genome.fa.s8362.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008362.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111101_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  636979

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3150--3181	15	2.1	16	94	5	57	6	25	18	50	1.70
3931--3963	16	2.1	16	94	0	57	33	27	6	33	1.81
4375--4414	12	3.2	12	93	6	71	15	55	15	15	1.71
4368--4414	13	3.6	13	91	8	78	17	53	17	12	1.73
5312--5365	27	2.0	27	85	0	72	51	0	1	46	1.11
6112--6164	12	4.6	12	79	9	65	49	18	13	18	1.80
7009--7098	22	4.1	22	86	0	126	25	22	15	36	1.93
12066--12107	15	2.9	15	78	3	50	33	2	0	64	1.07
14693--14726	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
18569--18630	3	20.7	3	100	0	124	66	0	0	33	0.92
18969--19008	17	2.4	17	100	0	80	32	5	50	12	1.62
21886--21942	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
23367--23623	90	3.0	87	81	12	318	42	22	8	26	1.81
23460--23618	78	2.0	78	90	0	246	44	23	5	27	1.76
27995--28026	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
34556--34600	21	2.1	22	87	4	65	51	0	0	48	1.00
44371--44425	29	2.0	26	82	10	65	9	18	18	54	1.69
50510--50863	176	2.0	178	94	5	630	30	20	19	28	1.97
62229--62449	86	2.6	87	84	0	282	25	14	15	44	1.84
63853--63877	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
63899--64061	83	2.0	81	96	2	299	41	6	11	40	1.67
74288--74424	55	2.5	55	85	2	168	29	19	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78543--78574	6	5.3	6	100	0	64	34	65	0	0	0.93
80426--80494	2	34.5	2	100	0	138	50	0	0	49	1.00
91039--91063	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
91195--91240	24	2.0	23	86	4	65	45	0	2	52	1.13
92183--92236	5	10.8	5	79	15	58	18	1	1	77	0.95
92263--92308	20	2.2	20	84	7	56	13	15	8	63	1.52
92789--92849	29	2.1	29	81	3	70	47	0	4	47	1.23
93459--93532	20	3.6	20	77	16	80	45	4	28	21	1.70
93457--93510	23	2.3	23	93	0	90	50	3	27	18	1.64
93614--93665	18	2.9	18	77	11	61	48	0	25	26	1.52
93974--94016	19	2.4	19	84	7	54	62	0	4	32	1.15
99569--99617	6	8.5	6	78	17	59	32	0	0	67	0.91
100945--100984	11	3.5	11	86	6	53	62	2	0	35	1.09
113260--113309	24	2.2	22	82	7	55	44	8	20	28	1.79
129352--129381	15	2.0	15	100	0	60	20	13	0	66	1.24
132082--132157	32	2.4	32	80	10	86	43	10	23	22	1.84
132652--132680	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
137105--137149	22	2.1	21	88	8	65	51	2	0	46	1.13
141681--141754	3	24.3	3	78	13	80	66	1	1	31	1.09
141674--141772	37	2.6	37	84	7	121	65	1	2	31	1.10
141819--141913	44	2.2	44	83	7	122	52	1	1	45	1.14
141861--141998	37	3.7	37	73	16	115	43	7	2	46	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141819--141985	37	4.3	39	75	15	105	47	5	2	44	1.39
141912--141936	11	2.3	11	100	0	50	44	8	8	40	1.63
141965--142006	21	2.0	22	90	4	68	40	7	2	50	1.43
141984--142088	37	2.7	37	83	5	129	43	6	4	44	1.51
141917--142102	99	1.9	98	81	7	223	43	8	3	44	1.53
146715--146753	19	2.1	19	95	0	69	30	15	15	38	1.88
151309--151426	62	1.9	62	89	0	182	19	5	22	51	1.68
151392--151448	28	2.0	28	86	0	78	21	7	21	50	1.71
151306--151437	62	2.1	61	81	9	167	19	6	21	53	1.67
154228--154317	3	30.0	3	100	0	180	66	0	0	33	0.92
158754--158799	22	2.0	22	83	4	56	56	4	0	39	1.19
160386--160676	129	2.3	129	80	4	311	35	19	13	31	1.90
167634--167791	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
167758--167951	20	9.6	20	79	5	203	36	25	19	19	1.95
167758--167951	60	3.2	60	81	0	235	36	25	19	19	1.95
168334--168404	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
168483--168560	41	1.9	41	97	0	147	44	16	25	12	1.83
168484--168559	21	3.7	21	83	3	109	46	17	25	11	1.82
168579--168772	19	11.1	19	70	22	131	10	24	19	45	1.81
168601--168723	14	7.7	14	70	24	84	8	24	21	44	1.81
168584--168772	33	5.5	33	93	6	297	10	24	19	46	1.81
168708--168772	21	3.1	21	82	4	96	10	26	15	47	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170465--170840	93	4.1	93	99	0	736	22	12	19	46	1.83
170888--171016	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
170924--171016	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
170888--171016	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
171012--171165	19	8.6	19	74	14	121	11	18	24	46	1.81
171034--171090	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
171017--171147	33	3.8	33	82	7	154	9	18	23	48	1.78
173093--173128	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
173252--173370	33	3.4	33	82	15	166	44	17	24	13	1.85
173234--173351	19	6.4	19	87	10	174	45	16	22	14	1.84
173234--173370	73	1.9	72	96	3	258	44	17	24	13	1.85
173360--173510	19	8.7	19	72	21	143	15	21	18	45	1.86
173360--173479	52	2.3	52	95	1	213	15	22	17	45	1.85
173417--173524	33	3.2	33	87	7	173	12	21	19	46	1.83
175806--175830	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
176005--176051	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
176733--176962	20	11.5	20	82	5	223	20	18	24	36	1.94
176949--177031	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
176929--177027	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
183338--183362	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
183926--183956	16	1.9	16	93	0	53	64	6	0	29	1.18
195050--195100	19	2.6	20	79	17	54	49	0	1	49	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195057--195099	19	2.2	20	84	15	56	48	0	2	48	1.14
195968--196111	56	2.6	55	84	4	198	38	15	18	26	1.91
198750--198835	27	3.2	27	73	15	97	43	8	3	45	1.50
199576--199600	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
202931--202978	19	2.5	20	90	10	73	20	18	8	52	1.71
207779--207823	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
208398--208430	17	1.9	17	88	11	50	57	6	18	18	1.60
208481--208527	20	2.3	21	85	7	62	44	0	19	36	1.51
209253--209520	145	1.9	141	92	3	457	29	17	19	34	1.94
212377--212406	11	2.7	11	100	0	60	46	0	26	26	1.53
212494--212974	242	2.0	236	95	4	876	36	5	27	30	1.80
212945--212989	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
213563--213597	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
213654--213697	22	2.0	22	86	4	63	45	0	22	31	1.53
214396--214700	150	2.0	149	95	0	556	27	17	20	34	1.95
214679--214723	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
220792--220826	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
229690--229721	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
232604--232745	36	4.0	36	82	0	178	35	19	21	23	1.96
232610--232744	72	1.9	71	90	1	216	36	20	20	22	1.95
232797--232849	27	2.0	27	88	3	81	35	11	20	32	1.88
236903--237011	33	3.2	34	79	14	93	34	0	3	61	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236934--237012	34	2.4	34	85	8	101	37	0	1	60	1.05
238728--238775	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
238779--238872	21	4.5	21	86	7	120	19	35	25	20	1.96
238749--238866	42	2.8	42	76	10	116	21	36	21	21	1.95
239393--239495	32	3.2	30	81	10	107	54	4	1	38	1.33
239879--240760	128	6.9	128	97	1	1702	31	19	25	22	1.98
240828--240868	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
251960--252008	18	2.8	17	78	6	53	55	2	0	42	1.11
258009--258034	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
265931--265969	3	13.0	3	88	0	60	30	5	0	64	1.15

Tables:   1   2   3