33	4.0	33	71	21	84	70	1	7	20	1.20
26263--26307	5	9.0	5	80	9	56	77	0	2	20	0.87
26268--26316	15	3.3	14	83	11	62	75	0	2	22	0.90
26357--26399	18	2.4	18	88	7	61	74	0	4	20	1.00
27833--28071	123	1.9	123	83	1	309	28	10	21	38	1.87
32460--32490	16	1.9	16	100	0	62	32	0	0	67	0.91
32549--32598	13	3.8	13	70	19	50	24	4	0	72	1.02
32565--32606	17	2.3	19	80	8	52	26	4	0	69	1.08
40062--40186	44	3.1	43	65	29	112	24	2	12	60	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40059--40269	76	2.9	74	86	7	270	28	1	12	57	1.44
46519--46550	16	1.9	17	93	6	57	43	15	0	40	1.47
47563--47611	24	2.0	25	88	4	73	38	14	2	44	1.56
47572--47620	24	2.0	24	84	7	64	38	18	0	42	1.50
51738--51777	16	2.5	15	88	12	53	47	0	0	52	1.00
53760--53820	23	2.8	21	74	16	54	21	6	4	67	1.33
53774--53819	24	2.0	23	83	12	58	19	6	4	69	1.28
53833--53871	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
53906--54041	9	15.6	8	70	19	62	19	4	0	75	1.03
53900--53987	28	3.2	28	71	16	87	27	2	1	69	1.08
53857--53965	34	3.1	34	89	5	146	32	1	0	65	1.10
53906--54034	51	2.6	50	76	14	133	20	4	0	74	1.04
54006--54065	23	2.7	23	81	2	59	18	6	0	75	1.02
57186--57235	14	3.8	13	80	19	59	74	6	18	2	1.12
57184--57236	27	2.0	26	89	10	81	73	5	16	3	1.17
57311--57443	69	1.9	69	92	0	221	36	23	13	26	1.92
58370--58488	32	3.8	32	83	3	125	29	14	18	37	1.90
58382--58470	32	2.8	32	87	1	135	31	12	16	39	1.86
59055--59375	106	3.0	104	87	2	419	34	22	20	23	1.97
59735--59806	36	2.0	37	81	8	85	30	16	13	38	1.88
59634--59899	87	3.1	87	97	0	487	32	18	12	35	1.89
59952--60018	35	1.9	35	90	0	107	26	20	13	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59808--60045	102	2.4	101	86	1	343	32	18	12	36	1.88
60083--60185	36	2.8	37	91	2	181	29	22	12	35	1.91
60096--60283	101	1.8	103	84	7	258	28	20	12	38	1.89
60195--60317	36	3.4	36	81	9	151	24	20	13	41	1.88
60315--60392	39	2.0	39	89	0	120	46	24	5	24	1.73
61574--61672	35	2.7	37	82	7	112	27	2	2	68	1.11
61574--61761	41	4.3	43	74	21	128	22	5	1	70	1.15
61589--61704	37	3.1	38	81	12	118	22	4	0	72	1.08
61589--61715	35	3.7	36	80	10	122	22	4	0	72	1.08
61602--61708	38	2.9	37	81	10	121	20	3	0	74	1.02
61636--61764	49	2.5	52	80	12	135	18	7	0	72	1.12
61706--61752	12	3.6	13	78	15	53	21	12	0	65	1.25
61751--61806	26	2.2	25	81	12	60	25	7	0	67	1.15
62207--62247	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
67590--67689	44	2.3	44	84	6	139	32	23	16	29	1.95
74355--74392	20	1.9	20	88	0	58	26	36	26	10	1.89
74423--74447	8	3.1	8	100	0	50	48	52	0	0	1.00
82847--82899	20	2.6	21	90	3	81	33	16	16	32	1.92
82847--82926	41	2.0	41	85	5	108	33	17	15	33	1.91
85737--85815	24	3.5	23	72	19	76	32	17	15	34	1.91
85738--85834	44	2.2	44	84	0	131	32	20	14	31	1.93
87182--87230	25	2.0	25	100	0	98	24	18	4	53	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93688--93718	16	1.9	16	93	0	53	29	3	3	64	1.25
99446--99482	16	2.3	16	90	9	58	64	2	2	29	1.21
99780--100190	203	2.0	206	98	1	792	29	18	21	30	1.97
103092--103176	42	2.0	42	100	0	170	28	23	28	20	1.99
105406--105450	20	2.2	21	84	11	58	48	0	6	44	1.29
116373--116434	30	2.1	30	96	0	115	12	16	11	59	1.61
116944--116986	21	2.1	21	83	12	54	18	23	16	41	1.89
120088--120118	16	1.9	16	93	0	53	51	25	0	22	1.48
120475--120571	37	2.6	37	82	4	117	42	13	7	37	1.72
120509--120593	35	2.4	36	84	5	102	35	16	9	38	1.81
120923--121071	40	3.7	40	72	3	127	27	33	17	21	1.96
120923--121108	82	2.3	83	85	2	250	27	33	17	21	1.95
123400--123740	125	2.7	125	86	5	456	47	9	5	37	1.60
125039--125115	3	26.3	3	81	5	95	66	0	3	29	1.10
125289--125810	45	11.6	45	94	0	893	33	19	23	23	1.97
126870--127068	53	3.7	53	78	9	208	28	19	14	37	1.91
131392--131485	7	13.9	7	79	11	90	2	13	0	84	0.72
131436--131488	1	53.0	1	80	0	61	0	9	0	90	0.45
131406--131487	9	8.6	10	77	18	70	2	13	0	84	0.73
131392--131487	47	2.1	44	84	7	122	2	13	0	84	0.71
131765--131794	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
135677--135776	47	2.1	47	87	3	148	35	18	12	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136808--137160	133	2.6	133	90	4	534	46	8	6	38	1.60
137174--137219	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
137227--137280	21	2.6	21	82	8	65	62	1	3	31	1.23
138519--138599	3	27.3	3	87	2	110	66	0	3	29	1.09
138556--138606	15	3.4	15	91	0	66	72	0	1	25	0.95
139232--139293	23	2.7	23	84	0	88	17	27	22	32	1.97
144328--144357	15	2.0	15	93	0	51	23	13	26	36	1.92
144649--144710	23	2.7	23	87	0	97	14	24	25	35	1.93
155249--155282	12	2.8	12	90	4	50	58	26	2	11	1.47
155756--155813	20	2.9	20	68	0	53	34	29	12	24	1.91

Tables:   1   2