genome.fa.s8254.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008254.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110907_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  246921

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1651--1687	18	2.1	18	94	0	65	35	5	8	51	1.55
14255--14329	21	3.6	21	78	3	89	30	17	16	36	1.91
14259--14322	20	3.2	20	77	2	74	29	15	17	37	1.91
19728--19775	22	2.3	22	85	7	73	20	22	37	18	1.94
26830--26875	2	22.5	2	95	4	83	47	0	2	50	1.13
30053--30106	17	3.2	17	100	0	108	53	12	11	22	1.70
37944--37980	3	12.3	3	91	0	56	37	27	0	35	1.57
41470--41556	21	4.2	21	66	11	54	28	14	17	39	1.89
47532--47598	3	23.0	3	93	6	120	34	0	0	65	0.93
55910--55981	17	4.2	17	75	3	63	38	9	12	38	1.76
57461--57508	25	1.9	25	83	8	62	29	12	2	56	1.48
58062--58116	18	3.2	17	80	14	60	45	3	1	49	1.30
57617--59053	478	3.0	479	93	1	2462	39	6	7	46	1.58
58820--58860	22	1.9	21	90	5	64	39	4	4	51	1.45
58899--59267	198	1.9	199	82	5	469	50	9	3	36	1.53
63962--64014	20	2.7	19	91	5	79	37	16	28	16	1.91
64003--64043	19	2.2	19	90	0	64	36	12	19	31	1.89
64482--64842	45	8.0	45	85	4	358	40	11	22	25	1.88
64481--64860	90	4.2	90	82	6	396	41	12	21	25	1.87
64482--64844	135	2.7	135	82	5	412	40	12	22	25	1.88
64746--64875	46	2.8	46	94	0	215	43	12	21	23	1.86
64765--64842	20	3.6	20	70	18	66	41	12	25	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64798--64863	20	2.8	25	65	23	61	45	13	18	22	1.84
64506--64884	45	8.3	46	85	4	234	41	11	22	24	1.87
64757--64895	46	3.0	46	85	6	185	45	10	20	23	1.82
64729--64909	92	2.0	92	81	7	215	42	11	22	23	1.86
71148--71218	20	3.5	20	98	0	133	23	29	23	22	1.99
73921--73969	22	2.3	21	80	16	57	42	14	2	40	1.57
73938--74347	196	2.1	198	84	1	529	46	10	4	38	1.61
85019--85085	17	3.9	17	76	3	62	43	7	13	35	1.72
87697--87744	17	2.8	17	80	0	60	45	6	12	35	1.67
91423--91470	17	2.8	17	83	0	60	43	6	12	37	1.68
95123--95170	17	2.8	17	87	0	69	43	6	14	35	1.71
97223--97254	14	2.3	14	94	0	55	3	9	0	87	0.64
98808--98855	17	2.8	17	87	0	69	43	6	14	35	1.71
100921--100954	14	2.4	14	85	0	50	2	8	2	85	0.80
102512--102559	17	2.8	17	83	0	60	43	8	12	35	1.73
106226--106268	17	2.5	17	80	0	50	44	6	13	34	1.72
111974--112021	9	5.4	9	82	5	53	14	4	0	81	0.84
111974--112024	8	6.1	8	82	8	66	15	3	0	80	0.86
111974--112022	17	2.9	16	85	11	62	16	4	0	79	0.88
113407--113479	30	2.4	30	76	13	78	41	9	16	32	1.81
114343--114374	11	2.9	11	100	0	64	28	0	25	46	1.53
115432--115639	88	2.3	91	89	3	307	40	7	20	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115432--115655	45	5.0	45	88	4	303	41	6	20	32	1.78
116575--116641	17	3.9	17	80	3	71	41	8	13	35	1.76
119861--119930	34	2.1	32	89	5	104	31	15	31	21	1.95
120788--120846	26	2.3	26	97	2	111	20	27	10	42	1.84
143993--144040	21	2.3	21	92	0	87	31	25	37	6	1.81
148424--148524	50	2.0	50	100	0	202	31	23	11	32	1.91
148482--148640	86	1.8	86	89	2	248	30	22	18	28	1.97
148406--148682	44	6.2	44	81	8	272	29	22	16	31	1.96
148766--148859	36	2.7	33	75	13	91	30	12	8	47	1.71
151002--151055	23	2.3	22	75	15	54	22	7	3	66	1.33
156395--156435	21	2.0	21	86	9	59	21	7	14	56	1.63
157896--157967	28	2.6	28	84	4	92	45	2	8	43	1.48
157921--157970	24	2.1	24	84	0	64	42	2	14	42	1.56
158575--158609	4	8.8	4	100	0	70	51	22	0	25	1.48
158883--158933	21	2.4	21	96	0	93	47	1	3	47	1.32
160186--160370	3	62.0	3	75	17	145	29	3	2	65	1.20
160826--161122	95	3.1	95	91	0	468	34	16	17	31	1.92
162317--163546	83	14.9	83	84	1	1432	33	22	18	25	1.96
162317--163613	249	5.2	249	86	1	1631	34	22	18	25	1.96
165037--165088	26	1.9	26	84	7	68	32	3	1	61	1.25
165035--165093	12	4.5	14	73	10	54	30	3	1	64	1.20
165155--165252	9	11.1	9	72	11	62	25	1	2	71	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165115--165219	50	2.1	50	82	7	124	21	3	3	70	1.19
165178--165333	3	52.7	3	74	18	107	27	1	3	66	1.19
165132--165248	24	4.9	24	73	16	91	27	3	1	67	1.16
165408--165467	26	2.4	25	78	13	61	20	10	1	68	1.27
165501--165593	9	9.8	9	74	12	62	10	8	2	78	1.04
165504--165582	41	1.9	41	82	5	97	10	8	2	78	1.05
171328--171369	15	2.8	15	88	0	66	28	59	7	4	1.44
171326--171389	18	3.8	17	74	14	60	29	59	4	6	1.42
177369--177410	21	2.0	21	85	0	57	26	23	21	28	1.99
177888--177936	9	5.4	9	78	9	55	46	8	10	34	1.67
177888--177937	18	2.8	18	81	0	64	46	8	12	34	1.70
178300--178379	31	2.5	31	86	6	99	31	23	5	40	1.76
184523--184565	21	2.0	21	95	0	77	23	27	25	23	2.00
185011--185050	18	2.2	18	90	0	62	47	10	10	32	1.70
185133--185218	23	3.7	23	80	13	104	27	26	26	18	1.98
185461--185539	31	2.5	31	87	6	106	31	24	3	40	1.73
186143--186177	17	2.1	17	100	0	70	40	20	0	40	1.52
187403--187504	34	3.1	34	86	6	147	55	18	10	14	1.67
187403--187518	35	3.3	35	87	3	164	56	18	9	14	1.65
189850--189885	13	2.8	14	84	16	51	41	2	8	47	1.48
192600--192630	15	2.1	15	93	0	53	38	9	16	35	1.81
193088--193204	35	3.3	35	91	2	182	56	17	9	16	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195401--195444	20	2.2	20	84	8	54	63	4	0	31	1.14
195537--195572	13	2.8	14	84	16	51	41	2	8	47	1.48
197854--197910	21	2.7	22	78	8	64	31	15	29	22	1.95
198301--198331	15	2.1	15	93	0	53	38	9	16	35	1.81
198998--199114	35	3.3	35	89	2	173	57	17	8	16	1.63
203769--203825	21	2.7	22	78	8	64	29	15	31	22	1.95
204215--204245	15	2.1	15	93	0	53	38	9	16	35	1.81
207649--207870	117	1.9	117	84	3	295	29	13	8	48	1.72
220824--221018	39	5.3	37	75	19	144	46	3	4	45	1.41
220866--220928	31	2.0	31	90	6	101	46	3	7	42	1.49
220897--221018	39	3.2	38	85	10	167	47	4	4	44	1.41
220787--221057	110	2.5	109	84	9	322	46	4	4	44	1.44
221041--221108	32	2.2	31	81	7	75	48	0	7	44	1.30
221103--221152	18	2.7	20	78	12	61	44	0	2	54	1.11
221986--222031	19	2.3	20	82	10	60	41	0	34	23	1.55
222088--222132	22	2.0	22	95	0	81	22	26	35	15	1.94
222223--222260	20	2.0	20	94	5	69	31	18	18	31	1.95
222599--222979	59	6.5	58	74	8	247	37	11	22	29	1.89
222591--222862	117	2.3	116	82	6	323	35	11	22	29	1.90
222591--222876	118	2.4	116	81	7	326	35	11	23	30	1.89
222591--222938	118	3.0	114	77	11	321	35	11	22	30	1.90
224537--224580	20	2.2	20	88	8	63	25	11	0	63	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224602--224682	5	15.2	5	72	22	51	20	2	3	72	1.11
228545--228812	100	2.7	98	79	7	260	33	18	16	31	1.93
229838--230962	84	13.5	84	83	1	1294	31	24	19	24	1.98
231608--231632	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
231556--231928	38	10.5	36	72	18	232	44	3	5	46	1.45
231619--231769	68	2.2	67	79	11	155	45	3	5	45	1.46
231583--231928	32	9.8	35	73	17	236	44	4	5	45	1.45
231743--231928	68	2.8	68	78	13	206	45	4	4	46	1.42
231673--231929	37	7.6	32	71	19	127	45	4	5	45	1.45
231912--231952	7	5.9	7	83	11	57	41	0	4	53	1.22

Tables:   1   2