genome.fa.s8295.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008295.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110962_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  741301

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223456--223572	20	6.2	19	75	15	91	19	18	23	38	1.93
223456--223594	73	1.9	73	85	2	190	22	17	20	39	1.92
225564--225613	19	2.6	19	81	6	57	18	18	22	42	1.90
225576--225614	19	2.0	20	90	5	62	12	15	20	51	1.76
226154--226272	21	5.7	21	76	4	105	23	36	16	23	1.95
226161--226272	42	2.7	42	79	8	120	23	36	17	22	1.95
227652--227713	14	4.3	14	75	6	52	37	1	14	46	1.54
227827--227865	20	2.0	20	89	0	60	46	25	23	5	1.73
227910--228038	20	6.8	20	77	10	126	28	17	20	33	1.95
227868--228039	74	2.3	74	82	2	202	28	18	18	34	1.95
228009--228278	140	1.9	140	96	0	504	43	15	12	28	1.83
230397--230423	14	1.9	14	100	0	54	7	18	29	44	1.77
231512--231585	21	3.6	21	76	10	89	22	14	25	36	1.93
231497--231585	41	2.2	41	89	0	133	23	15	26	33	1.95
231600--231645	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
231611--231647	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
232562--232615	24	2.2	24	90	0	81	20	16	20	42	1.89
235192--235244	20	2.7	20	87	0	79	20	18	24	35	1.95
235721--235757	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
235713--235765	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
236001--236076	35	2.2	35	80	4	91	40	21	10	27	1.86
236068--236154	39	2.2	39	93	0	147	48	18	14	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236432--236572	61	2.2	63	83	8	171	50	17	1	31	1.54
237945--238040	21	4.6	21	72	5	86	25	18	33	22	1.97
238184--238225	12	3.5	12	90	0	66	69	0	0	30	0.89
238184--238225	4	10.5	4	84	0	57	69	0	0	30	0.89
240276--240307	13	2.5	13	94	0	55	78	12	6	3	1.06
240511--240561	22	2.3	22	82	0	66	23	11	39	25	1.89
240689--240733	20	2.2	20	92	0	72	17	17	22	42	1.89
240764--240810	20	2.3	20	89	7	69	31	10	27	29	1.90
241301--241390	35	2.7	32	77	14	92	42	0	1	56	1.06
241314--241404	32	2.8	32	74	12	87	42	0	0	57	0.99
241314--241391	33	2.4	32	83	12	88	42	0	0	57	0.98
243138--243189	21	2.5	22	81	12	65	19	32	26	21	1.97
243682--243788	34	3.1	34	86	0	151	56	5	2	35	1.38
244196--244828	127	5.0	127	93	0	1045	33	20	23	22	1.97
257241--257283	18	2.4	18	80	0	50	18	60	0	20	1.36
258606--258678	3	24.7	3	91	2	121	32	1	0	65	1.01
260380--260411	16	2.1	15	94	5	55	18	15	6	59	1.57
261845--261877	17	2.0	17	88	5	50	30	9	27	33	1.88
263293--263352	21	2.8	22	87	2	77	21	25	23	30	1.99
263299--263352	22	2.5	21	87	3	72	20	25	25	27	1.99
267252--267382	37	3.6	36	83	4	165	28	17	12	41	1.85
267435--267658	67	3.4	66	83	4	247	30	16	14	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267618--267684	30	2.2	30	91	0	107	34	14	13	37	1.86
267545--267755	97	2.2	97	88	0	314	31	15	13	39	1.85
267644--267792	67	2.2	67	91	1	237	30	16	13	38	1.87
267791--268136	135	2.6	132	87	3	489	28	29	17	24	1.98
268400--268437	3	12.7	3	100	0	76	0	0	31	68	0.90
269079--269119	13	3.2	13	83	16	59	70	0	26	2	0.99
269079--269119	6	6.5	6	83	10	55	70	0	26	2	0.99
269084--269122	19	2.0	20	95	5	71	69	0	25	5	1.09
282197--282242	12	3.9	12	83	10	60	28	13	8	50	1.70
285828--285877	18	2.8	17	76	8	55	10	8	2	80	0.99
287045--287117	30	2.5	28	80	8	76	71	2	17	8	1.23
288607--288684	20	3.7	20	84	6	93	33	17	21	26	1.96
289025--289049	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
289027--289077	14	3.8	14	80	19	56	43	0	11	45	1.40
289023--289078	10	4.8	12	81	18	57	41	0	14	44	1.45
289994--290050	12	4.9	12	85	8	66	26	12	8	52	1.67
290009--290066	12	5.0	11	85	10	62	20	10	8	60	1.55
289998--290066	23	3.0	23	82	2	75	21	11	8	57	1.60
292229--292284	22	2.5	22	97	0	103	19	19	30	30	1.97
299825--299856	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
300508--300541	18	1.9	18	88	5	52	29	32	23	14	1.94
308169--308239	35	2.0	36	97	2	135	16	30	30	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315024--315093	36	1.9	37	91	2	115	17	24	32	25	1.96
317093--317354	108	2.4	108	91	1	416	39	11	6	42	1.67
328211--328329	3	39.7	3	93	0	202	64	0	0	34	0.99
328737--329081	174	2.0	174	88	3	516	29	20	12	37	1.89
328909--329194	115	2.5	113	88	3	394	29	20	12	37	1.90
328578--329483	289	3.1	289	99	0	1778	28	20	12	38	1.89
329026--329370	174	2.0	174	88	3	516	29	20	12	37	1.89
329203--329874	113	5.9	112	85	6	766	28	18	15	38	1.91
329203--329881	229	3.0	225	85	4	873	28	18	15	38	1.91
330281--330357	22	3.5	22	89	0	118	38	12	14	33	1.84
330717--330828	54	2.1	54	91	0	179	21	23	16	38	1.93
332974--333238	83	3.2	83	95	1	460	36	21	13	27	1.92
338582--338624	14	3.0	15	76	13	54	48	2	16	32	1.58
342342--342481	3	46.7	3	94	0	244	65	0	0	34	0.98
348110--348213	37	2.8	37	77	12	99	41	3	8	46	1.53
348236--348284	16	3.1	16	82	5	64	32	2	0	65	1.04
353541--354422	94	9.0	94	88	7	1244	34	24	18	22	1.96
353914--354465	106	5.3	106	89	5	869	32	24	19	23	1.97
353820--354465	200	3.2	200	89	5	1015	32	24	19	23	1.97
354237--354392	43	3.4	43	67	16	125	34	24	19	21	1.96
354666--355283	165	3.7	165	80	5	615	29	23	21	25	1.99
354646--355243	247	2.4	247	89	1	903	29	23	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
354660--355276	84	7.4	84	78	5	637	29	24	20	25	1.99
355929--356017	37	2.5	37	82	12	105	42	4	6	46	1.50
356042--356087	3	14.7	3	82	8	56	32	0	0	67	0.91
356039--356087	16	3.1	16	88	5	73	32	0	0	67	0.91
356042--356087	22	2.1	22	87	0	65	32	0	0	67	0.91
362345--362403	30	2.0	30	86	6	84	16	22	32	28	1.96
362457--362539	34	2.4	34	95	0	148	16	24	22	36	1.95
362608--362651	23	1.9	23	95	0	79	9	22	40	27	1.84
362604--362658	23	2.4	22	82	8	74	10	21	43	23	1.84
363080--363439	173	2.1	173	93	1	605	39	4	18	37	1.71
365170--365206	6	6.2	6	93	0	56	18	2	59	18	1.50
365165--365206	18	2.3	18	83	0	57	21	4	57	16	1.58
365660--365853	42	4.4	42	80	13	205	50	5	3	40	1.42
365700--366140	14	30.9	14	71	16	139	50	4	3	41	1.41
365703--366140	8	57.2	8	68	21	111	50	4	3	40	1.41
365737--366089	37	9.0	37	81	11	384	50	5	4	40	1.44
365762--366140	23	16.3	23	71	18	159	50	5	3	40	1.43
365825--365877	15	3.5	15	75	14	63	49	3	5	41	1.44
365748--366131	74	5.1	72	70	20	178	50	4	3	40	1.42
365848--366077	119	1.9	119	91	5	376	50	5	4	39	1.46
365793--366089	119	2.5	117	83	10	367	50	5	4	39	1.45
366202--366256	28	2.0	28	100	0	110	21	7	38	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
369621--369705	42	2.0	42	97	0	161	28	34	21	16	1.95
374060--374223	76	2.2	75	83	6	206	29	1	10	57	1.40
374115--374176	32	1.9	32	84	12	83	25	0	11	62	1.28
374157--374278	64	1.9	64	88	5	185	29	0	13	57	1.36
374861--374910	19	2.6	19	81	12	66	20	4	2	74	1.08
377889--377934	14	3.2	14	81	3	56	19	8	0	71	1.11
377888--377937	5	10.2	5	79	12	50	20	8	0	72	1.10
379186--379231	16	2.9	16	90	3	67	8	8	21	60	1.53
380379--380425	18	2.6	18	80	9	60	21	4	0	74	0.99
389875--389927	2	26.5	2	96	0	97	49	1	0	49	1.12

Tables:   1   2   3   4   5