genome.fa.s8288.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008288.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110951_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  310337

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 193 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207348--207404	30	1.9	30	85	0	78	38	14	14	33	1.85
208697--208736	20	2.0	21	90	5	64	22	15	35	27	1.94
208870--210222	679	2.0	673	94	5	2250	32	21	8	37	1.83
211972--212023	22	2.3	22	80	6	59	28	26	19	25	1.98
212015--212072	30	1.9	30	92	0	98	36	18	17	27	1.94
214627--214678	16	3.2	16	72	0	50	25	21	13	40	1.89
214624--214699	32	2.4	32	84	4	91	26	21	13	39	1.89
216164--216311	20	7.2	21	66	17	60	31	25	12	31	1.92
216166--216231	22	3.0	23	72	12	68	28	28	13	28	1.94
216149--216230	42	1.9	42	85	11	114	30	28	13	28	1.94
216235--216302	20	3.3	20	72	20	61	35	23	11	29	1.90
216164--216314	81	1.9	81	82	9	191	30	25	11	32	1.92
216198--216322	40	3.1	41	72	13	107	31	25	11	32	1.91
216346--216411	21	3.2	21	68	8	55	28	21	10	39	1.86
216911--216991	20	4.0	20	79	9	92	49	23	13	13	1.78
216912--216992	41	2.0	40	83	7	101	50	23	12	13	1.75
217974--218037	21	3.1	21	90	2	103	21	18	40	18	1.91
218320--218427	42	2.6	43	75	5	105	34	31	13	20	1.92
218370--218491	63	1.9	63	81	3	147	29	34	15	20	1.94
218445--218494	21	2.4	21	86	0	73	34	34	14	18	1.90
218395--218494	42	2.4	41	77	8	112	30	36	14	20	1.91
220218--220256	19	2.1	18	100	0	60	17	10	20	51	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222599--223067	233	2.0	235	95	4	844	32	11	20	35	1.88
223290--223395	53	2.0	53	100	0	212	35	11	18	33	1.87
223634--223667	13	2.6	13	90	0	50	14	17	20	47	1.83
232448--232508	20	2.9	21	87	7	79	19	26	32	21	1.97
240612--240661	21	2.3	21	86	3	64	56	2	16	26	1.51
240708--242574	2	947.0	2	61	23	210	43	4	4	47	1.44
240964--241009	11	3.7	13	82	14	53	56	4	2	36	1.31
241039--241074	7	5.0	7	86	6	54	38	2	0	58	1.13
241015--241077	31	2.0	33	84	6	85	41	6	0	52	1.27
241100--241170	21	3.3	21	96	2	124	49	0	12	38	1.41
241165--241455	132	2.3	130	81	10	357	37	6	3	53	1.42
241258--241475	27	7.9	27	68	21	91	37	5	3	54	1.40
241196--241455	132	2.0	131	85	7	359	36	6	3	53	1.43
241518--241629	11	10.8	11	68	11	58	47	1	3	47	1.30
241413--241575	47	3.4	47	75	14	147	44	3	3	49	1.33
241540--241592	17	2.9	17	83	8	52	50	1	1	45	1.23
241576--241629	21	2.5	22	77	14	60	48	3	3	44	1.38
241719--241804	11	7.7	11	76	8	68	44	2	5	47	1.39
241165--242139	82	11.9	80	68	21	321	40	5	3	51	1.41
242215--242266	11	4.9	11	74	9	54	46	5	1	46	1.38
242335--242574	11	24.2	10	67	18	85	46	3	3	46	1.38
242245--242548	135	2.3	134	81	11	313	44	4	4	46	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242376--242529	33	4.8	31	72	13	107	45	3	3	47	1.37
242388--242548	53	3.1	53	75	8	127	45	3	3	47	1.38
242450--242576	9	14.1	9	67	20	61	46	2	3	47	1.34
246587--246641	20	3.0	18	80	12	58	43	1	0	54	1.10
246603--246644	20	2.1	20	100	0	84	50	0	0	50	1.00
253717--253761	20	2.2	20	92	0	72	35	6	8	48	1.61
254905--254984	20	4.0	20	80	1	97	13	27	36	22	1.92
255020--255057	20	1.9	20	100	0	76	15	31	31	21	1.94
258025--258101	26	2.9	26	82	1	100	42	6	20	29	1.77
259297--259348	22	2.2	25	83	13	65	51	0	1	46	1.12
259297--259350	20	2.9	20	67	27	55	51	0	1	46	1.11
268485--268523	14	2.7	14	85	14	53	66	0	0	33	0.92
273773--273826	28	1.9	27	85	7	72	57	3	7	31	1.44
274706--274743	19	2.0	19	85	10	51	60	7	13	18	1.56
275705--275751	24	2.0	24	91	0	76	21	0	31	46	1.51
275924--276604	95	7.2	95	81	4	768	32	17	18	31	1.94
275929--276598	281	2.4	281	84	2	860	32	17	18	31	1.94
278811--278868	21	2.8	21	81	5	73	22	17	27	32	1.96
278854--278941	23	3.9	23	76	15	94	21	19	28	30	1.97
285556--285611	21	2.7	21	77	0	58	25	16	23	35	1.94
285599--285686	23	3.9	23	78	15	103	25	21	25	28	1.99
288905--288934	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294260--294287	14	2.0	14	100	0	56	35	0	35	28	1.58
297203--297241	20	2.0	19	95	5	69	35	10	10	43	1.73
298701--298747	20	2.3	21	85	3	60	25	27	19	27	1.99
298717--298766	20	2.5	20	80	3	57	26	24	18	32	1.97
303273--303299	10	2.7	10	100	0	54	22	33	18	25	1.97
307360--307454	49	2.0	48	85	2	127	20	21	14	44	1.87
310084--310122	19	2.1	19	100	0	78	0	20	5	74	1.01

Tables:   1   2

The End!