genome.fa.s8417.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008417.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111197_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1004101

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260--308	3	17.0	3	87	12	68	69	0	30	0	0.89
260--308	11	4.2	12	80	19	68	69	0	30	0	0.89
558--662	3	36.7	3	90	9	175	69	0	30	0	0.89
1--607	298	2.1	291	94	4	1058	48	12	16	22	1.79
1376--1435	24	2.5	25	76	20	65	58	5	1	35	1.30
4466--4582	58	2.0	58	98	0	225	55	10	5	28	1.57
6008--6035	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
6938--6979	20	2.1	20	86	8	59	38	0	4	57	1.20
7110--7141	9	3.6	9	95	0	55	34	3	9	53	1.49
10052--10110	21	2.9	20	78	9	66	25	22	22	30	1.99
10237--10261	11	2.3	11	100	0	50	36	0	8	56	1.29
14711--14797	37	2.4	37	84	0	102	25	14	11	48	1.78
14953--15538	45	13.0	45	83	1	649	23	15	20	40	1.91
16330--16690	130	2.8	128	82	3	445	30	19	18	31	1.96
16330--16737	130	3.1	128	76	10	393	30	19	17	32	1.95
16800--17264	131	3.5	130	83	3	540	32	20	16	29	1.95
20430--20495	31	2.2	30	81	10	80	18	1	6	74	1.10
20460--20513	22	2.6	19	76	21	54	18	0	5	75	0.98
30677--30710	17	2.0	17	88	0	50	14	0	32	52	1.42
41486--41544	6	9.8	6	76	20	61	79	0	18	1	0.81
41481--41543	29	2.1	29	91	5	99	77	0	20	1	0.85
41496--41544	17	2.9	16	83	16	64	81	0	18	0	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41488--41544	24	2.4	24	85	5	80	80	0	17	1	0.79
42472--43022	135	4.1	136	84	3	666	34	18	20	26	1.96
47806--47913	45	2.6	41	80	12	146	31	10	16	41	1.82
47825--47914	45	2.0	45	93	0	153	31	10	15	43	1.80
49353--49469	60	2.0	60	81	3	137	34	23	6	35	1.81
61315--61352	13	2.9	13	81	14	51	57	13	0	28	1.36
63281--63316	3	13.0	3	83	16	51	33	0	0	66	0.92
64297--64399	37	2.8	37	92	4	165	21	15	14	48	1.80
64554--65191	45	14.1	45	81	3	607	24	14	20	41	1.89
65976--66264	129	2.2	130	78	8	311	32	19	17	30	1.95
66017--66298	129	2.2	128	79	11	301	30	21	17	30	1.96
66366--66485	41	2.9	41	78	2	125	44	17	13	25	1.85
68381--68488	54	2.0	54	80	7	121	33	22	3	40	1.71
68578--68670	29	3.1	29	68	9	71	31	4	26	37	1.76
70936--71001	18	3.8	18	75	13	75	28	4	3	63	1.29
76038--76072	13	2.6	13	90	4	52	48	0	0	51	1.00
83313--83408	6	15.8	6	77	10	61	82	0	11	6	0.84
83305--83409	13	8.1	12	77	15	84	81	0	11	6	0.85
83299--83442	25	4.9	28	75	18	109	78	0	11	9	0.97
83312--83402	8	11.5	8	78	17	52	82	0	12	5	0.83
83339--83384	7	6.7	7	81	18	53	86	0	10	2	0.64
83307--83437	27	4.8	26	75	16	79	80	0	10	8	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83307--83409	19	5.6	19	76	8	88	82	0	10	6	0.84
83347--83410	1	64.0	1	74	0	56	87	0	6	6	0.67
83338--83441	43	2.4	42	81	12	111	82	0	7	9	0.84
85491--85925	91	4.8	91	83	6	530	38	15	20	25	1.92
85491--85909	176	2.3	177	87	4	583	38	15	20	24	1.92
86212--86248	16	2.4	16	90	4	58	40	0	0	59	0.97
87294--87349	6	9.3	6	92	0	94	3	0	46	50	1.19
87348--87409	6	10.3	6	89	0	97	37	0	16	46	1.47
94910--94954	20	2.2	20	84	0	54	66	2	13	17	1.34
95686--95720	3	11.7	3	87	0	52	74	0	0	25	0.82
108070--108099	15	2.1	14	93	6	51	0	26	0	73	0.84
109324--109383	21	2.8	21	82	7	68	31	16	23	28	1.96
110568--110692	60	2.1	60	83	3	153	36	17	8	36	1.81
111948--112009	32	1.9	32	86	0	88	51	4	3	40	1.39
112817--112864	23	2.1	23	84	3	62	50	14	2	33	1.55
114518--114548	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
114561--114591	16	1.9	16	93	0	53	80	3	9	6	0.99
116256--117146	84	10.7	84	84	1	1040	23	17	25	33	1.96
116256--117151	333	2.7	333	82	2	1082	23	17	25	33	1.96
116259--117146	417	2.1	417	85	2	1201	23	17	25	33	1.96
121986--122024	11	3.5	11	92	3	60	69	0	2	28	1.02
121994--122024	3	10.7	3	93	6	55	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122042--122093	16	3.3	15	82	15	61	80	1	9	7	0.97
127008--127065	20	2.9	20	89	0	89	43	5	25	25	1.75
129941--130000	23	2.6	23	78	0	66	51	15	8	25	1.70
130000--130259	71	3.6	71	88	1	376	57	14	6	21	1.59
130002--130259	143	1.8	142	87	0	390	58	13	6	21	1.58
135112--135406	90	3.3	91	96	1	531	34	22	18	24	1.96
135494--135831	43	7.3	43	73	16	255	29	28	12	29	1.93
135441--135682	98	2.5	98	91	2	371	29	28	12	29	1.93
135494--135831	141	2.4	141	87	3	500	29	28	12	29	1.93
135862--136794	36	25.8	36	77	10	788	35	13	24	25	1.93
135992--136054	21	3.3	21	62	25	57	36	12	25	25	1.91
136022--136144	51	2.4	51	93	0	210	36	14	26	21	1.93
136058--136140	15	5.1	15	71	16	67	32	15	30	21	1.95
136273--136342	21	3.6	21	69	21	62	34	11	25	28	1.91
136076--136924	307	2.9	271	84	11	1050	35	14	24	25	1.93
136371--136411	15	2.7	15	92	0	64	31	19	29	19	1.96
136462--136499	15	2.5	15	91	0	58	34	21	26	18	1.96
136429--136531	51	2.0	51	92	0	170	36	15	23	24	1.93
135862--136924	322	3.3	319	87	5	1389	35	14	24	25	1.93
136564--136664	21	5.4	21	63	26	73	36	12	25	24	1.91
136778--136809	15	2.1	15	94	0	55	31	21	28	18	1.97
136784--136924	36	3.9	36	91	0	228	36	14	24	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136702--136881	87	2.0	89	89	4	274	35	15	25	24	1.94
136799--136899	21	5.4	21	60	26	64	36	13	25	23	1.92
136669--136910	123	1.9	125	89	3	371	35	15	24	24	1.94
136621--136922	163	1.9	161	88	2	464	36	15	24	23	1.93
137250--137338	34	2.6	34	89	0	133	38	11	19	31	1.87
137444--137674	32	7.2	32	91	1	336	32	23	13	29	1.93
139079--139119	20	2.0	20	85	0	55	31	31	26	9	1.89
139601--139818	103	2.1	103	96	0	400	25	13	23	37	1.91
139835--139886	23	2.3	23	86	0	68	23	25	26	25	2.00
139834--139897	23	2.8	23	73	4	58	23	20	26	29	1.99
145466--145493	10	2.8	10	100	0	56	7	21	0	71	1.09
145947--145989	21	2.0	21	81	0	50	27	30	25	16	1.97
146533--146749	103	2.1	103	94	0	389	24	12	24	37	1.91
146767--146834	23	3.0	23	78	4	75	25	23	26	25	2.00
147774--147825	11	4.5	11	75	15	52	11	9	1	76	1.09
149008--149044	19	1.9	19	88	0	56	45	16	18	18	1.85
155402--155460	29	2.0	30	83	6	77	77	5	3	13	1.05
161873--162240	184	2.0	184	97	2	704	22	14	30	32	1.94
165835--165938	51	2.0	51	100	0	208	42	15	11	30	1.82
168324--168420	30	3.2	30	95	0	176	19	29	6	44	1.75
169123--169432	70	4.5	67	75	7	221	30	23	23	23	1.99
169181--169432	70	3.6	69	75	9	226	30	23	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169139--169432	137	2.1	138	80	5	335	30	23	23	22	1.99
175665--175779	60	1.9	60	84	7	153	43	4	19	33	1.70
177163--177191	15	2.0	15	93	6	51	68	0	10	20	1.18
179254--179355	20	5.1	20	70	11	64	30	22	16	30	1.96
179532--179582	22	2.3	22	93	0	84	19	43	15	21	1.88
179525--179582	22	2.7	21	83	2	71	18	43	18	18	1.89
179931--179957	14	1.9	14	100	0	54	7	22	22	48	1.75
179938--180015	20	4.0	20	86	3	104	11	15	20	52	1.73
179946--180015	20	3.5	20	88	1	106	11	14	22	51	1.74
179979--180022	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69

Tables:   1   2   3   4   5