genome.fa.s8446.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008446.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111251_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  251382

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 157 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2034--2114	6	13.5	6	77	13	78	81	0	13	4	0.85
2033--2099	23	3.0	23	86	6	93	82	0	11	5	0.84
3662--3903	128	1.9	130	81	6	296	31	14	19	34	1.91
4774--4813	18	2.2	19	90	4	64	32	5	5	57	1.42
7459--7504	20	2.4	19	88	3	65	32	17	6	43	1.75
7459--7518	19	3.1	19	85	2	75	30	16	8	45	1.77
7462--7526	19	3.5	18	81	6	51	29	18	7	44	1.77
15905--16111	75	2.7	76	86	3	276	24	30	23	20	1.98
21924--21963	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
24165--24236	30	2.3	30	95	4	126	41	2	18	37	1.65
24545--24751	75	2.7	76	87	2	292	24	30	23	20	1.98
26991--27031	21	2.0	21	85	9	57	29	24	9	36	1.87
38785--38826	15	2.8	15	85	0	57	52	4	19	23	1.65
39624--39751	64	2.0	64	90	0	202	29	15	10	44	1.79
40954--41008	20	2.7	21	85	2	76	34	21	14	29	1.93
42318--42371	21	2.6	21	90	0	81	40	25	7	25	1.82
53417--53446	3	10.3	3	92	7	53	63	0	36	0	0.95
54927--55040	57	2.0	56	96	1	210	36	9	14	39	1.78
55346--55385	21	1.9	21	85	10	55	25	25	20	30	1.99
55969--56050	40	2.0	40	95	0	146	36	7	21	34	1.82
55980--56045	22	3.2	22	61	30	54	34	9	22	33	1.86
58982--59475	215	2.3	210	88	5	705	52	8	11	28	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59555--59724	2	84.5	2	74	12	125	46	3	2	47	1.32
59631--59731	13	8.0	12	80	12	82	48	5	2	42	1.42
59640--59731	37	2.5	36	84	13	132	48	5	2	43	1.38
59916--59958	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
60068--60131	19	3.3	19	88	2	92	48	0	25	26	1.51
60336--60477	2	73.0	2	72	18	104	48	1	4	45	1.30
60625--60683	20	3.1	19	82	4	75	47	6	5	40	1.52
60660--60702	14	3.2	13	86	6	50	51	2	4	41	1.35
60636--60692	2	28.0	2	75	10	53	49	3	3	43	1.36
60719--60838	14	8.6	14	69	12	50	49	25	0	25	1.51
60760--60838	7	11.4	7	80	2	52	48	27	0	24	1.52
60719--60770	21	2.5	21	77	0	59	51	23	0	25	1.48
60719--60838	48	2.5	49	88	2	179	49	25	0	25	1.51
62213--62261	19	2.6	19	93	0	80	40	6	18	34	1.75
62960--62994	18	1.9	18	88	0	52	28	31	20	20	1.97
63218--63243	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
64861--64935	21	3.6	21	100	0	150	14	25	41	18	1.89
65868--65906	18	2.2	18	85	0	51	7	25	30	35	1.84
74146--74172	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
74170--74234	19	3.3	19	82	6	85	49	6	4	40	1.48
74223--74326	48	2.1	49	83	3	129	49	12	7	30	1.69
74315--74354	21	1.9	21	84	0	53	52	22	0	25	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74721--74770	20	2.6	20	81	6	59	46	6	8	40	1.58
74741--74785	17	2.8	16	86	10	56	46	4	2	46	1.35
74741--74785	15	2.7	17	83	13	58	46	4	2	46	1.35
75504--75654	45	3.4	45	73	14	150	31	17	23	27	1.97
76125--76159	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
78268--78347	23	3.6	22	83	5	81	27	23	23	25	2.00
78272--78347	21	3.5	22	81	5	91	28	23	22	25	1.99
79586--80879	649	2.0	649	96	0	2399	31	19	11	37	1.87
81711--82035	158	2.1	158	97	1	607	30	18	13	38	1.89
82827--82866	21	1.9	21	90	10	64	37	7	0	55	1.29
84793--84839	19	2.5	19	86	10	62	31	19	23	25	1.98
84791--84930	64	2.2	64	87	7	196	32	17	22	28	1.96
84893--84954	27	2.3	27	91	2	97	29	20	17	32	1.96
85000--85046	19	2.5	19	86	10	62	31	19	23	25	1.98
85015--85121	45	2.4	45	90	6	164	33	16	20	28	1.95
85482--85554	14	5.2	14	74	9	60	50	28	0	20	1.48
85489--85549	21	2.9	21	87	4	79	52	26	0	21	1.47
85922--85982	15	3.9	15	82	8	70	50	6	1	40	1.38
85922--85972	2	25.0	2	78	11	50	49	5	1	43	1.38
86060--86100	21	2.0	21	85	9	57	51	24	0	24	1.49
86127--86156	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
85389--86476	570	1.9	568	92	4	1814	43	11	8	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86609--86650	16	2.6	16	88	7	59	47	9	14	28	1.75
87770--87809	18	2.4	16	91	8	62	82	0	5	12	0.82
92104--92133	12	2.6	12	94	5	53	80	0	20	0	0.72
92105--92163	14	4.3	14	77	8	50	79	0	13	6	0.92
92127--92177	15	3.2	16	81	10	61	76	0	11	11	1.02
92866--92896	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
95038--95089	26	2.0	26	96	0	95	32	30	28	7	1.85
96998--97067	3	23.7	3	85	8	90	34	0	0	65	0.93
98267--98308	15	2.7	15	96	3	75	38	0	0	61	0.96
98560--98600	19	2.1	19	86	9	55	34	0	0	65	0.93
109783--109829	22	2.1	22	85	14	62	80	2	14	2	0.89
109799--109829	7	4.3	7	92	8	53	83	0	16	0	0.64
111152--111204	22	2.4	22	90	0	79	37	15	15	32	1.88
111574--112225	113	5.9	113	85	3	844	38	15	19	26	1.92
111590--112225	226	2.9	225	89	2	946	38	15	20	26	1.92
112549--112624	12	6.4	12	72	23	54	31	0	0	68	0.90
112550--112593	18	2.4	19	92	7	74	40	0	0	59	0.98
118559--118585	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
119935--119978	18	2.6	17	82	10	54	25	6	0	68	1.14
120203--120258	19	2.8	20	84	10	69	21	12	0	66	1.25
124671--124990	162	1.9	167	94	5	569	33	15	16	34	1.90
130517--130556	20	2.0	20	85	0	53	37	7	15	40	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131095--131138	20	2.2	20	91	0	70	18	25	25	31	1.97
131941--131979	21	1.9	20	84	5	51	33	23	15	28	1.95
135008--135062	18	3.2	18	76	16	55	80	1	10	7	0.99
135035--135127	7	13.9	7	81	8	86	75	2	19	3	1.05
135018--135070	20	2.5	20	80	17	63	81	0	15	3	0.83
135035--135129	19	4.8	20	75	8	86	75	2	18	3	1.03
135017--135129	7	16.6	7	76	12	74	76	1	17	4	1.04
136197--136231	19	1.9	17	88	11	52	77	2	2	17	1.02
136420--136476	16	3.8	15	74	6	53	73	1	3	21	1.07
136413--136503	42	2.2	40	81	14	98	69	1	4	25	1.14
136439--136542	43	2.4	42	85	3	127	63	0	3	31	1.19
136411--136562	43	3.5	43	76	9	121	65	1	6	26	1.25
136595--136631	14	2.8	14	84	8	51	72	0	0	27	0.84
138055--138261	110	1.9	110	85	0	288	23	18	22	35	1.95
138305--138385	43	1.9	42	87	2	117	23	18	30	27	1.98
149793--149833	18	2.2	20	79	16	52	78	2	2	17	0.98
149792--149833	19	2.2	19	83	8	50	78	2	2	16	0.96
150190--150227	14	2.7	14	91	0	58	68	2	2	26	1.16
151420--151472	21	2.5	21	93	0	88	30	24	11	33	1.90
151644--151837	76	2.6	75	87	4	268	30	14	12	41	1.83
151816--152304	39	12.6	39	85	1	570	33	14	14	36	1.88
152518--152763	93	2.7	93	80	3	273	31	23	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154151--154202	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
154191--154304	20	5.7	20	80	6	95	31	23	18	26	1.97
154857--154899	18	2.3	19	88	8	70	51	25	16	6	1.69
154909--154996	33	2.6	33	94	1	149	11	26	23	38	1.89
154964--155021	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
156584--156700	57	2.1	57	96	0	216	30	16	19	33	1.94
157129--157195	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
157077--157195	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
159914--159967	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
161024--161080	19	2.9	20	92	5	98	36	24	22	15	1.94

Tables:   1   2