genome.fa.s8438.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008438.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111237_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  406264

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2262--2319	29	2.0	29	86	6	82	13	34	25	25	1.93
2362--2394	14	2.4	14	94	0	57	24	39	30	6	1.79
2386--2460	33	2.3	33	83	4	89	28	22	40	9	1.85
2464--2548	29	2.9	29	92	0	143	22	29	35	12	1.91
19791--19847	30	1.9	30	96	0	105	35	3	5	56	1.39
25549--25612	32	2.0	32	96	3	121	32	18	12	35	1.89
31515--31543	7	4.1	7	100	0	58	41	17	0	41	1.49
38167--38212	23	2.0	23	82	0	56	32	23	10	32	1.90
40093--40131	19	2.1	19	85	9	53	61	0	0	38	0.96
40148--40198	23	2.2	23	78	0	57	45	3	5	45	1.46
40233--40285	22	2.5	20	82	11	61	49	1	0	49	1.12
40270--40310	11	3.7	11	83	0	55	39	0	0	60	0.96
40270--40311	22	1.9	22	90	0	66	38	0	0	61	0.96
40494--40547	27	2.1	26	83	10	67	42	1	1	53	1.22
56263--56310	25	1.9	25	87	8	71	27	20	6	45	1.75
62914--62949	18	2.0	18	100	0	72	27	33	22	16	1.95
63031--63074	23	1.9	23	90	0	70	29	27	27	15	1.96
65144--65198	26	2.1	26	83	6	67	56	5	1	36	1.33
67916--68094	89	2.0	89	98	0	349	36	8	19	35	1.83
68765--68988	64	3.5	64	79	4	213	32	21	19	27	1.97
69498--69750	31	8.2	31	91	0	416	39	12	15	33	1.84
69642--69725	15	5.5	15	64	25	50	39	14	15	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73177--73218	21	2.0	21	90	0	66	21	21	30	26	1.98
73247--73286	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
76425--76518	20	5.0	20	76	18	96	20	35	28	15	1.94
76450--76535	34	2.5	35	96	1	156	19	36	26	17	1.94
76477--76533	15	3.5	15	72	25	53	19	36	24	19	1.94
76647--76688	21	2.0	21	90	0	66	26	21	26	26	1.99
76971--77040	34	2.1	32	82	10	79	31	15	28	24	1.96
79689--79718	10	2.8	11	90	10	53	60	0	0	40	0.97
80109--80143	12	2.9	12	91	0	52	31	51	11	5	1.61
90634--90679	19	2.5	19	85	3	67	43	23	15	17	1.87
105473--105516	22	2.0	22	100	0	88	50	9	13	27	1.72
105628--105654	6	4.5	6	100	0	54	18	0	0	81	0.69
110717--110773	19	3.2	19	67	18	50	43	3	7	45	1.48
112584--112621	12	3.2	12	92	0	67	7	15	50	26	1.72
112584--112638	24	2.3	24	90	0	83	12	14	47	25	1.80
112738--112769	13	2.5	13	100	0	64	15	15	53	15	1.74
114947--115041	42	2.3	42	86	0	127	20	2	30	47	1.61
115316--115371	29	1.9	29	85	0	76	46	10	10	32	1.73
121075--121113	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
122494--122542	24	2.0	25	92	4	82	42	2	16	38	1.60
122500--122550	24	2.1	24	88	0	75	45	3	15	35	1.65
122630--122662	16	2.1	16	88	5	50	24	24	6	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130848--130946	46	2.1	46	83	10	121	60	0	5	34	1.18
132384--132448	3	22.3	3	78	12	73	58	0	0	41	0.98
132373--132448	16	4.4	18	79	17	81	56	0	0	43	0.99
132373--132448	24	3.3	23	82	14	86	56	0	0	43	0.99
132384--132448	21	3.0	21	84	10	87	58	0	0	41	0.98
132621--133222	305	2.0	304	96	0	1123	34	22	19	23	1.97
132621--133222	76	7.9	76	96	0	1123	34	22	19	23	1.97
133879--133933	22	2.5	22	87	0	83	36	14	14	34	1.87
136494--136713	114	1.9	114	91	0	359	32	20	13	34	1.91
140773--140862	36	2.5	36	78	7	94	55	10	16	17	1.68
143192--143227	17	2.0	19	89	10	58	72	0	2	25	0.98
145520--145581	11	5.3	11	76	14	61	54	0	0	45	0.99
145520--145577	20	3.2	18	73	23	59	55	0	0	44	0.99
152165--152330	54	3.1	54	88	0	242	21	26	25	25	2.00
155296--155441	70	2.1	70	94	2	258	38	15	17	28	1.90
156786--156844	28	2.1	28	93	0	100	25	18	10	45	1.81
168109--168158	21	2.4	21	89	0	73	32	30	20	18	1.96
168162--168307	19	7.3	19	77	11	148	23	19	23	33	1.97
168154--168307	61	2.6	61	96	2	285	22	19	23	34	1.97
169135--169238	42	2.5	42	90	0	172	35	22	20	22	1.96
169135--169238	21	5.0	20	67	16	68	35	22	20	22	1.96
169242--169285	21	2.1	21	91	0	70	22	20	27	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169932--169971	21	2.0	21	85	5	55	55	2	0	42	1.13
175260--175284	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
185709--185740	15	2.1	16	94	5	57	6	25	18	50	1.70
188435--188469	17	2.1	17	89	10	54	42	5	2	48	1.41
189036--189089	20	2.6	20	75	16	56	42	0	0	57	0.98
189183--189233	23	2.2	23	82	0	57	45	1	1	50	1.24
189221--189301	19	4.3	19	72	20	64	48	1	1	49	1.17
189412--189457	10	4.5	10	78	21	51	58	0	0	41	0.98
189413--189469	22	2.6	22	84	10	73	54	0	0	45	0.99
189420--189469	21	2.3	21	86	10	66	54	0	0	46	1.00
191489--191885	215	1.8	216	90	3	638	36	9	15	39	1.79
194394--194446	24	2.2	24	100	0	106	50	13	11	24	1.73
194435--194479	23	1.9	24	81	4	56	44	15	11	28	1.81
197834--197863	12	2.5	12	88	0	51	80	0	0	20	0.72
203043--203356	156	2.0	157	99	0	621	31	13	28	27	1.93
204201--204237	2	18.0	2	88	5	56	45	5	0	48	1.25
210315--210349	16	2.2	16	89	0	52	42	14	2	40	1.60
218981--219005	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
220957--221115	42	3.8	42	94	0	255	13	5	57	24	1.56
221035--221145	42	3.2	33	75	20	93	12	4	59	23	1.51
221078--221145	30	2.3	30	87	5	93	14	2	60	22	1.48
221036--221187	72	2.1	72	87	2	216	13	3	58	24	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221130--221198	24	3.1	24	64	23	60	11	2	57	27	1.48
228182--228210	15	1.9	15	100	0	58	27	0	0	72	0.85
241339--241402	19	3.1	19	80	17	58	64	1	1	32	1.13
244043--244578	271	2.0	268	91	1	865	34	13	25	26	1.94
244563--244811	129	1.9	128	84	4	331	40	12	22	25	1.88
247370--247426	30	1.9	30	88	0	87	26	29	26	17	1.97
255994--256069	30	2.5	31	81	8	86	31	14	10	43	1.79
256089--256209	51	2.4	51	83	2	136	19	33	27	19	1.96
256487--256540	13	4.2	13	80	7	56	25	0	1	72	0.95
256492--256538	24	1.9	24	86	4	67	29	0	0	70	0.88
259857--259928	26	2.9	25	67	26	62	63	4	6	25	1.37
261969--262185	110	2.0	111	93	0	373	45	12	8	33	1.73
269401--269456	3	19.7	3	89	10	91	35	0	0	64	0.94
269401--269456	14	3.9	14	88	11	87	35	0	0	64	0.94
269404--269449	11	4.1	11	97	2	83	34	0	0	65	0.93
271302--272143	290	2.9	290	98	0	1616	33	15	17	32	1.92
273887--273932	23	2.0	23	100	0	92	30	17	26	26	1.97
275862--275991	65	2.0	65	100	0	260	30	16	27	24	1.97
276853--276896	3	14.7	3	95	0	79	63	0	0	36	0.95
277089--277122	17	1.9	18	88	5	52	26	17	47	8	1.77
279286--279355	35	2.0	35	100	0	140	20	31	31	17	1.95
279285--279348	20	3.5	20	68	27	68	21	29	34	14	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284949--285005	3	18.7	3	75	10	53	28	5	1	64	1.25
288907--288968	32	2.0	32	96	3	117	14	14	9	61	1.57
289467--289506	21	2.0	20	90	5	62	17	22	15	45	1.85
292041--292202	4	41.0	4	96	2	301	50	24	0	25	1.50
292662--292900	105	2.3	102	84	6	295	30	19	12	38	1.88
292846--292930	36	2.4	36	84	4	109	30	21	11	36	1.89
292864--292965	36	2.9	36	78	7	95	34	20	10	34	1.87
293213--293310	29	3.5	29	87	5	148	28	9	15	46	1.76
293275--293354	26	3.0	27	83	7	85	32	8	10	48	1.67
293309--293364	26	2.2	26	100	0	112	32	8	8	50	1.65

Tables:   1   2