genome.fa.s8286.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008286.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110949_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  504059

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10758--10833	29	2.5	32	83	10	88	35	17	3	43	1.67
11308--11369	26	2.3	26	81	13	72	32	3	4	59	1.34
14598--14696	20	4.9	20	81	2	101	27	19	23	30	1.98
14645--14710	20	3.3	20	81	8	89	37	18	16	27	1.92
14738--14781	20	2.2	20	80	4	54	38	31	9	20	1.84
18121--18154	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
18391--18442	18	2.9	18	97	0	95	23	19	17	40	1.91
26912--26996	29	2.9	29	91	6	129	28	28	24	18	1.98
27007--27045	20	2.0	20	94	0	69	38	30	17	12	1.88
27006--27045	9	4.2	9	81	12	53	37	32	17	12	1.87
27125--27200	29	2.6	29	91	0	116	17	34	30	18	1.94
27511--27561	26	2.0	26	88	3	77	45	11	35	7	1.70
27556--27599	13	3.3	13	81	6	61	63	0	34	2	1.07
27745--27874	45	3.0	44	77	17	128	40	0	12	46	1.47
28047--28093	16	3.0	16	84	9	53	29	0	10	59	1.31
28068--28098	15	2.1	14	94	5	53	38	0	6	54	1.26
30245--30277	17	1.9	17	93	0	57	45	12	6	36	1.66
30262--30330	22	3.0	22	73	19	77	47	5	4	42	1.47
30469--30555	38	2.4	37	81	9	99	51	4	2	41	1.35
30485--30715	14	17.3	13	74	18	126	45	8	2	43	1.46
30485--30715	26	9.3	26	73	12	180	45	8	2	43	1.46
30501--30770	124	2.2	123	91	2	427	45	8	1	43	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30646--30721	37	2.1	37	82	5	91	43	10	2	43	1.53
30485--30721	11	19.2	11	68	23	75	45	8	2	43	1.47
33595--33653	26	2.3	24	78	16	64	40	3	8	47	1.51
34387--34499	50	2.4	47	80	15	128	50	7	0	41	1.36
34459--34521	28	2.2	30	91	5	103	57	11	0	31	1.34
34463--34528	28	2.4	28	85	10	98	56	10	0	33	1.34
34498--34546	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
35094--35166	20	3.3	20	67	26	58	24	47	9	17	1.77
35074--35166	46	2.0	46	97	0	177	24	47	10	17	1.79
35226--35345	29	4.1	29	94	0	213	18	35	30	15	1.92
40466--40508	12	3.6	12	83	0	50	23	0	53	23	1.46
52539--52795	46	5.6	46	78	7	243	49	6	31	12	1.65
52558--52795	49	5.1	49	76	11	153	50	5	31	12	1.64
52558--52747	43	4.2	43	75	13	159	50	5	33	11	1.61
52885--53087	101	2.0	101	80	5	232	28	5	29	35	1.81
53442--53491	2	26.0	2	90	8	77	48	0	0	52	1.00
65609--65653	3	15.0	3	95	0	81	64	0	0	35	0.94
65900--66784	113	7.8	113	89	6	1104	30	17	14	37	1.89
66353--66398	17	2.8	16	75	18	58	23	19	6	50	1.71
66018--66785	213	3.4	219	88	6	1048	31	17	13	37	1.89
66078--66710	326	1.9	329	93	1	1094	32	17	14	36	1.89
67477--68275	92	8.7	92	93	0	1274	35	22	14	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69534--69573	11	3.9	10	84	15	55	0	15	0	85	0.61
69533--69568	18	2.0	18	89	10	56	0	16	0	83	0.65
69541--69575	14	2.6	14	90	4	54	0	17	0	82	0.66
69534--69573	20	2.0	20	90	9	64	0	15	0	85	0.61
76872--76941	18	4.2	18	78	17	96	17	50	20	12	1.78
76876--76956	31	2.5	31	90	4	126	16	45	22	16	1.85
76894--76930	13	2.8	13	91	0	65	16	48	21	13	1.80
78267--78302	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
79436--79528	24	3.9	24	73	5	80	23	12	17	46	1.82
79429--79535	24	4.5	24	71	0	79	23	11	16	48	1.78
86441--86491	3	17.0	3	91	0	84	62	0	0	37	0.95
86441--86491	15	3.4	15	97	0	93	62	0	0	37	0.95
91481--91532	19	2.7	19	96	0	95	32	17	28	21	1.96
91434--91596	83	2.0	83	83	9	208	33	18	25	22	1.96
91585--91642	20	2.6	22	86	10	75	31	18	22	27	1.97
93353--93391	20	1.9	20	89	5	60	38	28	15	17	1.91
94613--94652	15	2.7	15	88	3	55	67	2	30	0	1.04
99956--100312	176	2.0	176	97	0	669	38	18	21	21	1.94
102332--102382	20	2.5	20	96	0	93	33	19	9	37	1.85
103288--103317	15	1.9	16	93	6	53	60	0	3	36	1.14
104408--104447	20	2.0	20	90	5	62	35	32	15	17	1.91
111191--111222	16	2.1	16	94	5	57	37	12	18	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111246--111294	16	3.0	16	84	3	62	34	16	16	32	1.91
117013--117147	51	2.6	51	81	4	148	17	32	28	21	1.96
117833--117866	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
118398--118642	130	1.9	130	94	0	436	34	12	15	37	1.85
121335--121421	35	2.5	34	77	18	90	55	9	8	27	1.60
121644--121684	9	4.6	9	87	0	64	12	36	19	31	1.89
123551--123883	111	3.0	111	96	0	612	45	10	7	36	1.68
126696--126753	31	2.0	30	83	10	75	41	6	18	32	1.78
127520--127545	13	2.0	13	100	0	52	38	15	23	23	1.92
130644--130716	28	2.5	28	86	4	92	52	4	10	32	1.56
131571--131595	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
146962--147007	22	2.1	22	88	4	67	32	19	10	36	1.87
147385--147435	20	2.5	20	90	0	75	23	21	19	35	1.96
149681--149739	23	2.6	23	91	0	91	22	40	6	30	1.79
151093--151131	18	2.1	19	85	4	53	48	5	2	43	1.38
160228--160312	42	2.0	42	81	0	98	34	12	24	28	1.92
160521--160614	40	2.3	40	90	0	152	41	18	15	24	1.89
160994--161035	22	1.9	22	95	0	75	50	4	11	33	1.60
161413--161549	43	3.1	44	78	4	116	37	20	12	29	1.89
161424--161550	44	2.9	44	79	5	123	34	19	12	33	1.90
161612--161741	43	3.0	41	81	8	118	33	19	19	28	1.96
161637--161746	42	2.6	42	84	4	132	33	21	18	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161637--161760	43	2.9	43	82	5	135	33	20	17	28	1.95
162574--162698	62	2.0	62	100	0	250	32	8	8	51	1.60
163292--163325	17	1.9	17	88	5	50	67	5	11	14	1.39
164608--164637	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
164897--164939	5	8.4	5	89	5	50	18	6	0	74	1.04
165672--165697	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
166868--167115	83	3.0	83	87	6	351	46	10	4	38	1.58
170587--170632	21	2.1	23	84	8	60	43	4	36	15	1.66
173116--173176	3	20.0	3	83	3	68	57	0	0	42	0.98
174521--174583	15	4.1	16	73	21	53	65	3	3	28	1.24
174711--174753	16	2.6	16	85	3	59	74	2	2	20	1.04
182054--182127	39	1.9	39	86	5	107	21	24	24	29	1.99
182456--182504	24	2.0	25	84	11	66	71	4	8	16	1.26
185892--185934	16	2.6	16	85	3	59	74	2	2	20	1.04
191400--191579	70	2.6	70	98	1	344	46	3	2	47	1.35
191447--191566	34	3.5	34	67	18	95	47	4	1	46	1.31
192136--192407	142	1.9	137	83	7	343	47	8	6	37	1.60
192532--192557	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
193913--193975	3	22.0	3	79	9	60	66	0	1	31	1.01
193893--193961	19	3.5	21	75	15	67	56	0	2	40	1.14
194311--194369	17	3.2	17	70	21	55	22	22	8	47	1.77
194211--194518	139	2.2	137	84	4	386	26	19	15	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194443--194770	123	2.7	123	88	2	498	26	19	13	40	1.89
194809--194933	36	3.5	36	68	8	92	38	12	17	31	1.88
194794--194934	72	2.0	72	92	0	237	36	12	17	32	1.88
195632--195689	22	2.6	22	79	15	66	43	8	12	36	1.73
197038--197211	75	2.3	75	84	1	215	30	21	14	33	1.93
201420--201450	14	2.2	14	100	0	62	61	6	16	16	1.54
201424--201483	20	2.9	20	72	5	57	63	8	13	15	1.51
201568--201654	43	2.0	44	90	2	140	34	22	11	31	1.90
202106--202177	36	2.0	36	91	0	117	27	11	19	41	1.85
203529--203796	140	1.9	135	84	8	353	47	8	6	37	1.60

Tables:   1   2   3