genome.fa.s8440.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008440.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111239_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  518054

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1237--1330	31	3.1	31	90	1	136	35	11	15	37	1.85
1838--1888	15	3.2	16	76	17	52	39	13	19	27	1.90
2088--2136	21	2.3	22	96	3	91	20	16	28	34	1.94
3221--3267	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
4263--4294	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
9275--9323	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
9295--9504	65	3.2	64	75	14	191	26	18	23	31	1.97
12304--12444	55	2.6	55	85	1	176	26	17	23	32	1.96
12924--13157	51	4.9	52	70	16	139	39	1	9	49	1.46
12891--13162	141	1.9	139	91	3	440	39	2	9	48	1.48
13054--13157	49	2.1	50	85	7	142	37	0	8	52	1.39
17185--17443	118	2.2	118	79	6	274	29	10	19	40	1.84
18977--19056	31	2.6	30	73	15	74	37	5	10	47	1.59
26681--26843	78	2.1	78	98	0	317	28	23	15	32	1.95
36064--36135	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
36135--36161	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
36622--36697	21	3.8	21	79	6	86	28	22	25	23	1.99
36662--36696	18	1.9	18	88	0	52	28	20	28	22	1.98
50174--50206	12	2.8	12	90	0	57	24	15	0	60	1.35
52161--52190	15	2.0	15	93	0	51	20	23	23	33	1.97
62195--62243	16	3.1	16	87	0	71	57	22	10	10	1.62
66513--66638	2	63.5	2	90	1	200	47	1	2	48	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67002--67055	3	18.0	3	81	7	65	40	0	0	59	0.98
68428--68468	17	2.6	16	85	11	50	60	0	0	39	0.96
68452--68499	23	2.0	24	88	4	71	41	0	0	58	0.98
68654--68715	27	2.3	26	81	10	72	50	1	3	45	1.27
69139--69222	28	3.0	27	75	10	80	27	7	1	64	1.27
72514--72545	15	2.1	15	94	0	55	28	18	6	46	1.73
79890--79941	11	4.7	11	88	9	79	86	0	13	0	0.57
79895--79945	7	7.6	7	83	16	72	86	0	13	0	0.58
80940--81414	93	5.1	93	92	0	756	29	16	20	33	1.94
81503--82097	113	5.3	111	85	5	695	38	14	17	29	1.90
82314--82364	3	17.0	3	84	8	68	39	0	0	60	0.97
82316--82362	12	3.9	12	91	8	78	40	0	0	59	0.97
83597--83665	27	2.5	27	75	9	68	33	7	2	56	1.42
83941--84002	27	2.3	26	81	10	72	50	1	3	45	1.27
87852--87917	23	2.9	23	86	8	98	31	27	27	13	1.94
88754--88823	35	2.0	35	89	10	108	27	22	17	32	1.96
90564--90643	35	2.3	34	77	12	81	36	2	6	55	1.39
92034--92071	20	1.9	20	88	0	58	39	36	13	10	1.79
93779--93815	19	1.9	19	88	0	56	40	8	16	35	1.78
100233--100270	20	2.0	20	84	5	51	31	7	2	57	1.41
102053--102092	20	2.0	21	95	5	73	25	20	22	32	1.98
118288--118325	11	3.5	11	85	7	60	21	13	10	55	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118296--118333	10	3.7	10	86	6	58	18	15	7	57	1.62
118279--118333	21	2.6	21	94	0	92	21	16	9	52	1.71
122308--122575	85	3.2	85	83	0	347	27	19	18	34	1.95
122693--122994	156	1.9	156	94	0	532	26	14	23	36	1.93
124274--124538	100	2.7	98	82	4	327	32	15	16	34	1.91
139053--139102	24	2.1	24	85	7	66	22	2	16	60	1.46
145956--145998	20	2.1	21	87	8	63	13	16	0	69	1.19
149295--149344	24	2.1	24	85	7	66	22	2	16	60	1.46
153649--153691	16	2.6	17	79	20	56	67	0	13	18	1.23
153785--153821	2	18.5	2	88	0	56	51	5	0	43	1.24
153785--153821	10	3.7	10	96	0	65	51	5	0	43	1.24
163108--163156	19	2.5	19	90	3	71	30	32	16	20	1.94
163194--163232	21	1.9	21	89	5	62	23	15	20	41	1.90
163230--163276	20	2.3	20	92	0	76	38	23	19	19	1.93
163285--163376	20	4.6	20	75	4	78	36	21	14	27	1.92
163362--163417	20	2.8	19	81	7	67	26	23	14	35	1.93
163370--163457	20	4.5	19	77	16	65	26	22	14	36	1.93
163594--163633	16	2.5	16	83	0	53	27	5	0	67	1.11
164228--164261	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
164386--164439	24	2.2	24	90	0	81	20	16	20	42	1.89
164617--164641	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
166987--167118	63	2.1	63	88	0	192	31	21	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167189--167263	25	3.0	25	98	0	141	26	8	21	44	1.80
167190--167264	14	5.8	13	67	19	50	25	8	22	44	1.80
167578--167614	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
167570--167622	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
168786--168821	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
168993--169048	29	1.9	29	100	0	112	26	14	25	33	1.94
169072--169131	20	3.0	20	85	0	75	23	23	23	30	1.99
169080--169144	20	3.2	20	84	0	76	20	20	26	33	1.96
169204--169340	64	2.1	64	91	0	220	51	17	2	27	1.59
169318--169351	14	2.4	14	100	0	68	47	20	0	32	1.51
170714--170773	21	2.9	21	85	5	77	26	20	31	21	1.98
170714--170796	42	2.0	43	83	7	107	27	16	32	22	1.96
171068--171148	42	2.0	41	85	2	108	35	32	11	20	1.88
171063--171184	63	1.9	63	85	3	165	32	34	10	22	1.88
171064--171159	21	4.6	21	74	10	81	34	34	10	20	1.87
171065--171204	63	2.2	63	78	12	144	32	35	11	21	1.89
172290--172334	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
174029--174095	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
177170--177214	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
178915--178981	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
181303--181382	22	3.6	22	96	0	142	18	15	45	21	1.86
181526--181574	20	2.5	20	96	0	89	16	16	24	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181567--181621	20	2.8	20	91	0	83	23	18	23	34	1.96
199355--199400	18	2.5	19	82	10	60	54	2	2	41	1.25
199371--199420	16	2.9	18	81	16	54	48	2	0	50	1.12
199948--199990	22	2.0	22	81	9	52	48	2	0	48	1.14
199970--200017	18	2.6	18	87	9	62	45	4	2	47	1.33
201290--201344	23	2.4	23	81	6	67	32	27	25	14	1.95
201423--202433	506	2.0	506	94	0	1761	35	20	9	33	1.86
205522--205620	23	4.5	22	78	6	101	37	25	22	15	1.93
208034--208182	60	2.5	59	79	8	149	40	4	20	34	1.72
208999--209052	25	2.2	25	100	0	108	27	14	18	38	1.90
209227--209382	76	2.1	76	98	0	303	41	13	8	37	1.75
215286--215338	3	17.7	3	92	0	88	35	1	0	62	1.06
216802--216850	22	2.2	21	82	7	53	40	2	0	57	1.10
216733--216970	128	1.9	127	84	7	322	37	6	8	47	1.59
216927--216970	23	1.9	23	85	0	61	47	4	0	47	1.22
222586--222647	11	5.9	10	75	17	54	80	0	17	1	0.79
222588--222636	9	5.6	9	75	4	55	81	0	16	2	0.78
222603--222647	16	2.8	16	86	10	65	84	0	15	0	0.62
222603--222647	15	2.9	15	90	6	63	84	0	15	0	0.62
223734--223893	64	2.5	63	84	6	198	35	19	20	25	1.96
224551--224626	31	2.5	31	84	0	89	30	17	22	30	1.96
224585--224660	30	2.5	30	82	2	80	22	21	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226273--226300	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
228080--228233	64	2.4	63	83	6	186	35	19	20	25	1.96
228877--228973	31	3.2	30	73	13	90	26	20	20	31	1.97
228929--229004	30	2.5	30	82	2	80	22	21	25	31	1.98
229873--230118	124	2.0	124	95	0	447	37	18	20	23	1.94
230097--230158	32	1.9	32	90	0	97	45	19	16	19	1.86
234070--234132	22	2.9	22	85	4	83	36	12	14	36	1.84
234070--234131	21	2.9	21	87	2	79	37	12	14	35	1.85
234787--235262	45	10.6	45	92	0	776	23	22	19	34	1.97
235414--235450	3	12.7	3	83	16	51	35	0	0	64	0.94

Tables:   1   2   3