genome.fa.s8417.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008417.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111197_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1004101

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
639871--639931	32	1.9	32	93	3	106	59	11	16	13	1.62
643223--643272	23	2.2	23	82	7	57	32	16	16	36	1.90
643399--643477	3	26.0	3	92	2	131	65	1	1	31	1.08
643744--643857	50	2.3	50	85	0	156	15	35	28	19	1.93
644148--644480	111	3.0	111	96	0	596	36	7	10	45	1.67
648364--648443	20	4.0	20	69	9	54	48	15	8	27	1.74
649426--649997	197	2.9	196	78	8	620	41	13	16	29	1.86
652019--652057	12	3.2	12	81	0	51	58	0	41	0	0.98
654723--654762	7	6.0	7	94	5	66	30	0	70	0	0.88
654724--654759	6	5.7	6	90	9	54	27	0	72	0	0.85
654723--654762	13	3.0	14	85	14	66	30	0	70	0	0.88
656413--656448	18	1.9	19	88	5	56	44	16	11	27	1.82
671334--671411	3	26.3	3	97	2	149	32	0	0	67	0.90
674060--674546	239	2.0	240	98	1	935	35	11	14	39	1.81
677426--677456	15	2.1	15	93	0	53	48	16	6	29	1.70
678001--678172	38	4.5	39	83	3	233	36	12	22	29	1.91
678001--678169	76	2.2	77	91	1	277	35	13	21	29	1.91
679272--679533	90	2.9	90	89	2	391	30	18	22	28	1.97
679548--679872	36	8.8	36	82	5	283	43	18	19	19	1.88
679548--679872	73	4.4	73	80	6	291	43	18	19	19	1.88
679547--679872	109	2.9	109	84	5	368	43	18	19	19	1.89
684354--684427	6	13.2	6	94	2	104	35	45	18	0	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
685051--685096	21	2.1	21	84	8	56	32	21	21	23	1.98
685060--685107	21	2.3	21	88	0	69	27	29	20	22	1.99
685122--685341	21	10.6	21	81	9	254	23	22	23	30	1.99
685082--685342	62	4.2	62	86	7	334	24	22	21	31	1.99
685122--685327	83	2.5	86	79	11	275	23	22	22	31	1.99
685100--685341	124	1.9	125	89	4	373	23	22	21	31	1.98
688357--688415	31	2.0	29	84	15	77	54	1	1	42	1.20
689792--689883	3	30.7	3	78	4	96	57	2	0	40	1.11
690013--690590	75	7.7	76	91	3	854	33	22	20	22	1.97
690013--690590	151	3.9	150	90	3	864	33	22	20	22	1.97
690534--690634	44	2.3	44	91	3	159	32	22	22	21	1.98
690447--690707	119	2.2	118	87	6	366	33	21	22	23	1.97
690569--690906	74	4.6	75	91	4	530	34	22	20	22	1.97
690373--690782	192	2.1	194	88	4	596	33	21	21	23	1.97
690297--690853	266	2.1	269	87	6	790	33	22	21	23	1.97
693889--694114	114	2.0	114	92	0	380	30	20	15	33	1.94
696118--696145	10	2.8	10	100	0	56	0	0	7	92	0.37
702970--703087	3	38.7	3	88	3	173	62	0	0	36	1.01
704889--704923	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
708104--708133	15	1.9	16	93	6	53	63	0	0	36	0.95
708443--708500	30	1.9	30	82	6	73	48	1	0	50	1.11
709854--709890	17	2.1	18	90	5	58	45	2	0	51	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710262--710308	15	3.3	14	80	11	51	65	2	0	31	1.04
712454--712544	20	4.8	18	75	10	83	27	29	19	23	1.98
713726--713785	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
713876--713954	21	4.0	21	76	18	80	24	35	26	13	1.93
713882--713953	36	2.0	36	88	0	108	25	33	26	15	1.95
713903--713932	15	2.0	15	100	0	60	26	33	26	13	1.93
713990--714029	21	1.9	21	100	0	80	15	40	30	15	1.87
717272--717330	30	2.0	30	93	6	102	33	5	16	44	1.70
717420--717463	23	1.9	23	90	0	70	20	38	27	13	1.90
717449--717478	15	2.0	15	100	0	60	26	33	26	13	1.93
717439--717500	21	3.2	20	74	25	71	24	41	24	9	1.84
717534--717574	20	2.0	20	95	0	73	14	39	29	17	1.89
717610--717652	21	2.0	21	95	0	77	23	20	27	27	1.99
717935--718004	34	2.1	32	89	5	104	31	15	31	21	1.95
721990--722448	4	114.8	4	99	0	909	49	24	0	25	1.50
722834--722969	20	7.0	20	82	5	154	25	25	22	25	2.00
723076--723113	19	2.0	20	84	5	51	34	26	5	34	1.79
723050--723123	31	2.3	31	93	4	121	33	27	4	35	1.76
723961--724011	2	25.0	2	96	4	93	49	1	0	49	1.12
725284--725388	3	35.0	3	75	11	99	63	2	0	33	1.09
725727--726542	122	6.7	122	91	1	1287	27	18	15	38	1.91
726937--727010	22	3.4	22	94	3	123	35	12	17	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
728615--728706	42	2.2	42	90	3	141	28	23	17	30	1.97
736273--736325	23	2.3	22	84	15	63	67	3	5	22	1.28
736325--736367	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
736891--736927	17	2.1	18	90	5	58	45	2	0	51	1.15
737324--737351	13	2.2	13	100	0	56	78	0	0	21	0.75
738683--738765	3	27.0	3	76	13	64	67	1	0	31	0.98
738683--738773	31	2.9	30	76	12	94	68	1	0	30	0.97
738741--738789	25	2.0	26	88	8	75	73	4	2	20	1.10
738809--738883	25	3.0	25	90	0	123	29	20	13	37	1.90
742442--742628	74	2.5	74	85	6	254	29	28	20	20	1.98
742587--742626	19	2.1	19	90	9	64	30	37	17	15	1.90
745519--745549	16	1.9	16	93	0	53	51	9	12	25	1.70
748315--748415	42	2.3	43	80	8	116	26	28	12	31	1.93
748314--748414	21	4.7	21	75	8	89	25	28	12	32	1.93
750912--751078	74	2.2	75	85	7	232	28	27	20	23	1.99
762329--762397	20	3.6	18	78	9	66	39	13	15	31	1.86
769685--769729	3	15.0	3	85	0	63	62	2	0	35	1.08
769764--769798	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
776339--776380	21	2.0	21	85	0	57	26	7	28	38	1.82
788832--788874	22	2.0	21	86	8	61	39	9	18	32	1.83
789462--789501	21	1.9	21	100	0	80	27	20	7	45	1.78
790226--790266	15	2.7	15	85	10	57	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793805--793852	2	24.0	2	95	0	87	52	0	0	47	1.00
795365--795924	178	3.1	178	79	8	625	40	10	10	39	1.74
796202--796240	20	2.0	20	84	0	51	53	0	0	46	1.00
796210--796250	16	2.7	15	76	23	50	53	0	0	46	1.00
796466--796513	19	2.4	19	79	6	51	72	2	2	22	1.05
799921--799966	23	2.0	23	100	0	92	8	30	21	39	1.84
800326--800380	27	2.0	27	92	0	92	23	18	41	16	1.89
800331--800391	27	2.3	27	88	0	86	24	19	37	18	1.94
800388--800423	18	2.0	18	94	0	63	22	19	27	30	1.98
801931--802253	106	3.0	106	93	2	538	44	11	7	35	1.69
802379--802419	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
802539--802665	50	2.5	50	77	5	139	21	26	33	18	1.97
802849--802898	16	3.1	16	77	8	57	70	2	2	26	1.09
804742--804818	39	2.0	39	94	0	136	23	9	14	53	1.69
805322--805385	30	2.1	30	91	5	103	17	62	12	7	1.52
805309--805385	30	2.8	26	73	16	75	16	62	12	7	1.53
807629--807675	6	7.7	6	97	2	85	31	0	0	68	0.90
811432--811575	53	2.7	53	93	0	234	38	18	13	29	1.89
811601--811682	43	1.9	43	92	2	139	28	31	19	20	1.97
811824--812147	116	2.8	116	92	0	513	32	24	19	23	1.97
812164--812636	167	2.8	167	87	0	658	32	24	19	23	1.98
812156--812707	84	6.6	84	83	0	602	32	23	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812950--813004	4	14.5	4	85	14	57	27	1	0	70	0.97
812955--812999	16	2.7	17	89	6	74	28	2	0	68	1.01
812947--813009	13	5.2	12	77	21	62	30	1	0	68	0.99
814630--815637	186	5.4	187	81	6	917	39	11	15	33	1.84
814630--815603	371	2.6	371	81	6	1030	39	11	15	33	1.83
815723--815891	76	2.2	76	78	2	196	44	8	12	34	1.72
816563--816596	2	17.0	2	87	0	50	44	0	5	50	1.26
823490--823710	41	5.4	41	79	9	202	28	19	19	32	1.96
823490--823711	82	2.7	82	84	4	261	28	18	19	32	1.96
825889--825921	7	4.7	7	100	0	66	15	0	45	39	1.46

Tables:   1   2   3   4   5