genome.fa.s8386.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008386.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111149_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  339444

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3211--3265	8	6.8	8	74	17	51	83	0	12	3	0.77
3210--3265	13	4.3	12	79	16	58	83	0	12	3	0.76
3221--3254	15	2.3	15	90	10	52	85	0	11	2	0.71
3207--3272	20	3.2	20	77	14	64	80	0	15	4	0.87
3207--3272	24	2.8	24	79	6	73	80	0	15	4	0.87
4215--4703	135	3.6	136	91	2	765	34	18	22	24	1.96
4215--4703	271	1.8	268	90	3	784	34	18	22	24	1.96
6064--6112	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
11550--11593	22	2.0	23	86	4	63	36	2	2	59	1.23
18067--18333	143	1.9	143	87	0	390	41	21	11	25	1.87
22769--22809	12	3.4	12	82	0	55	17	2	0	80	0.82
25160--25221	31	2.0	31	81	6	72	17	6	9	66	1.42
27905--27947	21	2.0	21	81	0	50	27	27	25	18	1.98
28574--28638	13	5.1	13	73	19	57	60	1	20	18	1.45
28587--28650	20	3.3	20	74	12	80	59	3	21	15	1.50
28576--28663	37	2.4	37	100	0	176	60	2	20	17	1.47
28944--29340	30	13.2	30	96	0	722	22	21	24	31	1.98
32663--32705	21	2.0	21	81	0	50	27	27	25	18	1.98
33339--33461	13	10.0	12	67	23	69	60	2	21	16	1.47
33350--33450	20	5.3	20	72	13	106	59	2	21	15	1.50
33339--33463	37	3.4	37	100	0	250	60	2	20	16	1.47
33747--34143	30	13.2	30	97	0	740	23	21	23	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39278--39303	4	6.5	4	100	0	52	26	0	26	46	1.53
46612--46712	32	3.1	32	79	12	91	31	24	25	17	1.97
48027--48070	21	2.0	23	86	13	65	36	0	2	61	1.09
50782--50811	15	1.9	16	93	6	53	46	0	3	50	1.18
50820--50874	19	2.8	20	76	23	62	63	1	3	30	1.22
55882--55913	15	2.1	15	100	0	64	46	18	0	34	1.49
57726--57796	29	2.5	28	90	4	108	36	21	14	28	1.92
61321--61403	29	2.9	29	90	0	130	40	18	12	28	1.86
62652--63053	158	2.5	158	88	4	587	45	5	20	28	1.74
63247--63371	60	2.1	60	83	5	155	32	16	16	34	1.92
64205--64273	31	2.2	31	100	0	138	44	7	8	39	1.63
66081--66136	19	2.9	20	86	7	80	33	30	16	19	1.94
66181--66252	19	3.7	19	88	3	99	40	20	6	31	1.79
66447--66484	16	2.5	15	84	12	51	28	5	0	65	1.14
67224--67277	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
69761--69825	34	1.9	34	83	0	85	26	18	23	32	1.97
71403--71520	21	5.6	21	78	7	123	23	21	33	21	1.97
71403--71525	42	2.9	42	92	0	201	24	21	34	20	1.97
71803--71852	21	2.4	21	80	6	57	32	30	18	20	1.96
71838--71977	63	2.2	64	81	5	151	30	35	13	20	1.91
73671--73787	20	5.8	20	90	1	171	50	17	18	12	1.78
74166--74230	22	2.8	24	81	11	82	24	13	41	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74341--74379	20	2.0	20	100	0	78	12	15	25	46	1.81
74643--74677	15	2.3	15	100	0	70	34	20	14	31	1.92
87683--87810	64	2.0	64	93	3	222	28	20	21	30	1.98
88152--88178	11	2.5	11	100	0	54	44	0	7	48	1.31
89450--89582	60	2.2	60	79	11	146	33	24	6	36	1.80
90461--90510	20	2.4	22	83	12	70	38	6	0	56	1.24
93498--93583	35	2.3	37	76	17	97	46	0	0	53	1.00
93639--93709	30	2.4	30	92	2	126	16	32	15	35	1.91
99402--99697	137	2.1	138	85	3	380	35	22	14	27	1.93
99542--99827	159	1.8	158	81	7	366	35	20	14	29	1.93
101337--101463	64	2.0	64	92	0	209	33	18	12	35	1.89
104043--104343	97	3.0	96	80	9	350	32	22	15	29	1.95
104133--104342	106	2.0	106	87	1	305	31	22	16	29	1.95
104708--104787	30	2.7	30	92	1	126	40	17	10	32	1.83
106878--107019	60	2.4	60	81	0	149	38	12	4	45	1.62
107969--108007	20	2.0	20	85	10	53	46	0	0	53	1.00
107981--108033	25	2.0	28	85	10	76	45	0	0	54	0.99
112817--112863	20	2.3	21	78	10	62	63	8	2	25	1.34
114176--114292	3	38.7	3	88	5	173	63	0	0	35	1.01
114589--115153	113	5.0	113	95	0	932	27	20	14	36	1.92
115772--116761	52	19.1	52	96	1	1794	36	23	15	24	1.93
115772--116761	207	4.8	207	97	2	1814	36	23	15	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115772--116761	310	3.2	310	98	0	1894	36	23	15	24	1.93
117318--117359	19	2.2	20	91	4	68	52	11	4	30	1.59
117690--117741	6	8.5	6	83	14	54	5	9	0	84	0.77
129041--129074	15	2.1	16	89	10	52	55	0	0	44	0.99
129121--129165	19	2.3	20	77	11	58	62	8	2	26	1.37
130479--130591	3	36.7	3	87	5	163	62	0	0	35	1.07
143983--144015	14	2.3	15	89	5	50	21	6	0	72	1.05
144652--144691	18	2.2	18	100	0	80	12	20	5	62	1.48
147724--147757	17	2.0	17	88	0	50	26	20	20	32	1.97
157538--157605	29	2.3	31	80	9	81	38	1	0	60	1.06
159646--159705	24	2.7	23	78	17	63	63	10	3	23	1.40
159718--159772	24	2.3	23	75	3	56	72	3	5	18	1.18
160934--161008	31	2.4	31	86	4	98	41	16	16	26	1.88
170520--170577	22	2.6	22	97	0	107	37	17	12	32	1.86
174214--174238	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
178145--178506	180	2.0	181	99	0	717	27	14	30	26	1.95
183028--183090	32	2.0	32	83	0	81	44	9	7	38	1.66
195145--195297	61	2.5	61	78	7	159	32	19	4	43	1.72
195500--195594	29	3.3	29	71	11	86	41	4	22	32	1.73
195449--195627	60	3.0	58	80	9	193	41	5	20	32	1.74
195449--195627	58	3.0	58	82	6	207	41	5	20	32	1.74
204168--204203	3	11.7	3	94	5	63	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204168--204207	19	2.1	19	100	0	80	70	0	0	30	0.88
204167--204200	16	2.1	16	100	0	68	70	0	0	29	0.87
204361--204514	40	3.8	40	74	6	130	27	17	29	25	1.98
204430--204643	40	5.1	40	72	13	139	24	17	32	26	1.97
204443--204788	134	2.6	132	86	4	475	23	18	31	26	1.97
204968--205143	66	2.7	63	77	9	176	38	15	21	25	1.92
205277--205311	12	2.9	12	100	0	70	8	0	8	82	0.83
205599--205721	66	1.9	66	83	5	160	39	13	14	32	1.84
205905--206057	67	2.3	66	82	5	184	45	13	12	29	1.79
206002--206073	30	2.4	30	90	2	110	41	13	9	34	1.78
206053--206151	51	1.9	51	89	2	153	36	16	14	33	1.88
206165--206266	29	3.5	29	89	2	152	44	14	9	31	1.78
206151--206265	29	4.0	29	86	4	142	46	13	9	30	1.76
206515--206612	36	2.8	35	80	6	110	32	13	19	34	1.90
206516--206634	36	3.4	36	77	6	102	35	13	21	30	1.91
206586--206818	105	2.2	100	82	10	265	37	12	18	31	1.88
207280--207309	14	2.1	14	100	0	60	23	0	26	50	1.50
216046--216099	27	2.0	27	89	7	83	31	16	11	40	1.84
217197--217227	12	2.5	12	94	5	53	19	16	25	38	1.92
218013--218043	16	1.9	16	93	0	53	32	16	3	48	1.62
222768--222940	87	2.0	84	87	3	247	28	24	20	26	1.99
222768--222940	42	4.0	42	85	4	229	28	24	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227894--227974	27	2.9	28	85	5	110	54	13	14	17	1.72
241212--241286	20	3.7	20	85	3	96	29	18	30	21	1.97
241307--241404	21	4.7	21	78	13	103	27	14	33	24	1.94
241306--241404	42	2.4	41	81	11	121	28	14	33	24	1.94
242670--243054	183	2.1	183	89	3	587	47	8	3	41	1.49
249446--249490	6	7.5	6	87	0	54	33	4	33	28	1.77
250257--250295	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
254138--254314	89	2.0	89	86	4	250	46	6	8	38	1.59
260618--260670	22	2.5	21	90	3	79	52	5	3	37	1.43
264140--264192	24	2.2	24	83	6	63	67	3	0	28	1.07

Tables:   1   2