genome.fa.s8255.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008255.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110908_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  300600

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 242 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143501--143558	20	2.6	22	86	10	75	31	18	22	27	1.97
144237--144288	25	2.0	27	82	14	65	46	1	23	28	1.63
151342--151394	23	2.3	23	80	0	61	26	18	33	20	1.96
155272--155487	117	1.8	117	82	5	276	27	15	8	48	1.73
161194--161248	18	2.9	19	73	10	60	18	9	1	70	1.22
162141--162218	38	2.0	39	92	2	131	23	14	28	34	1.93
168460--168569	3	36.7	3	100	0	220	66	0	33	0	0.92
169270--169298	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
170494--170545	20	2.6	20	93	0	86	51	19	17	11	1.75
170580--170668	20	4.4	20	100	0	178	35	15	23	24	1.94
170765--170839	6	13.0	6	98	1	129	30	52	17	0	1.45
171526--171577	5	9.6	5	97	2	68	0	19	53	26	1.45
171529--171581	6	9.5	6	97	2	78	0	16	54	28	1.43
172780--172928	81	1.8	81	82	2	192	36	14	6	41	1.73
173247--173363	40	2.8	42	78	8	116	24	27	18	29	1.98
173305--173363	21	2.7	22	76	5	75	22	25	20	32	1.98
173352--173418	20	3.3	20	81	4	64	35	20	20	22	1.96
173615--173657	22	2.0	22	95	0	77	23	41	16	18	1.89
174047--174138	20	4.7	20	81	4	98	16	17	20	45	1.85
176039--176104	20	3.3	20	93	0	105	34	25	19	19	1.96
176170--176224	20	2.8	20	94	0	92	18	16	23	41	1.89
176727--176768	21	2.2	20	87	12	61	21	33	19	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178214--178275	14	4.3	14	77	6	61	38	0	14	46	1.45
178374--178426	20	2.7	20	81	0	61	47	26	15	11	1.79
178470--178753	20	14.9	20	77	10	272	25	19	22	33	1.97
178442--178624	94	1.9	94	87	0	267	26	20	20	31	1.98
178490--178753	74	3.5	74	80	6	282	25	18	22	34	1.96
178727--178993	140	1.9	140	97	0	507	42	15	13	28	1.85
179053--179087	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
180221--180263	21	2.1	21	91	4	70	20	32	13	32	1.92
181145--181181	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
182244--182330	20	4.3	20	89	0	102	27	19	25	27	1.99
182244--182374	40	3.3	40	78	8	115	26	19	22	32	1.97
182314--182370	20	2.8	20	97	0	105	26	21	15	36	1.93
190368--190423	22	2.7	22	78	8	64	25	33	16	25	1.95
195151--195201	20	2.8	19	75	24	56	27	23	19	29	1.98
195270--195320	16	2.8	18	72	27	54	27	17	17	37	1.93
195355--195397	22	2.0	22	90	0	68	27	25	25	20	1.99
196821--196856	17	2.1	18	89	5	56	47	5	30	16	1.70
198104--198148	22	2.0	22	95	0	81	26	15	13	44	1.83
198646--198696	16	2.9	17	78	21	52	27	27	19	25	1.99
198646--198707	20	3.3	20	75	25	71	25	27	20	25	1.99
198746--198807	20	3.3	19	70	25	60	27	27	19	25	1.99
198860--198900	21	2.0	21	85	9	57	29	19	26	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200757--200797	19	2.2	19	90	0	64	48	2	12	36	1.54
202143--202193	16	2.9	16	78	21	50	29	27	17	25	1.98
202143--202313	36	5.0	36	68	18	139	28	28	15	27	1.96
202143--202216	20	4.0	20	75	24	63	28	31	14	25	1.95
202243--202317	20	4.0	19	72	22	61	25	28	18	28	1.98
203265--203321	24	2.4	24	84	0	78	42	19	21	17	1.90
211937--211971	15	2.3	15	95	0	61	17	22	31	28	1.96
218309--218371	29	2.2	29	82	5	74	49	14	6	30	1.68
218719--218779	31	1.9	32	83	3	79	26	27	22	22	1.99
218889--219063	96	1.8	96	83	2	235	37	17	16	29	1.92
222310--222343	14	2.3	15	90	10	52	52	0	20	26	1.46
236536--236754	70	3.1	68	74	12	210	47	10	14	27	1.76
236518--236754	105	2.2	105	84	2	287	46	10	14	27	1.78
236536--236758	36	6.3	35	78	8	213	47	10	14	27	1.76
239458--239511	2	27.5	2	96	3	101	51	0	0	48	1.00
244067--244151	36	2.3	37	80	10	102	45	1	3	49	1.26
244483--244924	43	10.5	43	72	13	246	49	6	18	25	1.72
244663--244724	32	1.9	32	90	0	97	43	8	20	27	1.80
244583--244811	117	1.9	118	86	6	331	48	6	21	24	1.73
244697--244920	87	2.6	85	79	10	222	50	8	16	25	1.73
244697--244920	44	5.2	43	75	12	149	50	8	16	25	1.73
245934--245967	18	1.9	18	88	5	52	20	26	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246359--246442	30	2.7	30	74	9	80	40	14	7	38	1.73
247251--247312	31	2.0	31	84	6	81	41	1	8	48	1.42
247839--247878	2	20.5	2	84	5	55	52	0	0	47	1.00
247906--248209	35	8.5	35	77	13	228	45	3	7	43	1.50
247894--248179	37	7.9	37	84	6	304	45	3	7	43	1.49
247894--248168	72	3.8	72	82	4	324	45	3	7	43	1.50
247874--248204	72	4.6	71	75	11	255	45	3	7	43	1.50
248212--248259	17	2.8	18	84	15	66	29	0	0	70	0.87
248216--248277	23	2.8	22	81	15	67	27	3	0	69	1.04
248658--248701	21	2.1	21	86	0	61	34	31	25	9	1.87
249625--249667	18	2.3	19	92	4	70	16	4	0	79	0.90
249608--249659	26	2.0	25	85	3	68	17	3	1	76	1.02
255125--255445	85	3.8	85	87	2	405	34	19	18	27	1.95
255125--255445	171	1.9	169	84	6	434	34	19	18	27	1.95
256033--256057	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
256140--256350	62	3.5	62	76	10	175	47	3	7	41	1.48
256142--256196	27	2.0	28	92	3	94	49	3	7	40	1.48
256142--256210	28	2.5	27	86	6	77	50	4	5	39	1.46
256169--256406	35	7.4	33	73	20	166	45	3	7	43	1.47
256212--256271	27	2.2	27	90	0	93	43	5	10	41	1.60
256389--256421	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
257978--258307	85	3.9	83	80	5	338	26	17	19	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259775--259968	99	2.0	99	91	0	316	32	19	15	32	1.93
261393--261433	8	5.2	8	85	8	50	78	0	4	17	0.93
261388--261439	19	2.8	19	91	2	79	76	0	7	15	0.99
261391--261441	16	3.1	15	77	22	57	76	0	5	17	0.98
262730--263035	35	8.4	34	76	12	222	40	8	5	46	1.56
262730--263047	37	8.7	36	79	11	262	41	8	5	45	1.56
262762--263035	73	3.8	70	78	14	251	40	8	5	45	1.57
263064--263111	2	23.5	2	91	4	78	52	2	0	45	1.12
263351--263392	20	2.2	20	95	4	77	47	0	14	38	1.44
263366--263427	30	2.1	29	81	3	70	50	1	11	37	1.48
267859--267952	33	2.8	33	93	1	161	36	27	21	14	1.93
270888--270954	14	4.8	14	83	7	91	49	4	4	41	1.43
270888--270959	28	2.6	29	84	6	103	47	4	5	43	1.46
271547--271661	23	5.0	23	92	0	176	26	24	28	20	1.99
277941--277977	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
278412--278475	23	2.8	23	76	9	67	31	23	25	20	1.98
279911--279959	8	6.5	8	72	13	50	48	12	2	36	1.52
279914--279954	14	2.8	15	85	7	66	51	12	2	34	1.52
279948--280016	14	4.9	14	70	16	61	47	5	2	43	1.42
279919--280019	22	4.7	22	69	8	82	48	7	2	40	1.47
282682--282717	19	1.9	19	94	5	65	72	5	0	22	1.05
283268--283296	13	2.2	13	100	0	58	6	62	31	0	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283982--284135	3	51.7	3	87	3	222	62	1	0	35	1.08
284429--285766	113	11.9	113	94	1	2309	28	20	15	36	1.93
286387--286969	52	11.1	51	82	10	621	37	23	13	25	1.92
286564--286969	50	8.0	51	95	2	728	38	23	13	24	1.91
286564--286969	102	4.0	101	96	1	733	38	23	13	24	1.91
287899--287971	5	13.0	6	78	18	86	2	12	0	84	0.71
287899--287971	11	6.5	11	86	9	103	2	12	0	84	0.71
287902--287967	1	66.0	1	73	0	51	3	10	0	86	0.68
299172--299215	18	2.4	18	82	14	54	70	4	0	25	1.06
299182--299217	19	1.9	19	94	5	65	72	5	0	22	1.05

Tables:   1   2   3