genome.fa.s8272.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008272.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110929_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  465257

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4650--4755	35	3.0	35	97	2	203	40	22	5	31	1.77
8246--8303	20	2.9	20	92	0	89	24	27	8	39	1.84
15488--15555	35	1.9	35	87	0	100	47	20	0	32	1.51
16627--16669	22	2.0	21	86	4	59	58	2	2	37	1.24
17572--17629	28	2.1	28	83	6	73	1	18	10	68	1.26
18016--18140	3	41.0	3	87	3	178	61	2	0	35	1.15
18280--18787	118	4.4	118	91	3	809	25	20	15	38	1.92
18725--18828	43	2.5	41	92	4	165	19	22	10	48	1.79
18610--18941	156	2.1	154	90	2	513	25	20	13	40	1.89
18770--19319	114	4.8	114	95	0	960	28	19	14	36	1.92
18770--19319	227	2.4	227	96	0	1001	28	19	14	36	1.92
19956--20646	50	13.8	50	97	0	1274	39	21	12	26	1.90
21566--21624	1	59.0	1	82	0	73	0	8	0	91	0.42
21565--21624	17	3.8	16	86	8	95	0	10	0	90	0.47
21566--21623	11	5.5	11	85	6	84	0	8	0	91	0.42
33841--33893	27	2.0	27	88	0	79	1	15	7	75	1.11
33843--33900	27	2.1	27	83	0	71	1	17	10	70	1.23
34280--34335	3	19.3	3	85	7	80	60	1	0	37	1.07
34284--34346	15	4.3	15	88	6	76	58	1	4	34	1.29
50158--50424	134	2.0	130	95	4	482	26	15	23	34	1.95
50644--50668	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
52152--52311	83	1.9	83	100	0	320	41	6	3	48	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62072--62104	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
62170--62244	10	7.7	10	69	21	61	57	21	12	9	1.62
62174--62238	16	4.1	16	95	0	121	56	23	12	7	1.61
62991--63046	14	4.3	14	82	17	75	51	25	14	8	1.70
62971--63045	24	3.1	24	90	3	107	54	21	12	12	1.69
62984--63031	10	4.4	10	78	19	51	54	22	12	10	1.68
64330--64358	12	2.4	12	100	0	58	0	34	0	65	0.93
65192--65236	4	11.2	4	87	0	63	24	2	31	42	1.67
69895--70347	236	1.9	236	98	0	870	30	20	11	38	1.88
70334--70360	13	2.1	13	100	0	54	22	25	7	44	1.79
70641--70667	13	2.1	13	100	0	54	22	25	7	44	1.79
70204--71128	308	3.0	308	99	0	1816	30	20	9	39	1.85
70949--70975	13	2.1	13	100	0	54	22	25	7	44	1.79
72639--72665	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
74324--74406	35	2.6	31	80	15	98	51	4	1	42	1.30
80034--80067	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
86659--86779	51	2.4	50	77	12	131	20	29	27	22	1.98
86816--86914	50	2.0	51	87	2	146	29	23	17	30	1.97
91009--91047	17	2.2	18	95	4	71	17	17	33	30	1.94
92772--92811	20	2.0	21	90	9	66	45	0	25	30	1.54
92924--93046	51	2.4	50	86	1	156	19	28	34	17	1.95
97012--97054	13	3.3	13	84	12	61	69	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97012--97062	26	2.0	26	88	0	75	66	1	0	31	1.03
103523--104238	6	121.5	6	94	4	1273	50	16	0	33	1.46
105403--105442	19	2.1	19	90	0	62	17	17	10	55	1.69
107093--107131	19	2.0	20	90	5	62	33	2	15	48	1.58
116393--116443	25	2.1	24	88	3	75	43	0	1	54	1.11
121114--121198	38	2.2	38	89	0	125	42	8	18	30	1.80
125685--125728	23	1.9	23	95	0	79	31	0	6	61	1.22
125685--125734	23	2.2	23	88	0	73	32	4	6	58	1.41
126264--126321	20	2.8	20	76	2	71	51	0	6	41	1.28
126255--126332	40	2.0	38	90	5	120	47	0	8	43	1.34
126267--126332	20	3.3	20	74	20	66	50	0	6	43	1.27
126426--126617	7	27.0	7	69	17	53	47	4	7	40	1.52
126432--126569	32	4.2	35	71	24	138	46	4	9	39	1.56
126505--126555	15	3.3	15	70	20	50	49	7	3	39	1.51
126466--126620	20	8.0	19	68	21	81	47	3	7	40	1.50
126668--126719	24	2.2	24	92	0	86	38	3	7	50	1.50
126668--126713	9	5.4	9	80	15	62	36	2	8	52	1.45
126882--126923	22	1.9	22	85	9	59	47	7	2	42	1.43
127021--127072	19	2.7	20	84	3	70	34	5	11	48	1.63
127034--127071	20	1.9	19	94	5	67	34	5	13	47	1.65
127021--127126	11	10.2	11	66	14	55	38	3	9	48	1.54
127021--127126	22	5.1	21	75	13	78	38	3	9	48	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127213--127486	140	2.0	141	93	1	471	28	12	5	54	1.58
127357--127837	217	2.2	216	91	2	777	29	12	6	51	1.65
128834--128952	24	5.0	24	89	4	177	40	19	15	25	1.90
128834--128970	48	2.9	47	84	4	175	41	18	14	24	1.89
128834--128970	72	1.9	72	86	5	197	41	18	14	24	1.89
131316--131345	13	2.3	13	94	0	51	16	23	43	16	1.87
144702--144821	35	3.3	36	84	5	163	42	19	5	33	1.73
148882--148915	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
149310--149428	35	3.3	36	88	5	170	44	20	3	31	1.68
149356--149421	21	3.5	21	67	26	65	46	19	4	28	1.69
149312--149456	35	4.1	36	81	13	133	42	19	5	33	1.74
153152--153198	25	1.9	24	91	4	76	36	4	4	55	1.39
153152--153200	24	2.0	24	88	7	73	36	4	6	53	1.45
153333--153391	29	2.0	29	100	0	118	45	13	20	20	1.84
153335--153399	29	2.2	29	94	0	112	47	15	18	18	1.82
158399--158463	31	2.1	31	88	0	94	41	10	10	36	1.75
158594--158706	60	1.9	60	81	5	140	28	20	17	33	1.95
158955--159032	31	2.5	31	91	0	129	38	20	21	19	1.94
158955--159044	31	2.9	31	88	0	108	40	20	18	21	1.92
167651--167793	60	2.4	60	80	2	162	39	4	19	35	1.73
172493--172675	65	2.8	63	80	7	208	30	25	18	26	1.98
172624--172672	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174191--174223	6	5.7	6	92	3	50	36	9	36	18	1.82
176465--176499	15	2.3	15	95	0	61	62	8	22	5	1.45
176272--176575	152	2.0	152	96	3	560	42	17	21	18	1.89
177412--177438	13	2.1	13	100	0	54	29	0	40	29	1.57
179995--180034	21	1.9	21	84	0	53	10	42	10	37	1.72
180989--181198	65	3.3	63	77	14	205	30	24	19	26	1.98
182067--182112	20	2.2	21	85	14	60	28	13	10	47	1.76
183281--183385	51	2.1	51	100	0	210	29	17	11	41	1.84
186600--186950	144	2.4	146	81	4	379	28	15	19	36	1.92
186663--186950	146	2.0	144	84	2	371	28	14	20	37	1.91
191038--191072	17	2.0	18	94	5	63	65	11	5	17	1.43
193408--193450	16	2.7	15	77	22	52	60	0	0	39	0.97
193406--193451	23	2.0	23	83	8	58	60	0	0	39	0.97
206921--206953	15	2.2	15	100	0	66	36	6	33	24	1.80
208257--208303	25	1.9	25	86	4	69	23	27	10	38	1.88
214014--214053	18	2.2	19	86	4	55	30	7	27	35	1.84
240438--240511	22	3.5	22	85	8	93	16	24	29	29	1.96
243864--243919	29	1.9	29	92	0	94	55	5	17	21	1.62
249821--249891	30	2.4	30	92	2	117	33	14	0	52	1.42
260714--260747	17	2.1	16	88	5	50	61	5	17	14	1.52
265312--265345	17	2.1	16	88	5	50	61	5	17	14	1.52
269429--269504	38	2.1	36	82	5	89	39	9	14	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270652--270688	20	1.9	19	89	10	58	51	10	18	18	1.75
273783--273840	18	3.1	19	85	7	82	67	8	15	8	1.41
274536--274601	34	1.9	35	87	6	100	46	1	4	46	1.32
275950--276048	52	1.9	52	97	0	189	21	22	26	30	1.99
276512--276608	28	3.6	27	70	16	83	29	16	26	26	1.97
276589--276832	27	8.8	28	67	20	120	25	22	26	25	2.00
276589--276835	55	4.5	55	80	7	284	25	22	26	25	2.00
276535--276832	112	2.7	109	81	7	273	26	21	26	25	1.99
276622--276832	112	1.9	113	90	1	343	25	23	25	25	2.00
276535--276856	55	5.8	55	75	14	256	27	21	26	25	1.99

Tables:   1   2