genome.fa.s8289.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008289.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110952_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  518235

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9877--9918	18	2.3	18	88	8	59	2	19	2	76	1.01
12182--12206	11	2.3	11	100	0	50	40	8	36	16	1.77
12231--12280	24	2.1	23	88	3	73	64	12	16	8	1.49
12264--12301	5	8.0	5	82	11	53	78	0	21	0	0.74
18702--18757	28	2.0	28	100	0	112	42	14	17	25	1.87
22401--22443	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
24809--24841	16	2.1	16	100	0	66	42	6	18	33	1.75
32429--32475	19	2.6	18	83	12	60	65	0	14	19	1.26
39370--39412	18	2.4	18	88	7	61	2	18	2	76	1.00
42953--42985	16	2.1	16	94	0	57	6	18	3	72	1.18
42955--42994	16	2.4	16	87	4	53	10	20	2	67	1.31
43269--43308	19	2.0	20	85	4	55	62	0	17	20	1.33
52899--52941	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
55731--55777	24	2.0	24	84	15	64	25	6	36	31	1.81
55731--55810	35	2.3	35	88	2	124	27	5	38	28	1.78
59457--59489	17	1.9	17	93	0	57	36	0	30	33	1.58
60189--60268	35	2.2	36	88	2	117	28	3	38	28	1.74
61697--61723	12	2.2	12	100	0	54	62	0	22	14	1.31
62704--62765	29	2.1	30	87	3	90	20	25	16	37	1.93
62718--62783	29	2.2	30	84	7	82	30	22	13	33	1.93
64380--64417	19	2.0	19	94	0	67	81	5	7	5	0.98
64381--64423	20	2.2	19	87	4	59	83	6	6	2	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68555--68605	19	2.6	20	84	3	68	41	5	17	35	1.74
71984--72035	10	5.0	10	81	4	50	0	19	1	78	0.84
71982--72036	18	3.0	18	85	15	69	0	20	3	76	0.94
72742--72792	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
80623--80673	19	2.6	20	79	14	61	5	15	3	74	1.16
90670--90698	9	3.2	9	100	0	58	20	0	34	44	1.52
94066--94100	17	2.0	17	88	5	52	62	0	25	11	1.28
98074--98108	17	2.0	17	88	5	52	62	0	25	11	1.28
98669--98707	20	1.9	21	84	5	53	30	0	41	28	1.57
104758--104817	30	2.0	31	86	3	86	28	8	10	53	1.63
105715--105765	20	2.6	20	87	3	68	37	13	5	43	1.69
106180--106219	19	2.0	20	86	13	57	22	10	0	67	1.20
106470--106528	23	2.5	23	81	15	59	77	3	15	3	1.02
108947--109006	30	2.0	31	83	3	77	26	8	11	53	1.65
109904--109954	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
110369--110408	19	2.1	19	85	4	53	20	17	0	62	1.33
111361--111425	13	5.4	12	78	21	66	29	0	35	35	1.58
111344--111428	13	7.2	12	72	24	65	29	1	36	32	1.65
111343--111446	36	2.9	36	91	1	165	29	1	36	31	1.69
112292--112353	32	1.9	32	84	12	83	54	0	25	19	1.44
117696--117725	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
121291--121356	28	2.5	28	83	11	77	72	3	15	9	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129253--129313	13	5.1	11	73	23	52	0	19	3	77	0.91
129253--129313	18	3.3	18	80	17	72	0	19	3	77	0.91
130953--130992	21	1.9	21	100	0	80	22	22	20	35	1.96
133411--133444	10	3.3	10	88	8	50	88	0	8	2	0.62
147635--147708	23	3.2	23	62	27	57	39	21	17	21	1.93
147622--147720	46	2.2	46	100	0	198	39	19	20	21	1.93
148624--148652	10	2.9	10	100	0	58	31	20	10	37	1.86
148687--148737	24	2.1	24	100	0	102	39	19	13	27	1.90
152018--152050	15	2.2	15	94	0	57	51	0	18	30	1.46
152193--152268	35	2.1	37	90	4	120	27	3	36	31	1.75
156675--156759	35	2.4	37	90	4	129	29	2	36	31	1.70
159301--159383	29	2.8	29	87	8	123	25	27	12	34	1.91
175172--175240	24	2.9	24	68	0	75	34	21	17	26	1.95
177993--178050	27	2.1	28	87	9	84	58	15	15	10	1.62
179222--179290	24	2.9	24	68	0	75	34	20	17	27	1.95
181774--181817	9	4.6	9	81	10	52	84	11	4	0	0.77
181773--181817	20	2.4	18	88	7	63	82	13	4	0	0.82
187837--187894	27	2.1	28	87	9	84	58	15	15	10	1.62
189026--189094	24	2.9	24	68	0	75	34	20	17	27	1.95
191563--191611	10	4.8	10	84	2	62	83	12	4	0	0.77
191572--191618	23	2.1	23	88	4	69	78	14	6	0	0.93
197016--197066	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205652--205737	13	7.2	12	72	22	58	30	3	36	30	1.74
205634--205738	36	2.9	36	92	1	176	30	3	35	30	1.75
213078--213157	35	2.2	37	91	4	128	27	3	37	31	1.74
216713--216745	12	2.5	14	85	14	52	0	21	0	78	0.75
217135--217214	35	2.2	37	88	4	119	28	3	36	31	1.75
221175--221283	11	9.2	12	71	19	61	32	2	34	30	1.72
221157--221261	36	2.9	36	91	1	167	30	4	35	29	1.78
230326--230405	35	2.2	37	86	4	119	27	3	36	32	1.75
266275--266326	24	2.2	23	86	6	68	23	19	26	30	1.98
269285--269335	24	2.1	24	88	0	75	13	13	15	56	1.67
271625--271671	19	2.4	20	96	3	87	48	4	10	36	1.57
276493--276523	14	2.2	14	94	0	53	29	38	0	32	1.57
279969--280008	15	2.6	16	84	8	55	17	7	2	72	1.19
280347--280371	11	2.3	11	100	0	50	92	8	0	0	0.40
280346--280403	21	2.8	20	82	14	66	82	12	5	0	0.82
280347--280403	23	2.7	21	79	12	62	84	10	5	0	0.77
280347--280414	34	2.1	32	83	10	84	80	11	7	0	0.89
280360--280400	14	2.8	14	88	7	55	80	12	7	0	0.90
280348--280414	20	3.3	20	82	15	84	80	11	7	0	0.90
285769--285810	11	3.8	11	81	6	50	69	4	11	14	1.34
297535--297576	18	2.3	18	88	8	59	2	19	2	76	1.01
299845--299869	11	2.3	11	100	0	50	40	8	36	16	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299894--299943	24	2.1	23	88	3	73	64	12	16	8	1.49
299927--299964	5	8.0	5	82	11	53	78	0	21	0	0.74
306368--306423	28	2.0	28	100	0	112	42	14	17	25	1.87
310073--310115	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
312479--312511	16	2.1	16	100	0	66	42	6	18	33	1.75
320235--320271	18	2.1	18	100	0	74	32	16	21	29	1.95
323202--323551	193	1.8	193	82	8	462	35	13	13	38	1.83
324234--324297	27	2.4	27	97	0	119	20	35	25	18	1.95
332548--332582	9	3.8	9	96	3	61	0	2	8	88	0.61
340963--340995	10	3.3	10	91	0	57	30	9	27	33	1.88
342009--342034	11	2.4	11	100	0	52	38	7	38	15	1.76
342059--342108	24	2.1	23	88	3	73	64	12	16	8	1.49
344130--344169	20	1.9	20	85	10	53	32	7	32	27	1.85
348394--348433	20	1.9	20	85	10	53	32	7	32	27	1.85
350897--350952	28	2.0	28	100	0	112	42	14	17	25	1.87
354616--354658	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
357001--357060	30	2.0	31	86	3	86	30	6	10	53	1.60
359101--359138	6	6.2	6	87	6	58	78	2	18	0	0.86
384916--384972	23	2.4	23	77	13	62	61	12	19	7	1.53
387488--387524	18	2.2	18	85	9	51	37	5	5	51	1.48
388767--388826	30	2.0	31	86	3	86	28	8	8	55	1.59
389381--389431	21	2.6	19	90	6	75	33	15	5	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
389916--390032	50	2.3	50	94	2	200	57	12	16	13	1.66
399477--399526	19	2.6	19	93	0	82	34	16	6	44	1.72
400464--400523	24	2.5	24	72	0	57	30	20	20	30	1.97
401697--401753	27	2.1	28	83	9	73	10	15	14	59	1.60
404230--404296	24	2.8	24	69	0	71	28	17	19	34	1.95
405472--405529	27	2.1	28	87	9	84	10	15	15	58	1.62
408409--408488	35	2.2	37	91	4	128	31	37	3	27	1.74
411844--411912	27	2.6	27	97	0	129	26	26	18	28	1.98
412499--412578	35	2.2	37	88	4	119	31	36	3	28	1.75
415091--415133	22	1.9	23	85	4	61	32	4	9	53	1.53

Tables:   1   2