genome.fa.s8255.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008255.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110908_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  300600

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--1021	192	5.3	195	92	5	1651	36	15	14	32	1.89
1--1021	387	2.7	385	92	4	1691	36	15	14	32	1.89
2465--2532	21	3.4	18	69	21	55	36	8	35	19	1.83
2465--2559	6	15.3	6	76	6	64	36	7	34	21	1.81
2480--2563	3	28.0	3	76	0	78	35	5	34	23	1.80
2465--2563	12	8.0	12	78	6	72	36	7	34	22	1.81
2468--2562	18	5.3	18	79	0	82	35	7	34	22	1.82
3922--4770	182	4.7	184	97	1	1586	35	14	15	33	1.89
3922--4770	365	2.3	365	97	0	1601	35	14	15	33	1.89
7321--7381	21	2.7	23	82	7	72	36	6	19	37	1.78
7343--7391	23	2.1	23	88	7	73	36	2	18	42	1.62
7327--7396	21	3.2	21	78	11	61	34	5	20	40	1.76
7747--7809	23	2.7	23	90	0	90	36	6	19	38	1.77
7747--7819	23	3.2	23	86	3	85	35	5	19	39	1.75
7224--8237	430	2.4	426	98	1	1953	40	8	13	38	1.74
8175--8239	23	2.8	23	90	0	94	35	7	18	38	1.80
8443--8479	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
8435--8481	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
15232--15282	13	3.9	12	78	21	50	39	0	1	58	1.09
17296--17363	31	2.2	31	86	7	93	35	11	19	33	1.88
19929--20070	71	2.0	71	91	0	230	24	21	19	34	1.96
30122--30229	54	2.0	54	90	3	173	37	15	22	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30596--30696	22	4.6	22	93	2	159	33	15	13	36	1.88
31486--31671	37	5.1	37	69	11	141	33	15	13	38	1.86
31429--31686	73	3.5	73	93	1	428	32	15	12	39	1.84
31694--32224	39	13.7	39	88	0	742	40	11	25	22	1.87
31809--31871	19	3.3	19	67	10	56	39	7	28	23	1.83
31963--32027	20	3.3	20	62	12	53	38	9	30	21	1.85
32080--32144	20	3.3	20	62	12	53	38	10	30	20	1.86
32158--32222	20	3.3	20	64	12	53	44	9	21	24	1.81
33739--33786	23	2.0	25	88	8	73	37	0	0	62	0.95
33744--33793	23	2.2	23	82	7	57	42	0	4	54	1.19
34149--34211	24	2.4	27	72	15	62	34	0	1	63	1.04
34335--34383	26	1.9	26	87	4	73	36	0	0	63	0.95
33445--34626	601	2.0	583	96	3	2159	37	6	6	49	1.55
38394--38437	17	2.3	20	85	14	67	61	0	0	38	0.96
39502--39563	20	3.2	20	68	19	58	16	24	9	50	1.75
39609--40084	139	3.6	134	76	13	427	26	20	15	37	1.92
39882--40196	122	2.6	123	92	1	517	24	20	17	38	1.93
40137--40436	39	7.7	39	88	0	438	22	21	11	44	1.84
40137--40436	117	2.6	118	91	0	494	22	21	11	44	1.84
40485--40735	45	5.5	45	90	1	351	29	18	22	29	1.97
41403--41461	22	2.7	22	86	5	75	37	11	11	38	1.79
41826--42046	54	4.1	54	92	0	343	24	25	13	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42711--42807	42	2.3	42	85	1	124	29	24	15	29	1.96
44643--44774	70	1.9	71	92	4	223	34	16	22	26	1.95
44815--44872	3	20.0	3	85	7	84	34	3	0	62	1.12
44815--44869	14	3.8	15	92	4	87	34	3	0	61	1.13
46007--46068	26	2.4	26	81	10	65	45	3	6	45	1.45
47692--47718	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
48429--48513	43	2.0	43	93	2	145	30	7	22	40	1.80
48627--48674	20	2.5	19	78	18	62	16	16	10	56	1.67
48627--48674	6	7.3	7	81	13	50	16	16	10	56	1.67
51483--51547	20	3.6	18	70	19	55	75	1	20	3	1.02
52993--53085	39	2.5	37	79	8	100	32	20	21	25	1.98
53096--53566	75	6.3	75	88	2	655	30	13	23	32	1.93
53096--53566	225	2.1	224	91	1	775	30	13	23	32	1.93
54450--54645	54	3.6	54	85	0	266	37	15	23	22	1.93
54450--54652	108	1.9	108	92	0	343	36	14	23	24	1.93
55022--55101	22	3.6	22	86	3	108	36	12	11	40	1.79
55797--56056	73	3.6	73	90	2	389	35	14	11	38	1.83
56068--56509	39	11.5	39	89	2	619	43	11	21	22	1.85
56701--56766	3	23.0	3	83	9	84	34	3	0	62	1.11
56701--56763	14	4.4	15	84	9	87	34	3	0	61	1.12
56792--56829	20	1.9	20	100	0	76	44	31	5	18	1.72
59258--59333	32	2.4	32	82	4	93	28	10	21	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59619--59661	22	2.0	22	81	9	52	32	6	11	48	1.66
60062--60095	17	2.1	17	88	5	52	44	8	17	29	1.79
61757--61817	21	2.9	21	85	0	95	32	27	19	19	1.96
62012--62100	45	1.9	47	82	8	112	30	21	6	41	1.79
63567--63693	20	5.8	20	69	20	83	21	23	11	44	1.84
63555--63717	46	3.5	46	93	0	263	21	20	9	47	1.79
63716--63835	34	3.2	34	71	22	96	30	24	8	37	1.85
63719--63968	79	3.2	78	91	1	392	28	24	9	37	1.87
64396--64578	93	2.0	94	89	3	280	26	23	14	34	1.94
71307--71363	21	2.7	21	88	0	87	38	8	17	35	1.81
71856--71925	32	2.2	32	87	5	99	30	8	21	40	1.83
72101--72154	24	2.2	24	86	0	72	24	18	20	37	1.94
76214--76284	31	2.3	31	92	0	115	49	12	7	30	1.67
78448--78660	92	2.3	92	92	3	313	38	13	13	34	1.84
79114--79184	31	2.3	31	90	0	106	47	15	8	28	1.74
81334--81375	17	2.5	17	96	0	75	28	7	38	26	1.82
81503--81717	107	2.0	109	88	1	326	33	11	16	38	1.84
82450--82483	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
82702--82728	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
89319--89362	2	22.5	2	95	4	81	52	0	0	47	1.00
89379--89672	151	2.0	150	84	3	385	29	22	23	23	1.99
96531--96565	17	2.1	16	89	5	52	42	5	2	48	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96536--96573	16	2.3	17	86	4	51	39	10	2	47	1.52
97608--97642	18	1.9	18	94	0	61	25	22	22	28	1.99
97913--97982	12	6.1	12	70	25	53	60	2	1	35	1.21
97893--97981	15	5.9	15	81	9	101	57	4	1	37	1.26
98157--98266	42	2.6	42	80	7	116	33	21	23	20	1.97
98189--98270	42	2.0	42	87	4	121	35	20	20	23	1.96
99117--99170	22	2.4	22	93	3	90	38	16	9	35	1.81
105011--105099	43	2.0	45	91	4	146	33	33	12	20	1.90
106048--106152	15	6.9	15	82	7	106	55	2	1	40	1.26
106105--106153	12	4.5	11	73	21	50	57	0	0	42	0.99
106076--106152	31	2.5	30	85	10	95	57	2	1	38	1.21
107333--107362	13	2.3	13	100	0	60	6	6	53	33	1.53
109934--109963	14	2.2	13	94	5	51	36	6	0	56	1.26
116471--116647	40	4.5	39	88	1	237	23	18	27	31	1.97
116484--116636	79	1.9	79	92	2	254	22	18	28	30	1.97
123114--123323	40	5.3	40	83	2	255	24	16	27	31	1.96
123686--123743	13	4.5	13	91	0	98	31	22	13	32	1.93
123922--123954	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
126912--126950	16	2.4	16	91	0	60	25	20	23	30	1.98
132176--132225	20	2.5	20	73	0	55	38	20	14	28	1.91
136908--136961	2	27.5	2	88	3	83	48	3	0	48	1.19
138307--138355	16	3.2	17	78	21	63	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138313--138362	15	3.4	15	83	10	68	42	0	0	58	0.98
138313--138362	26	2.0	24	88	7	73	42	0	0	58	0.98
138516--138563	23	2.1	23	92	0	78	45	2	0	52	1.12
138666--138694	14	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
139793--139886	42	2.3	42	80	9	104	51	29	4	14	1.62
139892--139950	31	1.9	31	85	0	82	52	15	20	11	1.73
140850--140969	52	2.3	51	84	4	143	41	5	24	29	1.76
140870--140976	51	2.1	52	85	5	146	40	3	27	28	1.73
143137--143179	20	2.0	20	82	8	50	39	0	23	37	1.55
143466--143512	19	2.5	19	100	0	94	23	17	34	25	1.96

Tables:   1   2   3