genome.fa.s8378.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008378.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111138_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  241419

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1744--1837	3	32.3	3	82	6	68	42	0	0	57	0.98
1744--1788	14	3.4	14	84	12	67	37	0	0	62	0.96
1744--1837	26	3.7	26	76	9	104	42	0	0	57	0.98
1765--1803	20	2.0	20	100	0	78	41	0	0	58	0.98
4007--4054	3	16.7	3	82	8	64	64	0	2	33	1.05
6171--6260	17	5.2	17	79	6	83	40	15	23	21	1.91
6181--6276	17	5.6	17	80	4	95	39	17	20	21	1.92
6802--6928	49	2.6	49	81	6	123	41	10	8	39	1.70
13539--13711	85	2.0	85	95	0	310	32	10	26	30	1.90
14243--14339	50	2.0	48	91	4	158	28	11	29	29	1.92
16785--16861	22	3.5	22	68	8	59	51	2	0	45	1.14
16943--16981	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
16929--16981	23	2.3	23	83	3	63	49	1	0	49	1.12
18353--18397	3	14.7	3	82	13	56	62	0	0	37	0.96
18529--19470	76	12.4	76	95	0	1654	36	21	19	22	1.95
20138--20194	22	2.6	23	86	8	82	42	10	14	33	1.79
20559--20714	54	2.9	54	87	1	224	21	25	15	37	1.93
20679--20845	81	2.1	81	100	0	334	23	23	13	38	1.91
27109--27147	14	2.8	14	85	11	53	58	5	17	17	1.56
31658--31705	3	15.7	3	83	12	62	62	0	0	37	0.95
31655--31694	19	2.1	19	95	0	71	60	0	0	40	0.97
35277--35318	22	1.9	22	85	9	59	50	4	0	45	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38200--38256	2	29.0	2	96	3	107	49	0	0	50	1.00
41332--41373	6	7.0	6	97	0	75	30	50	0	19	1.48
42282--42316	17	2.1	17	88	0	52	60	22	5	11	1.52
42867--42900	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
47363--47414	23	2.3	23	96	0	95	26	23	19	30	1.98
47372--47426	12	4.7	12	84	4	76	27	20	21	30	1.98
49032--49249	7	31.3	7	75	0	159	22	1	32	44	1.61
49017--49232	111	1.9	111	94	1	380	23	1	31	43	1.62
49320--49380	7	8.7	7	80	7	70	16	0	40	42	1.48
49189--49429	131	1.8	131	90	1	394	23	6	24	44	1.77
50689--50763	32	2.4	32	81	2	80	37	6	14	41	1.72
50709--50780	32	2.2	32	82	4	83	31	6	16	44	1.74
51234--51301	30	2.3	30	78	0	82	29	17	11	41	1.85
51792--51874	43	1.9	43	92	0	139	36	2	36	25	1.69
52528--52613	35	2.5	35	82	0	91	41	19	1	37	1.59
52582--52624	21	2.0	21	100	0	86	46	13	0	39	1.44
52738--52774	15	2.4	16	86	13	51	32	2	5	59	1.34
53235--53482	130	1.9	130	93	0	424	36	13	14	35	1.85
55302--55360	30	2.0	30	89	0	91	44	13	11	30	1.80
59852--59899	21	2.2	22	88	3	71	35	8	27	29	1.86
67427--67492	20	3.4	18	76	17	62	25	10	1	62	1.37
67304--67600	156	1.9	158	83	4	386	28	15	5	50	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68237--68320	41	2.0	41	100	0	168	25	19	21	34	1.96
68248--68314	22	3.2	22	61	26	54	20	17	22	38	1.93
76618--76674	19	2.7	22	78	15	75	31	5	28	35	1.79
76623--76689	19	3.2	19	76	17	62	34	5	28	31	1.81
77132--77349	53	4.0	53	87	9	328	34	22	20	21	1.96
77106--77417	21	16.4	20	66	15	130	34	23	20	21	1.97
77102--77405	114	2.7	114	91	2	501	35	23	20	21	1.96
77185--77371	40	4.8	40	71	12	165	34	22	21	21	1.97
82634--82695	32	1.9	32	83	3	79	37	16	37	9	1.81
83493--83532	20	2.0	20	95	0	71	32	20	22	25	1.98
88437--88507	26	3.0	22	71	16	70	60	21	1	16	1.43
90235--90311	38	2.0	38	97	0	145	23	6	32	37	1.80
90494--90604	44	2.5	44	81	9	129	29	17	20	32	1.95
96217--96352	65	2.1	64	89	6	204	29	18	24	27	1.98
102179--102245	23	3.0	23	88	2	109	16	22	26	34	1.95
104327--104391	21	3.0	23	74	19	66	16	15	24	43	1.87
109480--109541	23	2.7	23	100	0	124	43	22	4	29	1.74
109568--110773	4	308.5	4	92	4	1984	25	1	24	48	1.59
111035--111112	39	2.0	39	87	5	113	33	21	5	39	1.76
115565--115604	21	1.9	21	85	10	55	27	15	27	30	1.96
122254--122278	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
123433--123490	26	2.2	26	84	6	82	20	44	17	17	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123433--123490	13	4.5	13	86	0	71	20	44	17	17	1.86
123477--123531	8	6.5	8	83	12	58	16	32	25	25	1.96
123477--123531	15	3.2	16	80	15	58	16	32	25	25	1.96
125238--125305	31	2.2	31	86	5	93	16	20	44	19	1.87
125232--125274	13	3.3	13	86	0	68	16	20	44	18	1.87
126616--127287	334	2.0	335	97	1	1260	38	19	15	27	1.91
127547--127620	35	2.1	35	92	0	121	32	29	28	9	1.88
127699--127789	24	3.8	24	82	2	112	37	18	17	26	1.93
127705--127773	23	2.9	24	86	2	95	36	20	15	27	1.93
133750--133787	19	2.0	20	84	5	51	23	13	18	44	1.85
138267--138325	28	2.1	28	90	0	91	47	8	15	28	1.74
160596--160655	30	2.0	29	84	9	77	26	1	16	55	1.51
164282--164527	123	2.0	123	97	0	465	23	29	9	36	1.87
169308--169360	20	2.6	21	80	14	58	22	15	26	35	1.93
169330--169376	20	2.3	20	85	7	60	25	17	27	29	1.97
170013--170062	25	1.9	25	84	8	64	56	4	28	12	1.54
173655--173740	32	2.7	32	85	0	118	33	19	16	30	1.94
174759--174809	20	2.5	20	80	0	57	23	13	25	37	1.92
174778--174832	20	2.8	19	86	5	65	23	18	29	29	1.98
175489--175529	14	3.1	14	82	10	59	60	0	26	12	1.31
178316--178387	37	2.0	35	91	5	117	44	22	5	27	1.75
181537--181564	8	3.5	8	100	0	56	39	0	10	50	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182879--183063	31	6.0	31	96	1	327	20	19	22	37	1.94
187283--187467	31	6.0	31	93	1	300	20	18	21	38	1.93
189745--189826	37	2.3	37	85	6	107	43	18	4	32	1.71
191175--191476	102	3.0	101	87	2	433	42	8	10	38	1.70
194923--194960	19	2.1	19	85	9	53	15	23	13	47	1.81
195822--195856	12	2.9	12	86	0	52	85	0	2	11	0.69
210065--210097	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
216718--216912	50	3.8	51	83	11	245	28	11	13	47	1.77
218254--218318	24	2.6	24	85	4	85	55	4	4	35	1.41
219602--219632	13	2.4	13	94	0	53	64	0	0	35	0.94
221434--221474	20	2.0	21	85	4	57	46	7	17	29	1.74
222768--222799	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
228156--228205	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
229196--229226	15	2.1	15	93	0	53	12	29	12	45	1.80
231157--231412	127	2.0	127	89	2	388	42	18	10	28	1.83
232619--232648	15	1.9	16	93	6	53	36	0	13	50	1.42
233199--233481	5	55.8	5	66	21	78	72	1	6	19	1.15
233176--233218	23	1.9	22	85	4	59	72	0	16	11	1.13
233198--233339	17	8.3	17	70	17	71	74	1	6	17	1.09
233199--233339	9	16.5	8	71	17	63	75	1	5	17	1.07
233265--233375	43	2.6	42	80	8	118	75	0	9	14	1.08
233411--233476	4	15.0	4	78	20	53	75	1	3	19	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233401--233452	14	3.4	14	76	19	50	75	3	0	21	0.97
233414--233476	9	7.0	9	73	20	60	76	1	3	19	1.01
233414--233476	14	4.6	14	81	16	71	76	1	3	19	1.01
233516--233550	2	17.5	2	93	0	61	48	0	2	48	1.16
234641--235129	36	13.5	35	70	13	214	44	5	4	46	1.46
234626--234724	37	2.6	37	85	7	128	48	3	1	47	1.24
234687--234788	29	3.3	30	76	16	93	45	3	2	48	1.36
234654--234898	65	3.7	67	77	15	224	43	4	3	48	1.39
234822--234875	27	2.0	28	89	7	85	37	7	3	51	1.48
234829--234886	27	2.1	27	81	6	64	39	8	3	48	1.51

Tables:   1   2