genome.fa.s8294.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008294.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110959_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  362436

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3883--3928	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
3994--4439	227	2.0	226	91	3	736	39	7	7	45	1.61
9501--9542	22	2.0	21	85	4	57	38	0	4	57	1.20
18188--18251	31	2.1	31	100	0	128	51	9	9	29	1.65
30496--30529	15	2.2	15	89	5	50	64	2	2	29	1.22
35409--35449	20	2.0	20	95	0	73	19	19	21	39	1.93
49966--50035	21	3.2	21	64	28	56	41	10	20	28	1.84
49965--50217	45	5.7	45	93	3	424	39	7	21	30	1.81
49965--50217	89	2.9	88	94	2	420	39	7	21	30	1.81
54378--54428	21	2.4	21	86	3	66	52	9	13	23	1.70
55771--56022	126	2.0	126	94	0	441	26	16	27	28	1.97
71087--71134	4	12.0	4	77	0	51	22	10	25	41	1.85
71088--71134	8	5.9	8	92	0	76	23	10	25	40	1.87
71282--71326	22	2.1	22	83	4	56	57	4	4	33	1.38
73263--73354	24	3.9	23	71	20	73	35	0	0	64	0.94
74091--74154	3	20.7	3	81	15	53	29	0	0	70	0.88
74088--74156	8	8.6	8	76	17	56	28	0	0	71	0.87
74204--74290	33	2.6	33	89	5	131	41	21	10	26	1.85
74616--74706	32	2.8	32	80	14	89	26	3	1	69	1.11
78353--78660	110	2.8	110	91	2	485	33	21	18	26	1.96
78466--78907	177	2.5	177	86	3	628	33	21	17	27	1.96
78576--78722	67	2.2	67	93	0	249	29	23	17	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79034--79797	84	9.2	83	78	5	724	31	24	19	25	1.98
79025--79797	249	3.1	249	87	2	1074	30	24	19	25	1.98
79034--79810	165	4.7	164	81	4	767	30	24	19	25	1.98
80142--80177	20	1.9	20	88	11	58	33	0	0	66	0.92
80264--80326	33	1.9	33	93	0	108	39	17	11	31	1.85
80726--80762	14	2.7	14	87	4	58	35	0	0	64	0.94
81121--81160	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
84192--84216	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
84393--84502	39	2.8	40	87	2	150	36	13	17	32	1.89
87420--87466	17	2.8	17	90	0	67	25	34	21	19	1.96
87558--87587	14	2.1	14	93	0	51	50	6	0	43	1.28
87660--87692	17	1.9	17	100	0	66	27	18	24	30	1.98
92767--92819	21	2.5	21	81	0	61	18	33	13	33	1.90
92786--92825	15	2.7	15	84	0	53	17	37	15	30	1.90
95024--95063	10	4.0	10	84	12	55	40	0	27	32	1.57
95025--95065	20	2.1	19	90	4	64	41	0	26	31	1.56
95184--95309	50	2.5	50	80	5	139	21	27	34	15	1.94
95920--95965	19	2.4	20	78	10	60	56	2	0	41	1.11
96440--96466	13	2.1	13	100	0	54	33	22	7	37	1.82
104242--104417	84	2.1	85	88	1	264	39	9	10	41	1.71
104455--104500	22	2.0	25	87	12	71	58	0	8	32	1.28
111182--111288	52	2.1	52	80	3	117	25	11	13	50	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113026--113072	25	2.0	25	83	8	62	36	19	8	36	1.82
114330--114371	20	2.2	20	83	12	52	35	0	7	57	1.26
115785--116305	83	6.3	82	74	11	321	30	14	17	37	1.90
115960--116305	83	4.2	83	79	6	353	30	15	17	36	1.91
115960--116301	166	2.1	165	84	3	438	29	15	17	37	1.91
116396--116435	16	2.5	16	92	8	64	47	32	0	20	1.50
119388--119437	20	2.5	20	90	6	75	52	24	0	24	1.48
120167--120261	45	2.1	44	94	1	163	42	13	7	36	1.73
123605--123689	35	2.6	33	74	22	81	47	1	0	51	1.08
123673--123732	26	2.3	27	80	13	63	48	3	0	48	1.18
124762--124905	52	2.8	50	82	9	155	51	7	2	38	1.45
128603--128638	18	2.1	18	89	5	56	38	2	0	58	1.13
135952--135979	12	2.3	12	100	0	56	14	0	7	78	0.95
137645--137693	10	5.0	10	77	5	55	14	30	26	28	1.95
137655--137692	20	1.9	20	94	0	67	15	34	23	26	1.95
138458--138491	17	1.9	18	88	5	52	38	2	20	38	1.68
140102--140189	24	3.7	24	84	0	104	26	13	17	43	1.86
140260--140323	31	2.1	31	96	0	119	7	31	29	31	1.86
162555--162612	24	2.5	21	75	25	55	39	5	22	32	1.76
162836--162899	18	3.4	18	75	8	65	21	18	26	32	1.97
190891--190962	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
192818--192909	21	4.4	21	73	2	69	35	20	19	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194577--194614	19	2.0	19	90	10	60	55	13	5	26	1.59
197074--197104	3	10.3	3	92	0	53	0	35	0	64	0.94
206075--206158	21	4.0	21	90	3	132	25	25	23	26	2.00
206671--206716	22	2.1	22	91	0	74	19	26	32	21	1.97
207100--207148	25	2.0	23	81	14	55	32	2	18	46	1.60
212927--213010	21	4.0	21	92	3	132	25	25	23	26	2.00
213523--213568	22	2.1	22	95	0	83	19	23	32	23	1.97
217876--217953	29	2.7	28	78	5	77	51	3	1	43	1.28
219267--219319	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
219328--219421	41	2.3	42	85	5	129	35	25	20	19	1.96
219349--219463	20	5.7	20	80	6	106	32	25	19	23	1.97
219346--219483	41	3.4	41	79	6	154	34	23	18	23	1.96
219652--219693	22	1.9	22	90	0	66	21	40	16	21	1.91
219956--220015	20	3.0	20	82	0	66	20	18	20	41	1.90
220151--220205	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
221883--221949	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
221921--221989	33	2.1	34	86	10	106	47	20	17	14	1.82
221922--222004	19	4.6	19	76	14	95	48	20	18	13	1.81
222016--222074	14	3.9	14	74	20	55	11	15	23	49	1.77
222011--222093	33	2.5	33	96	0	148	12	16	21	49	1.78
222032--222109	19	4.4	19	75	15	85	14	16	20	48	1.80
222496--222556	21	3.0	20	73	7	68	22	42	13	21	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222496--222586	44	2.1	43	87	4	130	21	42	14	20	1.88
222496--222600	44	2.4	45	84	4	119	21	40	17	20	1.92
223994--224032	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
224172--224312	19	7.7	19	93	6	247	46	17	21	14	1.83
224331--224386	20	2.8	20	97	0	103	16	23	23	37	1.93
225126--225204	20	4.0	20	93	0	131	29	20	27	22	1.98
225112--225246	20	6.7	20	83	5	128	25	19	25	30	1.98
225137--225267	41	3.2	40	81	3	127	24	19	25	30	1.98
225235--225307	21	3.5	21	92	1	112	21	23	16	38	1.93
225234--225322	41	2.1	42	79	2	99	25	21	17	34	1.96
225297--225349	21	2.5	22	81	6	74	35	16	26	20	1.94
226562--227225	225	2.9	227	95	2	1190	44	7	8	39	1.63
227650--227713	23	2.8	23	90	0	101	35	4	21	37	1.75
228067--228113	21	2.2	22	77	11	53	38	12	10	38	1.78
228131--228194	23	2.8	23	90	0	101	35	4	21	37	1.75
227242--230517	481	6.8	481	96	1	5991	40	7	11	40	1.69
228610--228673	23	2.8	23	87	0	92	37	4	20	37	1.74
229094--229157	23	2.8	23	90	0	101	35	4	21	37	1.75
227242--230517	963	3.4	963	97	0	6117	40	7	11	40	1.69
229575--229638	23	2.8	23	90	0	101	35	4	21	37	1.75
230053--230115	23	2.7	23	92	0	99	38	4	19	38	1.73
236662--237115	151	3.0	151	99	0	899	35	14	20	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245355--245405	20	2.5	20	96	0	93	21	23	9	45	1.82
245368--245411	20	2.2	20	87	0	61	25	27	6	40	1.80
249248--249322	28	2.6	28	82	2	96	18	34	29	17	1.94
249408--249494	24	3.7	24	96	1	158	25	22	13	37	1.91
249407--249491	12	7.3	11	69	12	62	23	22	14	40	1.90
249611--249659	25	2.0	24	88	7	73	59	0	38	2	1.09
249688--249721	18	1.9	18	94	5	61	35	0	2	61	1.11
249773--249812	21	1.9	21	100	0	80	27	0	15	57	1.38
249834--249926	41	2.3	41	89	7	138	37	0	11	50	1.39
249822--249926	39	2.7	39	84	10	142	40	0	10	49	1.37

Tables:   1   2