genome.fa.s8278.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008278.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110937_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  776496

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12865--12906	18	2.3	18	95	0	75	28	19	33	19	1.96
13363--13401	17	2.2	17	86	4	51	56	0	7	35	1.28
28009--28077	34	2.0	34	94	0	120	31	17	10	40	1.83
32791--32841	23	2.2	23	85	0	66	54	1	0	43	1.11
33248--33299	23	2.3	22	80	6	59	65	1	0	32	1.04
35808--35880	37	2.0	37	84	10	96	46	4	1	47	1.30
37067--37159	29	3.1	29	61	22	66	44	5	17	33	1.71
37014--37169	60	2.6	60	85	6	201	43	5	20	30	1.75
45737--45766	14	2.1	14	93	0	51	50	0	0	50	1.00
47751--47792	18	2.3	19	87	4	59	64	2	0	33	1.07
52101--52146	21	2.2	20	80	3	56	41	34	0	23	1.55
52107--52145	21	1.9	21	89	5	62	41	33	0	25	1.56
63757--63923	83	2.0	81	87	3	237	38	10	8	41	1.70
71791--71923	29	4.6	29	92	0	203	16	27	36	19	1.93
72159--72230	21	3.3	21	69	14	65	16	27	26	29	1.97
72144--72234	44	2.1	44	97	0	173	18	25	27	28	1.98
72144--72216	23	3.3	23	70	14	80	17	26	28	27	1.98
72602--72645	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
72622--72684	28	2.2	30	91	5	103	31	0	11	57	1.34
73192--73236	21	2.2	21	84	4	56	35	0	8	55	1.31
73497--73555	26	2.3	25	75	18	66	47	6	3	42	1.46
76440--76742	26	12.2	26	78	13	230	43	2	10	44	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76385--76778	124	3.2	124	94	1	668	43	2	9	45	1.47
76724--76810	38	2.4	37	81	9	99	41	2	4	51	1.35
76457--76811	49	7.2	48	68	15	154	43	2	8	45	1.48
76443--76794	14	26.1	14	69	18	128	43	2	9	45	1.49
76747--76820	38	1.9	38	83	5	96	45	4	5	44	1.45
77002--77034	17	1.9	17	93	0	57	36	6	12	45	1.66
76948--77027	24	3.3	23	71	21	67	38	3	8	48	1.52
77940--77984	23	2.0	23	86	0	63	55	2	4	37	1.32
79189--79235	16	3.0	16	84	9	53	59	10	0	29	1.31
79276--79357	34	2.5	34	83	13	93	48	13	0	37	1.42
79397--79529	45	3.0	45	80	14	136	48	12	0	39	1.40
79469--79557	41	2.2	40	78	8	90	46	10	1	42	1.45
80076--80179	29	3.6	29	89	0	145	22	30	28	18	1.97
85471--85512	22	2.0	21	86	13	59	28	0	7	64	1.20
87776--87817	23	1.9	23	85	9	61	40	7	0	52	1.29
89280--89338	27	2.2	27	90	0	91	25	50	8	15	1.71
89301--89434	39	3.4	39	85	0	187	27	49	9	13	1.73
89417--89483	24	2.8	24	86	4	82	32	46	8	11	1.72
89301--89458	78	2.1	77	85	3	203	27	49	9	13	1.73
91080--91144	30	2.2	30	83	2	78	43	4	12	40	1.63
91600--91665	34	1.9	35	85	11	93	48	10	3	37	1.53
92199--92227	15	1.9	15	100	0	58	55	6	20	17	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93271--93323	28	1.9	27	84	3	70	43	5	3	47	1.45
94491--94581	21	4.4	21	75	10	98	20	19	25	34	1.97
94512--94611	40	2.5	41	90	1	148	22	19	22	37	1.95
94534--94598	19	3.3	19	75	10	67	20	20	21	38	1.94
94980--95069	19	4.4	20	74	20	96	31	27	5	35	1.80
94991--95071	43	1.9	41	85	9	110	33	28	6	32	1.82
96428--96491	28	2.3	28	94	2	112	14	9	32	43	1.77
96557--96621	28	2.3	28	89	0	103	13	7	32	46	1.72
99011--99076	33	1.9	34	81	9	80	34	3	13	48	1.58
105287--105320	15	2.3	15	100	0	68	44	0	5	50	1.26
107569--107714	70	2.1	72	94	5	262	36	22	11	28	1.89
115450--115496	19	2.4	20	80	16	62	42	0	0	57	0.98
115711--115754	2	22.5	2	82	13	56	50	0	2	47	1.13
115782--115820	3	13.3	3	89	5	62	38	0	0	61	0.96
115784--115831	9	5.1	9	82	9	60	39	2	0	58	1.10
117440--117516	37	2.1	38	95	2	138	32	16	12	37	1.87
117446--117501	17	3.1	17	68	22	51	28	19	12	39	1.88
120202--120254	26	2.1	25	82	10	63	32	3	3	60	1.32
127025--127050	9	2.9	9	100	0	52	46	23	7	23	1.78
127165--127203	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
129425--129467	19	2.3	19	84	8	52	34	0	11	53	1.37
133730--133784	28	2.0	28	85	7	76	56	7	3	32	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135783--135844	30	2.1	30	84	6	81	67	0	1	30	1.00
137719--137761	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
137709--138007	54	5.6	54	74	14	269	51	13	0	34	1.46
137724--137953	80	2.9	80	95	0	415	51	14	0	33	1.46
137775--137849	22	3.2	23	79	11	89	54	16	0	29	1.42
137709--138169	134	3.4	132	82	12	550	51	14	0	33	1.47
137861--137924	22	2.9	22	77	6	67	50	20	0	29	1.49
137884--137929	22	2.0	23	87	4	67	54	15	0	30	1.41
137933--137974	22	1.9	22	100	0	84	50	14	0	35	1.43
137935--137983	22	2.2	22	85	3	62	53	14	2	30	1.52
137938--138087	80	1.9	80	98	0	291	52	15	0	32	1.48
137989--138063	22	3.2	23	75	17	82	54	17	0	28	1.43
137804--138186	54	7.1	54	82	9	342	51	14	0	33	1.46
138067--138108	22	1.9	22	100	0	84	50	14	0	35	1.43
138069--138117	22	2.2	22	85	3	62	53	14	2	30	1.52
138121--138220	22	4.4	22	71	7	92	51	10	0	39	1.36
138166--138335	15	10.5	15	77	17	162	50	3	0	45	1.23
138140--138305	52	3.3	50	90	7	248	49	6	0	43	1.31
139608--139647	21	1.9	21	85	10	55	35	7	17	40	1.78
140980--141046	33	2.1	32	85	2	89	52	17	8	20	1.72
145436--145472	6	6.2	6	100	0	74	32	16	32	18	1.93
146584--146609	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155989--156091	22	4.9	21	77	15	106	38	0	0	59	1.11
155983--156083	43	2.4	44	82	14	115	41	0	0	57	1.05
165381--165503	44	2.8	43	86	2	165	21	17	29	31	1.96
165697--165802	43	2.5	42	86	7	142	22	15	31	31	1.95
165883--166013	64	2.0	64	94	0	226	29	11	22	36	1.89
166275--166346	32	2.2	32	85	4	92	33	23	9	33	1.88
169356--169437	23	3.4	23	70	20	60	73	0	12	14	1.11
170355--170385	6	5.0	6	92	7	53	64	0	0	35	0.94
172618--172656	16	2.5	15	84	8	60	53	0	7	38	1.30
174082--174157	40	1.9	39	84	5	100	25	7	2	64	1.34
177818--177851	17	2.0	17	88	0	50	58	5	0	35	1.22
180869--180897	11	2.6	11	100	0	58	37	0	0	62	0.96
191348--191554	104	2.0	104	91	0	333	36	15	7	40	1.76
197294--197348	28	2.0	28	86	13	78	36	18	27	18	1.94
201184--201313	60	2.2	60	81	5	147	38	20	3	37	1.69
203862--204003	36	4.0	36	94	0	250	34	24	23	17	1.96
205810--205853	23	1.9	23	86	9	63	11	36	2	50	1.51
210135--210166	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
213837--214015	88	2.0	88	83	2	225	22	17	27	32	1.96
218099--218148	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
220803--220870	3	22.7	3	93	0	118	30	1	1	66	1.10
231433--231520	29	3.0	28	68	17	70	32	25	3	38	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231408--231590	60	3.1	58	77	12	183	30	24	6	38	1.79
232981--233027	24	1.9	25	91	4	78	40	8	0	51	1.33
235192--235379	59	3.2	58	80	8	177	33	14	3	47	1.62
237907--237946	16	2.5	16	87	0	62	25	35	17	22	1.95
247549--247579	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
251609--251646	20	1.9	20	94	0	67	39	0	18	42	1.50
257499--257541	21	2.0	21	91	8	70	23	25	18	32	1.97
260140--260182	21	2.0	21	82	8	52	39	4	23	32	1.75
260808--260853	21	2.2	21	84	0	56	8	17	21	52	1.71
262910--262938	10	2.7	11	89	10	51	37	0	0	62	0.96

Tables:   1   2   3