genome.fa.s8436.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008436.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111234_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1066897

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218--275	2	30.0	2	89	6	93	50	0	0	50	1.00
4257--4301	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
5360--5402	15	2.9	14	74	12	50	34	6	18	39	1.78
5786--6090	149	2.0	149	97	0	574	27	17	21	33	1.96
6069--6113	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
7851--7897	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
8587--8816	20	11.5	20	84	4	250	19	17	26	36	1.94
8784--8835	20	2.6	20	90	0	77	11	17	26	44	1.83
8803--8901	42	2.4	42	78	8	105	21	18	22	38	1.93
9385--9412	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
38572--38610	15	2.6	15	79	0	51	23	2	0	74	0.94
39039--39115	37	2.1	37	85	4	102	48	1	3	46	1.28
51481--51609	63	2.0	63	100	0	258	44	17	10	27	1.81
56083--56166	29	2.9	29	94	0	150	19	42	27	10	1.84
56192--56298	30	3.6	30	90	0	178	24	48	16	10	1.77
60035--60409	60	6.2	59	88	8	535	40	0	14	44	1.45
60144--60231	10	8.7	10	71	15	56	39	0	17	43	1.49
60144--60231	21	4.3	21	68	13	67	39	0	17	43	1.49
60255--60295	14	3.1	14	80	20	61	36	0	19	43	1.51
60289--60371	21	4.1	21	59	20	50	44	0	10	44	1.39
60388--60456	11	7.1	11	70	26	50	34	0	17	47	1.48
60032--60409	124	3.1	120	89	7	629	40	0	14	44	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60393--60435	19	2.1	21	83	12	54	37	0	16	46	1.47
60032--60456	184	2.3	179	83	10	510	39	0	15	45	1.46
60448--60639	26	7.6	26	75	12	150	44	2	10	42	1.52
60430--60706	98	2.8	95	89	5	315	42	2	11	43	1.53
60512--60646	11	11.3	11	69	19	60	45	2	9	42	1.49
60403--60639	125	1.9	124	91	4	388	42	2	11	43	1.53
60564--60645	37	2.2	37	82	8	96	43	2	10	42	1.53
60814--60855	14	3.2	14	77	19	54	38	7	9	45	1.64
63087--63168	34	2.5	34	84	9	100	48	12	0	39	1.41
63226--63336	42	2.6	42	78	12	120	48	10	0	39	1.44
63400--63438	16	2.3	18	86	8	55	56	5	0	38	1.22
63444--63494	16	3.2	16	78	10	61	1	37	0	60	1.08
63649--63757	50	2.2	50	91	6	179	22	18	38	21	1.93
63792--63886	29	3.3	29	95	0	163	23	32	30	13	1.93
63873--63944	32	2.2	32	90	0	117	8	30	30	30	1.87
63959--63996	19	2.0	19	100	0	76	10	21	36	31	1.87
65699--65743	21	2.1	21	84	8	56	13	6	11	68	1.37
65699--65743	22	2.1	21	87	4	63	13	6	11	68	1.37
66444--66493	22	2.3	22	96	0	91	12	34	20	34	1.89
67772--67817	15	3.1	16	78	12	53	52	4	2	41	1.33
73356--73405	2	27.5	2	77	18	56	48	0	0	52	1.00
79021--79064	15	2.9	15	82	0	52	45	34	18	2	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79033--79070	18	2.1	18	90	0	58	50	34	13	2	1.55
80852--80926	29	2.6	29	84	0	96	18	40	26	14	1.90
80853--80940	29	3.0	29	84	0	95	20	37	30	11	1.88
81147--81233	29	3.0	29	84	0	120	14	29	39	16	1.88
84161--84205	17	2.6	17	75	0	54	42	0	0	57	0.98
87450--87509	3	20.0	3	86	6	86	61	0	0	38	0.96
100116--100271	60	2.6	60	81	3	172	32	24	5	38	1.77
105153--105186	7	4.9	7	100	0	68	44	41	0	14	1.45
106460--106501	18	2.3	18	88	8	59	78	4	0	16	0.91
106545--106578	17	2.0	17	100	0	68	29	5	5	58	1.45
110615--110672	22	2.7	22	89	7	84	25	5	12	56	1.56
116124--116255	55	2.4	53	73	14	124	33	24	14	28	1.94
116213--116516	51	5.9	51	94	1	509	29	26	14	28	1.95
117827--117962	15	8.8	15	69	22	68	8	15	0	76	1.01
117872--117989	15	7.6	16	71	18	72	9	13	0	77	1.00
117838--117983	21	6.7	21	70	19	68	8	13	0	78	0.97
117874--117984	22	5.3	21	71	14	61	9	12	0	78	0.97
117838--117969	38	3.6	39	77	19	115	8	14	0	77	0.99
117836--117925	8	10.9	8	72	13	58	5	16	0	77	0.94
131526--131566	18	2.3	18	91	8	66	39	31	12	17	1.86
132750--132819	30	2.3	30	97	0	131	20	30	21	28	1.98
152178--152227	24	2.1	24	88	0	73	24	26	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152711--152744	11	3.1	11	95	0	59	29	11	26	32	1.92
159796--159904	32	3.4	31	80	10	130	22	11	26	39	1.88
160871--160923	9	5.6	9	78	12	52	0	45	3	50	1.19
168406--168449	19	2.3	19	88	4	61	36	2	0	61	1.09
184090--184150	29	2.1	29	90	0	95	36	8	31	24	1.85
184273--184313	15	2.7	15	81	11	57	53	0	0	46	1.00
188376--188400	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
191626--191651	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
193761--193788	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
195123--195498	186	2.0	186	99	0	743	30	13	11	44	1.78
203681--203711	5	6.2	5	92	0	53	19	16	0	64	1.29
206741--206768	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
214835--214873	17	2.2	19	86	9	55	71	0	7	20	1.10
215158--215193	6	6.0	6	93	0	54	27	50	5	16	1.68
224582--224654	36	2.0	36	100	0	146	31	21	27	19	1.97
230441--230484	18	2.3	18	84	11	52	61	0	2	36	1.09
230456--230503	24	2.0	23	84	4	60	60	0	4	35	1.16
233994--234362	45	8.2	44	78	7	359	30	25	9	34	1.88
233994--234362	90	4.1	90	85	4	494	30	25	9	34	1.88
233992--234362	180	2.1	180	88	3	550	29	25	9	35	1.88
238353--238404	22	2.4	21	84	6	68	26	0	1	71	0.97
240925--240970	19	2.4	20	75	10	51	28	2	8	60	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250748--250822	30	2.5	30	95	2	132	29	25	21	24	1.99
251678--251764	37	2.4	36	84	5	113	42	16	4	36	1.68
265205--265243	14	2.6	16	80	16	55	51	2	5	41	1.38
267274--267318	19	2.4	18	82	10	54	53	4	0	42	1.21
272358--272445	30	2.8	30	80	13	88	38	2	5	53	1.37
273925--273959	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
285854--285909	21	2.7	20	78	8	58	35	21	19	23	1.96
285897--286104	20	10.4	20	84	5	242	36	25	18	19	1.95
285935--286125	20	9.6	20	86	4	233	35	25	17	21	1.95
286815--286861	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
287036--287060	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
289351--289573	53	4.2	52	93	1	358	44	17	22	15	1.86
289351--289573	19	12.7	19	74	19	216	44	17	22	15	1.86
289337--289516	86	2.1	84	84	12	224	45	17	22	13	1.84
289337--289516	33	5.2	33	71	18	152	45	17	22	13	1.84
289404--289567	33	4.8	33	73	16	145	45	17	23	14	1.85
289582--289678	19	5.4	19	84	13	134	14	22	17	45	1.85
289563--289678	51	2.2	53	96	3	218	13	24	18	43	1.86
289563--289678	19	6.7	18	78	18	122	13	24	18	43	1.86
289783--289819	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
291735--291907	19	9.6	19	78	12	159	45	23	20	10	1.81
291829--291885	14	3.7	14	75	20	51	43	22	22	10	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291810--291902	33	2.8	33	95	0	168	46	21	21	10	1.81
291769--291907	52	2.7	52	74	8	147	46	23	21	9	1.80
291897--291938	19	2.2	19	91	0	66	9	19	28	42	1.82
291903--291947	19	2.4	19	100	0	90	6	15	31	46	1.72
291919--292012	33	2.8	33	82	4	118	9	17	25	47	1.77
291903--291980	19	4.4	19	79	15	76	7	15	26	50	1.71
292060--292807	93	8.1	93	98	0	1453	46	18	12	22	1.83
294487--294583	20	5.2	20	72	18	100	46	17	24	11	1.81
294485--294549	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
294534--294590	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81

Tables:   1   2   3   4