genome.fa.s8271.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008271.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110928_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  134579

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54--181	64	2.0	64	90	3	204	35	20	11	32	1.89
326--370	22	2.1	21	87	4	63	35	20	20	24	1.96
374--475	43	2.4	42	85	1	132	29	32	15	22	1.95
911--1553	168	3.9	166	85	2	781	32	23	18	25	1.97
911--1578	83	8.0	83	83	3	750	32	23	17	25	1.97
911--1553	251	2.6	248	84	3	835	32	23	18	25	1.97
2570--2602	13	2.5	13	100	0	66	9	15	39	36	1.79
2998--3051	28	2.0	27	85	3	72	22	5	3	68	1.26
9402--9533	64	2.0	65	95	1	239	43	4	3	49	1.38
9706--9747	19	2.3	19	84	12	52	40	2	2	54	1.26
9966--10020	10	5.5	10	80	8	58	23	3	3	69	1.21
21059--21114	13	4.2	13	76	13	60	48	12	3	35	1.58
21100--21198	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
21193--21232	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
23514--23559	12	3.6	12	81	16	56	17	19	17	45	1.85
23513--23552	15	2.9	14	85	14	57	20	17	15	47	1.83
26249--26278	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
28361--28407	20	2.3	20	85	0	67	23	10	8	57	1.60
36053--36495	121	3.8	117	86	5	508	39	14	18	26	1.90
36166--36495	121	2.7	122	92	0	529	40	14	18	26	1.90
36054--36495	242	1.9	233	83	8	570	40	14	18	26	1.90
36857--36920	3	22.0	3	84	6	78	31	1	0	67	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39243--39277	17	2.1	17	88	0	52	48	11	5	34	1.63
39793--39860	27	2.5	27	97	0	127	52	10	10	26	1.67
44590--44694	17	6.2	17	88	0	138	39	7	11	41	1.70
44588--44690	51	2.0	51	90	3	163	39	7	12	39	1.72
44976--45070	23	4.0	24	89	4	140	20	22	26	31	1.98
44979--45087	48	2.3	47	83	9	125	22	22	23	31	1.99
45524--45567	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
58049--58087	7	5.3	7	85	11	51	79	0	20	0	0.73
58057--58089	11	2.8	12	86	9	50	78	0	21	0	0.75
58049--58089	16	2.7	15	88	7	57	78	0	21	0	0.76
60818--60908	24	3.9	23	74	9	69	24	19	23	32	1.97
60821--60918	24	4.2	23	69	10	65	23	21	22	32	1.98
65316--65365	22	2.2	24	82	7	59	54	14	0	32	1.40
65498--65561	22	3.0	21	84	4	92	29	23	21	25	1.99
67967--68010	21	2.0	21	86	4	61	22	29	22	25	1.99
67967--68019	22	2.4	22	84	6	63	24	28	20	26	1.99
68661--68724	22	3.0	21	80	8	76	31	23	20	25	1.98
74890--74941	22	2.3	23	83	9	63	59	7	25	7	1.51
75509--75541	11	3.0	11	86	13	50	39	0	0	60	0.97
78289--78357	32	2.2	30	82	12	86	39	8	10	42	1.70
80742--80795	27	2.0	27	82	10	67	29	0	5	64	1.16
81293--81442	71	2.1	72	92	1	248	34	12	9	44	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94883--94922	21	1.9	21	94	0	71	27	15	17	40	1.89
94999--95036	18	2.1	19	90	5	60	21	18	28	31	1.97
100959--101031	2	37.5	2	94	5	132	49	0	0	50	1.00
101680--101719	20	2.0	20	85	0	53	40	12	10	37	1.77
111384--111449	21	3.2	21	70	16	57	42	4	1	51	1.31
111374--111454	39	2.1	39	86	9	112	43	3	1	51	1.27
111565--111590	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
112716--113846	87	13.0	87	89	1	1669	33	11	17	37	1.86
112959--112998	19	2.1	19	95	0	71	32	10	20	37	1.85
112716--134553	174	130.6	174	84	9	25899	33	12	17	37	1.86
113046--113084	19	2.0	20	85	5	53	35	15	15	33	1.89
113653--113692	19	2.1	19	90	0	62	35	10	17	37	1.83
113742--113779	19	2.0	19	89	0	58	34	13	18	34	1.89
113759--113912	66	2.3	67	88	1	220	34	10	17	37	1.84
113672--114169	170	3.1	155	80	11	488	33	11	17	37	1.86
113826--117723	87	45.0	87	88	2	5534	33	11	17	37	1.86
114322--114361	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
114409--114448	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
114670--114709	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
114757--114796	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
114844--114883	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
115099--115138	19	2.1	19	85	0	53	35	10	17	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115970--116009	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
116579--116618	19	2.1	19	85	0	53	35	12	17	35	1.88
116666--116705	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
116924--116963	19	2.1	19	90	0	62	35	10	17	37	1.83
117011--117049	19	2.0	20	85	5	53	30	15	15	38	1.88
117557--117879	155	2.1	156	86	4	447	33	13	16	37	1.87
117644--117791	68	2.2	68	86	2	199	33	13	14	38	1.85
117712--120377	87	30.9	87	86	3	3564	34	11	16	37	1.85
117859--117897	19	2.1	19	85	0	51	35	12	15	35	1.86
117946--117985	19	2.1	19	86	9	55	35	12	17	35	1.88
119238--119277	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
119325--119364	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
119582--119621	19	2.1	19	90	0	62	35	10	17	37	1.83
120298--120446	69	2.2	68	87	3	210	32	13	15	38	1.86
120514--120552	19	2.1	19	85	0	51	35	12	15	35	1.86
120366--134553	82	171.1	86	84	11	16433	32	12	17	37	1.87
120601--120640	19	2.1	19	86	9	55	35	12	17	35	1.88
120688--120727	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
120366--121911	87	18.5	85	88	8	2041	32	11	17	37	1.86
121340--121379	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
121838--121872	18	1.9	18	88	0	52	31	14	17	37	1.89
121783--122046	135	1.9	139	87	11	391	33	12	15	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121783--122053	144	2.0	138	85	11	342	33	12	16	38	1.85
122142--122726	81	7.2	87	88	10	868	32	12	16	37	1.87
122541--122578	19	2.0	19	89	0	58	31	13	15	39	1.86
122650--122791	65	2.2	64	91	7	216	32	11	16	39	1.85
122715--134553	83	144.1	86	88	9	17047	32	12	17	37	1.87
122937--122970	18	1.9	18	88	5	52	32	14	17	35	1.91
123013--123051	19	2.1	18	85	4	51	33	12	17	35	1.88
123336--123375	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
123422--123461	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
123506--123545	19	2.1	19	85	0	53	35	12	17	35	1.88
124085--124122	18	2.1	18	90	0	58	34	13	18	34	1.89
124246--124285	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
124491--124530	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
124576--124614	18	2.1	19	85	4	53	33	10	17	38	1.84
125629--125663	18	1.9	18	88	0	52	31	14	17	37	1.89
125712--125749	18	2.1	18	90	0	58	34	13	18	34	1.89
125794--125831	19	2.0	19	89	0	58	31	13	15	39	1.86
126206--126245	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
126614--126648	18	1.9	18	88	0	52	31	14	17	37	1.89
126948--126987	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
127276--127315	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
127438--127473	17	2.1	17	89	0	54	27	13	16	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127772--127811	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
128020--128054	18	1.9	18	88	0	52	31	14	17	37	1.89
128193--128232	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
128441--128480	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
128775--128814	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
129021--129060	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
129105--129144	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
129192--129231	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
129358--129397	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87
129524--129563	19	2.1	19	90	0	62	32	12	17	37	1.87

Tables:   1   2