genome.fa.s8288.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008288.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110951_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  310337

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2203--2258	22	2.7	21	83	10	62	30	23	17	28	1.97
3773--3816	21	2.1	21	86	0	61	9	36	15	38	1.80
4807--4857	19	2.7	19	80	19	63	23	33	15	27	1.95
4805--4964	64	2.5	63	83	7	189	30	25	15	28	1.96
6259--6384	61	2.1	61	96	0	234	39	14	13	32	1.85
9779--9957	65	2.8	63	77	13	179	30	17	22	30	1.96
9799--9957	65	2.5	64	83	10	184	30	16	21	31	1.96
9799--10005	65	3.2	65	73	17	182	28	16	22	32	1.96
11515--11546	13	2.5	13	95	5	57	6	37	0	56	1.25
12511--12540	13	2.2	14	94	5	53	40	13	26	20	1.89
12944--13096	22	7.0	22	85	1	191	28	20	22	28	1.99
12944--13096	44	3.5	44	87	4	211	28	20	22	28	1.99
21147--21219	21	3.5	21	92	3	121	32	8	26	32	1.86
31177--31215	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
41561--41599	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
49262--49287	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
49492--49551	26	2.3	27	77	8	70	63	3	0	33	1.11
49506--49546	20	2.0	20	90	0	64	70	0	0	29	0.87
57829--57865	18	2.1	17	90	5	56	51	0	2	45	1.15
62980--63183	105	2.0	103	97	1	381	23	34	16	25	1.95
64686--64711	6	4.3	6	100	0	52	34	0	50	15	1.45
65099--65143	15	2.8	15	86	10	54	44	0	11	44	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67469--67520	20	2.6	20	96	0	95	25	7	32	34	1.84
70944--71019	28	2.7	28	81	0	98	35	26	22	15	1.94
74179--74269	24	3.8	24	86	2	130	37	19	15	27	1.92
74179--74269	47	1.9	48	88	2	139	37	19	15	27	1.92
76540--76573	15	2.1	16	89	10	52	29	26	29	14	1.95
76565--76638	13	5.3	13	75	15	76	18	21	43	16	1.88
76571--76642	31	2.3	31	82	0	99	16	20	45	16	1.85
78706--78788	24	3.5	24	85	3	105	36	20	18	25	1.95
78713--78784	23	3.1	23	86	4	108	36	20	18	25	1.95
81063--81093	7	4.4	7	100	0	62	25	29	32	12	1.93
81085--81136	13	4.0	13	92	0	77	17	23	42	17	1.89
87889--88279	193	2.0	195	97	2	741	30	20	24	24	1.98
94979--95247	149	1.8	146	88	5	416	47	7	6	38	1.58
96661--96838	40	4.5	40	89	3	263	20	20	9	48	1.77
96761--96826	20	3.3	20	66	29	59	16	22	10	50	1.76
96782--97068	113	2.5	113	92	1	477	24	20	15	39	1.91
97008--97109	41	2.5	41	96	1	188	18	23	8	49	1.76
96742--97334	266	2.2	265	90	3	897	25	19	13	40	1.89
97045--97567	223	2.3	224	88	3	759	28	18	13	39	1.89
97047--97567	112	4.6	112	86	7	718	28	18	13	39	1.89
97579--97760	76	2.4	76	86	1	258	33	18	20	26	1.96
98438--98492	22	2.5	22	88	11	94	40	14	12	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101114--101333	114	1.9	114	91	1	361	30	21	15	32	1.94
102776--102838	13	4.8	13	90	9	94	0	7	0	92	0.40
102781--102847	15	4.3	15	90	9	100	0	8	0	91	0.43
102776--102847	23	3.1	23	84	7	92	0	9	0	90	0.46
102776--102830	28	2.0	27	96	3	101	0	5	0	94	0.31
102776--102846	8	9.5	8	87	4	53	0	9	0	90	0.46
102776--102846	6	10.6	7	89	10	73	0	9	0	90	0.46
102776--102830	1	55.0	1	88	0	83	0	5	0	94	0.31
105264--105291	12	2.3	12	100	0	56	53	7	14	25	1.66
106895--106950	9	6.9	8	76	15	53	67	0	3	28	1.07
106910--106977	25	2.9	23	79	14	68	63	0	5	30	1.18
107466--107738	151	1.8	148	90	3	440	47	7	5	38	1.56
112464--112512	22	2.2	22	92	0	80	12	24	46	16	1.81
119770--119814	22	2.0	22	95	0	81	15	22	44	17	1.86
119811--119849	20	2.0	20	90	5	62	25	33	23	17	1.96
119820--119856	10	3.8	10	89	3	58	29	32	21	16	1.95
122656--122699	23	2.0	22	86	4	61	50	22	0	27	1.50
127760--127793	17	2.0	17	94	0	59	23	8	38	29	1.85
127916--127960	22	2.1	22	84	8	58	35	17	17	28	1.93
130056--130137	32	2.6	32	88	3	112	10	14	29	45	1.79
130050--130143	16	5.9	16	79	0	80	12	13	28	44	1.81
130050--130143	48	2.0	48	82	0	116	12	13	28	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130051--130154	48	2.2	48	80	0	109	13	13	26	46	1.80
133234--133276	21	2.0	21	86	8	61	34	18	13	32	1.90
135405--135444	16	2.4	17	83	8	55	50	0	0	50	1.00
138060--138144	30	2.9	29	75	5	80	35	3	27	34	1.74
138060--138233	60	2.9	60	83	5	192	41	4	20	33	1.71
138777--138851	20	3.8	19	75	19	66	30	0	1	68	0.98
139053--139520	84	5.6	84	82	4	489	30	24	20	24	1.98
139055--139555	165	3.0	163	83	3	581	29	24	20	24	1.99
139057--139520	249	1.8	250	87	2	689	30	25	19	24	1.98
139882--139937	3	18.7	3	79	17	55	30	0	0	69	0.89
139879--139939	8	7.6	8	72	20	56	29	0	0	70	0.88
139987--140059	33	2.2	33	95	0	128	41	20	10	27	1.86
144185--145051	110	8.0	110	91	1	1218	34	22	18	24	1.96
144185--144967	329	2.4	330	90	2	1247	34	22	18	24	1.96
145160--145923	84	9.2	82	76	8	607	30	24	19	25	1.98
145157--145879	249	2.9	249	88	1	1029	30	24	19	25	1.98
147667--147999	166	2.0	166	89	1	515	34	21	3	40	1.71
148095--148179	30	2.9	29	75	5	80	35	3	27	34	1.74
148095--148268	60	2.9	60	83	5	192	39	5	21	33	1.76
148316--148343	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
148823--148887	3	21.7	3	80	14	64	33	0	0	66	0.92
148823--148889	23	3.0	22	82	6	80	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148823--148887	29	2.3	30	84	12	84	33	0	0	66	0.92
148823--148887	14	4.3	15	79	14	64	33	0	0	66	0.92
148932--149000	33	2.1	33	97	0	129	42	20	10	27	1.84
149116--149821	84	8.5	83	80	6	696	31	25	19	23	1.98
149116--149848	165	4.4	163	79	7	708	30	25	19	23	1.98
149116--149821	249	2.8	249	90	3	1078	31	25	19	23	1.98
150191--150247	22	2.8	20	82	17	64	33	0	0	66	0.92
150191--150246	21	2.7	22	77	22	68	33	0	0	66	0.92
150297--150383	33	2.6	33	89	5	122	39	20	13	26	1.90
150780--150809	14	2.1	15	93	6	53	40	0	0	60	0.97
152386--152419	18	1.9	18	94	5	61	50	29	0	20	1.49
154596--154648	14	3.8	14	100	0	106	33	28	0	37	1.58
157816--157849	18	1.9	18	94	5	61	50	32	0	17	1.47
158031--158064	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
163444--163468	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
175061--175102	18	2.3	18	91	0	66	52	11	2	33	1.51
175069--175103	18	1.9	18	100	0	70	51	11	0	37	1.38
175461--175522	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
178413--178445	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
178613--179098	81	6.0	81	90	0	758	26	22	13	37	1.91
179044--179233	68	2.8	68	84	0	245	29	22	15	32	1.95
179484--179602	58	2.1	57	85	4	159	35	20	9	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179632--179674	19	2.3	19	95	0	77	48	18	0	32	1.48
179911--179940	12	2.5	12	100	0	60	40	16	0	43	1.48
179995--180192	95	2.1	95	92	0	324	25	25	16	32	1.96
184345--184909	81	7.0	81	86	1	756	27	21	12	38	1.89
184859--185115	68	3.8	68	90	1	372	29	24	15	29	1.95
192607--192700	21	4.4	21	75	15	93	30	27	19	22	1.98
192593--192678	44	2.0	44	90	0	136	29	25	19	25	1.99
193560--193661	42	2.4	42	86	3	134	28	24	12	34	1.92
196175--196220	3	15.3	3	100	0	92	67	0	32	0	0.91
205339--205398	18	3.4	18	71	13	61	65	0	13	21	1.27

Tables:   1   2