genome.fa.s8344.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008344.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111071_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  332991

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 253 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161589--161632	19	2.4	18	92	3	70	29	2	11	56	1.46
161757--163033	197	6.5	197	97	1	2391	36	14	16	32	1.89
164493--164554	18	3.4	18	79	0	79	37	9	35	17	1.83
164493--164578	6	14.3	6	77	0	64	37	8	34	19	1.82
164508--164582	3	25.0	3	73	0	60	36	6	34	22	1.81
164496--164574	36	2.2	36	90	0	122	35	8	35	20	1.84
164496--164578	12	6.9	12	83	0	94	36	8	34	20	1.83
165719--165755	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
165711--165757	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
166011--166094	39	2.2	39	93	0	141	48	19	14	17	1.81
167129--167170	19	2.3	19	80	15	52	73	0	11	14	1.09
167130--167178	18	2.9	17	80	14	57	75	0	12	12	1.05
167203--167260	11	5.3	11	81	6	55	74	1	5	18	1.10
168578--168605	5	5.6	5	100	0	56	60	0	0	39	0.97
168726--169032	36	8.5	37	76	12	189	45	6	3	43	1.47
168726--168992	38	7.3	37	77	15	168	44	7	3	44	1.49
169620--169919	84	3.6	83	86	1	402	24	20	24	30	1.99
169931--170511	165	3.5	165	91	2	900	24	20	24	30	1.99
172371--172396	11	2.4	11	100	0	52	92	0	0	7	0.39
175357--175406	19	2.9	17	77	16	50	76	0	12	12	1.04
175428--175477	13	3.8	13	77	20	50	80	2	2	16	0.91
175430--175477	19	2.5	21	80	16	59	81	2	2	14	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176947--177254	36	8.5	37	75	11	178	45	6	3	44	1.47
176947--177213	38	7.3	37	74	15	166	44	7	3	44	1.49
178280--178345	19	3.5	19	82	0	78	42	9	12	36	1.74
178519--178558	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
179703--179750	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
181126--181191	19	3.5	19	89	0	87	39	10	15	34	1.82
181299--181340	21	2.0	21	85	0	57	21	21	26	30	1.98
181355--181394	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
182164--182235	29	2.7	26	78	17	76	27	0	1	70	0.95
182184--182216	16	1.9	17	88	11	50	36	0	0	63	0.95
188692--188909	108	2.0	109	96	0	402	45	5	6	41	1.54
191318--191390	37	2.0	38	89	5	114	46	19	4	30	1.68
194121--194187	11	6.4	11	75	13	52	62	0	4	32	1.15
194113--194199	41	2.1	42	95	2	158	65	1	4	28	1.19
195797--195850	9	6.1	9	81	14	60	44	0	1	53	1.11
195814--195847	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
196398--196485	45	2.0	43	91	4	140	29	14	26	29	1.95
196972--197008	19	2.1	18	90	10	58	16	10	0	72	1.10
197134--197170	19	2.0	18	89	5	56	37	0	5	56	1.22
202272--202511	100	2.3	104	83	7	276	37	23	17	21	1.94
202439--202738	149	2.0	149	96	0	546	31	24	19	24	1.98
202712--202792	32	2.5	32	95	0	144	25	29	24	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202950--203170	111	2.0	111	90	1	345	30	26	20	23	1.98
203284--203368	36	2.4	36	88	5	129	25	22	12	38	1.90
203366--203441	40	1.9	40	88	0	116	40	23	7	27	1.82
204019--204056	17	2.2	17	86	9	51	44	5	0	50	1.24
204595--204682	45	2.0	43	86	4	122	30	14	23	30	1.95
205166--205202	19	2.1	18	90	10	58	16	10	0	72	1.10
207758--207805	18	2.5	19	83	10	62	56	2	4	37	1.30
210074--210122	16	3.0	16	72	16	55	44	0	4	51	1.20
210124--210164	19	2.1	20	86	13	59	39	0	14	46	1.45
210157--210678	80	6.5	80	79	13	488	34	0	12	52	1.42
210245--210292	22	2.4	18	73	23	51	33	0	14	52	1.42
210168--210641	32	17.8	26	68	21	115	33	0	13	52	1.44
210221--210688	112	4.3	112	82	10	653	34	0	12	52	1.43
210411--210597	32	6.5	30	76	18	132	34	0	11	53	1.42
210082--210566	50	9.2	52	71	19	314	35	0	12	51	1.43
210098--210566	212	2.2	211	91	6	742	34	0	12	52	1.43
210523--210575	14	3.5	14	72	18	52	37	0	5	56	1.23
210508--210598	32	2.8	32	96	0	164	35	0	10	53	1.36
210537--210593	18	3.4	18	72	18	68	35	0	10	54	1.35
210625--210688	32	2.0	32	96	0	119	34	0	10	54	1.35
210703--210760	31	1.9	31	89	3	91	43	10	5	41	1.61
211634--211687	20	2.7	19	72	11	54	27	29	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212349--212381	12	2.8	12	100	0	66	72	0	27	0	0.85
214446--214486	12	3.4	12	86	0	55	56	24	2	17	1.53
214445--214479	6	5.8	6	86	0	52	60	20	2	17	1.49
214772--214841	20	3.5	20	86	7	106	42	24	17	15	1.88
214852--214937	20	4.3	20	90	0	118	20	16	23	39	1.92
214848--214937	40	2.2	40	88	0	135	20	16	23	40	1.91
215003--215054	25	2.1	25	96	0	95	28	7	21	42	1.80
215431--215467	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
215412--215475	24	2.7	23	80	4	74	37	3	12	46	1.57
215778--215864	39	2.2	39	95	0	156	48	20	13	17	1.81
216040--216116	20	4.2	20	66	19	67	40	23	19	16	1.91
216253--216393	61	2.2	63	83	8	171	51	17	1	30	1.54
217762--217857	21	4.6	21	74	8	88	22	17	34	25	1.96
217762--217857	42	2.3	42	78	7	104	22	17	34	25	1.96
218001--218042	4	10.5	4	89	0	66	71	0	0	28	0.86
220324--220371	22	2.2	22	92	0	78	22	12	41	22	1.88
220499--220643	20	7.2	20	82	9	179	17	19	22	40	1.92
220507--220724	20	10.8	19	73	11	125	21	17	24	36	1.95
236181--236235	25	2.2	25	90	0	83	29	21	10	38	1.88
246241--246321	19	3.9	19	75	17	81	29	27	7	35	1.84
246260--246363	25	4.4	25	77	14	121	25	26	9	37	1.87
246237--246339	44	2.3	44	100	0	206	27	28	10	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246304--246377	25	3.0	24	82	11	87	24	25	8	41	1.82
253582--253631	21	2.4	21	79	0	64	20	12	30	38	1.88
254035--254150	42	2.8	42	85	7	139	23	36	15	25	1.94
254036--254153	21	5.6	21	77	4	121	23	35	16	23	1.95
257550--257603	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
258345--258375	16	1.9	16	93	0	53	67	0	3	29	1.06
258344--258378	16	2.3	15	85	9	52	71	0	2	25	1.00
258519--258602	20	4.3	19	72	15	64	36	11	22	28	1.90
258538--258628	40	2.3	40	80	0	110	36	10	20	31	1.88
258658--258786	20	6.4	20	75	7	109	30	12	24	32	1.92
262910--263622	355	2.0	355	96	0	1327	36	15	12	35	1.86
266828--268043	407	3.0	406	92	4	2106	35	9	9	45	1.69
266829--268027	392	3.0	392	94	2	2055	35	9	9	45	1.69
268018--268049	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
268392--268435	11	4.0	11	78	21	56	72	0	9	18	1.10
269814--269896	25	3.2	24	77	17	71	71	2	0	26	0.99
269842--269866	11	2.3	11	100	0	50	76	8	0	16	1.02
269804--269884	31	2.6	30	76	18	76	71	3	0	24	1.02
269814--269873	13	4.7	13	76	14	54	73	3	0	23	0.98
269892--269988	35	2.6	36	83	8	115	50	6	0	43	1.27
269989--270038	25	2.0	25	88	7	75	38	10	10	42	1.72
270015--270241	38	6.2	37	74	15	136	41	9	3	44	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270079--270148	31	2.3	31	87	5	97	44	8	4	42	1.54
270139--270266	37	3.5	36	79	12	118	44	8	3	43	1.50
270890--272048	84	13.8	84	79	5	1065	25	18	24	31	1.98
270890--272048	249	4.6	249	80	5	1183	25	18	24	31	1.98
273185--273411	95	2.6	87	78	14	248	30	20	19	29	1.97
273242--273424	95	1.9	95	91	2	296	29	20	18	32	1.96
275362--275392	14	2.2	14	94	0	53	45	22	9	22	1.81
275991--276025	12	2.9	12	84	16	54	74	0	8	17	1.06
275998--276091	43	2.2	43	81	11	104	72	2	4	21	1.12
276045--276094	16	3.1	16	80	11	57	72	4	2	22	1.12

Tables:   1   2   3