genome.fa.s8361.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008361.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111100_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1124086

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1016--1078	21	3.0	21	79	6	65	39	15	28	15	1.89
1112--1177	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
2954--3002	19	2.6	19	90	0	71	28	2	10	59	1.41
3121--3762	199	3.2	199	95	2	1168	38	16	15	30	1.89
5246--5588	183	1.9	184	91	0	571	36	14	16	33	1.88
8050--8114	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
8426--8473	23	2.1	23	92	0	78	33	16	12	37	1.86
15105--15326	112	2.0	108	87	11	317	16	25	29	28	1.97
15590--15654	18	3.6	18	100	0	130	24	15	35	24	1.94
19019--19541	8	68.9	8	73	18	370	40	3	6	49	1.44
19022--19587	37	14.1	38	85	12	651	40	3	6	49	1.45
19140--19462	47	7.3	46	81	14	387	40	2	7	49	1.43
19151--19549	31	12.9	30	71	20	220	41	2	6	49	1.41
19103--19462	39	8.5	47	76	20	409	40	2	7	49	1.44
19080--19541	23	20.3	22	74	13	273	40	2	6	50	1.43
19273--19567	115	2.5	113	88	9	382	40	3	6	50	1.44
21345--21703	172	2.1	173	90	1	569	37	18	5	39	1.72
22156--22199	23	1.9	23	100	0	88	25	40	25	9	1.84
22216--22269	22	2.5	22	87	0	90	16	35	18	29	1.93
27723--27848	21	6.0	21	80	10	125	30	21	21	26	1.98
27750--27873	62	2.0	62	89	9	191	29	21	21	26	1.99
28651--28846	21	9.3	22	68	16	85	38	20	18	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28644--28867	42	5.3	42	87	0	322	37	20	19	22	1.95
28644--28709	19	3.3	19	76	15	69	33	16	22	27	1.96
28759--28873	21	5.5	21	69	17	69	37	22	20	19	1.94
39447--39485	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
41642--41667	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
49619--50298	341	2.0	342	94	1	1188	43	5	7	43	1.55
50389--50449	21	2.9	22	71	9	65	21	6	4	67	1.33
50389--50445	10	5.5	10	77	8	60	19	7	5	68	1.33
52896--52934	19	2.0	21	90	10	64	30	2	0	66	1.05
73589--73644	2	28.0	2	88	0	85	48	3	1	46	1.30
74876--74941	27	2.4	27	85	5	80	50	1	1	46	1.20
74925--74954	14	2.1	14	100	0	60	66	0	0	33	0.92
79754--79804	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
87363--87413	26	2.0	26	88	7	77	50	7	3	37	1.50
92062--92104	15	2.8	16	92	3	70	37	18	4	39	1.72
99830--99862	15	2.1	16	88	5	50	27	24	6	42	1.78
99830--99882	20	3.1	16	80	17	54	28	24	5	41	1.77
107327--107393	21	3.2	21	65	4	64	44	17	16	20	1.86
107328--107391	20	3.2	20	65	2	56	43	17	17	21	1.87
109062--109102	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
109585--109624	20	2.0	20	85	4	55	57	2	20	20	1.52
115308--115376	30	2.4	28	74	13	68	43	0	1	55	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121015--121378	30	12.4	29	72	11	192	52	2	7	37	1.42
121060--121174	61	1.9	61	82	10	146	54	0	4	40	1.26
121036--121375	59	5.8	59	75	7	262	52	2	7	37	1.42
121442--121473	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
121995--122174	60	3.0	60	77	4	184	32	20	5	41	1.75
125333--125369	19	1.9	19	94	0	65	40	13	24	21	1.89
136181--136212	15	2.1	16	94	5	57	6	25	18	50	1.70
136963--136996	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
145155--145208	27	2.0	27	96	0	99	44	7	12	35	1.71
147058--147087	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
148552--148695	59	2.4	58	78	13	168	33	19	15	31	1.93
149042--149093	27	1.9	27	84	7	70	48	0	3	48	1.20
160475--160572	21	4.8	20	73	6	70	36	21	19	22	1.95
160540--160733	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
160540--160733	40	4.8	39	82	3	199	35	25	19	19	1.95
160540--160732	60	3.2	60	83	0	251	35	25	19	19	1.95
161114--161184	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
161305--161359	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
161305--161375	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
161371--161468	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
161393--161482	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
161376--161490	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163187--163562	92	4.1	93	97	2	708	22	12	18	46	1.83
163607--163734	19	7.3	19	74	18	116	45	28	17	8	1.78
163643--163734	33	2.8	32	90	6	141	45	28	18	7	1.76
163730--163864	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
163752--163808	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
163735--163827	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
164313--164375	21	3.0	21	70	9	65	23	36	19	20	1.95
165753--165788	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
165895--165977	19	4.6	19	80	17	113	43	18	24	14	1.87
166006--166279	19	15.4	19	82	15	363	13	21	17	47	1.83
165984--166251	52	5.0	52	93	4	455	14	22	16	46	1.83
166006--166246	109	2.3	102	85	9	185	14	21	17	46	1.83
168751--168796	24	1.9	24	86	8	67	36	21	15	26	1.93
169472--169861	20	19.5	20	84	5	457	20	18	25	35	1.95
175685--175732	25	1.9	25	95	0	87	27	8	22	41	1.82
178555--178600	14	3.2	15	72	9	51	21	4	4	69	1.24
178867--178892	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
179567--179613	22	2.1	22	100	0	94	46	0	4	48	1.21
191055--191134	29	2.8	29	92	5	128	13	33	31	21	1.92
191208--191292	29	2.9	28	89	3	125	15	36	27	21	1.93
191296--191380	33	2.6	33	86	3	109	8	37	27	27	1.85
191362--191393	14	2.3	14	94	0	55	6	31	37	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191636--191678	20	2.2	20	88	8	63	11	9	16	62	1.53
193151--193192	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
193496--193672	21	8.6	21	72	8	139	19	18	25	36	1.94
193538--193692	20	7.6	20	69	9	98	16	20	24	38	1.92
193517--193722	41	5.0	41	86	7	285	17	19	24	38	1.93
193749--193819	21	3.4	21	70	3	63	38	25	19	16	1.93
193726--193818	41	2.3	41	92	0	150	39	24	19	16	1.91
193729--193797	20	3.4	20	68	4	57	43	24	18	13	1.86
194400--194433	17	2.0	17	88	0	50	38	0	2	58	1.13
194411--194455	24	1.9	23	81	4	54	33	2	4	60	1.29
218601--218661	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
218593--218709	35	3.2	36	89	6	166	32	5	18	43	1.72
223197--223307	35	3.1	35	86	7	152	33	4	18	44	1.70
228054--228104	6	8.5	6	100	0	102	0	15	50	33	1.44
228207--228249	20	2.2	20	100	0	86	18	18	30	32	1.95
228298--228348	19	2.6	19	90	3	75	13	17	21	47	1.82
228255--228348	20	4.8	19	80	12	102	12	19	20	47	1.81
230268--230303	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
241418--241473	21	2.7	21	91	0	85	8	35	35	19	1.83
245821--245849	14	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
249289--249413	31	4.0	31	70	12	78	40	6	6	47	1.55
255293--255335	15	2.9	15	78	0	50	13	16	60	9	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259915--259940	12	2.2	12	100	0	52	38	0	0	61	0.96
269976--270013	19	2.2	19	86	13	55	34	0	5	60	1.19
270117--270294	36	5.0	36	87	1	234	21	24	20	33	1.97
271815--271955	35	4.0	36	90	1	214	20	26	20	31	1.97
271815--271955	71	2.0	71	91	2	230	20	26	20	31	1.97
271953--271998	20	2.3	20	92	0	74	15	23	0	60	1.34
273406--273461	21	2.7	20	86	8	76	16	1	21	60	1.44
273416--273461	11	4.5	10	89	10	67	17	2	19	60	1.46
273403--273458	10	5.4	11	85	8	73	17	1	21	58	1.47
275039--275094	21	2.7	20	86	8	76	16	1	21	60	1.44

Tables:   1   2   3   4