genome.fa.s8317.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008317.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111014_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  312147

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
627--669	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
649--797	66	2.2	67	84	8	189	25	26	28	20	1.99
1102--1173	29	2.5	29	90	0	108	37	11	12	38	1.79
1188--1246	30	1.9	31	86	3	84	37	6	22	33	1.80
7001--7043	20	2.1	21	87	12	63	6	39	0	53	1.28
7494--7536	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
7516--7665	67	2.3	66	86	5	196	25	27	27	20	1.99
7970--8041	29	2.5	29	90	0	108	37	11	12	38	1.79
8056--8114	30	1.9	31	86	3	84	37	6	22	33	1.80
8334--8400	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
10040--10087	25	1.9	25	91	0	78	52	6	8	33	1.57
10184--10234	27	1.9	26	84	4	66	43	1	11	43	1.52
10692--10903	101	2.1	102	86	7	297	54	13	1	30	1.50
12167--12201	14	2.5	14	100	0	70	28	31	25	14	1.95
13934--14031	16	6.2	16	75	11	85	47	34	12	5	1.63
17261--17328	3	22.7	3	100	0	136	0	33	0	66	0.92
20514--20657	71	2.0	71	100	0	288	45	11	12	30	1.77
33488--33782	149	2.0	148	95	4	535	45	9	7	37	1.66
39466--39506	20	2.0	22	85	9	59	48	4	0	46	1.23
40571--40657	37	2.6	31	73	19	84	48	0	3	48	1.18
40799--40856	20	2.9	20	94	0	98	22	27	10	39	1.86
41805--42121	160	2.0	159	91	2	519	40	8	11	39	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48359--48493	67	2.0	67	89	2	209	41	9	14	34	1.78
55033--55105	26	2.9	26	67	24	66	24	5	4	65	1.31
57985--58018	17	2.0	17	100	0	68	41	0	29	29	1.57
69006--69488	20	23.7	20	74	9	179	38	21	20	19	1.94
69067--69488	20	20.6	20	76	8	233	37	20	21	20	1.94
69275--69488	83	2.6	83	88	2	308	35	18	25	20	1.96
69275--69488	40	5.2	40	88	5	284	35	18	25	20	1.96
69479--69518	20	2.0	20	90	0	62	52	17	17	12	1.74
69596--69703	6	18.5	6	99	0	195	31	51	16	0	1.45
70392--70445	6	9.5	6	97	2	87	0	16	53	29	1.43
70523--70566	20	2.2	20	91	0	70	11	18	15	54	1.70
70555--70705	20	7.4	20	85	4	185	21	25	17	35	1.95
70563--70685	63	2.0	63	91	0	201	21	26	16	35	1.94
70553--70726	83	2.1	83	89	0	258	21	25	17	35	1.95
70567--70705	63	2.3	62	83	3	183	23	25	17	33	1.96
70553--70830	20	13.6	20	75	7	146	18	22	19	39	1.92
70780--70830	19	2.6	20	90	3	77	15	17	23	43	1.88
83182--83212	16	1.9	16	93	0	53	58	16	9	16	1.63
83366--83411	19	2.4	19	88	0	65	54	17	0	28	1.43
83763--83799	17	2.2	17	95	0	65	56	29	5	8	1.51
85585--85648	21	3.0	21	84	4	92	29	23	23	23	1.99
91636--91698	33	2.0	32	93	6	110	44	31	9	14	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94415--94511	30	3.2	29	81	7	88	37	11	13	38	1.81
95196--95229	2	16.5	2	93	6	59	47	0	2	50	1.16
106142--106194	27	2.0	27	88	0	79	39	5	7	47	1.56
107090--107114	11	2.3	11	100	0	50	8	20	44	28	1.79
109559--109689	60	2.2	58	76	12	133	35	9	13	41	1.77
112609--112649	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
123283--123348	27	2.4	28	85	10	91	53	9	9	28	1.63
124435--124486	24	2.1	25	86	10	72	59	11	13	15	1.61
125771--125809	20	2.0	20	89	0	60	17	0	7	74	1.05
127282--127308	12	2.2	12	100	0	54	62	0	0	37	0.95
127626--127655	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
131585--131704	42	2.9	42	97	0	222	16	20	18	44	1.87
131913--131993	22	3.5	22	71	15	65	51	1	1	45	1.16
131885--131962	31	2.4	34	76	20	87	51	0	0	48	1.00
131918--132029	54	2.1	52	80	9	129	47	0	0	50	1.13
132027--132079	20	2.7	19	73	18	54	47	1	1	49	1.23
132238--132287	20	2.5	20	100	0	100	34	16	10	40	1.81
132270--132351	15	5.5	15	85	2	112	35	18	7	39	1.78
132270--132351	30	2.8	30	92	1	130	35	18	7	39	1.78
132270--132356	45	2.0	44	90	2	138	33	18	6	41	1.77
132390--132432	17	2.5	17	96	0	77	30	4	27	37	1.77
141623--142227	301	2.0	301	97	0	1138	36	20	16	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150745--150774	7	4.1	7	95	4	51	56	0	0	43	0.99
152208--152340	58	2.4	56	82	9	148	25	17	14	42	1.87
159667--159711	13	3.5	13	87	0	72	26	20	20	33	1.97
167221--167263	13	3.1	14	83	10	52	23	0	4	72	1.04
167227--167281	27	2.0	27	82	6	67	25	1	1	70	1.06
167227--167281	14	4.1	14	76	6	51	25	1	1	70	1.06
168942--168986	16	2.6	18	76	20	51	28	2	2	66	1.15
170528--170608	42	1.9	43	92	2	137	27	11	20	40	1.86
180272--180438	16	10.3	15	73	19	88	77	0	13	8	1.03
180280--180425	30	4.9	29	78	17	117	76	0	13	9	1.01
180299--180438	16	9.5	15	82	14	134	77	0	14	8	0.99
180313--180427	41	2.8	40	76	18	121	78	0	13	7	0.96
181416--182284	51	16.6	51	87	5	1100	30	14	26	28	1.95
184940--184979	15	2.7	15	96	3	73	40	12	5	42	1.64
191322--191366	22	2.2	21	84	11	58	26	28	33	11	1.91
200519--200543	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
208065--208164	35	2.7	38	81	6	118	47	1	14	38	1.51
208050--208172	35	3.4	35	72	15	108	47	0	13	38	1.48
210293--210322	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
215338--215380	18	2.4	17	77	11	50	32	23	9	34	1.87
218919--219264	172	2.0	169	86	5	482	29	19	23	27	1.98
223086--223118	16	2.2	15	89	10	50	45	0	42	12	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225153--225303	45	3.3	45	93	3	239	29	9	20	39	1.85
230138--230180	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
230160--230303	72	2.0	72	89	4	220	26	24	31	17	1.97
230676--230735	30	2.0	31	90	3	95	36	6	23	33	1.81
230955--231021	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
235222--235262	19	2.2	19	100	0	82	21	24	14	39	1.91
237080--237122	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
237102--237256	69	2.2	70	88	4	226	26	27	29	17	1.98
237612--237671	30	2.0	31	90	3	95	36	6	23	33	1.81
237891--237957	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
243662--243780	64	1.9	63	80	5	141	37	21	18	22	1.94
251097--251160	23	2.8	22	78	4	65	29	26	23	20	1.99
251176--251393	103	2.1	103	96	0	400	38	24	11	25	1.89
259012--259048	19	1.9	19	88	0	56	45	8	0	45	1.32
261725--261750	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
271809--271862	23	2.2	24	80	9	65	51	12	7	27	1.66
271809--271872	24	2.7	23	80	4	65	48	14	9	28	1.74
275074--275160	21	4.2	21	80	2	113	37	17	27	17	1.92
275149--275242	20	4.7	20	77	2	80	35	24	17	23	1.95
275074--275198	62	2.0	61	82	11	148	39	18	24	18	1.92
275146--275223	41	1.9	41	83	0	102	41	21	15	21	1.90
275803--275954	20	8.1	19	80	11	152	13	21	22	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277953--278075	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
278009--278075	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
279434--279469	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
279648--279745	19	5.7	19	68	22	81	12	23	19	44	1.84
279652--279745	33	2.8	33	96	0	170	12	23	19	44	1.85
283532--283569	14	2.7	15	84	12	53	50	18	0	31	1.47
283932--283982	20	2.5	20	93	0	84	33	23	23	19	1.97
284012--284084	14	4.5	15	74	22	60	13	20	19	46	1.83
284008--284074	18	3.8	19	83	16	92	13	22	17	46	1.83
284191--284227	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50

Tables:   1   2