genome.fa.s8295.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008295.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110962_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  741301

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2876--2956	22	3.7	22	86	3	101	18	37	16	28	1.92
3186--3252	29	2.3	28	82	12	82	43	5	2	47	1.43
3892--3933	22	2.0	22	85	4	59	47	9	14	28	1.75
4358--4406	25	2.0	25	100	0	98	48	0	2	48	1.12
4362--4411	12	4.0	13	73	17	52	56	0	2	42	1.11
8490--8544	21	2.7	21	77	11	51	43	12	25	18	1.85
14870--14916	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
15880--15931	21	2.5	21	90	0	77	42	23	3	30	1.72
25808--25854	12	3.9	12	77	8	51	19	2	10	68	1.30
37280--37374	33	2.9	33	98	0	181	23	14	23	38	1.91
39384--39418	18	1.9	18	100	0	70	71	0	0	28	0.86
41148--41197	20	2.5	20	87	6	66	36	22	10	32	1.87
42153--42217	32	2.0	32	93	0	112	24	20	12	43	1.86
52350--52378	15	1.9	15	100	0	58	58	13	13	13	1.63
53238--53280	21	2.0	21	82	8	52	25	20	18	34	1.96
57226--57445	64	3.5	64	81	7	234	34	19	18	27	1.95
58204--58269	29	2.2	29	86	2	87	21	19	27	31	1.97
63185--63264	30	2.7	30	92	1	126	20	21	25	33	1.97
65275--65313	20	2.0	20	89	0	60	35	23	20	20	1.96
73015--73047	14	2.4	14	94	0	57	6	45	0	48	1.27
75568--75669	45	2.2	46	92	1	170	44	4	10	40	1.61
75572--75669	46	2.2	45	92	1	160	43	5	11	39	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76045--76090	17	2.6	18	86	10	67	65	0	4	30	1.12
79447--79497	15	3.1	16	79	20	68	17	11	11	58	1.62
88921--88976	14	4.3	14	76	17	66	10	12	23	53	1.69
88922--88983	24	2.6	24	89	0	97	11	11	22	54	1.67
88922--88990	24	2.9	23	86	2	84	13	11	20	55	1.68
89721--89795	10	7.7	10	67	21	52	9	13	21	56	1.65
89727--89791	16	4.1	16	91	0	112	7	13	23	55	1.64
89863--89893	16	1.9	16	100	0	62	6	12	22	58	1.58
98140--98233	40	2.3	40	88	1	143	42	4	11	41	1.61
99121--99176	24	2.4	24	87	3	87	30	26	7	35	1.83
100062--100106	2	23.0	2	90	4	74	46	0	2	51	1.13
101586--101638	19	2.8	19	97	0	97	64	5	7	22	1.41
103453--103532	39	2.1	39	97	0	151	42	3	0	53	1.18
107267--108044	127	6.1	127	94	0	1385	22	24	20	33	1.97
108465--108565	34	3.0	34	88	0	157	38	3	4	52	1.42
109079--109148	21	3.3	20	86	5	86	22	25	32	18	1.97
110929--111024	30	3.3	30	81	5	90	59	0	0	40	0.97
110952--111040	33	2.7	32	79	13	92	56	1	0	42	1.06
111844--111884	18	2.3	18	100	0	82	41	19	14	24	1.89
113984--114021	7	5.6	7	96	3	69	44	0	0	55	0.99
115186--115240	17	3.2	17	89	5	76	29	5	5	60	1.42
118497--118538	11	3.8	11	100	0	84	64	0	26	9	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118504--118556	18	2.9	18	74	23	56	64	0	26	9	1.24
120720--120786	1	67.0	1	72	0	53	86	1	11	0	0.64
120711--120793	17	4.7	18	76	13	68	84	1	14	0	0.69
120726--120812	22	3.6	23	83	11	104	82	0	17	0	0.66
120710--120812	18	5.7	18	82	14	99	81	0	17	0	0.74
120721--120808	43	2.0	43	86	4	124	82	1	15	0	0.72
120727--120808	5	17.4	5	77	16	86	82	0	17	0	0.66
120730--120812	17	4.2	19	80	18	89	81	0	18	0	0.68
122110--122301	52	3.7	52	85	6	239	36	18	21	22	1.95
122110--122302	103	1.9	103	82	6	248	36	18	22	22	1.95
123833--124052	86	2.6	86	86	2	307	29	23	23	23	1.99
124286--124447	85	1.9	85	84	2	218	33	21	17	27	1.96
124974--125309	46	7.7	45	70	15	242	27	30	18	23	1.97
124960--125390	129	3.3	129	85	2	546	27	29	17	25	1.98
127325--127354	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
127444--127490	23	2.0	23	100	0	94	21	12	17	48	1.79
128034--128071	16	2.3	17	86	4	51	26	7	5	60	1.46
129276--129310	18	1.9	18	88	0	52	31	22	0	45	1.53
131964--132032	2	34.5	2	100	0	138	50	0	0	49	1.00
136087--136131	23	2.0	22	83	12	56	31	0	4	64	1.13
142064--142175	53	2.2	51	80	13	124	25	25	22	25	2.00
144096--144135	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144583--144654	20	3.7	19	77	14	60	31	0	4	63	1.13
148219--148275	14	4.1	14	70	4	53	19	8	15	56	1.65
148459--148509	21	2.3	23	86	10	70	50	0	0	49	1.00
148476--148569	22	3.9	23	73	20	68	51	1	0	47	1.07
148565--148651	27	3.3	27	76	19	78	44	0	2	52	1.13
148507--148644	57	2.4	57	77	16	133	47	0	1	50	1.15
148565--148651	24	3.3	26	80	16	92	44	0	2	52	1.13
148461--148637	84	2.2	79	77	19	177	47	0	1	50	1.12
148667--148837	90	1.9	88	81	9	206	49	5	0	45	1.24
148832--148872	22	1.9	22	90	5	66	46	0	4	48	1.23
148991--149061	15	4.9	15	86	5	92	38	16	7	38	1.76
148981--149061	29	2.8	30	86	3	103	37	14	7	40	1.74
150262--150295	15	2.3	15	100	0	68	5	67	20	5	1.33
152094--152174	39	2.1	39	92	0	135	28	7	43	20	1.79
153392--153436	23	2.0	23	90	0	72	40	8	15	35	1.79
153352--153514	87	1.9	87	96	0	299	41	12	14	31	1.83
155924--155971	21	2.3	21	100	0	96	33	16	12	37	1.86
155737--156169	219	2.0	220	88	1	654	28	15	14	40	1.87
155737--156965	199	6.1	199	87	4	1735	28	15	15	41	1.87
156939--156984	21	2.2	21	96	0	83	36	23	4	34	1.75
157357--157406	19	2.6	19	93	0	82	58	10	2	30	1.42
158795--158833	18	2.2	18	90	0	60	7	38	0	53	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159524--159580	24	2.5	21	76	17	60	49	8	1	40	1.44
160802--160851	20	2.5	20	87	3	66	38	16	0	46	1.47
161232--162618	182	7.6	182	87	3	1961	27	15	13	43	1.84
161232--162618	363	3.8	364	91	2	2189	27	15	13	43	1.84
167393--167423	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
168331--168355	13	1.9	13	100	0	50	72	4	8	16	1.24
170165--170602	143	3.1	143	85	4	580	35	15	11	36	1.84
173711--173745	18	1.9	18	94	0	61	54	0	2	42	1.15
173719--173772	18	2.9	18	76	10	54	57	0	1	40	1.09
177553--177697	31	4.7	31	95	0	256	38	22	19	20	1.93
177838--177890	18	3.2	18	74	20	69	26	15	3	54	1.57
180184--180238	23	2.4	24	78	9	69	69	5	0	25	1.10
180221--180255	13	2.6	14	90	4	54	68	11	0	20	1.20
180651--180701	21	2.4	21	86	0	66	27	25	29	17	1.98
187530--187615	42	2.0	42	93	4	147	32	16	15	36	1.90
189991--190107	59	1.9	59	86	3	162	31	17	4	46	1.68
190165--190232	28	2.4	29	82	5	84	48	8	13	29	1.72
191575--191616	22	1.9	22	90	0	66	21	26	21	30	1.98
192904--192941	19	2.0	19	100	0	76	26	5	42	26	1.76
194512--194586	28	2.7	28	85	0	105	26	14	8	50	1.70
196931--197015	42	2.0	42	100	0	170	40	4	16	38	1.69
207208--207329	32	3.8	32	78	0	145	35	18	17	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207208--207356	64	2.3	64	94	0	253	34	17	18	29	1.94
207239--207356	32	3.7	32	74	0	119	33	16	19	29	1.94
211810--211848	13	3.0	13	96	0	69	66	0	0	33	0.92
211815--211848	6	5.3	6	86	13	50	70	0	0	29	0.87
221799--221823	6	4.2	6	100	0	50	16	36	32	16	1.90
222669--222705	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
222731--222865	20	6.6	20	73	11	85	28	24	17	28	1.97
222731--222889	21	7.8	20	69	8	68	30	23	16	28	1.96
222789--222887	41	2.4	41	93	0	153	36	24	17	22	1.95
223031--223081	22	2.3	22	93	0	84	23	41	13	21	1.89

Tables:   1   2   3   4   5